导读:本文包含了准种多态性论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:艾滋病病毒,母婴传播,抗病毒治疗,准种
准种多态性论文文献综述
张园园[1]（2018）在《基于深度测序分析母子患者HIV-1准种多态性的研究》一文中研究指出目的:了解研究地区(云南、广西、四川、新疆和广东)HIV-1暴露新生儿的感染情况,初步探索HIV-1宫内感染的准种传播进化规律。分析不同抗病毒药物治疗方案(干预组为叁联用药,对照组为单一用药)对新生儿原发耐药株产生的影响,探索两种抗病毒治疗方案对新生儿体内病毒准种进化的潜在影响,为优化新生儿预防治疗用药方案提出参考。方法:收集研究地区孕期和产时均未使用过抗病毒药物或临产后才开始用药的HIV-1阳性孕产妇及其所生新生儿,将暴露新生儿按随机化原则分为干预组和对照组,实施不同的抗病毒预防治疗方案。对新生儿产后系列干血斑样本进行HIV-1核酸定性检测,确定其感染状态。第一部分研究收集发生宫内感染新生儿的产时干血斑及其母亲的产时全血、血浆样本,第二部分研究收集3例干预组和5例对照组婴幼儿的产时、治疗后6周、3个月的干血斑样本。利用一代测序技术检测各样本的病毒亚型和耐药突变株,深度测序技术检测样本内病毒叁基因区(GAG、POL和ENV区)的准种序列情况,并使用序列分析软件和统计学软件分析样本中准种分布是否存在差异、计算样本内(间)的基因离散率,绘制系统进化树分析病毒进化规律。结果1.暴露新生儿感染情况:云南、广西、四川、新疆和广东地区中,孕期和产时均未使用过抗病毒治疗药物或临产后才开始用药的HIV-1阳性孕产妇所生新生儿阳性率分别为:9.38%、17.39%、7.02%、7.69%和0。2.叁对宫内感染母子病毒亚型:两对为CRF08_BC,一对为CRF01_AE。9份样本中均未检测到耐药突变株。3.深度测序结果显示:母亲全血比血浆中病毒准种复杂度高,而新生儿全血样本中病毒准种复杂度比前两者低。结合基因离散率和系统进化树可发现:新生儿感染了母亲体内大多数病毒准种。4.8例婴幼儿病毒亚型结果:4例为CRF08_BC、2例为CRF07_BC、1例B和1例CRF01_AE;除一例对照组婴幼儿查出有Y181C耐药突变,其余样本均未检测到耐药突变。5.深度测序结果显示:干预组和对照组产时基线样本病毒复杂度无差异,对比两者在接受治疗后的相同时间点样本内病毒叁基因区准种复杂性发现:前者比后者样本内准种分布更集中、病毒准种复杂度更低,这一点在ENV区表现的最明显。6.接受单一抗病毒治疗的婴幼儿体内病毒变异随时间增加而增加,与基线样本间的基因距离逐渐增大。而接受叁联用药的婴幼儿接受治疗后,各监测时间点样本与基线样本间的基因距离缓慢增大,但叁个月时有下降的趋势。7.每例婴幼儿叁个时间点样本内叁基因区系统进化树中显示:各样本前30个优势准种均呈散在分布,并未出现明显的病毒准种进化关系。结论1.研究地区中孕期和产时均未应用过抗病毒药物或临产后才开始用药的阳性孕产妇所生新生儿HIV-1感染率高于全国水平,应进一步加大增加早期发现阳性孕产妇及母婴阻断措施的实施力度,降低暴露新生儿感染率。2.HIV-1 DNA比RNA包含的病毒准种信息更丰富,利用全血样本进行传播的溯源分析更有利。3.叁例宫内感染新生儿感染母亲体内大多数优势准种,瓶颈效应并不明显,可能是由于反复感染或者新生儿免疫功能不全,导致病毒在体内复制变异速度加快,引起病毒多样性。4.婴幼儿采取单一用药比叁联用药可能更易产生继发性耐药突变,尤其是针对非核苷类反转录酶抑制剂(NNRTIs)的耐药突变,需进一步研究观察。5.与单一用药方案相比,叁联用药可有效抑制病毒的复制变异速率,降低婴幼儿体内病毒准种分布复杂度。6.婴幼儿产后的叁个时间点样本,由于采样时间间隔太短,病毒变异进化范围小,因此无法通过系统进化树判断优势准种的传播规律。7.同一样本中HIV-1叁基因区(POL、GAG和ENV区),ENV变异度度最大,准种更复杂,POL和GAG相对保守。(本文来源于《中国疾病预防控制中心》期刊2018-06-30）
马其欢[2]（2013）在《基于深度测序从全基因组分析母子患者血清HBV准种多态性》一文中研究指出第一部分基于深度测序从全基因组分析母子患者血清HBV准种多态性目的：通过建立一种快速、高通量的方法，能够同时对多个样本进行全基因组深度测序，对母子患者血清乙型肝炎病毒（hepatitis Bvirus, HBV）病毒准种进行全基因组重测序，从病毒全基因组水平上了解不同患者或同一患者体内HBV准种多态性分布特征，分析母子患者体内HBV准种分布的同源性与差异性，为下一步进行疫苗逃逸位点的发现与鉴定提供依据。方法：1、制备HBV全基因组序列：以4对母子患者血清HBV病毒颗粒为模板，PCR扩增HBV3.2kb全长DNA。2、构建solexa测序文库：（1）使用Nextera Technology将HBV DNA的全基因组片段化，处理成5’端带转座末端序列的小片段。（2）设计Barcode引物，在转座末端序列的5’端加上Barcode序列，通过PCR给每个样本加上标签。（3）胶回收250bp~500bp的目的片段。（4）通过克隆测序验证上述构建的测序文库。3、将所有样本等量混合后进行两次solexa测序。4、对测序数据进行生物信息学分析：构建consensus序列，利用Barcode序列对测序数据进行分库（分库标准：与barcode序列5'端去掉2个碱基后的序列完全一致），通过和consensus序列对比过滤低质量数据（过滤标准：Filtered：Reads N>3，Poly N>15，测序质量值<30；Low P-score：HBV同源性<90%），通过分析测序误差、coverage分布情况、香农熵分布情况等参数，评估实验方法的可行性和重复性；同时进一步比较采用不同PCR扩增方案得到HBV全基因组序列和不同酶浓度处理的HBV全长序列的测序数据的异同，最后分析了母子患者体内病毒准种的同源性和差异。结果：1、分库，过滤低质量序列后，两次测序获得有用序列的效率分别是30.53%和44.88%，平均每个位点的测序深度分别是1043和2733个碱基。测序误差分别是0.26%和0.23%，所有样本均能够100%覆盖HBV全基因组。所有样本的coverage分布均表现为相同的规律，在nt900、nt1800和nt2500区域表现为低覆盖。每个样本两次测序在coverage分布的比较上没有差别（P<0.05），但在香农熵的分布比较上，11个样本中有3个样本两次测序有一定差异。2、不同PCR扩增方案获得HBV全长序列测序得到的数据和不同酶浓度处理的HBV全长序列测序后得到的数据在coverage分布的比较上没有明显差异（P<0.05），但在香农熵分布的比较上，第一次测序有差异，第二次测序没有差异（P<0.05）。3、母子间准种序列的相对香农熵分布可以聚类，非母子间不能聚类。但是母子间序列在S抗原的A决定簇区域和P、C、X基因的抗原表位的区域具有差异。结论：1、结合Barcode标签，我们建立了一种高通量的对HBV全基因组进行分析的策略方法，有助于深入分析HBV准种序列特征。2、结合上述技术，我们对临床乙肝病毒感染的4对母子样本进行了准种分析，发现不同患者和同一患者体内HBV准种分布具有多态性，并且获得了患者体内HBV准种的序列在每个核苷酸位点上的频谱。3、通过对母子患者体内HBV准种全基因组频谱的聚类分析，我们发现母子患者体内的HBV准种的相似性高，而非母子患者体内的HBV准种的相似性低，从而推测子代患者体内的HBV准种来自母亲，即HBV的传播是以垂直传播为主的。4、分析母子患者体内的HBV准种全基因组频谱的差异性，我们发现，这些差异性位点多位于HBV疫苗作用的S抗原的A决定簇区域或抗原表位区域，这为下一步对疫苗逃逸位点的发现和鉴定提供了依据。第二部分HBV DNA线性结构与环化结构在转染Huh7细胞后HBV复制水平差异的研究目的：通过比较不同乙型肝炎病毒（hepatitis B virus，HBV）体外复制体系中分泌的乙型肝炎病毒表面抗原（hepatitis B surface antigen,HBsAg）、乙型肝炎病毒e抗原（hepatitis B e antigen, HBeAg）和病毒颗粒的复制水平，表明采用环化策略的HBV体外复制体系更适合HBV反转录调控的分子机制研究。方法：1、选择已经构建好的3种质粒：（1）由CMV启动的HBV1.1倍体质粒（CMV-HBV1.1）；（2）由CMV启动的HBV1.3倍体质粒（CMV-HBV1.3）；（3）由T载体上的启动子启动的HBV1.3倍体质粒（T-vector-HBV1.3）。2、任选一个质粒用含有BspQI内切酶位点的引物扩增HBV全长（本实验选择了CMV-HBV1.1）。使用BspQI限制性内切酶酶切，然后用T4DNA连接酶连接，构建环化HBV DNA（cyclized-HBV）。3、将叁种质粒和环化的HBV DNA转染到Huh7细胞中，5天后收集细胞上清进行ELISA分析，收集细胞并提取HBV复制中间体DNA进行Southern印迹分析。结果：1、成功扩增HBV全长片段并构建了环化HBV DNA；2、转染Huh7细胞后，ELISA检测乙型肝炎病毒表面抗原（hepatitis Bsurface antigen, HBsAg）和乙型肝炎病毒e抗原（hepatitis B e antigen,HBeAg）均为阳性结果；3、从Huh7细胞中提取HBV复制中间体并做Southern印迹分析得到阳性结果。结论：HBV DNA全长通过环化连接后转染Huh7细胞，可有效的观察其复制表达，并且HBV DNA环状结构的复制表达能力优于HBV线性结构的表达质粒。(本文来源于《重庆医科大学》期刊2013-05-01）
焦丽燕[3]（2011）在《血浆RNA和PBMCs DNA HIV-1耐药准种多态性和分子进化研究》一文中研究指出人免疫缺陷病毒(Human Immunodeficiency Virus,HIV)是高度变异的人类病原体,在抗逆转录病毒药物压力下,快速突变产生耐药性,导致抗逆转录病毒治疗(antiretroviral therapy,ART)的失败。耐药HIV毒株还可以传播,使得从未接受过抗病毒治疗的艾滋病(acquired immunodeficiency syndrome,AIDS,获得性免疫缺陷综合征)病人具有对药物的耐受性。HIV的耐药性已成为严重的公共卫生问题,是艾滋病防治的主要障碍。了解HIV耐药的分子进化规律并理解新耐药突变的作用,是全面认识HIV耐药分子机制的基础,将为有效遏制耐药毒株、做好针对耐药毒株的艾滋病防治提供科学依据。为了揭示血浆和外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cells,PBMCs)中HIV耐药的分子进化规律、阐明新型耐药突变对耐药的贡献,本研究以河南某乡接受抗病毒治疗艾滋病患者队列为基础,开展了系列研究。首先对河南某乡接受抗病毒治疗的艾滋病患者更换二线药物前后的病毒耐药发生和演变情况进行了调查,对部分患者进行了病毒分离培养和基因型耐药鉴定;然后,基于长期随访获得的部分患者系列血浆和PBMCs标本,采用大量克隆测序及基因型耐药分析的方法,揭示血浆和PBMCs中耐药准种进化的规律;针对患者中大量出现的尚未有明确表型解释的H221Y突变,通过构建系列突变病毒并进行表型耐药测定的方式,阐明H221Y及其它突变联合对耐药的作用。第一部分河南某乡接受抗病毒治疗的艾滋病患者更换二线治疗方案前后的耐药性研究河南某乡是我国最早开展艾滋病免费抗病毒治疗的地区之一,采用的是使用统一的治疗方案、同时开始治疗,由村医管理患者并监督服药的治疗模式。自初始治疗(2003年9月)起,我们实验室对这个地区艾滋病患者的HIV耐药情况进行了连续7年的监测。根据患者的临床表现、病毒载量、CD4+T淋巴细胞计数检测的结果及病毒耐药监测的结果,2010年2月起,部分患者由一线治疗方案更换为二线治疗方案。本部分研究的目的是了解更换二线治疗方案后的HIV耐药发生发展的特点和规律,同时,观察更换二线治疗方案后的病毒学和免疫学应答,从而为抗病毒治疗方案的改进提供依据。对抗病毒治疗患者队列中的77名患者进行了两次随访,时间为2009年10月和2010年6月,共调查和采血154人次。其中43例患者在首次随访时(2010年2～3月)更换了二线治疗方案,34例患者仍然使用一线治疗方案。对所有患者使用统一的调查表进行流行病学调查,了解服药依从性、临床表现等信息,采集血液标本进行病毒载量和CD4+T淋巴细胞计数检测,采用耐药基因型方法进行耐药性检测和分析。主要结果和结论有:1.换药组患者在换药3个月后病毒载量显着下降(P值=0.005)。病毒抑制率由治疗前的46.34%(19/41)上升至换药后的65.80%(27/41);未换药组患者的病毒载量也显着下降(P值<0.05),病毒抑制率由首次随访的21.86%(7/32)上升至第二次随访的40.63%(13/32)。2.换药组患者在换药前后CD4+T淋巴细胞计数没有显着变化(P=0.279),换药前CD4+T淋巴细胞计数>350cells/μl的患者有39.53%(17/43),换药后有44.19%(19/43),比换药前略有增加;未换药组在两次随访中CD4+T淋巴细胞计数也无显着变化(P值=0.608),首次随访时CD4+T淋巴细胞计数>350cells/μl的患者有82.35%(28/34),第二次随访时CD4+T淋巴细胞计数>350cells/μl的患者的比例是70.59%(24/34)。3.换药组和未换药组患者在第二次随访中耐药的比例均有所下降:换药患者的耐药率由换药前的7/9降至换药后的6/11;未换药患者的耐药率人群由首次随访的12/20降至第二次随访的7/14。换药的患者在换药前后耐药毒株的演变情况较未换药患者更为复杂。总体来看,换药显着提高了患者的病毒抑制率,长久也将观察到免疫功能的改善,对耐药的影响还需要进一步观察。第二部分血浆RNA和PBMCs DNA HIV-1耐药准种多态性和分子进化HIV在体内以复杂的准种形式存在,在不同种类和强度的药物选择压力下,HIV-1的耐药性随时间序贯发展、逐渐增强,病毒准种的组成和分布始终处于动态变化的过程中。耐药不是全或无的现象,优势与劣势耐药准种共存,某些劣势种群可以持续进化,最终发展成为优势种群。在HIV感染发展的过程中,病毒基因组的各种变化被持续地记录在潜伏整合的前病毒中,耐药突变持续不断地进入潜伏的病毒库。耐药毒株的进化在不同组织是独立的,有研究报道血浆与外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cells,PBMCs)、淋巴及神经组织中耐药准种的分布显着不同,通常认为血浆可即时反应体内病毒的耐药进化,是世界卫生组织(World Health Organization,WHO)指定的HIV-1耐药检测和监测常规使用的样本。尽管目前对血浆中耐药毒株的分子进化已经有了比较深入的认识,但对长期治疗患者血浆中耐药病毒准种的进化特征、PBMCs中耐药病毒准种的进化特点、血浆与PBMCs中耐药病毒准种的动态进化关系还没有系统的研究。本研究的目的是,通过对河南省某农村长期接受抗病毒治疗艾滋病患者的系列血浆和PBMCs标本的大量克隆测序、基因型耐药和分子进化分析,阐明我国农村特殊抗病毒治疗模式下血浆和PBMCs中病毒耐药准种的分子进化规律,揭示血浆和PBMCs中病毒耐药准种的进化关系。从河南省某乡HIV耐药监测队列中选出6名长期接受抗病毒治疗的艾滋病患者,这些患者最少的随访8次、最多的随访10次,累计随访54人次、时间跨度5年。每次随访均对研究对象进行访谈,了解临床表现、抗病毒治疗方案、服药依从性及其他社会人口学特征。对血浆和PBMCs分别采用RT-PCR和直接巢式PCR方法扩增HIV-1蛋白酶和逆转录酶区2162bp基因片段,然后克隆测序。每份样品对20～30个克隆测序,共获得序列1588条,其中来自血浆样本的序列967条,来自PBMCs前病毒的序列621条,对序列进行耐药突变和进化分析,主要结果和结论如下:1.血浆与PBMCs中耐药准种的分布:血浆中蛋白酶抑制剂(protease Inhibitors,PIs)耐药突变、核苷类逆转录酶抑制剂(nucleoside reverse transcriptase inhibitors,NRTIs)、非核苷类逆转录酶抑制剂(non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors,NNRTIs)的耐药突变种类比PBMCs中的突变种类多。多数患者血浆和PBMCs样本中共同出现的耐药突变也是两种样本中发生频率较高的突变,即血浆和PBMCs两种组织中占优势地位的耐药准种形式差别不大;2.血浆与PBMCs中耐药准种的进化:多数患者PBMCs中PIs耐药突变、NRTIs、NNRTIs耐药突变的发生晚于血浆。少数患者血浆和PBMCs两种组织呈现完全不同的耐药进化路径。6例患者血浆和(或)PBMCs中NRTIs耐药谱和NNRTIs耐药谱的进化路径均不同程度地显示出,随着接受治疗时间的延长,主要突变谱携带的突变种类增加,即突变谱的进化都有突变位点累积的趋势,并且随之产生的耐药程度也逐渐增加;3.血浆与PBMCs中NRTIs耐药谱的特点:6例患者几乎所有血浆和(或)PBMCs NRTIs耐药谱中都有T215Y,而且该突变在随访早期即单独或同其它突变一起出现,早期联合出现的以M41L居多,这两种突变通常稳定存在于随访的整个过程, L210W常在随访中晚期累加进NRTI突变谱,累加的其它突变还有D67N、K70R、E44D(A)等,个别患者T215Y突变模式到晚期有被T215F取代的趋势。NRTIs耐药谱的耐药程度常与其携带的突变种类有关,往往携带的突变种类越多,耐药程度也越高;4.血浆与PBMCs中NNRTIs耐药谱的特点:总的来讲,NNRTIs耐药谱不如NRTIs耐药谱复杂,携带的突变种类不如NRTIs耐药谱多。6例患者中,除2例患者的血浆样本之外,其他患者的样本都出现了Y181C,该位点一旦出现,就会稳定存在至随访末期;K103N是另外一个重要的NNRTIs突变,在4例患者中都有出现,值得注意的是,该位点在1例患者的血浆样本和1例患者的PBMCs样本中只是在随访早期一过性出现,在其他样本中早期出现后可持续存在至随访末期;除1例患者的血浆和PBMCs样本以及1例患者的PBMCs样本之外,其它样本中都出现了H221Y突变,不同样本中该突变出现的时间不同,有的在随访早期或中期出现,有的在随访晚期才累加入NNRTIs耐药谱,该位点也是一旦出现,就会持续存在于突变谱中。NNRTIs耐药出现得较早,耐药程度往往很高,单位点突变也可导致对NVP的高度耐药;5.血浆与PBMCs中多重耐药谱的特点:血浆样本中的多重耐药(multidrug resistance,MDR)谱的构成形式比PBMCs中的复杂,多重耐药谱的种类也比PBMCs样本多;NRTI+NNRTI双重耐药谱是MDR的主要构成形式,在所有样本中都有出现;其次是PI+NRTI+NNRTI叁重耐药谱,6例患者的血浆样本中都有出现;MDR的耐药程度往往比较高;6.血浆与PBMCs中准种序列的离散率:2例患者血浆准种的离散率大于PBMCs样本中的离散率,1例患者血浆准种的离散率小于PBMCs样本中的离散率,1例患者历次血浆和PBMCs的平均离散率没有有统计学意义差异,但是这些患者血浆中耐药谱的复杂程度都高于PBMCs样本,提示基因离散率不能代表样本中耐药准种的复杂程度。第叁部分体外无药物选择压力条件下HIV-1耐药突变的演变HIV-1耐药准种在体内药物选择压力下呈现复杂的动态变化和进化,在体外感染细胞的过程中,携带各种耐药突变的病毒准种在靶细胞中生长,在没有药物压力的情况下,病毒产生复杂的变化,有可能发生回复突变,也可能发生各种准种的竞争性生长,最终具有最佳复制能力和复制适应性的病毒能够有效生长,成为在体外稳定传代生长的病毒,这种变化在一定程度上反映了各种突变对病毒造成的复制适应性损失的程度。本部分研究通过对接受抗病毒治疗的艾滋病患者HIV-1毒株的体外传代培养,观察体外无药物压力条件下HIV-1耐药毒株的体外生长以及主要耐药突变的演化趋势,从而揭示各种耐药性基因突变对病毒复制能力和复制适应性的影响。我们采集了15例服用拉米夫定+司他夫定+萘韦拉平(3TC+D4T+NVP)的艾滋病患者的外周血单核细胞,用体外共培养的方法分离HIV-1毒株,观察这些毒株在体外无药物压力下的生长情况及耐药基因突变的演变。主要结果如下:1.15例患者中病毒载量>1000拷贝/毫升的有8例,均成功分离出稳定传代的原代毒株,对这些毒株的体外复制动力学进行分析,有3株病毒呈快/高型生长方式,有5株呈慢/高型生长方式。2.8株病毒中有2株为耐药毒株,所携带的主要耐药突变分别是K103N/K238T和M184V/K103N/Y181C/H221Y,分别对NVP和3TC/NVP高度耐药。无药物压力情况下,携带K103N突变的毒株具有较好的复制适应性,可稳定存在;携带M184V和K103N/Y181C/H221Y的毒株也能够稳定复制;K238T耐药突变稳定性差,易发生回复突变。第四部分H221Y突变及与其它突变联合对NVP耐药作用的研究H221Y突变是近年来发现的与NVP治疗相关的的NNRTI类耐药相关突变,在我国接受抗病毒治疗的艾滋病患者中广泛流行。本论文第二部分研究中6例患者均出现了该突变,并且该突变在准种中出现的频率多大于30%,到随访后期(初始治疗31个月后)出现频率多大于90%。值得注意的是,该部分研究中H221Y突变常伴随Y181C突变一起出现。此外,本论文第叁部分分离出的原代耐药毒株HNNY15携带的NNRTI耐药突变组合为K103N/Y181C/H221Y,并且该突变组合在体外无药物压力下可稳定传代。目前,H221Y突变对耐药作用尚没有确定,对H221Y突变与其它突变的相互作用研究的也很少。本部分研究的目的是阐明H221Y突变单独及在各种NNRTI耐药突变组合中对耐药的作用。将来自患者的携带耐药突变的pol区646bp的基因片段连接至pNL4-3骨架质粒,在此基础上进行H221Y和(/或)Y181C的定点回复诱变,包装出携带各种NNRIs耐药突变组合的毒株,在TZM-bl细胞上进行NVP表型耐药检测和分析,结果和结论如下:1.构建和包装出20株携带不同突变组合的HIV毒株,分别是:以K101Q为基础的4株病毒,携带的突变分别是K101Q/Y181C/H221Y(1-1)、K101Q/Y181C(1-2)、K101Q/H221Y(1-3)、K101Q(1-4);以K101E为基础的4株病毒,携带的突变分别是K101E/Y181C/H221Y(2-1)、K101E/Y181C(2-2)、K101E/H221Y(2-3)、K101E(2-4);以V179E为基础的4株病毒,携带的突变分别是V179E/Y181C/H221Y(3-1)、V179E/Y181C(3-2)、V179E/H221Y(3-3)、V179E(3-4);以V179D为基础的4株病毒,携带的突变分别是V179D/Y181C/H221Y(4-1)、V179D/Y181C(4-2)、V179D/H221Y(4-3)、V179D(4-4);以K103N为基础的4株病毒,携带的突变分别是K103N/Y181C/H221Y(5-1)、K103N/Y181C(5-2)、K103N /H221Y(5-3)、K103N(5-4)。2.测定了12株病毒的TCID50和对NVP的IC50。毒株1-1、1-2、1-3、1-4、4-1、4-2、4-3、4-4、5-1、5-2、5-3、5-4对NVP的IC50分别是108.150±1.909μM、47.807±18.131μM、0.141±0.052μM、0.037±0.010μM、162.633±47.497μM、44.980±12.763μM、0.415±0.014μM、0.142±0.022μM、191.100±91.358μM、89.180±22.656μM、4.408±0.915μM、2.013±0.360μM、0.031±0.005μM。3.Y181C突变可大幅度提高毒株对NVP耐药的程度,在6种突变或突变组合(K101Q/H221Y、K101Q、V179D/H221Y、V179D、K103N/H221Y、K103N)的基础上,Y181C可使毒株对NVP的IC50分别提高759.144±41.903倍、1296.979±289.108倍、390.039±101.646倍、312.469±45.255倍、41.879±8.403倍和47.878±4.197倍。4.H221Y可在一定程度上增加各种NNRTIs耐药突变组合对NVP的耐药程度。在6种突变或突变组合(K101Q/Y181C、K101Q、V179D/Y181C、V179D、K103N/Y181C、K103N)的基础上,H221Y可使毒株对NVP的IC50分别提高2.237±0.910倍、3.238±0.317倍、3.644±0.469倍、2.969±0.435倍、2.080±0.496倍和2.183±0.091倍。5.Y181C/H221Y突变组合使携带K101Q、V179D和K103N突变毒株对NVP的IC50分别提高3444.646±834.542倍、1132.624±180.368倍和100.621±32.478倍。(本文来源于《中国人民解放军军事医学科学院》期刊2011-06-15）
黄广宇,毛青,邓国宏,兰林,王宇明[4]（2010）在《HIV-1母婴传播准种多态性与免疫学表位/细胞嗜性的关系研究》一文中研究指出目的:研究HIV-1准种多态性与免疫学表位以及细胞嗜性的相关性。方法:从4对母婴传播HIV-1感染者血清内提取HIV-1核酸,逆转录-套式PCR扩增,产物克隆后,挑选阳性克隆行CSGE分析,对优势和劣势准种进行克隆测序分析,对氨基酸序列中可能的免疫学表位进行分析并预测病毒的细胞嗜性。(本文来源于《全国第3届中西医结合传染病学术会议暨中国中西医结合学会传染病专业委员会第2届委员会议论文汇编》期刊2010-06-11）
黄广宇,毛青,邓国宏,兰林,王宇明[5]（2009）在《HIV-1母婴传播准种多态性与免疫学表位/细胞嗜性的关系研究》一文中研究指出目的研究HIV-1准种多态性与免疫学表位以及细胞嗜性的相关性。方法从4对母婴传播HIV-1感染者血清内提取HIV-1核酸,逆转录-套式PCR扩增,产物克隆后,挑选阳性克隆行CSGE分析,对优势和劣势准种进行克隆测序分析,对氨基酸序列中可能的免疫学表位进行分析并预测病毒的细胞嗜性。结果4对中有3对的母亲的病毒准种复杂度和熵值高于其子,只有1对的母亲低于其子;母婴传播病例的CTL表位分析结果:2对子代体内病毒出现母亲没有的新表位,另外2对未出现新表位;中和抗体表位分析发现:仅发现2个次要中和抗体表位;未发现含顶端4肽的主要中和表位;细胞嗜性预测结果:其中2对母子体内的病毒均为R5型、非合胞体诱导型、巨噬细胞嗜性,1对为X4型、合胞体诱导型、T细胞嗜性,1对的母亲为R5、非合胞体诱导型、巨噬细胞嗜性,其子为X4型、合胞体诱导型、T细胞嗜性。结论母亲的准种复杂度和熵值通常高于其子,说明准种传播的选择性存在。被选择性传播的HIV-1准种可快速进化产生新的CTL表位,随着时间的延长,产生的新的CTL表位的概率增高。被选择性传播的HIV-1准种对中和抗体有抗性,且为巨噬细胞嗜性。(本文来源于《病毒性肝炎慢性化、重症化基础与临床研究进展学术会议论文汇编》期刊2009-11-13）
段学章,朱传琳,程云,赵军,季伟[6]（1999）在《单链构相多态性分析丙型肝炎病毒1b型准种及变异研究》一文中研究指出目的研究丙型肝炎病毒准种及其变异情况；同时探索准种变异规律，是否干扰素对准种具有选择作用。方法选取５例慢性丙型肝炎患者阳性血清，ＰＣＲ法分别扩增５’Ｃ非编码区（５’ＮＣＲ）、高变区（ＨＶＲ１）、非结构蛋白５Ａ（ＮＳ５Ａ）部分片断，单链构相多态性（ＳＳＣＰ）法测定其准种数量，同时动态观察２３例丙型肝炎患者１ｂ型ＮＳ５Ａ准种变化情况，探讨是否具有对干扰素敏感性不同的准种及干扰素对准种是否具有选择作用。结果和结论发现５’ＮＣＲ区准种数量少，ＨＶＲ１区最多；ＮＳ５Ａ区准种经干扰素治疗后数量减少，但未发现有序列特异选择作用。(本文来源于《肝脏》期刊1999年01期）
施红[7]（1998）在《利用非同位素的单链构型多态性分析检测丙型肝炎病毒的准种》一文中研究指出在感染丙型肝炎病毒(HCV)的患者体内,存在着被称为准种(quasispecies)的病毒异源性群体,在第二个膜基因(HCV-E2)中的高变区(HVR)显示出特别高的型内变异并被认为是中和抗体的目标,本研究的目的是优化扩增HVR-1的、不依赖于基因型的引物系统,建立了一个敏感的SSCP分析方法,以快速、非同位素检测血清中占优势的HCV准种。利用优化的SSCP分析的方法,调查了5个HCV慢性感染的患者在α-干扰素治疗前后准种组成的改变,HCV基因型是通过DNA序列测定和多基因分析来确定,另外,还检测了血清病毒血症和血清转氨酶(ALT)水平,SSCP分析在干扰素治疗前后的两个时间点分别进行,在IFN治疗的前3个月中有(本文来源于《传染病信息》期刊1998年01期）
准种多态性论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
第一部分基于深度测序从全基因组分析母子患者血清HBV准种多态性目的：通过建立一种快速、高通量的方法，能够同时对多个样本进行全基因组深度测序，对母子患者血清乙型肝炎病毒（hepatitis Bvirus, HBV）病毒准种进行全基因组重测序，从病毒全基因组水平上了解不同患者或同一患者体内HBV准种多态性分布特征，分析母子患者体内HBV准种分布的同源性与差异性，为下一步进行疫苗逃逸位点的发现与鉴定提供依据。方法：1、制备HBV全基因组序列：以4对母子患者血清HBV病毒颗粒为模板，PCR扩增HBV3.2kb全长DNA。2、构建solexa测序文库：（1）使用Nextera Technology将HBV DNA的全基因组片段化，处理成5’端带转座末端序列的小片段。（2）设计Barcode引物，在转座末端序列的5’端加上Barcode序列，通过PCR给每个样本加上标签。（3）胶回收250bp~500bp的目的片段。（4）通过克隆测序验证上述构建的测序文库。3、将所有样本等量混合后进行两次solexa测序。4、对测序数据进行生物信息学分析：构建consensus序列，利用Barcode序列对测序数据进行分库（分库标准：与barcode序列5'端去掉2个碱基后的序列完全一致），通过和consensus序列对比过滤低质量数据（过滤标准：Filtered：Reads N>3，Poly N>15，测序质量值<30；Low P-score：HBV同源性<90%），通过分析测序误差、coverage分布情况、香农熵分布情况等参数，评估实验方法的可行性和重复性；同时进一步比较采用不同PCR扩增方案得到HBV全基因组序列和不同酶浓度处理的HBV全长序列的测序数据的异同，最后分析了母子患者体内病毒准种的同源性和差异。结果：1、分库，过滤低质量序列后，两次测序获得有用序列的效率分别是30.53%和44.88%，平均每个位点的测序深度分别是1043和2733个碱基。测序误差分别是0.26%和0.23%，所有样本均能够100%覆盖HBV全基因组。所有样本的coverage分布均表现为相同的规律，在nt900、nt1800和nt2500区域表现为低覆盖。每个样本两次测序在coverage分布的比较上没有差别（P<0.05），但在香农熵的分布比较上，11个样本中有3个样本两次测序有一定差异。2、不同PCR扩增方案获得HBV全长序列测序得到的数据和不同酶浓度处理的HBV全长序列测序后得到的数据在coverage分布的比较上没有明显差异（P<0.05），但在香农熵分布的比较上，第一次测序有差异，第二次测序没有差异（P<0.05）。3、母子间准种序列的相对香农熵分布可以聚类，非母子间不能聚类。但是母子间序列在S抗原的A决定簇区域和P、C、X基因的抗原表位的区域具有差异。结论：1、结合Barcode标签，我们建立了一种高通量的对HBV全基因组进行分析的策略方法，有助于深入分析HBV准种序列特征。2、结合上述技术，我们对临床乙肝病毒感染的4对母子样本进行了准种分析，发现不同患者和同一患者体内HBV准种分布具有多态性，并且获得了患者体内HBV准种的序列在每个核苷酸位点上的频谱。3、通过对母子患者体内HBV准种全基因组频谱的聚类分析，我们发现母子患者体内的HBV准种的相似性高，而非母子患者体内的HBV准种的相似性低，从而推测子代患者体内的HBV准种来自母亲，即HBV的传播是以垂直传播为主的。4、分析母子患者体内的HBV准种全基因组频谱的差异性，我们发现，这些差异性位点多位于HBV疫苗作用的S抗原的A决定簇区域或抗原表位区域，这为下一步对疫苗逃逸位点的发现和鉴定提供了依据。第二部分HBV DNA线性结构与环化结构在转染Huh7细胞后HBV复制水平差异的研究目的：通过比较不同乙型肝炎病毒（hepatitis B virus，HBV）体外复制体系中分泌的乙型肝炎病毒表面抗原（hepatitis B surface antigen,HBsAg）、乙型肝炎病毒e抗原（hepatitis B e antigen, HBeAg）和病毒颗粒的复制水平，表明采用环化策略的HBV体外复制体系更适合HBV反转录调控的分子机制研究。方法：1、选择已经构建好的3种质粒：（1）由CMV启动的HBV1.1倍体质粒（CMV-HBV1.1）；（2）由CMV启动的HBV1.3倍体质粒（CMV-HBV1.3）；（3）由T载体上的启动子启动的HBV1.3倍体质粒（T-vector-HBV1.3）。2、任选一个质粒用含有BspQI内切酶位点的引物扩增HBV全长（本实验选择了CMV-HBV1.1）。使用BspQI限制性内切酶酶切，然后用T4DNA连接酶连接，构建环化HBV DNA（cyclized-HBV）。3、将叁种质粒和环化的HBV DNA转染到Huh7细胞中，5天后收集细胞上清进行ELISA分析，收集细胞并提取HBV复制中间体DNA进行Southern印迹分析。结果：1、成功扩增HBV全长片段并构建了环化HBV DNA；2、转染Huh7细胞后，ELISA检测乙型肝炎病毒表面抗原（hepatitis Bsurface antigen, HBsAg）和乙型肝炎病毒e抗原（hepatitis B e antigen,HBeAg）均为阳性结果；3、从Huh7细胞中提取HBV复制中间体并做Southern印迹分析得到阳性结果。结论：HBV DNA全长通过环化连接后转染Huh7细胞，可有效的观察其复制表达，并且HBV DNA环状结构的复制表达能力优于HBV线性结构的表达质粒。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
准种多态性论文参考文献
[1].张园园.基于深度测序分析母子患者HIV-1准种多态性的研究[D].中国疾病预防控制中心.2018
[2].马其欢.基于深度测序从全基因组分析母子患者血清HBV准种多态性[D].重庆医科大学.2013
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[4].黄广宇,毛青,邓国宏,兰林,王宇明.HIV-1母婴传播准种多态性与免疫学表位/细胞嗜性的关系研究[C].全国第3届中西医结合传染病学术会议暨中国中西医结合学会传染病专业委员会第2届委员会议论文汇编.2010
[5].黄广宇,毛青,邓国宏,兰林,王宇明.HIV-1母婴传播准种多态性与免疫学表位/细胞嗜性的关系研究[C].病毒性肝炎慢性化、重症化基础与临床研究进展学术会议论文汇编.2009
[6].段学章,朱传琳,程云,赵军,季伟.单链构相多态性分析丙型肝炎病毒1b型准种及变异研究[J].肝脏.1999
[7].施红.利用非同位素的单链构型多态性分析检测丙型肝炎病毒的准种[J].传染病信息.1998