导读:本文包含了多相分类研究论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:多相分类,根瘤菌,菜豆,新种
多相分类研究论文文献综述
霍云云[1]（2019）在《根瘤菌属五个新种的多相分类研究》一文中研究指出根瘤菌是豆科作物、牧草、树种生长最重要的共生伙伴之一,它通过共生固氮作用为豆科植物提供氮素营养,从而促进植物生长和作物增产。充分利用这种共生固氮体系,对农牧业可持续发展具有重要意义。菜豆是豆科作物中重要的引进作物之一,前期通过对226株菜豆根瘤菌进行多样性和比较基因组学研究,发现在中国大面积种植后,与菜豆建立起共生固氮关系的根瘤菌类群增多,其中7株菌与已发现的类群不同,属于潜在新种。本研究采用结合系统发育分析、基因组分析、表型和生理生化研究、化学成分鉴定等的多相分类方法,对这7株菌进行系统研究,以确定它们的分类地位并命名,研究结果如下:16S rRNA基因序列分析结果显示,7株菌都属于Rhizobium属。持家基因atpD、glnⅡ、recA以及串联序列(atpD-glnⅡ-recA)系统发育树显示,这7株菌形成5个进化分支,彼此相互独立且明显区别于Rhizobium属各已知种。Rhizobium属相关模式株与这5个类群之间的串联序列相似性为89.7~95.3%,均低于96%,表明这7株菌为潜在的5个Rhizobium属新种,其中菌株C5和C16代表同一个新种,菌株M10和M1代表同一个新种,菌株L9、L18和L43则各自代表一个新种。与持家基因分析结果不同,共生基因nodC和nifH的系统发育树形成的分支与菌株宿主植物具有对应的关系,与其分类地位无关。基于菌株全基因组序列的ANI和dDDH计算发现,5个新种代表菌株与Rhizobium属模式株之间ANI的范围为87.66~94.15%,dDDH的范围为31.8~54.5%,均低于阈值(95%和70%);使用UBCG构建供试菌株与模式菌株92个核心基因的系统发育树发现,UBCG树的拓扑结构与串联序列系统发育树中的相似,进一步证实了这些菌株为新种。5个新种基因组的GC含量均在61%左右,在Rhizobium属菌株GC含量范围内(57~66%)。对5个新种菌株进行了包括形态特征与培养特征观察、生理生化测定、交叉结瘤测试以及脂肪酸组分等一系列研究,发现它们形态及培养特征相似,但在一些生理生化特征如抗生素耐药性、碳源利用、酶活性等方面存在差异;交叉结瘤测试结果表明,这些新种仅能够与原宿主菜豆以及大豆有效共生结瘤,结瘤范围较窄;脂肪酸组成类似于Rhizobium属其他菌株,其中C_(18:0)和Summed Feature 8为共同主要脂肪酸,在其他脂肪酸组成及比例方面,各菌株之间存在差异。综上,本论文确定了Rhizobium属内5个新种,暂命名为:Rhizobium leguminoides,模式菌株为L43~T;Rhizobium phaseoloides,模式菌株为L18~T;Rhizobium etloides,模式菌株为L9~T;Rhizobium mazuyanense,模式菌株为M10~T;Rhizobium chutanense,模式菌株为C5~T(已发表)。研究不仅丰富了根瘤菌资源库,也为豆科植物接种根瘤菌提供更充足的种质资源。(本文来源于《西北农林科技大学》期刊2019-06-01）
金丽颖[2]（2019）在《抗黄瓜棒孢叶斑病放线菌的筛选及Streptomyces inhibens多相分类研究》一文中研究指出黄瓜棒孢叶斑病是由多主棒孢(Corynespora cassiicola)侵染引起的,是近期威胁黄瓜生产的重要流行病害,造成黄瓜的大面积减产,寻找有效的防治措施是促进当前黄瓜种植产业可持续发展的主要任务。目前关于黄瓜棒孢叶斑病的防治方法主要还是采用化学防治,但由于该病原菌易变异,且长期频繁地施加化学试剂如杀菌剂等,又会导致该病原菌产生抗药性,更会引发食品安全和环境问题,因此黄瓜生产特别需要低毒、无害、环境友好型的防治方法。放线菌是一种分布广、种类多、功能性强的微生物,所以近年来常选用放线菌防治植物病害。本研究以黄瓜根际土壤及伴生小麦根际土壤为分离对象,采用多种培养基对放线菌进行分离纯化,通过抗黄瓜棒孢叶斑病原真菌及其他植物病原真菌和抗细菌活性筛选得到一株活性较好的链霉菌Streptomyces NEAU-J2,通过离体叶片和盆栽试验研究了该菌株对黄瓜棒孢叶斑病的防治效果并对其次级代谢产物进行分离,。同时,对得到的另一株活性放线菌新种进行多相分类学研究。本试验主要结果如下:(1)通过五种培养基(GS、HV、AAG、CPA、DPA)共分离出262株放线菌,其中119株分离自黄瓜根际土壤,其余143株分离自伴生小麦根际土壤。(2)通过抗黄瓜棒孢叶斑病病原菌活性初筛和复筛后,有32株放线菌对黄瓜棒孢叶斑病病原菌抑制率达到20%以上,其中有16株抑制率达到了40%以上;选取了抑菌活性最好的10株放线菌进行广谱的抑菌活性测定,发现菌株NEAU-J2具有较好的广谱抑菌作用。(3)黄瓜离体叶片和盆栽试验表明,用NEAU-J2孢子悬液及发酵滤液分别处理黄瓜叶片后,对黄瓜棒孢叶斑病有很好的防治效果。其中发酵滤液对黄瓜棒孢叶斑病的防效最好,在离体叶片和盆栽试验中的防效分别为81.2%和82.1%。(4)通过培养特性分析,菌株NEAU-J2培养特征与链霉菌属吻合,初步确定菌株NEAU-J2属于链霉菌属。此外功能特征分析表明,NEAU-J2发酵液对黄瓜棒孢叶斑病的抑制作用具有良好的紫外线稳定性,且菌株NEAU-J2可以产生几丁质酶,单位菌落透明圈直径为16.2mm。(5)对菌株NEAU-J2的次级代谢产物进行分离,初步得到叁个已报道的化合物,分别为17-O-demethyl-geldanamycin、pteridic acid hydrate和pteridic acid F,其中pteridic acid hydrate对黄瓜棒孢叶斑病的抑制作用最好,当pteridic acid hydrate浓度为5 mg?mL~(-1)时,对黄瓜棒孢叶斑病的抑制率为56.3%。(6)本试验通过对黄瓜棒孢叶斑病抑制率最好的10株放线菌测序发现了一株放线菌新种NEAU-D10,采用多相分类学方法分别从分子水平、形态学水平、化学分类水平、生理生化水平及全基因组分析对其进行研究。确定这株放线菌属于链霉菌属,并将其命名为Streptomyces inhibens。(本文来源于《东北农业大学》期刊2019-06-01）
宋微[3]（2019）在《油菜菌核病拮抗放线菌的筛选及Kribbella monticol多相分类鉴定》一文中研究指出油菜菌核病是由核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum)引起的一种植物病害,一般发病率在30%左右,严重的高达80%。核盘菌生命力强、易传播,导致了油菜菌核病难以防治。目前,仍是通过化学农药来防治该病害,但长期使用化学农药不仅对人类健康和生态环境造成危害,而且使病原真菌产生了抗药性,因此有必要选择安全环保的措施防治油菜菌核病。放线菌种类多、分布广、可产生活性物质,利用放线菌控制油菜菌核病具有重要意义。本研究中,以油菜根际土壤为分离源,采用6种培养基(CPA、DPA、SSA、AAG、GS、HV)分离放线菌,并对其进行初步归类。油菜菌核病原真菌为供试菌株,对所获得的放线菌进行活性筛选,同时探究了拮抗菌对油菜菌核病的防治效果。随后分析了拮抗菌株的生理生化特性并对其中一株放线菌进行了次级代谢产物的分离。此外,通过多相分类法鉴定了一株稀有放线菌,增加了菌种丰富度。结果如下:(1)从根际土壤中共分离出467株放线菌,合并后为116株放线菌。形态观察和序列分析结果表明优势菌株是链霉菌(Streptomyces),同时包含一些稀有菌属,如小单孢菌属(Micromonospora)、嗜酸链霉菌属(Streptacidiphilus)、诺卡氏菌属(Nocardia)、韩国生工菌属(Kribbella)、野野村菌属(Nonomuraea)、糖霉菌属(Glycomyces)和拟无枝酸菌属(Amycolatum)。(2)油菜菌核病原真菌的抗性实验表明,6株放线菌sw3、sw15、sw23、sw41、sw66和sw108对病原真菌有抑制作用,抑菌率分别为55.7%、47.3%、51.4%、85.7%、88.5%和14.3%,其中,菌株sw66的抑制效果最好。(3)离体和盆栽试验表明,菌株sw41和sw66的孢子液和发酵滤液均可以显着控制叶片病斑的扩展。其中,经菌株sw66发酵液处理后,离体和盆栽试验叶片均未产生病斑,防效达到了100%。通过形态特征和16S rRNA序列分析确定这2株菌均为链霉菌。(4)对菌株sw66进行发酵条件优化,实验结果表明,当发酵时间为7天、接种量5%、转速200 rpm、装液量80 mL时,在GYM培养基中发酵液活性最大。最优发酵条件下对菌株sw66的次级代谢产物进行分离,得到了3种化合物,分别为胸腺嘧啶核苷、N-乙酰基色氨醇和4-甲基-3,4-二氢-2H-1-萘酮。当N-乙酰基色氨醇浓度为1.0 mg/mL时,对油菜菌核病原真菌的抑菌率为72.5%。(5)通过多相分类学鉴定了一株稀有放线菌NEAU-SW521~T,对该菌及相似菌进行了生理生化特征、形态特征和及分子生物学实验的比较,结果表明其符合韩国生工菌属的特征但与相似菌存在差异,确定了NEAU-SW521~T为韩国生工菌属的一株新种,命名为Kribbella monticola。通过基因组信息预测了菌株NEAU-SW521~T的功能和次级代谢产物。(本文来源于《东北农业大学》期刊2019-06-01）
王绪婷[4]（2019）在《噬冷菌硼和抗生素协同选择的初步探究及叁株新菌的多相分类》一文中研究指出抗生素的长期滥用,使细菌的耐药性不断增强,加剧了抗生素抗性基因的传播和扩散。研究表明,重金属和抗生素存在协同选择作用。在重金属污染严重的区域,即使没有抗生素的存在,也发现了抗生素抗性基因。硼作为一种在环境中广泛分布的半金属元素,其与抗生素是否存在协同选择作用还未有相关报道。本实验测定了 8株噬冷菌(Algoriphagus)的生长曲线,选取其中7株菌进行了抗生素和硼的最小抑菌浓度测定。并对耐药噬冷菌(Algoriphagus resistens NH1T),海洋噬冷菌(Algoriphagus marinus am2T),耐硼噬冷菌(Alboriphagus boritolerans JCM 118970T)是否存在硼和抗生素协同选择进行了研究,结果表明:硼为10mmol/L时,经过30代的代际培养,海洋噬冷菌、耐硼噬冷菌没有硼与抗生素的抗性协同选择,但耐药噬冷菌对氧氟沙星的抗性与硼有明显的协同选择,硼胁迫后耐药噬冷菌对氧氟沙星的最小抑菌浓度提高了4倍。耐药噬冷菌代际培养后的转录组测序,筛选出351个差异基因(上调基因351个,下调基因237个),可能为耐药噬冷菌对氧氟沙星胁迫的应答基因；筛选出135个差异基因(其中上调基因48个,下调基因87个),可能为耐药噬冷菌硼胁迫代际培养中的差异基因;筛选出115个差异基因(上调基因98个,下调基因1 7个),可能为耐药噬冷菌对硼胁迫的应答基因;筛选出10个可能与硼和抗生素协同选择的基因,基因编号分别为AS141 RS04315、AS141 RS04360、AS141_RS04375、、AS141_RS04380、、AS141_RS11640、、AS141_RS11660、AS141 RS12925、、AS141 RS15695、、AS141 RS21740、、AS141 RS22360。本论文完成了叁株新菌的多相分类。菌株N3T,分离自中国云南省的抚仙湖,革兰氏阴性,无运动性,杆状,红色。异养,兼性厌氧,氧化酶阳性,过氧化氢酶阴性。最适生长温度30℃(生长范围4-45℃),最适pH 7.0-8.0(生长范围6.5-9.5)。基于16S rRNA基因序列的系统发育分析表明,菌株N3T与Algoriphagus aquaeductus的相似性为97.4%,Algoriphagus shivajiensis为 97.3%,Algoriphagus alkaliphilus为 97.2%。DNA G +C 含量为 43.9mol%,醌为 MK-7,主要脂肪酸是 iso-C15:o,summed feature 9(10-methyl C16:o and/or iso-C17:1ω9c),summed feature 3(C16:1ω6c)6c/C16:1ω7c)和iso-C16:0。主要极性脂为磷脂酰胆碱(PC),磷脂酰乙醇胺(PE),未鉴定的糖脂(GL),两种未鉴定的磷脂(PL1,PL2),两种未鉴定的氨基脂(AL1,AL2)和四种未鉴定的脂质(L1,L2,L3,L4)。根据形态学,生理学和分子学特性以及系统发育的特性,确认菌株N3T为Algoriphag为 属的新种,其名称为Algoriphagus lacus sp.nov.。模式菌株是N3T(= KCTC 62622T= MCCC 1H00308T)。菌株F3105LT和B3213T分离自荣成海参池,均为革兰氏阴性,杆状,兼性厌氧菌。16S rRNA基因和系统发育分析表明,属于Aliidiomarina属。分别命名为快生别样海源菌(Aliidiomarina celeris),模式菌株为F3105T(=MCCC 1H00223T=KCTC 52891T);海沉积物别样海源菌(Aliidiomarina marininisedimenarium),模式菌株为B3213T(=MCCC 1H00321T= KCTC 62446T)。(本文来源于《山东大学》期刊2019-05-20）
黄春燕,单洪涛,万鲁长,杨鹏,宫志远[5]（2019）在《不同金针菇菌株多相分类研究》一文中研究指出利用菌丝拮抗反应、酯酶同工酶以及ISSR分子标记对35个金针菇菌株进行多相分类研究,建立了遗传相似性聚类分析图。结果表明:拮抗反应与ISSR分析结果较为一致,而酯酶同工酶与拮抗反应、ISSR分析结果差异较大,ISSR聚类分析结果更为精确。根据ISSR聚类分析,当相似系数为0.86时,可将供试菌株分为7组,其中黄色金针菇的遗传多样性要高于白色金针菇。(本文来源于《北方园艺》期刊2019年05期）
姜影影[6]（2018）在《死海放线菌新物种的多相分类鉴定及白色嗜盐多孢菌AFM 10251嗜盐机制的多组学研究》一文中研究指出众所周知极端环境中存在特殊类群微生物,其生理结构组成和代谢调控机制明显区别于普通环境微生物,探究其形成机制对于理论研究及应用研究均具有重要的意义。嗜盐微生物是嗜极微生物中的一个重要分支,这类微生物能够在高盐环境中生存,其耐盐机制一直是微生物学家研究的热点。课题组前期研究表明,死海中蕴含着丰富的嗜盐、耐盐放线菌,深入挖掘这些资源以及嗜盐放线菌耐盐的分子机制对于后续开发利用此类特殊类群微生物具有重要指导作用。本文通过多相分类技术对分离自死海的四株放线菌进行物种鉴定,通过基因组学手段分析分离自死海的极端嗜盐放线菌新属菌株Haloactinomyces alba AFM 10251的遗传信息,并通过转录学和蛋白质组学手段分析菌株H.alba AFM 10251在低盐(10%)、中盐(15%)和高盐(20%)条件下基因表达情况,取得了如下结果:综合表型、化学和基因指标的多相分类鉴定结果显示,分离自死海岸边土壤的放线菌菌株AFM 10258~T的分类地位代表一个新属,属命名为Haloactinomyces,种命名为Haloactinomyces alba;AFM 10111~T为Amycolatopsis属的一个新种,命名为Amycolatopsis aureus;菌株AFM 10238 ~T为Saccharopolyspora属的一个新种,命名为Saccharopolyspora griseoalba;菌株AFM 10040~T为Haloactinomyces属的一个新种,命名为Haloactinomyces halophilus。菌株H.alba AFM 10251的基因组中包含一条染色体和两个质粒,预测发现4967个编码基因和65个RNA编码基因。通过功能注释,共有3883个基因获得功能注释,占总预测基因数的78.17%,未有明确功能的基因有404个,占8.13%。KEGG代谢通路分析发现菌株H.alba AFM 10251基因组中存在脯氨酸、谷氨酸、甘氨酸甜菜碱、四氢嘧啶和海藻糖五种相容性溶质合成及代谢通路,还存在与K~+转运相关的基因以及与Na~+输出相关的初级钠泵、次级钠泵和其他Na~+转运蛋白的编码基因。菌株H.alba AFM 10251在叁种不同盐浓度下转录水平表达存在差异的基因总数为2753个,显着差异表达基因有768个,其功能主要集中在氨基酸转运和代谢、能量产生、脂类转运和代谢、转录、蛋白合成修饰和离子转运功方面,推测菌株可能更多的通过这些途径改变菌株的生理状态来适应不同的盐环境。蛋白质组学研究成功鉴定蛋白质3255个,其中66.9%的蛋白质为酸性蛋白,大量酸性蛋白的存在可能更加有利于菌株在高盐条件下生存。中盐、高盐相对于低盐条件下差异蛋白个数分别为275和854,说明随着盐浓度的增加,机体内响应蛋白也在不断增加,可见菌株应对不同盐浓度胁迫时,机体在蛋白水平的应答亦存在明显差异。甜菜碱、四氢嘧啶、脯氨酸、海藻糖和谷氨酸五种相容性溶质的合成途径中的所有基因在转录水平和蛋白水平均有较高的表达,且合成相关基因在不同盐浓度下的表达存在明显差异。菌株在中盐和高盐浓度下上调了脯氨酸和海藻糖合成途径基因的表达,下调了甜菜碱和四氢嘧啶成途径基因的表达,推测菌株在中盐和高盐环境中可能通过增加脯氨酸和海藻糖合成的方式提高胞内渗透压,而甜菜碱和四氢嘧啶在菌株应对低盐胁迫时更加重要。相容性溶质合成基因的表达变化预示着菌株的渗透压调节可能是由多种相容性溶质共同发挥作用,胞内渗透压变化则是通过调整相容性溶质比例来实现。高盐条件下,K~+转运蛋白KdpD和TrkA与次级钠泵组成蛋白Nha A的表达在转录水平和蛋白水平均表现为上调;中盐条件下,初级钠泵组成蛋白NuoB和NuoD的表达在转录水平和蛋白水平均表现为上调。预示菌株在中盐环境中可能通过增强初级钠泵的作用向胞外排除多余的Na~+;在高盐环境中可能通过增强胞内K~+内运作用提高胞内渗透压,同时通过增强次级钠泵Na~+的外排作用减少Na~+在胞内的积累。菌株在不同盐浓度条件下既调整了五种相容性溶质合成途径中基因的表达水平,又调整了K~+积累和Na~+外排相关基因的表达水平。推测细胞渗透压的调节是通过相容性溶质合成、K~+积累和Na~+外排作用共同实现,且菌株在不同浓度下这些作用的强弱是通过不同的调节途径来实现。由此可知菌株H.alba AFM10251的渗透压调节机制及其复杂。另外,我们发现蛋白质组的分析结果与转录组分析结果并不完全一致,说明还存在更加复杂的转录后调节机制。研究还发现54个未知功能的蛋白在菌株处于叁种不同盐浓度下超高表达或者显着差异表达,明显参与了菌株对盐胁迫的响应过程。分析显示这些蛋白的同源物均来嗜盐或耐盐菌,其功能也很可能与嗜盐耐盐菌调节渗透压平衡有关,值得后续高度关注。(本文来源于《西北农林科技大学》期刊2018-12-01）
王扬[7]（2018）在《一株糖霉菌新物种的多相分类及糖霉菌属CRISPR/Cas系统多样性分析》一文中研究指出新疆南部地区日照时间充足,高温、干旱、气候干燥,形成了典型的盐碱极端环境,该环境中不但蕴藏着丰富的微生物资源,还包含了未知的放线菌新物种。本研究对来自南疆盐碱环境的一株糖霉菌新物种进行了多相分类鉴定,确定其分类地位;同时以新疆优势物种—糖霉菌(Glycomyces)属菌株为研究材料,对糖霉菌菌株进行全基因组测序,分析得出CRISPR/Cas系统基因座结构,利用生物信息学方法分析糖霉菌CRISPR结构,同时对Cas蛋白的种类和同源性进行多样性分析。力求探索CRISPR/Cas的免疫系统在糖霉菌中的作用机制,本研究以链霉菌为模式菌属,从新疆环境中成功分离得到一株链霉菌噬菌体,为寻找侵染糖霉菌属噬菌体提供了理论依据。具体研究结果如下:1.一株糖霉菌新物种TRM 41368多相分类鉴定菌株TRM 41368最适生长盐浓度为5%,最适生长pH为8,最适生长温度为37℃。菌株TRM41368具有脂肪酶产生能力,不具有氧化酶,淀粉水解酶、脲酶和纤维素酶产生能力;具有还原硝酸盐、过氧化氢酶、明胶液化、牛奶凝固与胨化的能力,不具有黑色素产生和硫化氢产生的能力。菌株TRM 41368只能利用壳聚糖和松叁糖作为唯一碳源。菌株TRM 41368的全细胞糖主要含有核糖、木糖和葡萄糖;全细胞氨基酸类型为:meso-DAP(meso-diaminopimelicacid);主要含有的极性脂为PC,DPG,PI,PIM,PG,PE;主要的脂肪酸类型(>5%)为:C_(18:1)ω9c,C_(16:0),iso-C_(16:0),anteiso-C_(17:0)和anteiso-C_(15:0);甲基萘醌类型为MK-9(H_6);基因组DNA的(G+C)mol%含量为69.9%。通过对TRM 41368和最相似菌株G.fuscus TRM 49117~T(相似性98.46%)全基因组测序,获得DNA-DNA杂交计算值ANI(Average Nucleotide Identity)为70.59%,证明这两株菌为不同的放线菌物种。通过以上特征,菌株TRM 41368鉴定为糖霉菌属的一个新物种,命名为硝尔库勒糖霉菌(Glycomyces xiaoerkulensis)。2.糖霉菌属CRISPR结构的生物信息学分析基于所分离得到的糖霉菌新物种资源,对糖霉菌展开基因组学研究,预测发现糖霉菌属具有多个CRISPR位点,通过生物信息学分析揭示糖霉菌属CRISPR/Cas系统结构的特征。采用BLAST,多序列比对,保守性分析,RNA结构预测,HMMer等方法对糖霉菌进行CRISPR系统分析。在不同糖霉菌基因组中均发现CRISPR结构,CRISPR1和CRSIPR2两大类。其中CRSIPR1中,只有9株糖霉菌有完整的CRISPR/Cas结构,共有type I-A、typeI-E和typeIII-A、typeIII-B 4种类型;对菌株leader序列进行分析,发现其没有明显回文结构但GC含量较高;对Cas蛋白进行预测及分析发现Cas蛋白与物种特异性相关。本文阐明了糖霉菌CRISPR结构的特点,以及CRISPR/Cas系统的分类,通过对糖霉菌CRISPR/Cas系统的认识,为研究糖霉菌的相关免疫机制和CRISPR介导的生物学功能提供帮助,为揭示其对宿主菌与噬菌体、质粒间的关系奠定基础。3.一株噬菌体TRMP45540分离鉴定及生理特性为探究CRISPR/Cas系统对糖霉菌的免疫功能机制,了解外源DNA(噬菌体)引起糖霉菌属产生免疫的过程。本文选取了放线菌中的模式菌属—链霉菌,作为筛选噬菌体的宿主菌。以本实验室分离获得的新物种黄色链霉菌(TRM 45540)为宿主菌,从新疆环境中成功分离获得噬菌体,并对其基本生物学特点进行研究。采用双层平板法分离纯化噬菌体TRMP45540,电镜观察其形态特征,并测定其生理特性,包括宿主范围测定,噬菌斑形成温度范围测定,噬菌体热稳定性试验,最适pH试验,最佳感染复数和一步生长曲线。此链霉菌噬菌体可裂解五株典型链霉菌。该噬菌体所形成的噬菌斑边缘呈现不规则圆形透明,直径5 mm左右(培养12小时),边界清楚,电镜观察其头部直径大约为71 nm,尾长大约285 nm,属于长尾噬菌体。该噬菌体能耐受50℃高温,最适pH为6.0~7.0,最佳感染复数是0.001,其侵染宿主菌的潜伏期约20min,裂解期约130 min。TRMP45540是专性侵染链霉菌,推测很可能是一种新的噬菌体。(本文来源于《塔里木大学》期刊2018-06-01）
桑进[8]（2018）在《运城盐湖嗜盐细菌多样性分析及四株嗜盐新菌的多相分类》一文中研究指出许多嗜盐细菌具有独特的生理特性和代谢机制,并且能产生特殊的活性物质。因此,嗜盐细菌的分离、嗜盐机理及活性物质的研究有着特殊的意义。本文从山西运城盐湖不同湖区对盐湖沉积物样品进行采集,通过直接涂布的方法和富集培养并涂布的方法分别在正常培养基和寡营养培养基上对样品中可培养微生物进行了分离。挑取200株细菌菌株,主要分布在变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门四个门,包含29个属58个物种。比较正常培养基与寡营养培养基,直接涂布与寡营养涂布对可培养微生物分离的影响。发现在直接涂布中,寡营养培养基与正常培养基相比,微生物多样性更高,主要种类相似。与寡营养富集涂布相比,直接涂布法具有更高的微生物多样性,两者的种类分布有较大差异。在分离过程中共发现3个潜在新属及13个潜在新物种。同时,对原始样品和富集样品进行16SrDNA高通量测序,对样品中细菌的种类和分布及富集过程中微生物多样性的演替进行分析。对叁个样品泥样、15天富集、30天富集以及叁组相应水样共12组进行16S rDNA高通量测序。结果表明在所有样品中,变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门及放线菌门在门水平都占主要成分。样品1经过富集微生物多样性减少,而样品2、3经过富集微生物多样性增多。经过寡营养富集,厚壁菌门与放线菌门丰度显着增多,而拟杆菌门丰度略有减少,变形菌门变化不大。寡营养富集之后与之前微生物区系有所不同。经过富集之后一些稀有门类丰度有大幅增加。对原始样品及富集样品共九个样品进行聚类,原始样品聚类较近,富集样品聚类位置较近。表明寡营养富集对样品多样性的影响较为显着,富集因素是影响多样性聚类的重要因素,且富集过程对Y1和Y3样品影响较大,对Y2样品影响较小。富集过程中独有OTU数目随着富集天数增加先有明显的下降,表明了富集过程对稀有、难培养OTU可培养过程可能起到的作用。本文对四株嗜盐细菌进行了多相分类鉴定。菌株WDS4A13T分离自山东省威海市文登盐场。好氧,革兰氏阴性杆菌,不产芽孢。WDS4A13T细胞不具有运动性,无鞭毛,橘黄色菌落。最适生长温度为33℃(生长范围20-40℃),最适盐度6%(w/v)NaCl(盐度生长范围4-14%,w/v),最适pH 7(pH生长范围6.5-8.5)。唯一呼吸醌型为MK-6,主要脂肪酸(>10%)为iso-C15:1、iso-C15:0和C15:0。极性脂成分为磷脂酰甘油、磷脂酰乙醇胺、心磷脂和其他一些未知的脂质(磷脂、脂和磷氨基脂)。基因组的G+C含量为35.2 mol%。根据16SrDNA序列分析WDS4A13T最相近的是冷弯曲菌属的菌株(92.0-97.3%)。系统发生学分析以及生理生化特征表明,WDS4A13T代表冷弯曲菌属的一个新的菌种,建议命名为喜盐冷弯曲菌,模式菌株为WDS4A13T(=MCCC 1H00134T=KCTC 52043T)。菌株WDS2C27T分离自山东省威海市文登盐场。好氧,革兰氏阴性杆菌,不产芽孢。WDS2C27T细胞不具有运动性,无鞭毛,橘红色菌落。最适生长温度为33℃(生长范围20-50℃),最适盐度6%(w/v)NaCl(盐度生长范围4-14%,w/v),最适pH7(pH生长范围6.5-8.5)。唯一呼吸醌醌型为MK-6,主要脂肪酸(>10%)为iso-C15:0和anteiso-C15:0。极性脂主要成分为两种磷脂(PL1、PL2)、双磷脂酰甘油、磷脂酰乙醇胺。基因组的G+C含量为35.6mol%。根据16SrDNA序列分析WDS2C27T最相近的是冷弯曲菌属的菌株(91.1-92.0%)。系统发生学分析以及生理生化特征表明,WDS2C27T代表冷弯曲菌属的一个新的菌种,建议命名为耐盐冷弯曲菌,模式菌株为WDS2C27T(=MCCC 1H00133T =KCTC 52044T)。菌株Y17T分离自山西省运城盐湖。好氧,革兰氏阴性杆菌,不产芽孢。Y17T细胞不具有运动性,无鞭毛,菌落无色半透明。最适生长温度为30℃(生长范围20-40℃),最适盐度8%(w/v)(盐度生长范围4-20%,w/v),最适pH 7(pH生长范围6.5-8.5)。根据16SrDNA序列分析Y17T最相近的是冷弯曲菌属的菌株(91.1-92.0%)。系统发生学分析以及生理生化特征表明,Y17T代表嗜纤维菌目的一个新属,建议命名为盐螺旋菌属,模式种为运城盐螺旋菌,模式菌株为Y17T。菌株Y22T分离自山西省运城盐湖。好氧,革兰氏阴性杆菌,产芽孢。Y22T细胞不具有运动性,无鞭毛,橘红色菌落。最适生长温度为30℃(生长范围20-40℃),最适盐度10%(w/v)(盐度生长范围4-20%,w/v),最适pH7(pH生长范围6.5-8.5)。根据16SrDNA序列分析Y22T最相近的是支芽孢杆菌属的菌株(91.1-92.0%)。系统发生学分析以及生理生化特征表明,Y22T代表冷弯曲菌属的一个新的菌种,建议命名为喜盐支芽孢杆菌,模式菌株为Y22T。(本文来源于《山东大学》期刊2018-05-19）
韩济如[9]（2018）在《国内八湖泊可培养细菌多样性与拮抗菌分析及七株新菌的多相分类》一文中研究指出湖泊微生物资源丰富,蕴藏着很多潜在的具有功能性的新物种资源,因此对湖泊微生物资源的挖掘具有重要的研究价值。本论文从内蒙古的南海子、二连海子、刘铁海子;云南的大屯海、清水海、云龙天池;贵州的草海和新疆的赛里木湖采集了 8个湖泊的样品,通过纯培养技术研究了不同湖泊样品中可培养细菌的群落组成,另一方面为了挖掘潜在的新型抗生素资源,通过点种法筛选了抗药病原菌(金黄色葡萄球菌和鲍曼不动杆菌)的功能性菌株。本论文取得如下研究结果:一、对8个湖泊样品可培养细菌多样性进行了分析从8个湖泊样品中获得可培养细菌共计477株,分布在4个门、120个属和258个种。在不同的湖泊样品中,可培养细菌多数为变形菌门,而厚壁菌门、拟杆菌门和放线菌门相对较少。南海子样品共获得47株细菌,分属于4个门、包括22个属和34个种;大屯海样品共获得69株细菌,分属于4个门、包括39个属和50个种;草海样品共获得84株细菌,分属于4个门、包括32个属和48个种;赛里木湖样品共获得60株细菌,分属于4个门、包括36个属和58个种;二连海子样品共获得61株细菌,分属于4个门、包括34个属和45个种;清水海样品共获得51株细菌,分属于3个门、包括21个属和36个种;刘铁海子样品共获得55株细菌,分属于4个门、包括29个属和41个种;云龙天池样品共获得50株细菌,分属于3个门、包括17个属和18个种。共分离得到6株新属新种以及72株潜在新种。二、对7个湖泊样品所筛细菌进行了拮抗菌的筛选通过点种法从7个湖泊样品(赛里木湖除外)所获得的417株细菌中共筛选出20株拮抗菌:其中从南海子样品中筛选到1株对金黄色葡萄球菌有抗性的菌株;大屯海样品中筛选到3株对金黄色葡萄球菌有抗性的菌株;草海样品中筛选到1株对金黄色葡萄球菌和鲍曼不动杆菌都有抗性的菌株;二连海子样品中筛选到3株对金黄色葡萄球菌和鲍曼不动杆菌都有抗性的菌株;清水海样品中筛选到6株对金黄色葡萄球菌有抗性的菌株;刘铁海子样品中筛选到1株对金黄色葡萄球菌有抗性的菌株;云龙天池样品中筛选到5株对鲍曼不动杆菌有抗性的菌株。叁、完成了4株拮抗菌的基因组测序及初步分析本试验从筛出的拮抗菌株中挑选了 4株(编号分别为CH44、DT12、NS0302和T009)对鲍曼不动杆菌或金黄色葡萄球菌有抗性且抗性较强的菌株进行了基因组测序。利用antiSMASH预测了 4株拮抗性菌株的次级代谢产物的基因簇,每个菌株的基因组中都含有多种可能与抗菌活性物质产生相关的基因簇,从而在抑制金黄色葡萄球菌或鲍曼不动杆菌中发挥了一定作用。四、完成了 7株新菌的多相分类本论文还对本人前期从不同样品中分离出来的7株新菌进行了多相分类的鉴定,丰富了海洋和湖泊微生物资源。菌株XJNYT是水交汇杆菌属的一个新种,分离自新疆赛里木湖,命名为柠檬色水交汇杆菌(Confluentibacter citreus),模式菌株为XJNYT(=KCTC 52638T=MCCC 1H00183T)。菌株XJSPT是假红杆菌属的一个新种,分离自新疆赛里木湖,命名为玫瑰色假红杆菌(Pseudorhodobacter roseum),模式菌株为 XJSPT(=KCTC52636T =MCCC1H00184T)。菌株HJR7T是海杆菌属的一个新种,分离自威海近海,命名为盐生海杆菌(Marinobacter salexigens),模式菌株为 HJR7T(= KCTC 52545T = MCCC 1H00176T).菌株am2T是噬冷菌属的一个新种,分离自威海近海,命名为海洋噬冷菌(Algoriphagus marinus),模式菌株为 am2T(=KCTC52549T=MCCC 1H00178T)。菌株U0105T是交替单胞菌属的一个新种,分离自威海近海,命名为沉积物交替单胞菌(Alteromonas sediminis),模式菌株为 U0105T(=KCTC 62080T=MCCC 1H00298T)。菌株WS2-14T是极地杆菌属的一个新种,分离自威海荣成海参养殖场,命名为橘色极地杆菌(Polaribacter tangerinus),模式菌株为WS2-14T(=KCTC 52275T=MCCC1H00163T)。菌株SS2-9T是海水菌属的一个新种,分离自威海荣成海参养殖场,命名为红色海水菌(Aquimarina rubra),模式菌株为 SS2-9T(=KCTC 52274T=MCCC 1H00142T)。(本文来源于《山东大学》期刊2018-05-19）
于雯楠[10]（2018）在《文登盐场环境中慢生单胞菌的分布、特异性检测及叁株海洋新菌的多相分类》一文中研究指出慢生单胞菌对其他细菌有捕食作用,对于海洋中慢生单胞菌的分布进行分析对微生物群落演替的研究、新药开发、以及渔业发展具有重要意义。本研究通过设计了可与沉积物慢生单胞菌FA350T(Brdymonas sediminis FA350T)特异性结合的探针,通过对其进行特异性验证,结果表明所设计的探针可以与沉积物慢生单胞菌FA350T特异性结合;以文登高岛盐场样品为研究对象,以高通量测序技术与荧光原位杂交技术相结合,探究了不同生活环境中沉积物慢生单胞菌的分布情况。研究发现:在九个样品中,同一盐度的样品,OTU数目,多样性丰富度均为下层泥最高,表层泥次之,水样中最低。盐度为60‰、110‰、150‰的样品中OTU数目依次减少,多样性依次降低。同一盐度样品群落丰富度由低到高的顺序为:水样、表层泥、下层泥;水样的微生物多样性低,泥样的微生物多样性较高。在九个样品中,表层泥与下层泥群落的丰度由高到低分别是盐度为60‰、110‰、150‰的样品。水样中未检测到慢生单胞菌。在表层泥样品中,慢生单胞菌的丰度从高到低依次是盐度为110‰、150‰、60‰的样品;在下层泥样品中,慢生单胞菌的丰度从高到低依次是盐度为150‰、110‰、60‰的样品。从垂直分布来看,盐度为60‰和盐度为150‰的样品中均为下层泥中慢生单胞菌群落丰度最高,而盐度为110‰的样品中,表层泥样品中的慢生单胞菌群落丰度最高。盐度为110‰表层泥样品在所有样品中慢生单胞菌群落丰度最高。可能由于在该环境中的盐度条件、慢生单胞菌生长所需的营养物质物质相对较多、该环境条件下的其他微生物群落组成结构等其他环境因素对慢生单胞菌生长有利,该结果为从盐场样品中分离得到慢生单胞菌提供了依据。同时,本论文完成了叁株海洋新菌的多相分类:菌株2p52T分离自中国海南陵水县采集的红藻样品。菌株为革兰氏阴性,无运动性。呼吸醌的类型为Q-8。菌株菌株 2p52T 的主要脂肪酸为 C16:1ω7c and/or iso-C15:0 2-OH、C16:0、C18:1ω7c。主要极性脂成分为磷脂乙酰醇胺、磷脂酰甘油。DNA G+C含量为43.2 mol%。与其16S rRNA基因序列亲缘关系最接近的菌株是Agariacter marinus NBRC 110023T,相似性为96.5%。根据表型特征与系统发育分类结果,证明菌株2p52T为Agaribacter属的一个新物种,并将它命名为浅黄色嗜琼脂杆菌,拉丁名为 Agaribacterflava。菌株QM202T分离自中国海南陵水县采集的红藻样品,菌株为革兰氏阴性,绝对好氧菌。主要极性脂为双磷脂酰甘油,磷脂酰甘油。主要脂肪酸为C16:1ω7c and/or iso-C15:0 2-OH,C16:0,C18:1ω7c。主要呼吸醌为 Q-8。DNAG+C 含量为 41.31mol%。其 16S rRNA 基因序列与 Marinomonas pontica DSM 17793T相似度最高,为96.0%。根据表型特征与系统发育分类结果,证明菌株QM202T为海单胞菌属的一个新物种,并将它命名为噬琼脂海单胞菌,拉丁名为Marinomonas agarovorans。菌株XAY1247T分离自威海近海沉积物。菌株为短棒状。菌株XAY1247T主要脂肪酸为C18:iω7c、C12:13-OH;主要呼吸醌为Q-10;主要极性脂为1种未知磷脂、1种未知脂质、双磷脂酰甘油。DNAG+C含量为62.9 mol%。根据表型特征与系统发育分类结果,证明菌株XAY1247T为Roseovariu 属的一个新物种,并将它命名为短杆状玫瑰变色菌,拉丁名为Roseovarius brevitalea。菌株XAY1247T16S rRNA基因序列相似性值为99.7%。菌株XAY1247T与Roseovarius属中亲缘关系最相近的菌株的16SrRNA基因序列的相似性为96.7%。根据表型特征与系统发育分类结果,证明菌株XAY1247T属于Roseovarius属,并将XAY1247T命名为短杆状玫瑰变色菌,拉丁名为Roseovarius brevitalea。(本文来源于《山东大学》期刊2018-05-19）
多相分类研究论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
黄瓜棒孢叶斑病是由多主棒孢(Corynespora cassiicola)侵染引起的,是近期威胁黄瓜生产的重要流行病害,造成黄瓜的大面积减产,寻找有效的防治措施是促进当前黄瓜种植产业可持续发展的主要任务。目前关于黄瓜棒孢叶斑病的防治方法主要还是采用化学防治,但由于该病原菌易变异,且长期频繁地施加化学试剂如杀菌剂等,又会导致该病原菌产生抗药性,更会引发食品安全和环境问题,因此黄瓜生产特别需要低毒、无害、环境友好型的防治方法。放线菌是一种分布广、种类多、功能性强的微生物,所以近年来常选用放线菌防治植物病害。本研究以黄瓜根际土壤及伴生小麦根际土壤为分离对象,采用多种培养基对放线菌进行分离纯化,通过抗黄瓜棒孢叶斑病原真菌及其他植物病原真菌和抗细菌活性筛选得到一株活性较好的链霉菌Streptomyces NEAU-J2,通过离体叶片和盆栽试验研究了该菌株对黄瓜棒孢叶斑病的防治效果并对其次级代谢产物进行分离,。同时,对得到的另一株活性放线菌新种进行多相分类学研究。本试验主要结果如下:(1)通过五种培养基(GS、HV、AAG、CPA、DPA)共分离出262株放线菌,其中119株分离自黄瓜根际土壤,其余143株分离自伴生小麦根际土壤。(2)通过抗黄瓜棒孢叶斑病病原菌活性初筛和复筛后,有32株放线菌对黄瓜棒孢叶斑病病原菌抑制率达到20%以上,其中有16株抑制率达到了40%以上;选取了抑菌活性最好的10株放线菌进行广谱的抑菌活性测定,发现菌株NEAU-J2具有较好的广谱抑菌作用。(3)黄瓜离体叶片和盆栽试验表明,用NEAU-J2孢子悬液及发酵滤液分别处理黄瓜叶片后,对黄瓜棒孢叶斑病有很好的防治效果。其中发酵滤液对黄瓜棒孢叶斑病的防效最好,在离体叶片和盆栽试验中的防效分别为81.2%和82.1%。(4)通过培养特性分析,菌株NEAU-J2培养特征与链霉菌属吻合,初步确定菌株NEAU-J2属于链霉菌属。此外功能特征分析表明,NEAU-J2发酵液对黄瓜棒孢叶斑病的抑制作用具有良好的紫外线稳定性,且菌株NEAU-J2可以产生几丁质酶,单位菌落透明圈直径为16.2mm。(5)对菌株NEAU-J2的次级代谢产物进行分离,初步得到叁个已报道的化合物,分别为17-O-demethyl-geldanamycin、pteridic acid hydrate和pteridic acid F,其中pteridic acid hydrate对黄瓜棒孢叶斑病的抑制作用最好,当pteridic acid hydrate浓度为5 mg?mL~(-1)时,对黄瓜棒孢叶斑病的抑制率为56.3%。(6)本试验通过对黄瓜棒孢叶斑病抑制率最好的10株放线菌测序发现了一株放线菌新种NEAU-D10,采用多相分类学方法分别从分子水平、形态学水平、化学分类水平、生理生化水平及全基因组分析对其进行研究。确定这株放线菌属于链霉菌属,并将其命名为Streptomyces inhibens。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
多相分类研究论文参考文献
[1].霍云云.根瘤菌属五个新种的多相分类研究[D].西北农林科技大学.2019
[2].金丽颖.抗黄瓜棒孢叶斑病放线菌的筛选及Streptomycesinhibens多相分类研究[D].东北农业大学.2019
[3].宋微.油菜菌核病拮抗放线菌的筛选及Kribbellamonticol多相分类鉴定[D].东北农业大学.2019
[4].王绪婷.噬冷菌硼和抗生素协同选择的初步探究及叁株新菌的多相分类[D].山东大学.2019
[5].黄春燕,单洪涛,万鲁长,杨鹏,宫志远.不同金针菇菌株多相分类研究[J].北方园艺.2019
[6].姜影影.死海放线菌新物种的多相分类鉴定及白色嗜盐多孢菌AFM10251嗜盐机制的多组学研究[D].西北农林科技大学.2018
[7].王扬.一株糖霉菌新物种的多相分类及糖霉菌属CRISPR/Cas系统多样性分析[D].塔里木大学.2018
[8].桑进.运城盐湖嗜盐细菌多样性分析及四株嗜盐新菌的多相分类[D].山东大学.2018
[9].韩济如.国内八湖泊可培养细菌多样性与拮抗菌分析及七株新菌的多相分类[D].山东大学.2018
[10].于雯楠.文登盐场环境中慢生单胞菌的分布、特异性检测及叁株海洋新菌的多相分类[D].山东大学.2018