导读:本文包含了细胞差异表达基因论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:消癌平,肝癌,转录组测序,差异剪接基因
细胞差异表达基因论文文献综述
魏柏,杨盛力,占静,陈景叁[1]（2019）在《消癌平对肝癌细胞HepG2差异表达基因及可变剪接的影响》一文中研究指出目的通过RNA-seq分析消癌平作用前后肝癌细胞HepG2的差异表达基因(differentially expressed genes, DEG)及可变剪接(alternative splicing, AS)。方法本研究以HepG2细胞作为对照组,以质量浓度为40 mg/L消癌平作用24 h后的肝癌细胞为实验组,利用Illumina HiSeq平台对实验组和对照组进行分析,使用PossionDis方法进行DEG检测,使用rMATS软件检测不同样品间的AS和差异剪接基因(differentially spliced genes, DSG),并利用基因本体(gene ontology, GO)对其功能进行分类及富集分析。结果与对照组比较,消癌平作用后共得到DEG 608个,其中上调基因147个,下调基因461个。对照组发生AS 21 387个,消癌平使HepG2 AS减少到19 265个,且两组均以外显子(SE)跳跃最多而内含子(RI)保留最少为主。对差异表达的AS行GO富集分析,提示其中生物过程相关的22个,细胞成分相关13个,分子功能相关的有8个。结论消癌平诱导HepG2产生的大量DEG及AS在抑制肝癌生长增殖过程中发挥作用。(本文来源于《胃肠病学和肝病学杂志》期刊2019年11期）
付世东,姚慧娟[2]（2019）在《非小细胞肺癌差异表达基因筛选、生物学功能富集及其与患者预后关系》一文中研究指出目的采用生物信息学方法探讨非小细胞肺癌(NSCLC)差异表达基因筛选、生物学功能富集及其与患者预后关系。方法采用生物信息数据挖掘基因表达数据库(GEO),肿瘤生存数据库Kaplan-Meier Plotter和蛋白相互作用(PPI)数据库String中NSCLC差异表达基因。首先在GEO数据库中筛选NSCLC患者癌组织与正常肺组织差异表达基因芯片数据集,下载数据后选取叁个数据集中重迭的差异表达基因为研究对象。对筛选出的差异表达基因进行基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEEG)生物功能及信号通路富集分析,同时应用蛋白-蛋白相互作用数据库(STRING)预测相关基因编码蛋白相互作用网络(PPI)。并对关键基因高低表达与患者预后关系进行分析。结果差异表达数据集GSE19804,GSE101929和GSE33532为研数据。选取了在叁个数据集中均存在差异表达的65个基因为进一步分析对象。层次聚类分析显示65个基因在肿瘤组织与正常肺组织呈现明显的聚类。65个异常表达基因生物学过程主要富集于GTP酶活性调节,单细胞-细胞粘附,凋亡过程的负调节,细胞增殖的正调控,正调控血管生成,蛋白质自磷酸化等;细胞学组分为定位于膜的组成部分,质膜,质膜组成,细胞表面,细胞-细胞连接和肌动蛋白细胞骨架等;而分子功能富集于蛋白质结合,受体活性,ras鸟嘌呤核苷酸交换因子ac等。KEEG信号通路分析显示,上述差异表达基因主要富集于ll粘附分子(cams)。PPI主要为血管生成和细胞粘附等功能通路。CDH5,TEK,CALCRL,RXFP1和TNNC1为信号通路关键基因,上述基因高表达患者总生存时间显着低于低表达患者(P<0.05)。结论 NSCLC患者存在差异表达基因普,差异表达基因大多参与了肺癌细胞发生、发展及迁移等生物学相关功能。CDH5,TEK,CALCRL,RXFP1和TNNC1为NSCLC信号通路关键基因,并与患者的预后相关。(本文来源于《临床肺科杂志》期刊2019年11期）
贺章咪,李桃,徐卫红,彭秋[3]（2019）在《辣椒品种Cd亚细胞分布及其积累关键基因表达差异研究》一文中研究指出在前期试验对91个辣椒品种资源进行筛选基础上,挑选了高积Cd型(X55)、中积Cd型(大果99)、低积Cd型(洛椒318)品种各1份,采用盆栽试验研究不同镉水平(0、5、10 mg·kg-1 Cd)下Cd亚细胞分布特点及Cd积累/耐性关键基因的表达量差异。过40目筛风干土用Cd处理,以CdCl2·2.5H2O形式加入,将混合好的5kg土壤装入塑料盆,置于室温平衡3周,然后每盆移栽2株3叶1心辣椒幼苗。3次重复,随机排列。辣椒根、茎、叶、果各亚细胞组分中Cd含量均表现为细胞壁>细胞器>细胞可溶性组分,果实各亚细胞组分中Cd含量表现为大果99>洛椒318> X55。X55的根、茎、叶细胞Cd区隔能力强且限制Cd向果实迁移,大果99的果细胞Cd区隔能力强,洛椒318的根系抑制Cd吸收的能力较强。PCR扩增结果显示,FTP/ZIP基因表达量在不同浓度Cd处理下,3个品种均为根>茎>果实,同一浓度Cd处理下均表现为X55>洛椒318>大果99。镉诱导下FTP1-2和FTP1-3在不同材料中均显着上调(大果99的根系除外)。HMA1和HMA2在3个辣椒品种根、茎、果中均被Cd诱导上调表达并具有一定浓度效应,同一浓度Cd处理下在茎中表达量均显着高于根系和果实。同一Cd处理下,NRAMP1在洛椒318和大果99的茎中的表达量显着高于根系中,而X55的茎中显着低于根系中;NRAMP2、NRAMP5、NRAMP6在3个品种根系中的表达量均最高,其次为茎和果实;而NRAMP3在3个品种茎中的显着高于根系中,果实中最低。同一浓度Cd处理下,不同品种辣椒根、茎、果的NRAMP1和NRAMP5表现为X55>洛椒318>大果99,NRAMP2、NRAMP3、NRAMP6表达量在品种间则表现为大果99>洛椒318> X55,同时X55果实Cd积累量最低,NRAMP2、NRAMP3、NRAMP6是介导X55果实低积累Cd的关键基因,而NRAMP1和NRAMP5是参与其Cd吸收和运输过程的关键基因,介导了X55营养器官高积累Cd。同一浓度Cd处理下,辣椒根、茎、果实的PCS表达量均表现为X55>洛椒318>大果99,3个品种均表现为根>茎>果实,其可能诱导了3个品种根系PC的合成,X55根系PC的合成能力较强,在根系吸收Cd过程中把大部分Cd固定在根系中,PCS对辣椒Cd解毒机制有着重要作用。(本文来源于《中国园艺学会2019年学术年会暨成立90周年纪念大会论文摘要集》期刊2019-10-21）
张欣,王沐淇,王文俊,李亚萍,石娟娟[4]（2019）在《基于生物信息学分析Mindin低表达Huh7细胞的差异表达基因》一文中研究指出目的构建Mindin低表达的Huh7细胞并对其进行转录组学研究,以探索Mindin的生物学作用。方法设计并合成Mindin干扰序列,通过慢病毒载体GV248将其导入Huh7细胞,实时定量PCR检测对Mindin转录水平的抑制效果,获得Mindin低表达Huh7细胞并对该细胞及其对照细胞进行转录组学研究,生物信息学分析表达异常基因,Pathway分析Mindin可能参与的生物学功能。计量资料2组间比较采用t检验。结果与对照细胞相比,含干扰序列的慢病毒感染Huh7细胞后,其Mindin mRNA的敲减效率为63. 8%(P=0. 003)。Mindin稳定低表达的Huh7细胞迁移率明显高于对照细胞(3. 511±0. 538 vs 1. 701±0. 765,t=-3. 355,P=0. 03)。与对照细胞相比,Mindin低表达Huh7细胞有2888个上调基因,2516个下调基因。取满足∣log2FC∣> 2. 0且P <0. 05的895个差异表达基因进行GO分析和Pathway分析。Pathway分析排名前10位的Mindin参与的生物学功能依次为:肿瘤信号通路、趋化因子信号通路、系统性红斑狼疮、甘油磷酸酯代谢、神经活性配体受体相互作用、肥厚性心肌病、甘油酯代谢、MAPK信号通路、凝血与补体级联反应和基底细胞癌。结论成功构建了Mindin低表达Huh7细胞,Mindin的生物学功能涉及广泛,包括肿瘤、趋化因子和脂代谢等方面。(本文来源于《临床肝胆病杂志》期刊2019年10期）
牛春宇,程超,李培锋[5]（2019）在《分离乳酸菌SQ0048菌株作用奶牛阴道上皮细胞的转录组学测序及差异表达基因分析》一文中研究指出[目的]奶牛阴道炎是引起不孕、流产和产后子宫疾病的重要原因之一,给养殖业造成巨大的经济损失。乳酸菌是人和动物体内最普遍且在数量上占主导地位的微生物,存在于健康奶牛阴道内的乳酸菌是生殖道致病菌感染的主要微生物屏障。乳酸菌在生殖道发挥益生作用的前提条件是能够在生殖道细胞表面黏附、定植,并通过空间占位,产生抑菌物质等对生殖道致病菌产生抑制作用。奶牛阴道分离乳酸菌SQ0048菌株特异性黏附及抑菌机制的研究将为益生菌产品的开发提供试验基础和理论依据。[方法]采用形态学及免疫荧光法对分离培养的原代奶牛阴道上皮细胞进行了分离鉴定;采用RNA-seq技术对奶牛阴道上皮细胞组和分离乳酸菌SQ0048菌株作用的奶牛阴道上皮细胞组进行转录组测序;采用RT-qPCR法对转录组测序筛选获得的差异表达基因进行了验证。[结果]转录组测序共获得296个差异表达基因,其中170个差异表达基因显着上调(P<0.05),126个差异表达基因显着下调(P<0.05);根据GO和KEGG富集性分析结果显示,差异表达基因成功注释到171个信号通路,其中有23个显着富集的信号通路(P<0.05)。富集差异表达基因较多的信号通路为蛋白质在内质网中加工信号通路、IL-17信号通路及抗原加工和呈递信号通路,分别与乳酸菌的特异性黏附及抗炎免疫调节机制有关;RT-qPCR验证15个差异表达基因,其表达趋势与转录组测序获得的结果相一致且显着上调(P<0.05)。[结论]大多数差异表达基因富集到蛋白质在内质网中加工信号通路,其可能是分离乳酸菌SQ0048菌株发挥黏附作用以及抑制致病菌的主要通路。本研究将为益生菌产品的开发提供试验基础和理论依据。(本文来源于《中国畜牧兽医学会兽医药理毒理学分会第十五次学术讨论会论文集》期刊2019-10-13）
王东,刘国新,董作青,杨中军,陈健[6]（2019）在《舌鳞状细胞癌差异表达基因的生物信息学分析》一文中研究指出目的通过生物信息学分析,筛选舌鳞状细胞癌(鳞癌)组织和正常组织差异表达基因(DEGs),筛选关键基因,为进一步的研究提供参考。方法从公共基因表达数据库(GEO)下载舌鳞癌芯片数据,利用R语言Limma程序包筛选DEGs,利用韦恩图筛选不同数据集的共同DEGs,对共同DEGs进行GO和KEGG富集分析、蛋白相互作用网络分析及网络关键基因生存分析。结果筛选出不同数据集的共同DEGs 297个,这些基因参与血管新生、细胞黏附、氧化还原等过程,并参与细胞外基质受体相互作用通路、黏着斑通路、小细胞肺癌通路、Toll样受体信号通路和代谢通路,与舌鳞癌的发生发展密切相关。同时筛选出THBS1、CRP、HMMR、TFPI2、SDS、ANLN等6个关键基因,其表达上调,与头颈部鳞癌病人的预后显着相关。结论筛选出的关键基因有助于加深对舌鳞癌发生发展分子机制的理解,同时可为后续的临床研究提供一定的理论依据。(本文来源于《青岛大学学报(医学版)》期刊2019年05期）
王宣策,黄小凤,李慧霞,杨双,王国英[7]（2019）在《旋毛虫抗原诱导的MCF-7乳腺癌细胞差异表达基因分析》一文中研究指出目的分析旋毛虫抗原刺激MCF-7乳腺癌细胞前后的差异表达基因,为乳腺癌的治疗提供新的靶点及思路。方法利用Illumina HiSeq对旋毛虫幼虫抗原刺激前、后的MCF-7细胞进行转录组测序,通过cutadapt对原始数据进行过滤,用RPKM(Reads Per Kilo bases per Million reads)方法计算基因表达量,以差异基因log2 fold change≥1且FDR≤0.05筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),通过Gene Ontology(GO)数据库、KEGG pathway数据库对差异表达基因的功能和参与的信号通路进行分析,利用qRT-PCR对差异表达基因进行验证。结果转录组测序数据过滤后分别得到51 617 374和44 494 010条有效序列,从中筛选出21个差异表达基因,与对照MCF-7细胞(CON组)相比,旋毛虫抗原刺激的MCF-7细胞(AG组)有13个上调基因,8个下调基因。差异表达基因主要富集于分子结合、催化活性、细胞组分、胞膜组分、生物调节、细胞过程等,主要参与TGF-β、Jak-STAT、ErbB、Hippo、mTOR信号通路调节及碳代谢、氨基酸生物合成、丙氨酸-天冬氨酸-谷氨酸代谢、视黄醇代谢、甘氨酸-丝氨酸-苏氨酸代谢及血管平滑肌收缩等。利用qRT-PCR对显着下调基因受体活性修饰蛋白3(Receptor activity modifying protein 3,RAMP3)的表达进行验证,结果与转录组测序一致。结论旋毛虫抗原刺激导致MCF-7乳腺癌细胞RAMP3表达降低,RAMP3可能参与旋毛虫抗原抗肿瘤过程。(本文来源于《中国病原生物学杂志》期刊2019年07期）
江勇,钱叶本,陈朋,朱良[8]（2019）在《基因芯片筛选肝细胞性肝癌的差异表达基因和通路》一文中研究指出目的 通过基因芯片和生物信息学的分析方法,筛选与肝癌发病相关的差异表达基因和通路,为进一步研究肝癌发生发展过程中的相关机制提供依据。方法 收集2对肝癌组织和对应的癌旁组织,提取总RNA,并与基因芯片行杂交检测,分析得到差异表达基因。使用DAVID数据库,对差异基因行GO功能注释和KEGG富集分析;应用String蛋白互作数据库分析差异表达基因的蛋白互作关系,构建蛋白互作网络并通过Cytoscape行可视化分析,运用网络分析插件CytoHubba筛选核心基因,最后结合TCGA (The Cancer Genome Atlas)数据库中肝癌基因表达数据,初步探究核心基因在肝癌中的表达情况。结果 按设定的标准,共筛选得到4 324个差异表达基因,上调表达的有2 552个,下调表达的有1 772个。GO分析显示差异基因主要参与血小板衍生生长因子结合、受体抑制剂和拮抗剂活性等相关的分子功能;KEGG富集分析提示这些基因与TGF-β、Rap1、PI3K-Akt以及趋化因子等信号通路相关。蛋白互作网络分析筛选得到6个核心基因,TCGA数据库验证发现核心基因DCN、COL1A1和COL1A2在肝癌组织中的表达存在显着差异(P<0.000 1)。结论 GO功能注释和KEGG富集分析揭示了肝癌潜在的发病机制,核心基因为肝癌的研究提供新方向,有可能成为肝癌诊断和治疗的潜在靶点。(本文来源于《安徽医科大学学报》期刊2019年08期）
焦寒伟,赵宇,罗艺晨,顾国靖,李博文[9]（2019）在《羊种布氏杆菌介导巨噬细胞mmu-miR-146a-5p的差异表达及其靶基因的初步鉴定》一文中研究指出羊种布氏杆菌(Brucella melitensis,B.melitensis)感染巨噬细胞后,运用高通量测序技术挖掘出mmu-miR-146a-5p差异表达。利用TargetScan和miRDB数据库分别进行mmu-miR-146a-5p靶基因的在线预测,结果分别有224和125个,利用韦恩分析发现,2个数据库的在线预测结果交集有70个;进一步利用PicTar数据库进行mmu-miR-146a-5p靶基因的在线预测,并与韦恩分析结果取交集;转染mmu-miR-146a-5p mimics至巨噬细胞中,通过荧光定量PCR方法检测预测靶基因的相对表达量,发现Ptpra与Tfdp2表达量显着降低,结果初步表明,mmu-miR-146a-5p的靶基因为Ptpra与Tfdp2。该试验为进一步研究mmu-miR-146a-5p在羊种布氏杆菌感染巨噬细胞过程中的作用奠定了基础。(本文来源于《中国兽医学报》期刊2019年07期）
崔嘉晗,赵明,牛海涛,王新生[10]（2019）在《乳头状肾细胞癌差异表达基因和通路生物信息学分析》一文中研究指出目的探讨生物信息学分析对乳头状肾细胞癌(PRCC)差异表达基因和通路的意义。方法分析癌症基因组图谱(TCGA)数据库中PRCC的RNA测序数据,应用生物信息学分析筛选差异表达基因,并对候选基因依据功能和信号通路进行富集分析。结果分析TCGA中PRCC和癌旁正常组织的RNA测序数据,筛选4 639个差异表达的基因。对筛选差异表达基因进行基因本体及代谢通路富集分析后得到818个基因本体术语(GO terms)和110条信号通路术语(pathway terms)。结论运用edgeR包以及基因本体及信号通路分析,筛选了PRCC与癌旁正常组织差异表达基因及富集的信号通路。(本文来源于《青岛大学学报(医学版)》期刊2019年04期）
细胞差异表达基因论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的采用生物信息学方法探讨非小细胞肺癌(NSCLC)差异表达基因筛选、生物学功能富集及其与患者预后关系。方法采用生物信息数据挖掘基因表达数据库(GEO),肿瘤生存数据库Kaplan-Meier Plotter和蛋白相互作用(PPI)数据库String中NSCLC差异表达基因。首先在GEO数据库中筛选NSCLC患者癌组织与正常肺组织差异表达基因芯片数据集,下载数据后选取叁个数据集中重迭的差异表达基因为研究对象。对筛选出的差异表达基因进行基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEEG)生物功能及信号通路富集分析,同时应用蛋白-蛋白相互作用数据库(STRING)预测相关基因编码蛋白相互作用网络(PPI)。并对关键基因高低表达与患者预后关系进行分析。结果差异表达数据集GSE19804,GSE101929和GSE33532为研数据。选取了在叁个数据集中均存在差异表达的65个基因为进一步分析对象。层次聚类分析显示65个基因在肿瘤组织与正常肺组织呈现明显的聚类。65个异常表达基因生物学过程主要富集于GTP酶活性调节,单细胞-细胞粘附,凋亡过程的负调节,细胞增殖的正调控,正调控血管生成,蛋白质自磷酸化等;细胞学组分为定位于膜的组成部分,质膜,质膜组成,细胞表面,细胞-细胞连接和肌动蛋白细胞骨架等;而分子功能富集于蛋白质结合,受体活性,ras鸟嘌呤核苷酸交换因子ac等。KEEG信号通路分析显示,上述差异表达基因主要富集于ll粘附分子(cams)。PPI主要为血管生成和细胞粘附等功能通路。CDH5,TEK,CALCRL,RXFP1和TNNC1为信号通路关键基因,上述基因高表达患者总生存时间显着低于低表达患者(P<0.05)。结论 NSCLC患者存在差异表达基因普,差异表达基因大多参与了肺癌细胞发生、发展及迁移等生物学相关功能。CDH5,TEK,CALCRL,RXFP1和TNNC1为NSCLC信号通路关键基因,并与患者的预后相关。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
细胞差异表达基因论文参考文献
[1].魏柏,杨盛力,占静,陈景叁.消癌平对肝癌细胞HepG2差异表达基因及可变剪接的影响[J].胃肠病学和肝病学杂志.2019
[2].付世东,姚慧娟.非小细胞肺癌差异表达基因筛选、生物学功能富集及其与患者预后关系[J].临床肺科杂志.2019
[3].贺章咪,李桃,徐卫红,彭秋.辣椒品种Cd亚细胞分布及其积累关键基因表达差异研究[C].中国园艺学会2019年学术年会暨成立90周年纪念大会论文摘要集.2019
[4].张欣,王沐淇,王文俊,李亚萍,石娟娟.基于生物信息学分析Mindin低表达Huh7细胞的差异表达基因[J].临床肝胆病杂志.2019
[5].牛春宇,程超,李培锋.分离乳酸菌SQ0048菌株作用奶牛阴道上皮细胞的转录组学测序及差异表达基因分析[C].中国畜牧兽医学会兽医药理毒理学分会第十五次学术讨论会论文集.2019
[6].王东,刘国新,董作青,杨中军,陈健.舌鳞状细胞癌差异表达基因的生物信息学分析[J].青岛大学学报(医学版).2019
[7].王宣策,黄小凤,李慧霞,杨双,王国英.旋毛虫抗原诱导的MCF-7乳腺癌细胞差异表达基因分析[J].中国病原生物学杂志.2019
[8].江勇,钱叶本,陈朋,朱良.基因芯片筛选肝细胞性肝癌的差异表达基因和通路[J].安徽医科大学学报.2019
[9].焦寒伟,赵宇,罗艺晨,顾国靖,李博文.羊种布氏杆菌介导巨噬细胞mmu-miR-146a-5p的差异表达及其靶基因的初步鉴定[J].中国兽医学报.2019
[10].崔嘉晗,赵明,牛海涛,王新生.乳头状肾细胞癌差异表达基因和通路生物信息学分析[J].青岛大学学报(医学版).2019