一、肺部感染的病原学诊断（论文文献综述）
冯倩桐[1]（2021）在《宏基因二代测序在肺部感染病原体诊断中的应用价值研究》文中指出目的:探讨mNGS在肺部感染患者病原体中的诊断性能,分析mNGS对临床调整抗感染策略的影响。方法:回顾性分析2019年9月-2021年2月在山西医科大学第一医院呼吸与危重症医学科、重症医学科和血液科诊断为肺部感染的79例患者,这些患者均完善支气管镜检查及肺泡灌洗技术,并收集BALF同时送检传统病原学检测（细菌培养、真菌培养、抗酸染色）及mNGS。将患者分组为重症组（29例）/非重症组（50例）、合并基础肺病组（15例）/无基础肺病组（64例）,通过对比mNGS和传统方法,探讨mNGS在不同分组中及不同类型病原体的阳性率和诊断性能,分析mNGS对临床调整抗感染策略的影响。结果:1.在79例患者中,mNGS阳性67例,检测到5种类型病原体、81种菌种、227株菌种。传统方法阳性38例,检测到3种类型病原体,共27种菌种、57株菌种。与传统方法对比,mNGS可检测的微生物类型更全面,检测菌种更丰富。2.与传统方法对比,mNGS可显着提高微生物的阳性率,尤其是G-细菌、真菌、结核,差异有统计学意义（P<0.05）。在非重症组、无基础肺病组,mNGS可显着提高微生物的阳性率,差异有统计学意义（P<0.05）;在重症组、合并基础肺病组,差异无统计学意义。3.在肺部感染中,mNGS的敏感度为98.21%,特异性为52.17%,阳性预测值为83.33%,阴性预测值92.31%。在重症组中,mNGS敏感度为100%,特异性为46.15%,阳性预测值为48.15%,阴性预测值为100%;在非重症组中,mNGS敏感度为96.67%,阳性预测值为85.71%;在合并基础肺病组中,mNGS敏感度为100%,阳性预测值100%;在无基础肺病组中,敏感度为97.56%,特异性为52.17%,阳性预测值为78.43%,阴性预测值92.31%。在不同类型病原体中,mNGS的敏感度和阴性预测值较高。4.在肺部感染中,mNGS指导了49.36%的患者调整抗感染方案;重症组中有65.52%患者调整抗感染方案,非重症组中有40.00%患者调整抗感染方案,与非重症患者组相比,重症组患者中有更多的人调整抗感染方案,有统计学意义（P=0.029）。在合并基础肺病组的患者中有60.00%患者调整抗感染方案,在无基础肺病组中有46.88%患者调整抗感染方案,差异无统计学意义。结论:1.与传统病原学检测方法对比,mNGS可检测的微生物类型更全面,检测菌种更多、更丰富,尤其是检测苛养菌和罕见菌更占优势。2.mNGS检测微生物的阳性率明显高于传统方法,尤其是在G-细菌、真菌、结核分枝杆菌方面。3.mNGS诊断肺部感染及检测病原体的敏感度和阴性预测值较高,对微生物诊断及排除具有重要意义。4.mNGS的结果可指导临床调整抗感染策略,尤其是重症患者。
毛水连[2]（2021）在《宏基因组二代测序在下呼吸道感染中的应用价值探讨》文中研究说明研究背景:下呼吸道感染（Lower respiratory tract infections,LRTI）是全球常见的感染性疾病,其病原学构成复杂多样,发病率与死亡率都较高,尤其是对于免疫功能低下的人群。随着现代科学技术的持续发展,对恶性肿瘤的放化疗、免疫抑制剂、糖皮质激素及抗生素的广泛使用,此类人群呈增加趋势。包括特殊病原体、复杂性感染、多重耐药菌感染在内的LRTI对临床医生提出了更高的要求。疾病早期快速、精准的诊断与针对性治疗显得尤为重要。然而临床上常用的传统病原学检测手段如分离、培养,耗时长,阳性率低,特别是对于某些特殊微生物感染及新发病原体的检测存在一定的局限性,已不能很好的满足当前对于LRTI的诊治。与传统检测方法不同,宏基因组二代测序技术（metagenomics next-generation sequencing,mNGS）耗时短、通量高,具有全面而无偏倚性检测的特点,为LRTI的病原学诊断带来了新的尝试,但也存在许多问题,其应用价值尚需进一步探讨。目的:（1）比较mNGS与传统病原学检测方法对LRTI病原学诊断的差异;（2）探讨mNGS在LRTI的诊断与治疗中的应用价值。方法:采用回顾性分析方法,收集2019年5月-2021年2月于南昌大学第二附属医院呼吸内科住院治疗的疑似LRTI患者的一般临床资料（姓名、性别、年龄）、基础病史、主要临床表现、胸部影像学检查、实验室检查结果（白细胞计数、C反应蛋白、降钙素原、GM试验、G试验）、其他辅助检查（痰涂片,痰、血、肺泡灌洗液培养,抗体检测和核酸检测等）、mNGS检测结果、抗感染治疗方案、疾病转归及最终临床诊断。根据纳排标准,最终纳入114例LRTI患者和17例非肺部感染患者,运用SPSS25.0软件,通过Mc Nemar检验、Kappa检验、fisher精确检验、非参数检验等进行相关统计学分析。结果:（1）在感染和非感染患者中,mNGS的病原微生物检出率无明显差异（91.23%VS94.12%,P=1.000>0.05）,mNGS无法区分肺部感染性和非感染性疾病。（2）mNGS的病原微生物检出率明显高于传统检测法（91.60%VS46.56%,P<0.01）,但两者的一致性较差（Kappa<0.4）。（3）mNGS对细菌、真菌、病毒、非典型病原体的检出率均高于传统检测方法（51.91%VS19.08%、32.06%VS15.27%、37.40%VS0.76%、10.69%VS00.00%,P<0.05）,且两者检出的真菌与临床诊断的一致性都较高（50.00%VS60.00%,P=0.461>0.05）,联合检测能提高真菌感染的临床诊治水平。（4）mNGS对于分枝杆菌感染的检出率与传统检测相比无明显差异（22.90%VS16.03%,P=0.160>0.05）,但两者与临床诊断的一致性都较高（83.33%VS100.00%,P=0.069>0.05）,联合检测能提高分枝杆菌感染的临床诊治水平。（5）mNGS和传统检测方法检出的病原微生物与临床诊断的一致性无明显差异（58.33%VS70.00%,P=0.128>0.05）。（6）35.14%（26/74）的非分枝杆菌感染患者根据mNGS调整了抗感染治疗方案,36.11%（13/36）的患者根据传统检测调整了方案（P=0.920>0.05）,两组的有效调整患者分别为53.85%和76.92%（P=0.295>0.05）,mNGS和传统检测对于指导治疗和改善疾病转归无明显差异。（7）根据mNGS调整抗感染治疗方案后抗生素的使用强度较前增加（P=0.020<0.05）。结论:（1）mNGS对LRTI病原微生物的检出率整体高于传统检测方法,在病毒、非典型病原体及少见病原体的检测中显现出更独特的优势。（2）mNGS联合传统检测能提高分枝杆菌和真菌的临床诊治水平。（3）mNGS无法区分肺部感染性和非感染性疾病,在指导常见病原体感染的诊治方面无明显优势,不正确甄别mNGS的检测结果可能导致抗生素滥用。
徐玉惠[3]（2021）在《宏基因组二代测序技术在重症肺炎病原学检测中的价值》文中认为背景:重症肺炎是发病率及死亡率较高的危重症疾病,早期、快速、准确的病原学诊断是实施精准抗感染治疗、改善预后、降低死亡率的基石。目前临床常用的微生物检测技术在检测速度、灵敏度、广度等方面的局限性日益突出,难以满足当前的临床需求。宏基因组二代测序（metagenomic next-generation sequencing,m NGS）技术作为新型的病原学检测方法,具有高效、病原谱广、灵敏度高等优势,在病原学诊断中的价值日益突出。目的:探讨m NGS在重症肺炎病原学检测中的应用价值。方法:选取2019年4月至2020年12月于吉林大学第一医院诊断为重症肺炎且送检m NGS病原学检测的110例患者,收集其痰、血或肺泡灌洗液（bronchoalveolar lavage fluid,BALF）的常规实验室微生物检测（培养、涂片、抗体、抗原检测、PCR检测、GM试验、利福平耐药实时荧光定量核酸扩增检测（Xpert MTB/RIF））结果及m NGS微生物检测结果,比较分析两种检测方法的微生物检出率、病原体类别的差异及一致性,评估m NGS在重症肺炎病原学检测中的应用价值。结果:1.纳入的110例患者中,m NGS在82例中检测出病原体,常规检测方法在50例中检测出病原体,m NGS的阳性率高于常规检测方法,差异有统计学意义（74.5%vs 45.5%,P<0.05）。110份m NGS样本中,血、痰、BALF分别为35份、37份、38份,三种样本m NGS检测的阳性率分别为78.4%、54.3%、89.5%,均高于同组常规检测方法的阳性率,差异具有统计学意义（P<0.05）。47例m NGS与常规检测方法均阳性,25例m NGS与常规检测方法均阴性,一致性检验,kappa=0.339<0.4,m NGS与常规检测方法的一致性较差。在60例常规微生物检测方法阴性的患者中,35例m NGS检测阳性,m NGS检测出细菌14例、真菌14例、病毒2例、非典型病原体2例、真菌合并病毒2例、病毒合并结核分枝杆菌1例,检测出的最多的病原体为耶氏肺孢子菌（12/35=34.3%）,其次为曲霉菌（7/35=20.0%）。2.m NGS共检测出27种病原体,检测出的最多的病原体为耶氏肺孢子菌（20/110=18.2%）,其次为曲霉菌（12/110=10.9%）;常规检测方法共检测出20种病原体,检测出的最多的病原体为鲍曼不动杆菌（12/110=10.9%）,其次为念珠菌（7/110=6.4%）。m NGS检测阳性的病例中,单一感染51例,混合感染31例;常规方法检测出单一感染38例,混合感染12例。与常规微生物检测方法相比,m NGS诊断混合感染的阳性率更高（10.9%vs 28.2%）,差异具有统计学意义（P<0.05）。3.m NGS检测出细菌40例、真菌35例、病毒22例、结核分枝杆菌3例、非典型病原体4例,常规方法检测出细菌32例、真菌13例、病毒10例、结核分枝杆菌2例、非典型病原体3例。m NGS检测细菌的阳性率高于常规检测方法（36.4%vs 29.1%）,但两种方法的差异无统计学意义（P>0.05）;m NGS检测真菌、病毒的阳性率均高于常规检测方法（31.8%vs 11.8%、20.0%vs 9.1%）,差异均有统计学意义（P<0.05）。与常规检测方法对比,m NGS检测细菌的敏感度为81.3%,特异度为82.1%;检测真菌的敏感度为76.9%,特异度为74.2%;检测病毒的敏感度为90.0%,特异度为87.0%。4.在48例存在免疫抑制的患者中,m NGS病原学检测阳性37例（77.1%）,常规微生物检测方法阳性18例（37.5%）,m NGS的阳性率高于常规检测方法,差异具有统计学意义（P<0.05）。5.血、BALF、痰m NGS的阳性率分别为54.3%（19/35）、89.5%（34/38）、78.4%（29/37）,BALF、痰的阳性率高于血的阳性率,差异具有统计学意义（P<0.05）;BALF的阳性率高于痰的阳性率（78.4%vs 89.5%）,但两者间差异无统计学意义（P>0.05）。6.在82例m NGS阳性的患者中,59例在送检m NGS病原学检测前已给予经验性抗感染治疗,最终32例根据m NGS检测结果调整了抗感染治疗方案,其中19例好转出院,13例死亡。在60例常规病原学检测方法未能明确致病微生物的患者中,m NGS在35例中检测出病原体,22例依据m NGS结果调整了抗感染治疗方案,其中13例好转出院。结论:1.在重症肺炎病原学检测中,m NGS具有较高的阳性率,其提高了病原微生物的检出率,尤其对真菌、病毒、常规方法检测困难的病原体及混合感染的检测更具优势,其可作为常规微生物检测方法的辅助或补充工具为重症肺炎精准抗感染治疗提供病原学依据。2.血、BALF、痰m NGS检测均有较高的阳性率,BALF、痰的阳性率优于血的阳性率。
陈余思,胡强,江平飞,白碧慧[4]（2021）在《纤维支气管镜联合快速现场评价对肺部感染的诊断价值》文中研究指明目的探讨纤维支气管镜联合快速现场评价（ROSE）技术对肺部感染的诊断价值。方法选取某院2017年7月—2018年6月（纤支镜组:采用常规纤维支气管镜检查）和2018年7月—2019年6月（纤支镜+ROSE组:采用纤维支气管镜联合ROSE检查）就诊的肺部感染患者,比较两组患者的检查结果,并将随访6个月的确诊结果分别与两组现场检查结果比较,计算Kappa值并绘制受试者工作特征（ROC）曲线,评价诊断效果。结果共纳入438例患者,其中纤支镜组207例,纤支镜+ROSE组231例。与纤支镜组相比,纤支镜+ROSE组的首次检查时间较长（χ2=1.965,P<0.001）,但首次检查未明确诊断需选择二次检查的患者比例更低（χ2=24.533,P<0.001）,纤支镜+ROSE组较纤支镜组具有更高的诊断效能（Kappa:0.411 VS 0.164;AUC:0.904 VS 0.759）。结论 ROSE技术可提供明确的细胞学背景,利于肺部感染的病原学分类,与单纯纤维支气管镜技术相比,纤维支气管镜联合ROSE技术具有更高的诊断效能,可有效减少二次检查,值得在临床上广泛推广。
李妍[5]（2021）在《新型冠状病毒肺炎急诊防控及病毒性肺炎快速预警工具建立》文中研究说明研究背景新型冠状病毒肺炎（COVID-19）疫情形式严峻。了解不同呼吸道病毒感染的临床特征对于疫情防控具有重要意义。发热门诊在我国COVID-19疫情防控中起了重要作用。然而面对其爆发,我国初期预警体系仍然不够完善。研究目的总结急诊科发热门诊患者呼吸道病毒感染的病原学组成,对不同呼吸道病毒感染的临床特征进行分析。了解发热门诊在COVID-19疫情前后的设置变化和作用。建立病毒性肺炎人工智能预警工具。研究方法回顾性收集于北京协和医院发热门诊就诊的鼻咽拭子筛查阳性的患者,对其病原学构成、临床特点、化验检查及影像学资料进行分析。通过问卷调查,了解发热门诊在COVID-19疫情前后的设置变化和作用。通过收集肺部感染患者影像学及临床资料信息,建立基于影像学及其他临床特征的病毒性肺炎人工智能预警工具。研究结果第一部分本研究中,共有1860名患者在发热门诊进行了筛查。其中136例患者鼻咽拭子检查结果阳性,占所有筛查患者的7.31%。鼻咽拭子检查结果阳性患者中,甲型流感（Flu A）病毒感染者占72.94%（72例）,乙型流感（Flu B）病毒感染者占23.53%（32例）,COVID-19患者占13.24%（18例）,呼吸道合胞病毒（RSV）感染者占10.29%（14例）。COVID-19组14天内疫区接触史和聚集发病的比例高于其他组。所研究症状中发热最常见。Flu A组患者出现发热症状的比例较COVID-19组高,且最高体温更高。白细胞和中性粒细胞计数在COVID-19组较Flu A和RSV组更低,淋巴细胞计数更高。COVID-19组（83.33%）胸部CT有肺炎表现的患者比例高于Flu A和Flu B组。第二部分89.29%的医院在COVID-19疫情爆发前设有发热门诊,疫情爆发后该比例达到100%。发热门诊大多由感染科管理,疫情前后比例无明显变化。COVID-19爆发后,发热门诊接诊患者数、设置留观室及抢救室的发热门诊数、留观床位数均较疫情前增加。备有抢救车、监护仪、有创和无创呼吸机等抢救设备的比例以及发热门诊放射检查设置的比例在疫情后也有所提高。除武汉市两家医院外,其余医院均未发生院内感染。第三部分本研究建立细菌性及病毒性肺炎数据集,共190例（胸部CT图片6108张）,其中细菌性肺炎104例（胸部CT图片3041张）,病毒性肺炎86例（胸部CT图片3067张）。基于以上数据集建立了基于胸部影像学的病毒性肺炎人工智能预测模型,并分别采用10例细菌性肺炎（胸部CT图片342张）及10例病毒性肺炎（胸部CT图片333张）患者胸部CT及病史资料、化验结果对模型进行验证。单张胸部CT将患者判定为细菌性或病毒性肺炎准确率为86%。将一个患者所有胸部CT的预测结果取平均值并结合病史及化验资料作为判断细菌性或病毒性肺炎的依据,准确率为85%。研究结论第一部分在新型冠状病毒肺炎流行初期,北京发热门诊就诊患者中流感病毒感染者仍占很大比例。并没有特异性的症状或者常规实验室检查结果对某一呼吸道病毒感染有特殊的提示意义,但流行病学史对COVID-19具有很大的筛查价值。综合患者流行病学史、症状、实验室检查结果、胸部CT以及病原学检查对明确诊断呼吸道病毒感染有重要意义。第二部分发热门诊在COVID-19疫情防控中起到重要作用,但突发重大传染病的预警防控机制尚需进一步完善,建立以发热门诊患者大数据为基础的重大传染疾病前哨预警系统可能具有一定意义。急诊与发热门诊一体化管理的模式以及在发热门诊的设立中确保设置足够的应急空间等可以提高发热门诊对疫情防控的反应能力。第三部分本研究提出了一种能够快速识别预警病毒性肺炎的人工智能诊断工具,以期在突发重大呼吸道传染病的早期预警与防控中发挥积极作用。
康慧真[6]（2021）在《肺泡灌洗液PCR荧光探针法检测支原体的临床价值》文中研究指明目的:本文旨在明确聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）荧光探针法检测支气管肺泡灌洗液（bronchoalveolar lavage fluid,BALF）支原体（mycoplasma pneumoniae,MP）DNA对儿童MP大叶性肺炎的诊断价值,以期为临床合理选择诊断方法和早期诊断MP感染提供依据。方法:收集2019年01月01日～2019年12月31日期间就诊我院儿内科住院治疗的社区获得性大叶性肺炎的92例患儿作为研究对象,所有患儿均采集BALF和血清,分别进行PCR荧光探针法和被动凝集法（passive agglutination test,PA）检测MP。以单份急性期血清PA法（总抗体滴度≥1:160视为阳性结果）作为对照,计算2种方法的一致性、阳性符合率、阴性符合率和总符合率,对比分析2种方法在不同性别、年龄及病程中检测MP结果的差异。结果:（1）以急性期血清PA法为对照,2种方法的阳性符合率为92.31%,阴性符合率为26.42%,总符合率54.35%,2种检测方法具有一致性（Kappa检验,K=0.167,P=0.022）。（2）92例社区获得性大叶性肺炎患儿中,BALF-PCR荧光探针法的MP阳性率为81.52%,急性期血清PA法的MP阳性率为42.39%,前者明显高于后者（McNemar检验,P<0.001）。（3）在男性患儿中,PCR荧光探针法的MP阳性率为83.33%,急性期血清PA法MP阳性率为37.50%;在女性患儿中,PCR荧光探针法的MP阳性率为79.55%,急性期血清PA法的阳性率为47.73%;在不同性别患儿中,BALF-PCR荧光探针法MP阳性率均明显高于急性期血清PA法MP阳性率（McNemar检验,P<0.01）。（4）本研究通过建立年龄和BALF-PCR荧光探针法ROC曲线、年龄和急性期血清PA法ROC曲线算得2种方法的最佳临界值年龄为7岁。在年龄≤7岁患儿中,BALF-PCR荧光探针法的MP阳性率为79.10%,急性期血清PA法的阳性率为34.33%,前者的阳性率明显高于后者（McNemar检验,P<0.001）;而在年龄>7岁患儿中,BALF-PCR荧光探针法MP阳性率为88.00%,急性期血清PA法阳性率为64.00%,两者比较,差异无统计学意义（McNemar检验,P=0.109）。（5）本研究通过建立病程和BALF-PCR荧光探针法ROC曲线、病程和急性期血清PA法ROC曲线算得2种方法的最佳临界值病程为7天。在病程≤7天患儿中,BALF-PCR荧光探针法的MP阳性率为84.38%,急性期血清PA法的阳性率为31.25%,前者的阳性率明显高于后者（McNemar检验,P<0.001）;而在病程>7天患儿中,BALF-PCR荧光探针法的MP阳性率为75.00%,急性期血清PA法的阳性率为67.86%,两者比较,差异无统计学意义（McNemar检验,P=0.687）。结论:在病程≤7天和年龄≤7岁的大叶性肺炎患儿中,BALF-PCR荧光探针法诊断价值明显优于急性期血清PA法。故BALF-PCR荧光探针法的结果可作为MP肺炎早期诊断及≤7岁患儿诊断MP肺炎的重要参考依据。
林俊锋,林会泳,黄小娃[7]（2020）在《防污染毛刷病原学检查在肺部感染性疾病的诊断价值研究》文中指出目的探讨防污染毛刷病原学检查对肺部感染性疾病的诊断价值。方法 100例肺部感染性疾病患者,随机分为对照组和实验组,各50例。对照组患者采用常规检测方法 ,实验组患者采用经纤维支气管镜单套管防污染毛刷采集下呼吸道感染标本,微生物自动检测系统快速病原菌及药敏试验。比较两组患者直达肺部病灶率及防污染率。结果实验组患者直达肺部感染灶患者45例（90.0%）,对照组患者直达肺部感染灶患者35例（70.0%）;实验组患者直达肺部感染灶率明显高于对照组,差异有统计学意义（P<0.05）。实验组患者防污染率为84.0%,对照组患者防污染率为64.0%;实验组患者防污染率明显高于对照组,差异有统计学意义（P<0.05）。结论采用防污染毛刷病原学检查对肺部感染性疾病患者辅助诊断,可减少院内耐药菌的形成,降低医疗费用,减轻人民群众的经济负担起到积极的作用。
李思云[8]（2020）在《宏基因二代测序技术在诊断不明原因肺部感染中应用价值的研究》文中研究指明研究背景:肺部感染（Pulmonary infection）是临床中最常见的感染性疾病之一,为各种病原微生物所引起的肺部炎症,具有较高的发病率和致死率。由于现代医学的迅速发展,随着广谱抗菌药物、糖皮质激素、免疫抑制剂等的广泛应用,各种非典型病原体感染、广谱耐药病原体感染以及多重病原体的混合感染机率越来越大,对病原学的快速及精确检测提出了更高的要求。临床传统检测方法多为痰液、支气管肺泡灌洗液（Bronchoalveolar lavage fluid,BALF）病原菌的分离、培养、鉴定,但检测时间较长、阳性率低。分子诊断学方法可以迅速检出病原体,但容易产生假阳性结果,且无法检测新发病原体感染、多重耐药病原体感染及混合感染。宏基因组二代测序（Metagenomic next generation sequencing,mNGS）技术作为一种新型的病原学检测方法,因其通量高、成本较低、敏感性高、无偏倚等优势,在感染性疾病病原学检测方面的价值日益显现。目的:（1）比较mNGS技术与传统实验室检测方法在病因不明的肺部感染病原学诊断上的效能;（2）探讨mNGS在肺部感染病原学诊断中的潜在应用价值。方法:回顾性分析2018年1月至2019年12月于南昌大学第一附属医院呼吸内科病房及呼吸重症监护室诊断为肺部感染及行mNGS检测的住院患者共56例。收集全部患者的基本资料、病史、体征、实验室及其他辅助检查结果。在常规诊治中留取患者痰液、BALF、血液、胸腔积液或者肺组织等标本,同时送检普通实验室病原学检测（如:痰涂片、痰培养、BALF培养、血培养、核酸检测、抗原抗体检测等）和mNGS检测,根据患者临床特征及其相关辅助检查结果,形成最终病原学诊断。用McNemar检验比较mNGS与传统实验室检测方法诊断肺部感染的差异,并分别比较两者在细菌、真菌、病毒、非典型病原体及结核性肺部感染中的效能。结果:共纳入44例患者（男性27例,女性17例,平均年龄57.30岁）的43份肺泡灌洗液mNGS标本及10份静脉血mNGS标本。mNGS检测出病原体51株,阳性率为84.09%;传统实验室检测出病原体30株,阳性率为59.09%。用McNemar检验对44例不明原因肺部感染患者mNGS与传统实验室检测结果比较,两者差异有统计学意义（p=0.007<0.05）,可认为NGS检测较传统实验室检测阳性率高;但是Kappa=0.22<0.4,认为两种检测方法一致性较差。mNGS在诊断病毒感染和不典型病原体感染的阳性率明显高于传统方法,p值分别为0.041（84.62%vs 38.46%）和<0.01（100.0%vs 14.29%）;在细菌和真菌感染患者中,mNGS的阳性率均较高于传统方法,但差异不明显;结核分枝杆菌感染患者3例,因样本量太少无法比较两者差异。mNGS诊断出全部11例混合感染,其中传统方法仅检出2例,还有2例传统方法未检出病原体。本项研究中,细菌感染以革兰阴性菌为主,其中以铜绿假单胞菌、肺炎克雷伯杆菌、鲍曼不动杆菌多见;病毒感染以人疱疹病毒为主,主要为人疱疹病毒-1型（单纯疱疹病毒-1型）、人疱疹病毒-4型（EB病毒）、人疱疹病毒-5型（巨细胞病毒）,病毒多与细菌、真菌混合存在;真菌感染以耶氏肺孢子虫多见;非典型病原体以鹦鹉热衣原体多见。结论:mNGS诊断肺部感染的效能总体优于传统方法,在病毒、非典型病原体及混合感染的诊断中更显着。虽然mNGS尚不能替代传统方法成为诊断肺部感染的金标准,但可作为临床病原学检测的有效补充方法,两者联合使用可提高肺部感染病原体的检出率。
顾鹏[9]（2020）在《外周血宏基因组二代测序对肾脏病合并肺孢子菌肺炎的诊断价值》文中研究说明研究背景和目的:耶氏肺孢子菌（Pj）是一种机会性感染的病原体,在HIV感染等免疫功能受损的患者中可引起致命性的肺孢子菌肺炎（PCP）。肾移植术后和部分肾病患者因长期接受免疫抑制治疗,PCP在此类患者中并不少见,可导致急性呼吸窘迫综合征（ARDS）,病死率高,及时诊断和启动PCP的特异性治疗是降低病死率的关键,但目前PCP的早期病原学诊断仍较困难。宏基因组二代测序（mNGS）技术作为新兴的病原检测技术,对多种病原微生物的检测均具有较高的敏感性,适用于急危重症和疑难感染的诊断。本研究通过mNGS检测肾脏病合并PCP患者的外周血样本,评价mNGS在外周血中对PCP病原学的诊断价值。方法:选取2018年8月至2019年12月,因肾脏病接受免疫抑制治疗后合并弥漫性肺部感染、临床拟诊为PCP的37例患者作为观察组,另选取25例临床确诊为其它病原导致肺部感染的患者作为对照组。使用mNGS检测患者外周血中的病原种类和序列,评价mNGS对PCP的检测效能,并比较mNGS与传统临床诊断PCP方法（真菌G联合乳酸脱氢酶检测）的效能差异。结果:观察组患者送检外周血样本37份,所有样本均在72小时内得出检测结果。其中35份样本检出耶氏肺孢子菌的序列,有31例样本同时检出了其他种类的病原序列:其中19例检出巨细胞病毒,6例EB病毒,5例单纯疱疹病毒,7例细环病毒。8例样本检出了细菌序列,包括2例葡萄球菌属,2例不动杆菌属,肺炎克雷伯菌、大肠埃希菌各1例,4例不常见的菌属。对照组25份血液样本中Pj序列均为阴性。mNGS诊断PCP的敏感性为94.59%,特异性为100%;观察组有33例患者的真菌G联合乳酸脱氢酶检测（BG/LDH）结果阳性,4例患者病程中多次复测检测真菌G试验为阴性,对照组中有11例患者BG/LDH为阳性。BG/LDH诊断PCP的敏感性为89.19%,特异性为56.0%。结论:mNGS用于Pj检测,具有准确性、简单性、无创性等特点,与诊断PCP的传统方法（BG/LDH）相比,除了具有更高的特异性,还能够在检出Pj的同时发现其他病原,为临床医师及时采取治疗措施提供了方向,对肾脏病合并PCP患者的早期诊断具有重要价值。
房利利[10]（2020）在《肺泡灌洗液宏基因组二代测序对下呼吸道感染病原学的诊断价值》文中认为背景:下呼吸道感染目前仍然是高发病率及高死亡率的疾病,传统病原学检测方法诊断能力不足问题日益突出。随着宏基因组二代测序技术（metagenomics next-generation sequencing,mNGS）的发展与成熟,该技术对于下呼吸道感染病原学诊断价值成为当前的研究热点。目的:探讨mNGS对下呼吸道感染病原学的诊断价值,明确mNGS相对于传统病原学检测方法的优势。方法:回顾性分析2018年11月--2020年1月于蚌埠医学院第一附属医院临床初步诊断为下呼吸道感染而就诊的52例患者的临床资料,记录每位患者的病史、体征、影像学资料及实验室辅助检查结果。收集52例患者的肺泡灌洗液（BALF）,样本预处理后,分别送检mNGS及常规培养、细菌、真菌涂片或PCR等传统检测。根据病原学检测及临床综合分析将其分为确定病原体组和非确定病原体组,比较mNGS在下呼吸道感染临床病原学诊断中的灵敏度、特异度、阳性预测值、阴性预测值等指标。统计方法采用McNemar检验,以p<0.05定义有统计学差异,p<0.01定义统计学差异有显着性。结果:1.52例DNA测序（DNAseq）样本中,检测到符合阳性标准的病原体共20种,包括肾脏钩端螺旋体、鼻疽诺卡菌、结核分枝杆菌、烟曲霉菌、新生隐球菌、人类α疱疹病毒1型、EB病毒、肺炎支原体、鹦鹉热衣原体等,其中有12种病原体在传统培养中未被发现。2.52例下呼吸道感染患者中,DNAseq阳性43例,传统培养阳性29例,DNAseq联合传统培养阳性共计45例,DNAseq及传统培养双阳性者27例。DNAseq检测病原菌的阳性率远高于传统培养（86.54%vs.53.85%,p<0.01）,两种检测方法联合检测病原菌的阳性率也远远高于单独使用传统培养检测（90.38%vs.53.85%,p<0.01）。3.52例下呼吸道感染患者中,45例有抗菌药物使用史,7例无抗菌药物使用史。在抗生素使用组中DNAseq阳性率优于传统培养（82.22%vs.53.33%,p<0.05）,且DNAseq阳性率在抗菌药物使用者或不使用者中相当（82.22%vs.85.71%,p>0.05）。4.52例患者中,共有32例患者的BALF同时进行了PCR和DNAseq,其中DNAseq阳性26例,PCR检测阳性14例,DNAseq阳性率显着优于PCR（81.25vs.43.75,p<0.01）。5.29例下呼吸道感染中同时进行了DNAseq和RNA测序（RNAseq）,其中DNAseq阳性25例,RNAseq阳性7例。RNAseq阳性病原体包括:人副流感病毒1型、人冠状病毒229E、甲型流感病毒（H1N1、H3N2）、?类偏肺病毒等常规检测难以发现的病原体。6.以病原学检测及临床综合分析为“确诊”病原体标准,将52例研究对象分为确定病原体组43例,非确定病原菌体组9例。DNAseq较传统培养的灵敏度更高（95.35%vs.67.44%,p<0.01）。而DNAseq与传统培养的特异度无统计学差异（77.78%vs.100.00%,p>0.05）。DNAseq的阳性预测值（PPV）和阴性预测值（NPV）分别为95.35%（95%CI,82.94-99.19%）、77.78%（95%CI,40.19-96.05%）。传统培养的PPV和NPV分别为100.00%（95%CI,85.44-100%）、39.13%（95%CI,20.47-61.22%）。结论:mNGS中DNAseq相比传统培养、PCR检测对下呼吸道感染病原学诊断更敏感,尤其是对于少见病原体的阳性率更高,且受抗生素影响更小。RNAseq对临床难以常规检测的RNA病毒感染的诊断优势明显,丰富了对RNA病毒感染诊断手段。
二、肺部感染的病原学诊断（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、肺部感染的病原学诊断（论文提纲范文）
（1）宏基因二代测序在肺部感染病原体诊断中的应用价值研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 常用缩写词中英文对照表 |
| 前言 |
| 1 对象与方法 |
| 1.1 研究目的 |
| 1.2 研究对象 |
| 1.3 mNGS标本 |
| 1.4 收集信息 |
| 1.5 统计学方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 一般临床资料 |
| 2.2 mNGS检测结果 |
| 2.2.1 微生物类型分布 |
| 2.2.2 菌种分布 |
| 2.2.3 mNGS与传统方法检测结果对比 |
| 2.3 mNGS与传统方法的阳性率比较 |
| 2.3.1 mNGS与传统方法在肺部感染患者中的阳性率比较 |
| 2.3.2 mNGS与传统方法在不同分组肺部感染中的阳性情况对比 |
| 2.3.3 mNGS与传统方法在不同分组肺部感染中的阳性率比较 |
| 2.3.4 mNGS与传统方法在不同类型病原体中的阳性率比较 |
| 2.4 mNGS与传统方法的诊断性能 |
| 2.4.1 mNGS与传统方法在肺部感染疾病中的诊断性能 |
| 2.4.2 mNGS与传统方法在不同分组肺部感染疾病中的诊断性能 |
| 2.4.3 mNGS与传统方法在不同类型病原体中的诊断性能 |
| 2.5 mNGS对抗感染治疗策略的影响 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 宏基因二代测序在肺部感染疾病应用中的研究进展 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简介 |
（2）宏基因组二代测序在下呼吸道感染中的应用价值探讨（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第1章 引言 |
| 第2章 研究对象与方法 |
| 2.1 知情同意 |
| 2.2 纳入研究对象 |
| 2.3 纳入标准 |
| 2.4 排除标准 |
| 2.5 研究方法与步骤 |
| 2.6 统计分析 |
| 第3章 结果 |
| 3.1 一般资料 |
| 3.2 检测结果 |
| 3.2.1 病原微生物的分布情况 |
| 3.2.2 LRTI与非肺部感染患者病原体检出情况比较 |
| 3.2.3 检出率的比较 |
| 3.2.4 与临床诊断一致性的分析 |
| 3.3 治疗方案的调整与疾病转归 |
| 3.4 调整方案前后抗生素的比较 |
| 第4章 讨论 |
| 第5章 结论与展望 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 综述 mNGS在肺部感染的病原学诊断中的应用 |
| 参考文献 |
（3）宏基因组二代测序技术在重症肺炎病原学检测中的价值（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| abstract |
| 英文缩略词 |
| 第1章 绪论 |
| 第2章 综述 |
| 2.1 下呼吸道微生物组 |
| 2.1.1 下呼吸道微生物特点 |
| 2.1.2 下呼吸道微生物与肺炎 |
| 2.2 重症肺炎流行病学及病原学诊断现状 |
| 2.2.1 重症肺炎的流行病学 |
| 2.2.2 重症肺炎病原学 |
| 2.2.3 微生物检测方法 |
| 2.3 mNGS的特点 |
| 2.4 mNGS在肺部感染性疾病中的应用 |
| 2.5 mNGS面临的挑战及问题 |
| 2.6 总结 |
| 第3章 材料与方法 |
| 3.1 一般资料 |
| 3.2 纳入及排除标准 |
| 3.2.1 纳入标准 |
| 3.2.2 排除标准 |
| 3.3 研究方法 |
| 3.3.1 常规实验室微生物检测 |
| 3.3.2 mNGS检测 |
| 3.4 病原学结果的判读 |
| 3.4.1 常规实验室微生物检测方法结果的判读 |
| 3.4.2 mNGS检测结果的判读 |
| 3.5 统计学方法 |
| 第4章 实验结果 |
| 4.1 基本资料 |
| 4.2 mNGS与常规检测方法阳性率比较及一致性检验 |
| 4.3 mNGS与常规检测方法阳性病原体分布及对于病原体检测类别的比较 |
| 4.3.1 mNGS与常规检测方法检测的病原体分布 |
| 4.3.2 mNGS与常规检测方法对于病原体类别的比较 |
| 4.4 mNGS与常规检测方法在免疫抑制患者中的结果比较 |
| 4.5 不同样本间mNGS阳性率的比较 |
| 4.6 mNGS检测结果对抗感染治疗方案的影响 |
| 第5章 讨论 |
| 第6章 结论 |
| 参考文献 |
| 作者简介及在学期间所取得科研成果 |
| 致谢 |
（4）纤维支气管镜联合快速现场评价对肺部感染的诊断价值（论文提纲范文）
| 1 对象与方法 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 检查方法 |
| 1.2.2 判断及诊断标准 |
| 1.2.3 观察指标及方法 |
| 1.3 统计学方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 一般资料 |
| 2.2 两组患者的检查情况比较 |
| 2.3 两组患者的诊断结果 |
| 2.4 两种检查方法的诊断效能比较 |
| 3 讨论 |
（5）新型冠状病毒肺炎急诊防控及病毒性肺炎快速预警工具建立（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第一部分 新型冠状病毒肺炎疫情期间发热门诊呼吸道病毒感染病原学及临床特征分析 |
| 1. 对象与方法 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 标本的采集与检测 |
| 1.3 统计学分析 |
| 2. 研究结果 |
| 2.1 患者病原学组成及人口学特征 |
| 2.2 不同呼吸道病毒感染患者临床表现 |
| 2.3 不同呼吸道病毒感染患者实验室检查及影像学表现 |
| 3. 讨论 |
| 4. 结论 |
| 参考文献 |
| 第二部分 发热门诊在新型冠状病毒肺炎疫情防控中的作用 |
| 1. 对象与方法 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 问卷设置 |
| 1.3 统计学分析 |
| 2. 研究结果 |
| 2.1 新型冠状病毒肺炎疫情爆发前发热门诊设置情况 |
| 2.2 新型冠状病毒肺炎疫情爆发期间发热门诊设置情况 |
| 3. 讨论 |
| 4. 结论 |
| 参考文献 |
| 第三部分 急诊及发热门诊病毒性肺炎快速筛查预警工具的建立 |
| 1 .对象与方法 |
| 1.1 研究方案 |
| 1.2 研究对象 |
| 1.3 病历资料收集 |
| 1.4 技术路线 |
| 2. 研究结果 |
| 2.1 数据集建立 |
| 2.2 整体技术框架 |
| 2.3 模型结果 |
| 2.4 模型演示 |
| 3. 讨论 |
| 4. 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 病毒性肺炎诊断及防治预警综述 |
| 1. 病毒性肺炎的诊断 |
| 1.1 病毒性肺炎与细菌性肺炎的临床表现鉴别 |
| 1.2 病毒性肺炎的病原学检测方法 |
| 1.3 病毒性肺炎的病原学 |
| 1.4 病毒性肺炎的影像学表现 |
| 2. 治疗及预防手段 |
| 2.1 病毒性肺炎的治疗 |
| 2.2 病毒性肺炎的预防 |
| 3. 监测与预警 |
| 3.1 我国监测预警体系的现状 |
| 3.2 疫情监测预警体系的发展方向 |
| 4. 研究展望 |
| 参考文献 |
| 中英文对照(部分) |
| 已发表论文 |
| 参编论着 |
| 专利 |
| 所获奖励 |
| 参与课题 |
| 致谢 |
（6）肺泡灌洗液PCR荧光探针法检测支原体的临床价值（论文提纲范文）
| 附录 中文及英文缩略词对照表 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 1 研究对象 |
| 2 研究方法 |
| 3 统计学方法 |
| 结果 |
| 1 两种方法检测MP一致性比较 |
| 2 两种方法不同性别间MP检测结果比较 |
| 3 两种方法不同年龄间MP检测结果比较 |
| 4 两种方法不同病程间MP检测结果比较 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 支气管肺泡灌洗液的病原学检测现状与进展 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（7）防污染毛刷病原学检查在肺部感染性疾病的诊断价值研究（论文提纲范文）
| 1 资料与方法 |
| 1.1 一般资料 |
| 1.2 方法 |
| 1.3 观察指标 |
| 1.4 统计学方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 两组患者直达肺部病灶率对比 |
| 2.2 两组患者防污染率对比 |
| 3 讨论 |
（8）宏基因二代测序技术在诊断不明原因肺部感染中应用价值的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第1章 引言 |
| 第2章 材料与方法 |
| 2.1 伦理声明和知情同意 |
| 2.2 纳入研究的对象 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 标本采集 |
| 2.3.2 检测方法及试验步骤 |
| 2.3.3 数据分析 |
| 2.4 mNGS结果的解读以及阳性标准 |
| 2.5 统计学分析 |
| 第3章 结果 |
| 3.1 患者的一般资料 |
| 3.3 mNGS与传统病原学检测结果的比较 |
| 3.4 mNGS与传统病原学检测矛盾结果的原因分析 |
| 3.5 治疗及转归 |
| 第4章 讨论 |
| 第5章 结论与展望 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间的研究成果 |
| 综述 |
| 参考文献 |
（9）外周血宏基因组二代测序对肾脏病合并肺孢子菌肺炎的诊断价值（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 引言 |
| 1.肺孢子菌肺炎与诊断方法 |
| 2.宏基因组二代测序在病原学诊断中的发展 |
| 材料与方法 |
| 1.材料与仪器 |
| 1.1 主要仪器 |
| 1.2 主要试剂 |
| 2.研究对象及方法 |
| 2.1 研究对象 |
| 2.2 入选标准 |
| 2.3 排除标准 |
| 2.4 相关定义 |
| 3.试验方法 |
| 实验结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 A |
| 附录 B |
| 附录 C |
| 参考文献 |
（10）肺泡灌洗液宏基因组二代测序对下呼吸道感染病原学的诊断价值（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 引言 |
| 材料与方法 |
| 实验结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 |
| 附录A:中英文术语缩略语对照表 |
| 附录B:研究对象临床资料 |
| 附录C:mNGS与传统检测结果 |
| 附录D:个人简历 |
| 附录E:综述 |
| 参考文献 |
四、肺部感染的病原学诊断（论文参考文献）
- [1]宏基因二代测序在肺部感染病原体诊断中的应用价值研究[D]. 冯倩桐. 山西医科大学, 2021(01)
- [2]宏基因组二代测序在下呼吸道感染中的应用价值探讨[D]. 毛水连. 南昌大学, 2021(01)
- [3]宏基因组二代测序技术在重症肺炎病原学检测中的价值[D]. 徐玉惠. 吉林大学, 2021(01)
- [4]纤维支气管镜联合快速现场评价对肺部感染的诊断价值[J]. 陈余思,胡强,江平飞,白碧慧. 中国感染控制杂志, 2021(04)
- [5]新型冠状病毒肺炎急诊防控及病毒性肺炎快速预警工具建立[D]. 李妍. 北京协和医学院, 2021(02)
- [6]肺泡灌洗液PCR荧光探针法检测支原体的临床价值[D]. 康慧真. 福建医科大学, 2021(02)
- [7]防污染毛刷病原学检查在肺部感染性疾病的诊断价值研究[J]. 林俊锋,林会泳,黄小娃. 中国实用医药, 2020(23)
- [8]宏基因二代测序技术在诊断不明原因肺部感染中应用价值的研究[D]. 李思云. 南昌大学, 2020(08)
- [9]外周血宏基因组二代测序对肾脏病合并肺孢子菌肺炎的诊断价值[D]. 顾鹏. 蚌埠医学院, 2020(01)
- [10]肺泡灌洗液宏基因组二代测序对下呼吸道感染病原学的诊断价值[D]. 房利利. 蚌埠医学院, 2020(01)