导读:本文包含了进化串联重复体论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:鼠疫耶尔森菌,多位点可变数目串联重复序列,基因分型,亲缘关系
进化串联重复体论文文献综述
马娜[1]（2018）在《鼠疫耶尔森菌多位点可变数目串联重复序列基因分型及进化亲缘关系研究》一文中研究指出目的:利用MLVA基因分型技术,通过对我国不同地区的鼠疫耶尔森菌DNA模板进行基因分型工作,探讨不同地区的基因分型情况及亲缘关系,为我国鼠疫耶尔森菌溯源提供更丰富的数据库及资料。方法:本研究选取的样本由中国疾病预防控制中心传染病预防控制所鼠疫室在2017年提供,来自不同地区的鼠疫耶尔森菌DNA模板共180株。其中甘肃省11株;西藏自治区40株;四川省31株;新疆自治区37株;青海25株;内蒙古自治区36株。本实验选用“14+12”分级分型方案,一共26个VNTR位点进行MLVA分型,其中14个位点进行每个地区的菌株分型,针对14位点分型后菌株数量较多MLVA型再利用12位点进一步再分型。经实验分析后得出各位点的重复数,经过软件Bio Numerics聚类分析后得到各位点的分辨指数,本研究以分辨指数相似度大于60%的分为一个基因群组,分辨指数完全相同的分为一个基因型。绘制聚类图及最小生成树。结果:1.菌株DNA基本特征:本研究菌株选自全国的15个生态型及3个生物型,其中新疆菌株生态型最多,有5个生态型;甘肃菌株有4个生态型;青海有3个生态型;西藏、四川和内蒙古菌株分别只有2个生态型。新疆和甘肃分别有古典型和中世纪型菌株,四川和青海则分别来自古典型和田鼠型,内蒙古菌株有田鼠型和中世纪型菌株,而西藏全部菌株只有古典型菌株。2.不同地区14位点MLVA分型结果:新疆地区分为5群,22个MLVA型,A群中MLVA型最多,19株菌占比51.4%;青海地区分为4群,14个基因型;甘肃地区分为3个群,6个MLVA型,B群中菌株数目最多,占比54.5%。3.不同地区“14+12”MLVA分型结果:西藏地区经14位点分为2个群,13个基因型,西藏地区样本菌株在B群中有34株菌占比85.0%,其中B群MLVA 8型菌株数量较多,再由12位点分型后进一步分为a群、b群共5个基因型;四川地区经14位点分为2个群,5个基因型,其中A群MLVA 2型菌株数量较多,再由12位点分型后进一步分为a-e 5个群共9个基因型;内蒙古地区经14位点分为2个群,7个基因型,其中B群MLVA 1型菌株数量较多,再由12位点分型后进一步分为a群、b群共15个基因型。4.不同传统型MLVA基因分型结果:本研究选取的14位点将180株菌分为8群、25簇、64个基因型。共有10个生态型完全分布在特定的基因群组中,4个生态型分布在2个不同的群组中,1个生态型较为分散,分布于3个基因群组中;田鼠型和中世纪型分布有单独的群组,不与古典型相交叉;古典型菌株没有单独的群组,分散在不同的基因群中。5.亲缘关系:中世纪型菌株由内蒙古地区中世纪型菌株基因进化而来,田鼠型菌株由青海地区田鼠型菌株基因进化而来;西藏、新疆地区的大部分菌株较为独立,而四川、青海、甘肃、及西藏和新疆的小部分古典型菌株相互之间的基因位点差异较小,可由相同的基因型进化而来。结论:1.只用14位点MLVA分型方法对新疆、甘肃和青海的菌株分型就可以有较高的分辨率;而内蒙古、西藏和四川地区的菌株需结合12位点的再分型才能提高基因分型的分辨率。2.与鼠疫菌传统型结合分析,鼠疫菌在遗传进化上具有一定的稳定性。3.本研究发现,不仅同地区菌株之间有亲缘关系,不同地区间也可以通过基因分型方法发现其存在的基因层面的进化、发展关系。(本文来源于《吉林大学》期刊2018-10-01）
乔可,王辉,杨崇广,罗涛,梅建[2]（2010）在《可变数目串联重复序列在上海崇明岛地区结核分枝杆菌北京基因型菌株微进化研究中的应用》一文中研究指出本文通过对上海市疾病预防控制中心收集并保存的、来源于上海崇明岛地区痰培养阳性肺结核患者的135株结核分枝杆菌北京基因型菌株进行可变数目串联重复序列(VNTR)和单核苷酸多态性(SNP)基因分型,并构建最小生成树(MST),来寻找适合研究北京基因型菌株微进化的VNTR组合及区分不同亚型的分子标志。结果显示,16位点VNTR与SNP的分型结果最匹配,适合于研究该地区北京基因型菌株的微进化;SNP单倍型主要集中在ST10(42.2%)、ST19(30.4%)、ST22(14.1%)3个类型;4个VNTR位点(Mtub21、QUB26、MIRU16和QUB4156)可能是区分北京基因型菌株不同亚型的分子标志。(本文来源于《微生物与感染》期刊2010年04期）
张四明,吴清江,张亚平[3]（2000）在《中华鲟(Acipenser sinensis)及相关种类的mtDNA控制区串联重复序列及其进化意义》一文中研究指出采用 PCR技术和 DNA测序技术 ,发现了我国一级珍稀保护动物中华鲟 ( Acipensersinensis)线粒体 DNA( mt DNA)的控制区 ( D- loop)存在数目不等的串联重复序列 ,该重复序列造成了中华鲟广泛的异质性现象 .从分子水平进行了不同类型重复序列变化规律的研究 ,同时还初探了重复序列在我国其它几种鲟鱼类的存在情况 ,发现在白鲟 ( Psephurus gladius)、达氏鲟 ( A.dabryanus)和史氏鲟 ( A.schrenckii)均存在类似的重复序列结构 .序列比较分析表明 ,不同鲟鱼类重复序列在鲟鱼类进化过程中扮演着一定的角色 ,很有可能碱基差异大小与它们的亲缘关系的远近呈正相关 .(本文来源于《中国生物化学与分子生物学报》期刊2000年04期）
进化串联重复体论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文通过对上海市疾病预防控制中心收集并保存的、来源于上海崇明岛地区痰培养阳性肺结核患者的135株结核分枝杆菌北京基因型菌株进行可变数目串联重复序列(VNTR)和单核苷酸多态性(SNP)基因分型,并构建最小生成树(MST),来寻找适合研究北京基因型菌株微进化的VNTR组合及区分不同亚型的分子标志。结果显示,16位点VNTR与SNP的分型结果最匹配,适合于研究该地区北京基因型菌株的微进化;SNP单倍型主要集中在ST10(42.2%)、ST19(30.4%)、ST22(14.1%)3个类型;4个VNTR位点(Mtub21、QUB26、MIRU16和QUB4156)可能是区分北京基因型菌株不同亚型的分子标志。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
进化串联重复体论文参考文献
[1].马娜.鼠疫耶尔森菌多位点可变数目串联重复序列基因分型及进化亲缘关系研究[D].吉林大学.2018
[2].乔可,王辉,杨崇广,罗涛,梅建.可变数目串联重复序列在上海崇明岛地区结核分枝杆菌北京基因型菌株微进化研究中的应用[J].微生物与感染.2010
[3].张四明,吴清江,张亚平.中华鲟(Acipensersinensis)及相关种类的mtDNA控制区串联重复序列及其进化意义[J].中国生物化学与分子生物学报.2000
标签：鼠疫耶尔森菌; 多位点可变数目串联重复序列; 基因分型; 亲缘关系;