本文主要研究内容
作者杨喜翠（2019）在《贵紫麦1号EST-SSR标记发掘利用及遗传图谱构建》一文中研究指出：普通小麦（2n=6x=42）作为异源六倍体作物,其基因组相对较大,且含有大量重复序列,因此开发新的分子标记不仅可以为加快开展小麦基因组研究提供新的方法及途径,也能为小麦遗传多样性分析、基因定位及分子辅助育种等研究奠定基础。本研究基于前期贵紫麦1号转录组测序结果,对测序所得总Unigenes序列进行EST-SSR标记开发,将开发的标记进行了多态性筛选、染色体定位及小麦遗传多样性分析。采用GBS技术（Genotyping-by-Sequencing,即通过测序进行基因分型）,结合筛选的部分标记,利用贵紫麦1号与中燕特大粒杂交获得的F2代110个单株为作图群体,构建出遗传连锁图谱,并对来自于贵紫麦1号的抗白粉病基因进行了染色体定位。主要结果如下:1.基于贵紫麦1号转录组测序,共得到119,572条总Unigenes序列,利用MISA（1.0版）软件进行SSR位点检测分析,得到8,749条含微卫星位点的EST序列,占整个数据库的7.3%,平均每8.04 kb就会出现一个SSR。单六核苷酸重复序列分别有1,906条（占总SSRs21.8%）、1,838条（占总SSRs21%）、4,706条（占总SSRs53.8%）、264条（占总SSRs3%）、26条（占总SSRs0.3%）和9条（占总SSRs0.1%）。六种核苷酸重复类型包含了258种不同重复单元,其中二核苷酸重复以AG/CT和AC/GT出现频次最多,三核苷酸重复则是以CCG/CGG出现次数最多。2.利用Prime5.0对8,749条含SSR位点的EST序列进行引物设计,能成功设计出合格引物的序列为5,503条,占总EST-SSRs序列的62.9%。随机选取702对EST-SSR引物进行合成,利用中国春、贵紫麦1号及中燕特大粒3个小麦材料对合成的引物有效性进行鉴定,结果显示341对EST-SSR引物在3份材料中均能扩增出稳定清晰条带,其中53对在两亲本间表现出多态性。利用中国春缺体-四体系,将153对有效性引物定位于除3A、5A、3B、4B及1D外的16条染色体上。此外,还将341对EST-SSR标记中的162对标记整合至“贵紫麦1号×中燕特大粒”遗传图谱中。本研究开发所得的341对具有效性EST-SSR标记可以作为今后小麦及相关物种分子育种的研究使用。3.利用53对在两亲本中具多态性的EST-SSR引物,对52份小麦材料进行遗传多样性分析。有18对EST-SSR引物在52份小麦材料间表现出多态性,多态率为34%。18对引物共检测到100个等位基因位点,变幅为310个,平均每个标记含5.6个等位基因位点;引物多态信息指数（PIC值）变幅为0.3030.791,PIC平均值为0.568。18对EST-SSR标记成功将52份小麦品种（系）一一区分,表明所开发的EST-SSR标记是有效的,可以用于遗传多样性研究。4.本研究利用GBS技术构建得到总长度为5,402.12 cM,SNP标记总数为23,134个,覆盖小麦21条染色体的遗传连锁图谱。染色体长度变幅为6D的77.84cM3B的763.53 cM,染色体覆盖SNP标记数变幅为6D的134个3B的6,288个。该图谱标记间的平均距离为0.23 cM,其中以6A染色体上的标记密度最高,标记间平均图距仅0.10 cM;而5D染色体上的标记密度最低,标记间平均图距为1.11 cM。5.采用复合区间定位法在6A染色体上检测到一个高达34.8的LOD值,表明来自贵紫麦1号的抗白粉病基因位于6A染色体上。利用所构建的高密度遗传连锁图谱,本研究将该抗白粉病基因定位在GBS-SNP标记chr6A-307802221和chr6A-309885836的2.3 cM区域内。
Abstract
pu tong xiao mai （2n=6x=42）zuo wei yi yuan liu bei ti zuo wu ,ji ji yin zu xiang dui jiao da ,ju han you da liang chong fu xu lie ,yin ci kai fa xin de fen zi biao ji bu jin ke yi wei jia kuai kai zhan xiao mai ji yin zu yan jiu di gong xin de fang fa ji tu jing ,ye neng wei xiao mai wei chuan duo yang xing fen xi 、ji yin ding wei ji fen zi fu zhu yo chong deng yan jiu dian ding ji chu 。ben yan jiu ji yu qian ji gui zi mai 1hao zhuai lu zu ce xu jie guo ,dui ce xu suo de zong Unigenesxu lie jin hang EST-SSRbiao ji kai fa ,jiang kai fa de biao ji jin hang le duo tai xing shai shua 、ran se ti ding wei ji xiao mai wei chuan duo yang xing fen xi 。cai yong GBSji shu （Genotyping-by-Sequencing,ji tong guo ce xu jin hang ji yin fen xing ）,jie ge shai shua de bu fen biao ji ,li yong gui zi mai 1hao yu zhong yan te da li za jiao huo de de F2dai 110ge chan zhu wei zuo tu qun ti ,gou jian chu wei chuan lian suo tu pu ,bing dui lai zi yu gui zi mai 1hao de kang bai fen bing ji yin jin hang le ran se ti ding wei 。zhu yao jie guo ru xia :1.ji yu gui zi mai 1hao zhuai lu zu ce xu ,gong de dao 119,572tiao zong Unigenesxu lie ,li yong MISA（1.0ban ）ruan jian jin hang SSRwei dian jian ce fen xi ,de dao 8,749tiao han wei wei xing wei dian de ESTxu lie ,zhan zheng ge shu ju ku de 7.3%,ping jun mei 8.04 kbjiu hui chu xian yi ge SSR。chan liu he gan suan chong fu xu lie fen bie you 1,906tiao （zhan zong SSRs21.8%）、1,838tiao （zhan zong SSRs21%）、4,706tiao （zhan zong SSRs53.8%）、264tiao （zhan zong SSRs3%）、26tiao （zhan zong SSRs0.3%）he 9tiao （zhan zong SSRs0.1%）。liu chong he gan suan chong fu lei xing bao han le 258chong bu tong chong fu chan yuan ,ji zhong er he gan suan chong fu yi AG/CThe AC/GTchu xian pin ci zui duo ,san he gan suan chong fu ze shi yi CCG/CGGchu xian ci shu zui duo 。2.li yong Prime5.0dui 8,749tiao han SSRwei dian de ESTxu lie jin hang yin wu she ji ,neng cheng gong she ji chu ge ge yin wu de xu lie wei 5,503tiao ,zhan zong EST-SSRsxu lie de 62.9%。sui ji shua qu 702dui EST-SSRyin wu jin hang ge cheng ,li yong zhong guo chun 、gui zi mai 1hao ji zhong yan te da li 3ge xiao mai cai liao dui ge cheng de yin wu you xiao xing jin hang jian ding ,jie guo xian shi 341dui EST-SSRyin wu zai 3fen cai liao zhong jun neng kuo zeng chu wen ding qing xi tiao dai ,ji zhong 53dui zai liang qin ben jian biao xian chu duo tai xing 。li yong zhong guo chun que ti -si ti ji ,jiang 153dui you xiao xing yin wu ding wei yu chu 3A、5A、3B、4Bji 1Dwai de 16tiao ran se ti shang 。ci wai ,hai jiang 341dui EST-SSRbiao ji zhong de 162dui biao ji zheng ge zhi “gui zi mai 1hao ×zhong yan te da li ”wei chuan tu pu zhong 。ben yan jiu kai fa suo de de 341dui ju you xiao xing EST-SSRbiao ji ke yi zuo wei jin hou xiao mai ji xiang guan wu chong fen zi yo chong de yan jiu shi yong 。3.li yong 53dui zai liang qin ben zhong ju duo tai xing de EST-SSRyin wu ,dui 52fen xiao mai cai liao jin hang wei chuan duo yang xing fen xi 。you 18dui EST-SSRyin wu zai 52fen xiao mai cai liao jian biao xian chu duo tai xing ,duo tai lv wei 34%。18dui yin wu gong jian ce dao 100ge deng wei ji yin wei dian ,bian fu wei 310ge ,ping jun mei ge biao ji han 5.6ge deng wei ji yin wei dian ;yin wu duo tai xin xi zhi shu （PICzhi ）bian fu wei 0.3030.791,PICping jun zhi wei 0.568。18dui EST-SSRbiao ji cheng gong jiang 52fen xiao mai pin chong （ji ）yi yi ou fen ,biao ming suo kai fa de EST-SSRbiao ji shi you xiao de ,ke yi yong yu wei chuan duo yang xing yan jiu 。4.ben yan jiu li yong GBSji shu gou jian de dao zong chang du wei 5,402.12 cM,SNPbiao ji zong shu wei 23,134ge ,fu gai xiao mai 21tiao ran se ti de wei chuan lian suo tu pu 。ran se ti chang du bian fu wei 6Dde 77.84cM3Bde 763.53 cM,ran se ti fu gai SNPbiao ji shu bian fu wei 6Dde 134ge 3Bde 6,288ge 。gai tu pu biao ji jian de ping jun ju li wei 0.23 cM,ji zhong yi 6Aran se ti shang de biao ji mi du zui gao ,biao ji jian ping jun tu ju jin 0.10 cM;er 5Dran se ti shang de biao ji mi du zui di ,biao ji jian ping jun tu ju wei 1.11 cM。5.cai yong fu ge ou jian ding wei fa zai 6Aran se ti shang jian ce dao yi ge gao da 34.8de LODzhi ,biao ming lai zi gui zi mai 1hao de kang bai fen bing ji yin wei yu 6Aran se ti shang 。li yong suo gou jian de gao mi du wei chuan lian suo tu pu ,ben yan jiu jiang gai kang bai fen bing ji yin ding wei zai GBS-SNPbiao ji chr6A-307802221he chr6A-309885836de 2.3 cMou yu nei 。
论文参考文献
论文详细介绍
论文作者分别是来自贵州大学的杨喜翠，发表于刊物贵州大学2019-07-16论文，是一篇关于小麦论文,遗传多样性论文,技术论文,遗传图谱论文,贵州大学2019-07-16论文的文章。本文可供学术参考使用，各位学者可以免费参考阅读下载，文章观点不代表本站观点，资料来自贵州大学2019-07-16论文网站，若本站收录的文献无意侵犯了您的著作版权，请联系我们删除。
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