导读:本文包含了模体相关性论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:多态性,亲和指数,SRK,ARC1
模体相关性论文文献综述
周燕[1]（2015）在《SRK-ARC1识别模体序列多态性与甘蓝亲和指数的相关性研究》一文中研究指出自交不亲和性是植物在长期进化过程中形成的一种防止自交衰退,促进杂交优势的重要机制。迄今为止研究较为深入的自交不亲和信号传导途径是SCR-SRK-ARC1-Exo70A1-MOD,其中SRK与ARC1结合引起的自交亲和因子的降解是至关重要的一步。本研究以亲和指数或其他性状差异的十字花科植物为材料,通过生物信息学方法分析界定了SRK-ARC1识别模体互作区和非互作区,以gDNA为模板,扩增获得了识别模体的SRK激酶域SRKg和ARC1臂重复区AS。测序后,经NCBI blastn、MEGA等软件分析,发现了SRK-ARC1识别模体序列的多态性和该多态性与甘蓝亲和指数之间的关系。进一步,从中筛选出了SRK-ARC1识别模体序列多态性与亲和指数关系差异大的材料,利用酵母双杂交技术检测了这些材料SRK-ARC1识别模体的相互作用。研究结果为初步探索甘蓝自交不亲和性反应的分子多态性与亲和指数的关系及利用DNA序列多态性快速鉴定植物的亲和性提供了新的内容。主要的工作和结果如下：1.甘蓝SRK-ARC1识别模体的界定本文在蛋白质水平上对甘蓝SRK-ARC1识别模体进行了生物信息学分析。①蛋白序列一级结构中,BoSRK6激酶域含391aa,疏水性弱,序列比对发现E46至A236存在一些保守序列,将其分为4个亚区域(subs),预测存在27个磷酸化位点；BoARC1臂重复区含263aa,疏水性较强,根据氨基酸序列的疏水性分布,将其分为5个ARM,预测存在13个磷酸化位点。②蛋白质二级结构水平分析发现,BoSRK激酶域和BoARC1臂重复区,无规则卷曲和α螺旋所占比例不相同,BoSRK激酶域中,α螺旋和无规则卷曲所占比列基本相似,分别为33.76%和34.27%; BoARC1臂重复区中a螺旋比例高达56.65%,而无规则卷曲仅占18.63%。③蛋白质叁级结构分析表明,BoSRK激酶域两端能量高,凹槽面积窄,较难与底物结合,而中部能量相对低,凹槽面积较宽,易与底物蛋白质结合；BoARC1的D92-V253区域四个螺旋比较符合叁联体螺旋结构,预测该区域空间结构存在一宽凹槽。这些分析共同表明SRK-ARC1识别模体互作区可能为SRK激酶域E46-A236和ARC1臂重复区D92-V253,两端氨基酸序列为识别模体非互作区。2.SRK-ARC1识别模体的序列克隆及序列多态性与亲和指数相关性研究利用PCR技术,以gDNA为模板,克隆获得了识别模体的SRK激酶域SRKg和ARCl臂重复区As。测序后,按已界定的识别模体互作区和非互作区,进行了序列多态性分析。①不同亲和指数材料的识别模体互作区多态性分析中,氨基酸/核酸序列差异统计表明,SRKg识别模体互作区差异分为4大类,且其中差异较大的两类为进化树的两个分支：Class Ⅰa和Class Ⅰb。区分这些大类的变区,即SV1(232-246bp), SV2(298-324bp),SV3((421-438b)和SV4(631-708bp),揭示了SRKg序列多态性与亲和指数大类一致的相关性。据氨基酸／核酸序列差异统计发现,As识别模体互作区差异分为3大类,这些含不同亲和指数材料的大类可由As变区区分,即4V1(370-381bp),AV2(514-5419bp),AV3(655-660bp)和AV4 (754-759bp),说明As识别模体互作区序列的多态性与亲和指数存在大类相关性；②不同亲和指数材料的识别模体非互作区序列分析表明,不同亲和指数材料SRKg识别模体非互作区序列中,内含子2、5和6序列差异相近,分为5大类,而识别模体非互作区的外显子及内含子3和4序列差异接近,划分的2大类与SRKg识别模体互作区的4大类中的第一类和第二类包含的材料相似,这可能与识别模体非互作区的外显子和内含子3/4将识别模体互作区包含其中相关。As识别模体非互作区序列差异可将不同亲和指数的材料划分为3大类,与As识别模体互作区的3大类一致。③依据序列多态性与亲和指数的关系,筛选出4种SRK激酶域和2种ARC1臂重复区(E1和m1)。4种SRK激酶域中,C、m1和229为较弱自交不亲和Class Ib型,K2为强自交不亲和Class Ia型。3不同亲和指数SRK-ARC1识别模体相互作用的酵母双杂交检测利用不同亲和指数且多态性差异明显的SRK激酶域SRKc与ARC1臂重复区As,分别构建以pGADT7为载体的SRKc(SRK-Cc、SRK_mlc、SRK_229c、 SRK_K2c)重组猎物载体和构建以pGBKT7为载体的As(AsEl、Asml)重组诱饵质粒,4组SRK激酶域重组猎物载体分别与2组ARC1臂重复区重组诱饵载体共转化Y2HGold,得到8个实验组,结果显示这8个实验组均激活了四种报告基因AUR1-C, MEL1、HIS3、ADE2,表明这些选取的多态性差异大的SRKc与As能够相互作用,二者识别模体序列多态性不足以引起蛋白构象改变。这些结果在一定程度上揭示,SRK-ARC1识别模体序列多态性与甘蓝亲和指数的相关性是可通过两者成功的相互作用来实现的。(本文来源于《西南大学》期刊2015-05-10）
张俊俊,杨振,柏朋刚,王玉,李奇欣[2]（2015）在《运动模体中靶区长度与锥形束CT扫描速度的相关性》一文中研究指出目的:研究锥形束CT扫描速度与动态模体中靶区长度的相关性。方法 :选用QUASAR(Modus,Germany)呼吸运动模体,模体内含运动插件,插件中心内嵌入一边长3 cm的立方体,用其来模拟运动靶区。设置模体振幅为0.5、1、2 cm,每一振幅分别设20、15、10次/min叁种频率,在每振幅下分别行300°、180°、90°/min运动速度的CBCT扫描。计算CBCT图像靶区长度及靶区长度覆盖率与理论结果比较。结果:振幅为5 mm时,300、180、90°/min扫描时所得不同频率下靶区长度分别为(30.17,30.33,30.5)mm;(31.17,31.83,32)mm;(32.5,33.67,33.67)mm;振幅为10 mm时,300°、180°、90°/min扫描时所得靶区长度分别为(32.67,33.67,35.67)mm;(36,37.5,37.65)mm;(40.17,40.5,41.17)mm;振幅为15 mm时,300°、180°、90°/min扫描时所得靶区长度分别为(39.33,41,41.83)mm;(43,46,46.5)mm;(47.83,48.83,49.17)mm。结论 :CBCT扫描速度、模体振幅以及模体运动频率对靶区长度均有影响。扫描速度越慢,图像所得靶区长度越接近靶区长度真实值,但是各种速度下均小于理论靶区长度。振幅越小时所得靶区长度越接近于靶区理论值,靶区覆盖率越高。临床实践中使用CBCT对动态肿瘤监控时应使用患者平静呼吸的慢速扫描。(本文来源于《中国医学物理学杂志》期刊2015年02期）
彭佳杰[3]（2010）在《生物网络中基于模体相关性分析的模体功能预测》一文中研究指出随着人类基因组计划的完成,生物信息学进入了后基因组时代。后基因组时代生物信息学研究的一个主要目的就是探究一个活细胞内所有生物分子和它们之间的相互关系。这些的相互关系构成了错综复杂的生物网络。网络生物学的迅速发展表明,生物网络的组成遵循一个普遍的秩序。当前,生物信息学研究面临的一个主要挑战就是从这些生物网络的拓扑结构中解读出生物功能。网络模体已经证明是一些生物网络中的基本生物功能模块,可以通过网络模体的研究探知生物网络的功能。文中提出了一种基于网络模体相关性分析的预测网络模体功能的思路。首先,本文利用子图分析的方法,分析网络模体的结构独立性,提高网络模体的准确性,有利于网络模体的进一步研究工作。其次,本文在分析当前生物网络研究现状的基础上,基于结构决定功能的生物学假设,以研究网络模体之间的相互关系作为切入点,预测生物网络中的网络模体功能。对于两个节点个数相近的网络模体,本文给出了基于向量空间模型的预测方法,通过比较两个网络模体的相似度,分析它们在功能上的相似性;对于已知功能的节点数较小的网络模体,本文给出了基于统计的预测方法,预测未知功能的节点数较多的网络模体功能。本文以已知功能的网络模体——前反馈回路(FFL)为基础,对大肠杆菌调控网络中包含5个节点的网络模体进行比较和功能预测,利用k-means算法对这些网络模体聚类分析。实验结果表明,我们给出的模型在一定程度上能够预测网络模体的功能。最后,给出了一个网络模体分析系统,系统中首次引入了关联度来判断两个图是否同构,大大提高了系统的运行效率,这对于优化网络模体发现算法也有一定的意义。(本文来源于《哈尔滨工业大学》期刊2010-06-01）
模体相关性论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的:研究锥形束CT扫描速度与动态模体中靶区长度的相关性。方法 :选用QUASAR(Modus,Germany)呼吸运动模体,模体内含运动插件,插件中心内嵌入一边长3 cm的立方体,用其来模拟运动靶区。设置模体振幅为0.5、1、2 cm,每一振幅分别设20、15、10次/min叁种频率,在每振幅下分别行300°、180°、90°/min运动速度的CBCT扫描。计算CBCT图像靶区长度及靶区长度覆盖率与理论结果比较。结果:振幅为5 mm时,300、180、90°/min扫描时所得不同频率下靶区长度分别为(30.17,30.33,30.5)mm;(31.17,31.83,32)mm;(32.5,33.67,33.67)mm;振幅为10 mm时,300°、180°、90°/min扫描时所得靶区长度分别为(32.67,33.67,35.67)mm;(36,37.5,37.65)mm;(40.17,40.5,41.17)mm;振幅为15 mm时,300°、180°、90°/min扫描时所得靶区长度分别为(39.33,41,41.83)mm;(43,46,46.5)mm;(47.83,48.83,49.17)mm。结论 :CBCT扫描速度、模体振幅以及模体运动频率对靶区长度均有影响。扫描速度越慢,图像所得靶区长度越接近靶区长度真实值,但是各种速度下均小于理论靶区长度。振幅越小时所得靶区长度越接近于靶区理论值,靶区覆盖率越高。临床实践中使用CBCT对动态肿瘤监控时应使用患者平静呼吸的慢速扫描。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
模体相关性论文参考文献
[1].周燕.SRK-ARC1识别模体序列多态性与甘蓝亲和指数的相关性研究[D].西南大学.2015
[2].张俊俊,杨振,柏朋刚,王玉,李奇欣.运动模体中靶区长度与锥形束CT扫描速度的相关性[J].中国医学物理学杂志.2015
[3].彭佳杰.生物网络中基于模体相关性分析的模体功能预测[D].哈尔滨工业大学.2010