导读:本文包含了菌株水平多样性论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:鹅,日粮纤维,微生物多样性,PCR-DGGE
菌株水平多样性论文文献综述
战利[1]（2012）在《高水平日粮纤维对鹅肠道菌群多样性的影响及部分差异菌株的确定》一文中研究指出鹅是以采食青粗饲料为主的水禽,能够充分消化和利用日粮纤维,从高纤维饲料中获得需要的养分,具有耐粗饲、抗逆性强等特点。鹅这种较强的消化利用纤维物质的能力,不仅提高了秸秆等非常规饲料资源的利用率,而且为节约饲料用粮提供了可能。目前,关于鹅对日粮纤维消化利用效果方面的研究报道较多。而关于鹅对日粮纤维消化利用机制方面的研究报道较少。国内研究主要集中在日粮纤维水平、日粮纤维来源方面对其消化和利用的影响。鹅对日粮纤维的消化和利用能力是由其消化系统的结构和功能所决定的。鹅发达的肌胃可崩解和破坏植物细胞壁,有利于消化细胞内容物。但在鹅消化利用日粮纤维过程中,日粮纤维不能被其直接酶解,而是通过与纤维素分解相关的功能菌系进行降解,生成挥发性脂肪酸,为其提供能量。鹅肠道菌群是一个非常复杂的微生态系统。鹅肠道微生物群系功能因其组成的变化而发生改变。随着分子生物学技术的快速发展,运用变性梯度凝胶电泳指纹图谱技术研究鹅肠道微生物多样性和微生物群落的定植、演替变化规律,为确定鹅肠道纤维素分解关键菌系、强化纤维素分解功能提供了可能。并将为研究鹅对日粮纤维的消化利用效果,阐明鹅对纤维物质的消化利用机制,提高鹅对日粮纤维的利用效率奠定重要的理论和实践基础。本试验选取健康育成期吉林白鹅,采用单因子完全随机试验设计,试验组添加高水平日粮纤维,饲喂21d后,利用细菌16S rDNA V6-V8区通用引物扩增各组鹅肠道微生物总DNA,通过变性梯度凝胶电泳对各个肠段微生物多样性进行相应比较分析,研究发现高水平日粮纤维对鹅肠道微生物多样性影响较大。在试验组鹅肠道DGGE凝胶上选择3条差异明显的条带进行了切胶、回收、二次DGGE及克隆测序。利用BLAST软件与GenBank中的序列进行同源性比对,得出1号差异条带与已报道的大肠埃希菌16S rDNA基因序列相似性较高,同源性高达99%,确定1号差异条带为大肠埃希菌；2号差异条带与已报道的粪肠球菌16S rDNA基因序列相似性较高,同源性高达100%,确定2号差异条带为粪肠球菌；3号差异条带与已报道的马胃葡萄球菌16S rDNA基因序列相似性较高,同源性高达100%,确定3号差异条带为马胃葡萄球菌。从鹅肠道内容物中分离培养大肠埃希菌和粪肠球菌,经革兰氏染色镜检初筛,生化试验辅助鉴定,PCR扩增16S rDNA V6-V8区序列并测序。然后将分离菌株的测序结果与目的差异条带序列比对,最终筛选出在PCR-DGGE中表现出明显差异性的大肠埃希菌和粪肠球菌两个目的菌株。经过纤维素酶活性测定,发现菌落周围均无水解圈,表明无纤维分解能力。以上结果进一步说明鹅对日粮纤维的降解是一个复杂的、多种微生物协同作用的结果,所以纤维素分解功能菌系的确定及建立才是提高鹅对日粮纤维消化利用的有效手段。本研究运用PCR-DGGE技术探讨高水平日粮纤维对鹅肠道微生物多样性变化的影响,分析正常日粮纤维组和高水平日粮纤维组鹅肠道微生物优势菌群的变化与纤维素分解功能的相关性,进而筛选出部分与纤维素分解密切相关的纤维素分解复合菌群,以期通过生物强化作用,最终实现纤维素分解系统的快速启动和稳定运行,为实现纤维素高效利用奠定理论和实践基础。(本文来源于《吉林农业大学》期刊2012-06-01）
唐依莉[2]（2012）在《老鼠簕根际土壤放线菌培养与非培养水平多样性、菌株生理活性及新种鉴定》一文中研究指出根际是土壤-植物生态系统物质交换的活跃界面,本研究从海南文昌及广西北海采集了9份红树林植物老鼠簕根际土壤样品,从培养及非培养水平分析样品中放线菌的多样性。用6种不同的培养基进行根际土壤放线菌的分离和初步鉴定,并用分子生物学手段,构建放线菌16SrRNA基因文库,分析根际放线菌的组成。根据红树林高含盐量和高碳/氮比的特点,测试了分离菌株的耐盐和固氮能力,同时对分离菌株进行了抗菌活性评价；对分离菌株中一株Actinoallomurus属的疑似新种进行了多相分类鉴定。以放线菌特异性引物构建的16SrRNA基因克隆文库共获得59属,其中文昌和北海样品分别有39和40个属水平的分类单元。两个地点都有的属20个,只在文昌样品出现的19个,只在北海样品出现的20个。在pH分别为5、7、9的燕麦培养基(OA5、OA7、OA9)、棉子糖组氨酸培养基(RH),1/10ATCC172及SM2六种分离培养基中,共分离获得295株放线菌,其中从OA7和OA9两种培养基上分离到的菌株最多,分别为115株和128株,其次是RH和SM2培养基,分别获得29株和20株,从1/10ATCC172培养基上仅分离获得3株,OA5上未分离到放线菌。经排重后的219株菌经过16SrRNA基因分析分别属于7个亚目(Glycomycineae、Micrococcineae、Micromonosporineae、Pseudonocardineae、 Propionibacterineae、Streptomycineae、Streptosporangineae中7个科二下的15个属,其中海南文昌和广西北海都分离到的有5个属,分别为Actinomadura、Actinomycetospora、 Microbispora、Micromonospora、和Streptomyces、只在文昌样品中出现的有5个属分别为Actinoallomurus、Actinopolymorpha、Cellulosimicrobium、Polymorphospora和Sphaerisporangium;只在北海样品中分离到的也是5个属,分别为Actinaurispora、 Actinoplanes、Glycomyces、Jishengella和Plantactinospora。比较培养与非培养水平获得的属类群,非培养水平获得的类群数量更多,与土壤理化参数的相关性更高。但有的分离类群未在文库类群中出现,如文昌样品中分离获得的Actinopolymorpha, Microbispora和北海样品中分离到的Glycomyces, Actinaurispora, Actinomycetospora, Jishengella四个属。229株分离菌株的耐盐度测试结果显示,有2株菌最大耐盐度达到15%,7株菌能在10%盐度上生长,40株菌能在6%盐度下生长,5株不能在无盐却能在3.3%或以上生长,151株能在3.3%以上生长,所有测试菌株在20%盐度下不生长。利用Ashby和Nfb培养基筛选到19株可能具有固氮活性的放线菌。以4种致病细菌和1株致病真菌为靶标菌对232株分离菌株进行了抗菌活性初筛和91株进行复筛检测,抗金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus ATCC51650)活性稳定的菌株有26株,占总测试菌株的11.21%；抗耐药金黄色葡萄球菌(Methicillin-resistant Staphylococcus aureus9551)活性稳定的菌株有10株,占总测试菌株的4.31%；抗铜绿假单胞菌(Pseudomonas eruginosa S001)活性稳定的菌株有12株,占总测试菌株的5.17%；抗白色念珠菌(Candida albicans ATCC10231)活性稳定的菌株18株,占总测试菌株的7.76%；没有检测到有抗产气克雷伯菌(KlebsiellaAerogenes S008)的菌株。菌株2614A723从海南文昌红树林老鼠筋根际土壤分离获得,与Actinoallomurus spadix NBRC10499T、Actinoallomurus purpureus TTN02-30T、Actinoallomurus luridusTT02-15T的序列相似性分别为98.35%、98.07%及97.86%,经多相分类鉴定,菌株2614A723为Actinoallomurus的一个新种,命名为Actinoallomurus acanthiterra sp. nov.。(本文来源于《海南大学》期刊2012-05-01）
菌株水平多样性论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
根际是土壤-植物生态系统物质交换的活跃界面,本研究从海南文昌及广西北海采集了9份红树林植物老鼠簕根际土壤样品,从培养及非培养水平分析样品中放线菌的多样性。用6种不同的培养基进行根际土壤放线菌的分离和初步鉴定,并用分子生物学手段,构建放线菌16SrRNA基因文库,分析根际放线菌的组成。根据红树林高含盐量和高碳/氮比的特点,测试了分离菌株的耐盐和固氮能力,同时对分离菌株进行了抗菌活性评价；对分离菌株中一株Actinoallomurus属的疑似新种进行了多相分类鉴定。以放线菌特异性引物构建的16SrRNA基因克隆文库共获得59属,其中文昌和北海样品分别有39和40个属水平的分类单元。两个地点都有的属20个,只在文昌样品出现的19个,只在北海样品出现的20个。在pH分别为5、7、9的燕麦培养基(OA5、OA7、OA9)、棉子糖组氨酸培养基(RH),1/10ATCC172及SM2六种分离培养基中,共分离获得295株放线菌,其中从OA7和OA9两种培养基上分离到的菌株最多,分别为115株和128株,其次是RH和SM2培养基,分别获得29株和20株,从1/10ATCC172培养基上仅分离获得3株,OA5上未分离到放线菌。经排重后的219株菌经过16SrRNA基因分析分别属于7个亚目(Glycomycineae、Micrococcineae、Micromonosporineae、Pseudonocardineae、 Propionibacterineae、Streptomycineae、Streptosporangineae中7个科二下的15个属,其中海南文昌和广西北海都分离到的有5个属,分别为Actinomadura、Actinomycetospora、 Microbispora、Micromonospora、和Streptomyces、只在文昌样品中出现的有5个属分别为Actinoallomurus、Actinopolymorpha、Cellulosimicrobium、Polymorphospora和Sphaerisporangium;只在北海样品中分离到的也是5个属,分别为Actinaurispora、 Actinoplanes、Glycomyces、Jishengella和Plantactinospora。比较培养与非培养水平获得的属类群,非培养水平获得的类群数量更多,与土壤理化参数的相关性更高。但有的分离类群未在文库类群中出现,如文昌样品中分离获得的Actinopolymorpha, Microbispora和北海样品中分离到的Glycomyces, Actinaurispora, Actinomycetospora, Jishengella四个属。229株分离菌株的耐盐度测试结果显示,有2株菌最大耐盐度达到15%,7株菌能在10%盐度上生长,40株菌能在6%盐度下生长,5株不能在无盐却能在3.3%或以上生长,151株能在3.3%以上生长,所有测试菌株在20%盐度下不生长。利用Ashby和Nfb培养基筛选到19株可能具有固氮活性的放线菌。以4种致病细菌和1株致病真菌为靶标菌对232株分离菌株进行了抗菌活性初筛和91株进行复筛检测,抗金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus ATCC51650)活性稳定的菌株有26株,占总测试菌株的11.21%；抗耐药金黄色葡萄球菌(Methicillin-resistant Staphylococcus aureus9551)活性稳定的菌株有10株,占总测试菌株的4.31%；抗铜绿假单胞菌(Pseudomonas eruginosa S001)活性稳定的菌株有12株,占总测试菌株的5.17%；抗白色念珠菌(Candida albicans ATCC10231)活性稳定的菌株18株,占总测试菌株的7.76%；没有检测到有抗产气克雷伯菌(KlebsiellaAerogenes S008)的菌株。菌株2614A723从海南文昌红树林老鼠筋根际土壤分离获得,与Actinoallomurus spadix NBRC10499T、Actinoallomurus purpureus TTN02-30T、Actinoallomurus luridusTT02-15T的序列相似性分别为98.35%、98.07%及97.86%,经多相分类鉴定,菌株2614A723为Actinoallomurus的一个新种,命名为Actinoallomurus acanthiterra sp. nov.。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
菌株水平多样性论文参考文献
[1].战利.高水平日粮纤维对鹅肠道菌群多样性的影响及部分差异菌株的确定[D].吉林农业大学.2012
[2].唐依莉.老鼠簕根际土壤放线菌培养与非培养水平多样性、菌株生理活性及新种鉴定[D].海南大学.2012