本文主要研究内容
作者叶昕海,杨义,梅洋,肖花美,李飞（2019）在《草地贪夜蛾基因组注释及分析》一文中研究指出：草地贪夜蛾Spodoptera frugiperda近年来在我国迅速扩散,造成了重大的经济损失,引起社会关注。草地贪夜蛾基因组序列对深入研究其迁飞、入侵和抗药性等特性具有十分重要的作用。目前,已有5个版本的基因组序列被公开报道,但3个版本无基因组注释信息。除以Sf 9细胞系为DNA来源的基因组版本外,其他版本的scaffold N50过小,拼接质量偏低。为此,本研究选取了scaffold N50最大的草地贪夜蛾Sf 9细胞系基因组进行了蛋白编码基因注释。该版本的基因组重复序列占比28.1%。CEGMA评估显示该本版本基因组可覆盖93.6%的核心基因,BUSCO评估显示可覆盖90.8%的核心基因。利用OMIGA注释流程预测到25 699个蛋白质编码基因,详细的基因序列可从InsectBase网站获得(http://www.insect-genome.com/FAW/),其中具有GO注释的基因为15 623个,具有KEGG注释的基因共有9 213个。选取了12个鳞翅目昆虫进行比较基因组学分析,发现草地贪夜蛾与斜纹夜蛾的亲缘关系最近,两者分化时间大约在1 284万年前。对12个鳞翅目昆虫蛋白质编码基因进行同源分析,在草地贪夜蛾中发现了2 490个单拷贝基因、891个鳞翅目特有基因、2 360个物种特异扩增基因和4 180个物种特异基因。GO富集分析显示,2 360个物种特异扩增基因主要参与DNA整合、代谢相关的生物过程;4 180个物种特异基因主要参与酶活性、光感受、糖代谢等,KEGG通路富集发现草地贪夜蛾特异基因主要参与氨基酸代谢、糖代谢和Wnt信号通路。本研究结果丰富了草地贪夜蛾的基因信息,对进一步了解其生物学特性、开发新型绿色防控方法具有指导意义。
Abstract
cao de tan ye e Spodoptera frugiperdajin nian lai zai wo guo xun su kuo san ,zao cheng le chong da de jing ji sun shi ,yin qi she hui guan zhu 。cao de tan ye e ji yin zu xu lie dui shen ru yan jiu ji qian fei 、ru qin he kang yao xing deng te xing ju you shi fen chong yao de zuo yong 。mu qian ,yi you 5ge ban ben de ji yin zu xu lie bei gong kai bao dao ,dan 3ge ban ben mo ji yin zu zhu shi xin xi 。chu yi Sf 9xi bao ji wei DNAlai yuan de ji yin zu ban ben wai ,ji ta ban ben de scaffold N50guo xiao ,pin jie zhi liang pian di 。wei ci ,ben yan jiu shua qu le scaffold N50zui da de cao de tan ye e Sf 9xi bao ji ji yin zu jin hang le dan bai bian ma ji yin zhu shi 。gai ban ben de ji yin zu chong fu xu lie zhan bi 28.1%。CEGMAping gu xian shi gai ben ban ben ji yin zu ke fu gai 93.6%de he xin ji yin ,BUSCOping gu xian shi ke fu gai 90.8%de he xin ji yin 。li yong OMIGAzhu shi liu cheng yu ce dao 25 699ge dan bai zhi bian ma ji yin ,xiang xi de ji yin xu lie ke cong InsectBasewang zhan huo de (http://www.insect-genome.com/FAW/),ji zhong ju you GOzhu shi de ji yin wei 15 623ge ,ju you KEGGzhu shi de ji yin gong you 9 213ge 。shua qu le 12ge lin chi mu kun chong jin hang bi jiao ji yin zu xue fen xi ,fa xian cao de tan ye e yu xie wen ye e de qin yuan guan ji zui jin ,liang zhe fen hua shi jian da yao zai 1 284mo nian qian 。dui 12ge lin chi mu kun chong dan bai zhi bian ma ji yin jin hang tong yuan fen xi ,zai cao de tan ye e zhong fa xian le 2 490ge chan kao bei ji yin 、891ge lin chi mu te you ji yin 、2 360ge wu chong te yi kuo zeng ji yin he 4 180ge wu chong te yi ji yin 。GOfu ji fen xi xian shi ,2 360ge wu chong te yi kuo zeng ji yin zhu yao can yu DNAzheng ge 、dai xie xiang guan de sheng wu guo cheng ;4 180ge wu chong te yi ji yin zhu yao can yu mei huo xing 、guang gan shou 、tang dai xie deng ,KEGGtong lu fu ji fa xian cao de tan ye e te yi ji yin zhu yao can yu an ji suan dai xie 、tang dai xie he Wntxin hao tong lu 。ben yan jiu jie guo feng fu le cao de tan ye e de ji yin xin xi ,dui jin yi bu le jie ji sheng wu xue te xing 、kai fa xin xing lu se fang kong fang fa ju you zhi dao yi yi 。
论文参考文献
论文详细介绍
论文作者分别是来自环境昆虫学报的叶昕海,杨义,梅洋,肖花美,李飞，发表于刊物环境昆虫学报2019年04期论文，是一篇关于草地贪夜蛾论文,基因组注释论文,比较基因组学论文,基因家族论文,进化论文,环境昆虫学报2019年04期论文的文章。本文可供学术参考使用，各位学者可以免费参考阅读下载，文章观点不代表本站观点，资料来自环境昆虫学报2019年04期论文网站，若本站收录的文献无意侵犯了您的著作版权，请联系我们删除。
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