导读:本文包含了转录组分析论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:马铃薯,水分胁迫,转录组,lllumina测序
转录组分析论文文献综述
王晓娇,蒙美莲,曹春梅,逯春杏,许飞[1]（2019）在《水分胁迫下马铃薯萌芽出苗期根系转录组差异表达分析》一文中研究指出以马铃薯‘克新1号’为材料,通过Illumina HiSeqTM 4000高通量测序技术,对不同水分胁迫后的马铃薯萌芽出苗期根系cDNA文库进行了RNA-Seq分析,拟探明马铃薯感应水分胁迫的分子机制,挖掘出与抗旱密切相关的功能基因.将比对到基因组上的基因利用RPKM衡量各样本间的基因表达丰度,以P<0.05筛选出差异表达基因,通过GO (基因本体,gene ontology)数据库、KEGG代谢途径数据库,对不同水分胁迫样本差异表达基因的功能和参与的调控路径进行分析;选择6个差异表达基因,利用实时荧光定量PCR验证RNASeq结果的可靠性.结果表明:(1)DLWR(重度水分胁迫)样本中,比对到基因组的表达基因30 114 133个,差异表达基因5 241个;LWR(中度水分胁迫)样本中,比对到基因组的表达基因32 858 890个,差异表达基因1 488个.2个样本中同时存在的差异基因369个,其中上调表达基因78个,下调表达基因291个;显着差异表达基因主要与蛋白激酶、水解酶、氧化还原酶、水通道蛋白、转运蛋白、转录因子等相关.(2)在GO富集分析中,2个水分胁迫处理样本在生物学功能中富集的类别并不完全相同,但显着富集的主要是与氧化还原、转运、膜结合、转录调节子等相关的基因.(3)KEGG代谢分析显示,差异表达基因显着富集在谷胱甘肽代谢、植物激素信号转导等途径,与植物抗逆能力密切相关.(4)利用qRT-PCR验证的6个基因表达模式与RNA-Seq分析结果一致,证实了RNA-Seq结果的可靠性.通过研究得到了不同水分胁迫下马铃薯根系转录组信息,获得了差异基因及其功能信息,阐明了差异基因所参与的代谢通路及与植物水分胁迫的关系.(本文来源于《东北师大学报(自然科学版)》期刊2019年04期）
胡爱云,龚定芳,李莎[2]（2019）在《裂殖壶菌诱变株高产DHA机理的转录组学分析》一文中研究指出利用RNA-seq技术对裂殖壶菌SR21的原始菌株和ARTP诱变所获取的DHA高产菌株NA2进行转录组分析。对基因进行功能注释和代谢通路的分类,寻找差异表达基因,并将这些基因归类到相关的代谢途径中,揭示诱变菌NA2中DHA产量提高的分子机理。结果表明:与原始菌株比较,诱变菌NA2中有314个基因上调,3个基因下调;上调的基因主要参与氨基酸代谢和能量代谢,为多不饱和脂肪酸的积累供应更多的乙酰辅酶A(乙酰-CoA)和还原型辅酶Ⅱ(NADPH)。利用荧光定量PCR验证基因的差异表达情况,结果与转录组分析一致。(本文来源于《中国油脂》期刊2019年12期）
耿树香,宁德鲁,李勇杰,陈海云[3]（2019）在《油橄榄果实油脂积累的转录组分析》一文中研究指出采用高通量测序技术对云南引种油橄榄佛奥及国内选育品种鄂植8号2个品种的3个生长时期的果实进行转录组测序,参考油橄榄基因组文献,共选出208个具有高表达量的油脂合成相关基因; 2个品种油橄榄的基因表达活性在7月很接近,而在5月和9月差异较大,这与果实发育规律趋于一致,即果实发育初期,细胞分裂旺盛,内含物质新陈代谢旺盛,而发育后期,油脂积累趋于稳定所致。研究结果可为油橄榄分子育种,基因手段提高橄榄油品质和营养价值奠定一定的理论基础。(本文来源于《中国油脂》期刊2019年12期）
张丽丽,徐晓敏,刘焕,郑琪,闫璐宇[4]（2019）在《普通小麦籽粒大小发育相关基因转录组分析》一文中研究指出小麦作是我国和全球人口重要的粮食作物之一,但由于人口剧增与耕地锐减的不可逆变化,小麦生产将不能满足未来人们对小麦总产的需求,提高小麦单产己成为提升小麦总产的唯一途径。小麦品种改良实践证明,在协调有效穗数、穗粒数及千粒重产量叁要素的基础上,进一步提高粒重能够有效提高产量。为此,本研究开展了小麦籽粒不同发育时期及籽粒大小基因的表达网络研究,在对籽粒大小差异悬殊的两个小麦品种(XN958和GC8901)不同灌浆时期(DAP5、DAP10、DAP15、DAP20、DAP25、DAP30、DAP35)的籽粒趔行转录组测序的基础上,将clean reads与中国春参考基因组进行比对。结果表明,与GC8901相比,七个发育时期分别获得6137、7764、4407、8177、6785、13404、19127个差异表达基因;GO富集分析显示,碳水化合物代谢、转录因子复合物、核泛素连接酶复合体、后期促进复合物等显着富集;KEGG富集分析发现DNA复制、淀粉和蔗糖代谢、泛素介导的蛋白水解、植物激素信号转导等通路显着富集。对七个发育时期进行共差异表达分析显示,共有875个基因在七个发育时期均差异,上调基因526个,下调基因349个,其中,油菜素内酯信号通路中的BAHD酰基转移酶、丝氨酸羧肽酶等基因以及泛素-蛋白酶体途径中的VQ蛋白和LRR受体激酶等可能在小麦籽粒发育时期起到关键作用。这些结果为克隆小麦籽粒大小及其相关基因,探析籽粒大小基因作用机制,分子辅助选择育种将提供重要的理论指导和方法参考。(本文来源于《科技创新与扶贫攻坚——陕西省农作物学会第二届会员代表大会暨2019年学术年会摘要集》期刊2019-12-13）
张学英,李振侠,尹宝颖,李中勇,张媛[5]（2019）在《'斗南'苹果大果芽变果实发育早期转录组分析》一文中研究指出'斗南'大果芽变是由'斗南'苹果(Malus domestica'Tonami')的一主枝自然变异产生的。为明确'斗南'苹果大果芽变的机理,本研究以'斗南'苹果及其大果芽变'大果斗南'苹果为材料,对果实大小、细胞倍性、细胞组织结构及果实发育早期的转录组进行比较分析。结果表明,'大果斗南'平均单果重是'斗南'的1.5倍,二者差异显着(P<0.05)。果实细胞大小无显着差异,但在盛花后28 d和成熟期'大果斗南'的细胞数量显着多于'斗南'(P<0.05),'大果斗南'与'斗南'细胞倍性相同。通过比较'斗南'与'大果斗南'盛花后14和28 d的果实转录组数据,获得51个差异表达基因,KEGG通路主要富集在植物激素信号转导途径中,从中筛选出5个可能与大果芽变相关的基因,这些基因主要参与细胞分裂素信号转导及乙烯信号转导途径,表明'斗南'大果芽变可能与发育过程中植物激素变化有关。本研究结果为苹果大果型芽变的细胞学和分子基础研究提供了基础资料。(本文来源于《农业生物技术学报》期刊2019年12期）
迟超[6]（2019）在《小豆-锈菌（Uromyces vignae）互作的转录组分析及差异表达基因鉴定》一文中研究指出小豆是我国传统的杂粮作物,是部分地区农民增收的重要来源,且在农业种植业结构调整的大背景下,小豆等杂粮作物的种植面积呈逐年增加趋势,黑龙江省是我国小豆种植面积最大的区域。然而,由豇豆单胞锈菌引起的小豆锈病在我国各小豆种植区普遍发生,课题组近年来的调查发现,黑龙江西部小豆产物该病害发生严重,已成为威胁小豆优质高产的重要因素之一。选育和利用抗病品种是防治作物锈病最为经济有效的措施之一,然而,有关小豆抗锈病基因及小豆抗锈病机理方面的研究相对滞后,致使缺少成熟的理论和技术成果用于小豆锈病的防治实践。因此,本研究拟利用RNA-Seq测序技术挖掘小豆抗锈病相关基因,筛选适宜于小豆基因表达分析的内参基因及qRT-PCR技术体系,在此基础上对候选的小豆抗锈病相关基因在病菌侵染不同阶段的表达模式进行分析,初步明确参与小豆抗锈病的基因,并对抗病相关基因VaEG45的功能进行初步分析,为深入探索小豆抗锈病分子机理及病害防控奠定基础。研究取得以下重要结果:1.利用转录组测序技术,分析了小豆抗病品种‘庆红1号’(QH1)在豇豆单胞锈菌接种后不同时间(24 h和48 h)的全转录组,以接种无菌水为对照,4个处理3次生物学重复计12个测序样本,共获得0.38-0.54 Gb不等的clean reads,经基因组mapping后进行差异表达基因分析,结果表明,接种后24 h共鉴定差异表达基因2973个,接种后48 h共鉴定差异表达基因856个,表明在病菌入侵早期即可显着诱导小豆产生防卫反应。差异表达基因的功能注释表明,接种后24 h,多个PR蛋白呈显着上调表达趋势。GO和KEGG富集分析发现,受病菌侵染后,小豆乙烯生物合成及乙烯信号通路的多个关键基因(ACS和ACO)及相关转录因子(ERF096、ERF1b、ERF110、ERF113、EBF1)被激活,表明锈菌侵染可能引起了小豆内源乙烯含量的改变,进而激活了乙烯抗病信号通路,这可能是小豆品种QH1高抗锈病的重要因素。2.为构建适宜小豆基因表达的qRT-PCR技术体系及稳定内参,选取了9个常用的管家基因为候选内参,对候选内参基因在不同试验条件下表达稳定性进行了分析,试验结果表明,在不同小豆品种中,可选择ACT或PTB作为内参基因;在同一品种不同组织器官中,可选择EF或UBN作为内参;在接种锈菌和干旱胁迫条件下,ACT或ZMPP可作为内参基因;在盐碱胁迫条件下,可选择UBC或Fbox作为内参;在淹水胁迫条件下,可选择PTB或Fbox作为内参基因。为进一步确定本研究筛选的内参基因的可靠性,分别以ACT、基因组合UNC+UBN、UBC+UBN+EF以及PP2A为内参,对抗病相关基因CAT、CHI及GLU在小豆响应锈菌侵染过程中的表达模式进行了分析,结果表明,接种锈菌条件下以ACT为内参可准确评估候选3个抗病相关基因的表达水平,说明经本研究筛选获得的内参基因较为可靠,可用于小豆基因在相应试验条件下的表达分析。3.应用前文建立的小豆qRT-PCR分析体系及筛选获得的最适内参,以抗、感不同品种接种锈菌后不同时间的叶片为材料,对转录组测序鉴定的于接种后显着差异表达的2个抗病相关基因(VaNATA1和VaEG45)的表达模式进行了分析,结果表明,与感病品种相比,VaNATA1和VaEG45在抗病品种中受病菌侵染后被显着诱导表达,其中VaNATA1在病菌侵染早期(接种后12 h-24 h)和后期(120 h)显着上调表达,而VaEG45主要在病菌侵染后期(接种后48 h-120 h)显着上调,表明VaNATA1参与了对病菌入侵和扩展的抑制作用,而VaEG45只参与了对病菌扩展的抑制。上述结果表明,以转录组测序为依据,结合qRT-PCR分析初步明确了VaNATA1和VaEG45的表达水平与小豆抗锈病呈正相关。4.采用RT-PCR技术,克隆了抗病相关基因VaEG45,对其氨基酸序列分析的结果表明,VaEG45属于植物利钠肽家族基因,包含一个DPBB_1功能域,是一个分泌型胞外蛋白。在烟草中瞬时表达后发现,瞬时表达VaEG45的烟草叶片的病斑直径显着降低,比对照降低了近40%,表明该基因显着提高了烟草对灰霉菌侵染的抗性。进一步应用胼胝质染色技术分析发现,VaEG45基因瞬时表达,可诱发烟草叶肉细胞出现胼胝质沉积,推测VaEG45可能通过增强细胞壁的机械强度从而提高烟草对灰霉菌的抗性。(本文来源于《黑龙江八一农垦大学》期刊2019-12-01）
曾茜垚,乔克威,李雨嫣,周喜新,杨华[7]（2019）在《基于转录组测序的青风藤内青藤碱合成途径分析》一文中研究指出目的探究控制青藤碱含量的表达基因、青藤碱合成途径中的控制位点以及表达路径。方法利用HPLC法对6个种群共49株青风藤的根和茎分别进行了青藤碱含量的测定,选定青藤碱含量差异倍数大的2个种群,即陕西宝鸡与贵州遵义,分别选取其中最具代表性的青风藤植株,并取其根和茎进行转录组测序,命名为HR/LR、HS/LS。结果将clean reads进行拼接得到355 201个转录本,其中包括275 491个Unigene。在HR/LR和HS/LS中差异基因分别有23 562和37 143个。GO分析显示这些差异基因功能明显富集在天冬氨酸型肽链内切酶活性与天冬氨酸肽酶活性上,推测这些差异基因可能编码这2种酶。KEGG富集结果表明HR与LR以及HS与LS 2组中的差异基因共同参与糖类代谢、蛋白质与细胞膜结合、维生素C合成。qR T-PCR验证了异喹啉生物碱合成途径上游关键基因表达情况,发现与青藤碱的积累呈正相关。结论本研究初步了解了造成青藤碱含量差异的分子机制,为深入了解青藤碱积累规律与合成途径提供了参考。(本文来源于《中草药》期刊2019年22期）
冯倩,吴锦艳,李玲霞,杜国玉,尚佑军[8]（2019）在《羊口疮病毒对树突状细胞成熟和功能的影响及转录组学分析》一文中研究指出羊口疮病毒(Orf virus,ORFV)感染机体后能够引起强烈的免疫应答反应。为了探究ORFV对小鼠骨髓来源树突状细胞(Bone marrow-derived dendritic cells,BMDC)成熟及未成熟的CD4~+T细胞(Na?ve CD4~+T细胞)极化作用,并且寻找ORFV感染BMDC后与免疫相关的差异表达基因。本研究用不同感染复数(Multiplicity of infection,MOIs)的ORFV感染BMDC,检测ORFV的感染是否能够促进BMDC成熟,即通过测定其表面共刺激分子表达情况、细胞因子的分泌情况以及细胞的吞噬功能判断BMDC是否能够成熟。使用流式方法检测该细胞对Na?ve CD4~+T细胞刺激能力的影响,并对1 MOI ORFV作用后的BMDC进行高通量测序。结果表明1 MOI ORFV能够促进BMDC的成熟,并且能诱导Na?ve CD4~+T细胞向Th1细胞分化。高通量测序共检测到有8241个差异表达基因,其中上调基因4 205个,下调基因4036个。这些差异表达基因主要参与抗原递呈与加工过程、T细胞受体信号通路、T细胞激活与细胞因子分泌途径以及细胞凋亡信号通路中等。荧光定量逆转录-聚合酶链反应(Reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)对部分差异表达基因进行验证,结果与RNA-seq测序结果一致。本研究为进一步阐明ORFV与免疫细胞的相互作用机制奠定基础。(本文来源于《病毒学报》期刊2019年06期）
张雄,徐鲁荣,刘思岑,张镇川,刘志诚[9]（2019）在《丁香假单胞菌变种Pto(AvrB)胁迫下大豆叶片转录组分析》一文中研究指出AvrB是丁香假单胞杆菌大豆致病变种分泌的Ⅲ型效应蛋白因子之一,为研究携带异源效应蛋白AvrB的丁香假单胞菌番茄致病变种Pto(AvrB)侵染大豆后的基因转录变化情况,以大豆Williams 82为试验材料,采用RNA-seq技术对不同菌株处理的大豆叶片进行基因表达谱差异分析,探索大豆非寄主病原菌Pseudomonas syringae pv.tomato携带的异源效应蛋白AvrB是否可以增加非寄主病原菌的致病性。结果显示:共得到43 422个序列信息,不同处理间共有序列为37 611个,其中Pto(AvrB)处理组的序列信息最多。根据GO功能分析可以将基因根据功能分为分子功能、细胞成分和生物学过程3类,其差异表达基因涉及信息传递、免疫、次生代谢等过程。KEGG通路富集分析表明,差异表达基因主要富集在植物激素信号转导、异黄酮生物合成、苯丙氨酸代谢、植物-病原体相互作用等通路中。在RT-PCR检测中发现4个随机挑选的差异表达基因的表达量与RNA-Seq的变化趋势一致,说明RNA-Seq的结果可靠。研究结果有助于阐明Ⅲ型效应蛋白因子促进病原菌致病效应的机理,从而为分析AvrB在病原菌与大豆互作过程中的毒性功能研究和培育抗病大豆品种提供依据。(本文来源于《大豆科学》期刊2019年06期）
吴贤锋,李文杨,刘远,张莹,黄勤楼[10]（2019）在《福清山羊和戴云山羊夏季发情期卵巢组织比较转录组分析》一文中研究指出试验旨在从分子遗传学角度探讨戴云山羊夏季维持较高繁殖力的遗传机制,从中发掘有用的遗传变异信息。利用转录组测序方法对福清山羊和戴云山羊夏季发情期卵巢组织进行研究,筛选品种间的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),利用基因本体(gene ontology,GO)、蛋白相邻类的聚簇(cluster of orthologous groups of proteins,COG)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)数据库对筛选的差异表基因进行功能注释,并进行差异表达基因聚类分析,通过实时荧光定量PCR验证测序结果。结果显示,福清山羊和戴云山羊发情期卵巢的DEGs共357个,其中上调基因221个,下调基因136个。357个DEGs中的287个基因能够被GO数据库注释,78个DEGs能够被COG数据库注释,219个DEGs能够被KEGG数据库注释。KEGG数据库注释结果显示,这些差异基因显着富集的信号通路为蛋白消化吸收(protein digestion and absorption)、吞噬体(phagosome)、肺结核(tuberculosis)、胞外基质受体互作(ECM-receptor interaction)、金黄色葡萄球菌感染(Staphylococcus aureus infection)、同种异体移植物排斥(allograft rejection)等通路。经实时荧光定量PCR验证,所选基因(转录本)表达变化模式与转录组测序结果一致,表明测序结果可靠。本试验利用高通量测序获得大量山羊卵巢转录组信息,有助于从分子水平对山羊卵巢进行深入研究。(本文来源于《中国畜牧兽医》期刊2019年11期）
转录组分析论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
利用RNA-seq技术对裂殖壶菌SR21的原始菌株和ARTP诱变所获取的DHA高产菌株NA2进行转录组分析。对基因进行功能注释和代谢通路的分类,寻找差异表达基因,并将这些基因归类到相关的代谢途径中,揭示诱变菌NA2中DHA产量提高的分子机理。结果表明:与原始菌株比较,诱变菌NA2中有314个基因上调,3个基因下调;上调的基因主要参与氨基酸代谢和能量代谢,为多不饱和脂肪酸的积累供应更多的乙酰辅酶A(乙酰-CoA)和还原型辅酶Ⅱ(NADPH)。利用荧光定量PCR验证基因的差异表达情况,结果与转录组分析一致。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
转录组分析论文参考文献
[1].王晓娇,蒙美莲,曹春梅,逯春杏,许飞.水分胁迫下马铃薯萌芽出苗期根系转录组差异表达分析[J].东北师大学报(自然科学版).2019
[2].胡爱云,龚定芳,李莎.裂殖壶菌诱变株高产DHA机理的转录组学分析[J].中国油脂.2019
[3].耿树香,宁德鲁,李勇杰,陈海云.油橄榄果实油脂积累的转录组分析[J].中国油脂.2019
[4].张丽丽,徐晓敏,刘焕,郑琪,闫璐宇.普通小麦籽粒大小发育相关基因转录组分析[C].科技创新与扶贫攻坚——陕西省农作物学会第二届会员代表大会暨2019年学术年会摘要集.2019
[5].张学英,李振侠,尹宝颖,李中勇,张媛.'斗南'苹果大果芽变果实发育早期转录组分析[J].农业生物技术学报.2019
[6].迟超.小豆-锈菌（Uromycesvignae）互作的转录组分析及差异表达基因鉴定[D].黑龙江八一农垦大学.2019
[7].曾茜垚,乔克威,李雨嫣,周喜新,杨华.基于转录组测序的青风藤内青藤碱合成途径分析[J].中草药.2019
[8].冯倩,吴锦艳,李玲霞,杜国玉,尚佑军.羊口疮病毒对树突状细胞成熟和功能的影响及转录组学分析[J].病毒学报.2019
[9].张雄,徐鲁荣,刘思岑,张镇川,刘志诚.丁香假单胞菌变种Pto(AvrB)胁迫下大豆叶片转录组分析[J].大豆科学.2019
[10].吴贤锋,李文杨,刘远,张莹,黄勤楼.福清山羊和戴云山羊夏季发情期卵巢组织比较转录组分析[J].中国畜牧兽医.2019
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