导读:本文包含了单核苷酸替换论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:肝炎病毒,乙型,变异(遗传学),综述
单核苷酸替换论文文献综述
赖欣,周太成,韦嘉[1]（2018）在《HBV A1762T/G1764A双核苷酸替换与肝脏疾病的关系》一文中研究指出HBV A1762T/G1764A双核苷酸替换(又称TA突变)在肝脏疾病中比较常见。肝细胞核因子(HNF4)是肝脏富集转录因子之一,TA突变刚好位于HNF4与HBV相结合的区域,在HBV基因的转录和复制中发挥重要的调节作用。有研究认为TA突变可能会加重HBV感染后肝脏疾病病情,增加慢性肝衰竭及肝癌风险,但如何加重HBV感染后疾病病情尚不明确,值得进一步研究。就HBV A1762T/G1764A双核苷酸替换与肝病的关系进行了综述。(本文来源于《临床肝胆病杂志》期刊2018年09期）
黄卓然[2]（2014）在《细菌基因组中核苷酸替换侧翼序列特征研究》一文中研究指出背景核苷酸的替换依赖于上下游序列的碱基组成，对于核苷酸替换的相邻位点研究有助于理解核苷酸替换、DNA蛋白质互作以及DNA修复等生物过程的基本发生机制。而目前关于核苷酸替换对相邻位点依赖性的研究中，CpG二联核苷酸的高突变效应最受关注。许多替换相邻位点的相关研究集中在人类基因组和叶绿体基因组中。相对熵作为信息论中的研究工具，可以被用来分析遗传信息。本研究基于相对熵的研究方法，在细菌基因组中研究替换的侧翼序列特征，引入更为准确的阈值计算方法，并进一步通过相对熵贡献的研究，以期探明侧翼序列特征产生的原因。实验结果本研究选择全基因组序列长度较短的20种细菌基因组，选择叁种亲缘关系较近的菌株进行全序列比对。通过编程在比对结果中查找替换位点信息，并记录其上下游序列各位点的碱基组成，并进行相对熵计算，通过相对熵的作图来评估替换的相邻位点效应。在细菌基因组中，大多数替换的+1与-1位点的相对熵较高，说明相邻位点的碱基组成与背景序列碱基组成的差异，随着与替换位点距离增大而减小。同人类和哺乳动物基因中的研究结果相似，细菌基因组的部分替换类型侧翼序列存在3碱基周期性。这种周期性的产生原因目前被认为是原始序列编码基因的密码子第叁位碱基组成不均匀。本研究使用大鼠小鼠的直系同源基因比对数据，通过设定较为严格的背景序列碱基组成频率，发现去除同义密码子偏好后的替换位点侧翼序列仍存在振幅较小的3碱基周期特征。每个位点的相对熵都是由四个碱基的单独计算结果求和得到，通过计算每一个碱基对于整体相对熵的贡献差异，可以找出一些二联核苷酸的替换规律。本研究发现TA二联核苷酸倾向于发生替换，此外，CG二联子易于替换为TG或CA，这符合哺乳动物基因组中的CpG高突变效应。结论本研究基于相对熵的研究方法，探明了细菌基因组中替换的侧翼序列特征，引入相对熵贡献，发现了细菌基因组中存在的CpG高突变效应。亲缘关系越近的物种，替换的侧翼序列特征差异越小。同义密码子第叁位碱基组成的偏好并不是3碱基周期性产生的唯一原因。(本文来源于《西北农林科技大学》期刊2014-10-01）
郭子湖[3]（2013）在《核苷酸替换模型中若干问题的研究》一文中研究指出自达尔文时代起，构建系统进化树(即把各物种之间的进化关系用树的形式表现出来)就一直是生物研究的一个重要课题。20世纪80年代以来，相关学者主要通过现代生物信息学手段来进行进化树的重建。在新的构树方法中，第一步就是要选取合适的核苷酸替换模型或者氨基酸替换模型。因此，核苷酸替换模型的选择，直接决定了所构建的进化树是否合理。本文在此前提下对核苷酸替换模型的一些性质进行了研究。本文的主要内容包括以下方面：1.第一章概括了系统进化树构建过程中常用的几种核苷酸替换模型以及这些模型所包含的距离测度；简单介绍了生物学家对核苷酸替换模型和各种距离的研究进展。总结了这些模型和距离测度所存在的问题和局限。2.第二章研究了较复杂的核苷酸替换模型，即等输入模型和Tamura模型下DNA序列中四种核苷酸频率和序列熵随世代变化的规律，为了解生物进化奠定理论基础。本章在Shannon信息熵的理论基础上，利用Lagrange乘数法进行了理论证明，并用Mathematica软件模拟了Tamura模型下DNA序列中四种核苷酸组成的变化规律和序列熵的变化过程。DNA序列发生突变过程中，各核苷酸频率随世代变化趋于平衡，且序列熵趋于最大值。这证明核苷酸突变具有保熵性质，这也验证了前人关于生物是朝多样性增大的方向发展进化的结论。3.第叁章首先简单介绍了转换颠换动力学模型，并在此基础上提出了两个新的核苷酸替换模型。对于第一个模型，我们给出了该模型下四种核苷酸频率随时间变化的函数关系，并证明在此模型下核苷酸频率并不是单调的趋于平衡频率的，而是存在震荡现象。因此，我们推测，该模型更能反映真实的进化规律，从而能更好的对数据进行拟合。另外，我们给出了该模型下叁种距离即p距离，距离和选择进化距离的估计。对于第二个模型，我们是在转换颠换动力学的启发下提出该模型。该模型将转换频率频率分为了两部分，我们用谱分解的方法给出了该模型下动力学方程的解，但是在对距离进行估计时，我们发现需要求解的方程组十分复杂，因而很难直接求出其解析解。4.第四章提出了一种求解无限制模型的新的思路。无限制模型是对现有模型的一个统一，无限制模型自提出以来，就受到相关学者的高度关注。但是由于无限制模型的自由参数过多，其求解问题一直是一个难点，所以对该模型的研究进展不大。我们将该模型分七种情况讨论其解并用计算机辅助的方法进行求解。5.第五章是对前面章节的总结。在这一章中，我们简单总结了核苷酸替换模型和进化距离研究中仍然存在的问题以及今后的研究方向。(本文来源于《西北农林科技大学》期刊2013-05-01）
刘运强,廖顺尧,鲁成,周泽扬,向仲怀[4]（2001）在《动物线粒体编码序列相邻碱基组成对核苷酸替换的影响》一文中研究指出核苷酸替换偏好性受其相邻碱基组成的影响现象已经在核基因组假基因序列和叶绿体基因组的非编码序列和编码序列中发现。通过对动物线粒体基因组编码序列 12SrRNA和Cytb基因的核苷酸替换与其相邻碱基组成关系的调查发现 ,12SrRNA基因序列核苷酸替换中转换和颠换之比 (TS/TV)随其相邻碱基A +T含量的增加而减少 ,而Cytb基因序列却表现出完全不同的替换类型(本文来源于《西南农业大学学报》期刊2001年03期）
潘星华,傅继梁[5]（1997）在《MHC DQA基因的分子进化研究——Ⅱ.基于核苷酸替换和SCU偏移的系统发育的分析》一文中研究指出根据23个等位基因不同外显子(EN)的核苷酸(NT)替换及同义密码子使用谱(SCU)偏移研究了哺乳类7种动物MHC DQA座位的系谱发育关系。发现:(1)在大时间尺度内,MHC DQA基因进化速率(1.0×10~(-9),其中EN2为1.3×10~(-9)9NT/位点/年)与一般核基因相似;鼠类DQA基因的NT替换速率大致是其他哺乳类的2倍;(2)证实DQA等位基因多态性是在哺乳动物分化以后才逐渐形成的;推测牛类也存在与绵羊DQA2即OLA-DQA(c17-2)对等的具有最近共同祖先的DQA2基因座位有待发现;HLA-DQA2系谱与HLA-DQA1祖先的分化年代在20～12Mya(百万年前),HLA-DQA1各等位基因分化时间在24Mya至1Mya以内,因此产生HLA-DQA2座位的基因重组发生在HLA-DQA1产生少数几个等位基因之后;(3)基于SCU分化度的进化树从一个新的角度体现了DQA基因的系统发育关系,并显示HLA-DQA2具有特殊的SCU,提示在DQA基因的进化中产生了SCU的分化,SCU系统树在进化上有重要价值和特殊意义。改进了基因的SCU分化度和SCU相似系数的估算方法。(本文来源于《遗传学报》期刊1997年05期）
王乐,柴建华,谈家桢[6]（1996）在《载脂蛋白基因家族的密码子空间分析──核苷酸替换的非随机进化选择》一文中研究指出ＤＮＡ分子进化中，对核苷酸替换的选择可呈选择中性或选择倾向性。为研究载脂蛋白基因进化过程中对核苷酸变化的选择方式，本文建立了基因的密码子空间分析方法。密码子空间是由密码子３个位置上核苷酸出现机率所组成的矩阵。对该空间中核苷酸分布的非随机性度量可以反映进化过程中核苷酸替换的选择方式。应用该法，我们发现载脂蛋白基因密码子空间第一及第叁位的核苷酸分布呈高度非随机性。进一步研究表明：这种核苷酸的非随机分布可能与腺苷酸、胸苷酸对密码子位置的非中性选择有关。此外，还研究了同义密码子的选择使用与分支种系发生的关系。结果显示：载脂蛋白分子演化中存在着同义密码子使用的分子进化钟。这些研究提示密码子空间中核苷酸替换的非随机选择可能是载脂蛋白基因进化的一种特征。(本文来源于《遗传学报》期刊1996年05期）
单核苷酸替换论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
背景核苷酸的替换依赖于上下游序列的碱基组成，对于核苷酸替换的相邻位点研究有助于理解核苷酸替换、DNA蛋白质互作以及DNA修复等生物过程的基本发生机制。而目前关于核苷酸替换对相邻位点依赖性的研究中，CpG二联核苷酸的高突变效应最受关注。许多替换相邻位点的相关研究集中在人类基因组和叶绿体基因组中。相对熵作为信息论中的研究工具，可以被用来分析遗传信息。本研究基于相对熵的研究方法，在细菌基因组中研究替换的侧翼序列特征，引入更为准确的阈值计算方法，并进一步通过相对熵贡献的研究，以期探明侧翼序列特征产生的原因。实验结果本研究选择全基因组序列长度较短的20种细菌基因组，选择叁种亲缘关系较近的菌株进行全序列比对。通过编程在比对结果中查找替换位点信息，并记录其上下游序列各位点的碱基组成，并进行相对熵计算，通过相对熵的作图来评估替换的相邻位点效应。在细菌基因组中，大多数替换的+1与-1位点的相对熵较高，说明相邻位点的碱基组成与背景序列碱基组成的差异，随着与替换位点距离增大而减小。同人类和哺乳动物基因中的研究结果相似，细菌基因组的部分替换类型侧翼序列存在3碱基周期性。这种周期性的产生原因目前被认为是原始序列编码基因的密码子第叁位碱基组成不均匀。本研究使用大鼠小鼠的直系同源基因比对数据，通过设定较为严格的背景序列碱基组成频率，发现去除同义密码子偏好后的替换位点侧翼序列仍存在振幅较小的3碱基周期特征。每个位点的相对熵都是由四个碱基的单独计算结果求和得到，通过计算每一个碱基对于整体相对熵的贡献差异，可以找出一些二联核苷酸的替换规律。本研究发现TA二联核苷酸倾向于发生替换，此外，CG二联子易于替换为TG或CA，这符合哺乳动物基因组中的CpG高突变效应。结论本研究基于相对熵的研究方法，探明了细菌基因组中替换的侧翼序列特征，引入相对熵贡献，发现了细菌基因组中存在的CpG高突变效应。亲缘关系越近的物种，替换的侧翼序列特征差异越小。同义密码子第叁位碱基组成的偏好并不是3碱基周期性产生的唯一原因。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
单核苷酸替换论文参考文献
[1].赖欣,周太成,韦嘉.HBVA1762T/G1764A双核苷酸替换与肝脏疾病的关系[J].临床肝胆病杂志.2018
[2].黄卓然.细菌基因组中核苷酸替换侧翼序列特征研究[D].西北农林科技大学.2014
[3].郭子湖.核苷酸替换模型中若干问题的研究[D].西北农林科技大学.2013
[4].刘运强,廖顺尧,鲁成,周泽扬,向仲怀.动物线粒体编码序列相邻碱基组成对核苷酸替换的影响[J].西南农业大学学报.2001
[5].潘星华,傅继梁.MHCDQA基因的分子进化研究——Ⅱ.基于核苷酸替换和SCU偏移的系统发育的分析[J].遗传学报.1997
[6].王乐,柴建华,谈家桢.载脂蛋白基因家族的密码子空间分析──核苷酸替换的非随机进化选择[J].遗传学报.1996