导读:本文包含了噬菌体序列论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:宏基因组,可移动遗传原件,水平基因转移,噬菌体
噬菌体序列论文文献综述
方臻成,谭洁,吴姝芳,李墨,徐聪敏[1]（2019）在《基于深度学习的宏基因组噬菌体与质粒序列片段识别算法》一文中研究指出目的:实现第一个能在宏基因组高通量测序数据中同时鉴定源于噬菌体和质粒DNA片段的算法PPR-Meta,有助于人们对微生物复杂群落结构的理解以及可移动遗传原件和水平基因转移的研究。方法:首先运用"独热"编码方式作为数学模型来表征DNA序列的碱基与密码子;进一步基于深度学习算法,设计出"双通道卷积神经网络"的网络结构。该网络能从每条DNA片段中有效提取编码区与非编码区的特征,从而有效地判断DNA片段是否源于噬菌体或质粒。结果:在模拟宏基因组重迭群的测试集以及真实宏基因组数据的评估表明,本算法的性能显着优于其他只能分别鉴定噬菌体或质粒的工具。用PPR-Meta分析人体消化道宏基因组数据的结果表明,在人体消化道外端,噬菌体和质粒的含量更高,这意味着水平基因转移可能发生得更频繁。结论:PPR-Meta是第一个能在宏基因组数据中区分源于噬菌体、染色体与质粒DNA的软件,其精度显着优于其他相关工具。PPR-Meta可以从GitHub网页https://github.com/zhenchengfang/PPR-Meta中免费下载。(本文来源于《中国生物工程学会第十叁届学术年会暨2019年全国生物技术大会论文集》期刊2019-11-09）
刘子辰,李骑,张福康,张春龙,马鸿芮[2]（2018）在《一株新铜绿假单胞菌噬菌体SRT6的分离以及全基因组序列分析》一文中研究指出分离一株新铜绿假单胞菌噬菌体,进行生物学特征分析,全基因组测序和比较基因组学分析.了解该噬菌体与其他假单胞菌噬菌体之间的亲缘关系以及它的潜在应用价值.利用双层平板法分离纯化噬菌体,利用酚氯仿抽提基因组,利用Illumina Hiseq测序平台对基因组测序,利用生物信息学进行基因组和比较基因组学分析.分离到一株新的烈性铜绿假单胞菌噬菌体SRT6,其基因组全长91 364bp,G+C含量49.3%,存在182个蛋白质编码基因,其中的96个与已知功能的蛋白质具有相似性,无tRNA和tmRNA.比较基因组分析发现,噬菌体SRT6属于一个新物种.分离鉴定出一株烈性铜绿假单胞菌噬菌体SRT6,并发现它属于一个新种噬菌体,为未来利用噬菌体治疗耐药铜绿假单胞菌感染打下坚实的基础.(本文来源于《聊城大学学报(自然科学版)》期刊2018年03期）
林小波,贾环,于照祥,李四光,李贞[3]（2018）在《噬菌体展示技术筛选胃癌高表达CD44分子特异性多肽序列的可行性分析》一文中研究指出目的探讨噬菌体展示技术筛选胃癌高表达CD44分子特异性多肽序列的可行性。方法使用噬菌体展示随机十二肽文库,以CD44纯化蛋白为筛选靶点,进行4轮亲和力筛选。从第四轮的洗脱物中随机挑选30个噬菌体克隆,对这些克隆进行测序并对序列进行生物信息学分析。通过ELISA法检测噬菌体克隆对CD44分子的亲和力,挑选阳性克隆,再通过细胞免疫荧光法进一步鉴定阳性克隆。结果从第4轮的洗脱物中随机挑选的30个噬菌体克隆中共有7种多肽序列,重复20次六肽基序WHXXXX。该基序与CD44透明质酸结合域能很好地结合,ELSIA法挑选出S1、S2、S5、S7四个阳性克隆。细胞免疫荧光法鉴定出对CD44亲和力最好的克隆为S1-WHXXXXXXQQA。结论通过噬菌体展示技术筛选S1-WHXXXXXXQQA多肽序列对CD44的亲和力和特异性最好;该序列有望成为特异性探针用于胃癌的分子影像学诊断。(本文来源于《山东医药》期刊2018年24期）
于圣[4]（2018）在《铜绿假单胞菌毒性噬菌体PA-YS35的分离鉴定及全基因组序列分析》一文中研究指出铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)是革兰阴性非发酵需氧菌,普遍分布于泥土,生活用水及医院与工业废水中。作为引起伤口化脓性感染的主要致病菌之一,在机体免疫功能降低时,会引发多种疾病,如术后引起伤口感染,同时也可引发脓肿、褥疮、化脓性中耳炎等疾病。随着多重耐药性的菌株不断地更新换代并生成新的生物膜,临床治疗的难度进一步增大。噬菌体作为生物型治剂,重新走入人们的视线。噬菌体是一种浸染细菌的病毒,其遍及自然界各处。随着耐药性细菌变异速度的加快,噬菌体疗法(Phage Therapy)引起了科研学者们的兴趣及一些科研机构的重视。本实验临床分离得到宿主菌后,采用传统的双层琼脂噬斑法在吉大一院医院废水中分离得到毒性噬菌体,并将其命名为PA-YS35。电镜观察显示,噬菌体PA-YS35属于有尾噬菌体目(Caudovirales Order)、肌尾病毒科(Myoviridae family)噬菌体。生物学特性研究发现:(1)PA-YS35头部呈立体对称、直径约45nm,尾部和头部长度相仿、约为45-50nm;(2)PA-YS35的基因组为双链DNA,限制性内切酶图谱分析表明,基因组含有Eco RⅠ,Eco RⅤ,HindⅢ,NdeⅠ和XbaⅠ等几个酶切位点;(3)PA-YS35具有广谱裂解性,30株铜绿假单胞菌临床分离株可高效裂解其中的21株;(4)噬菌体PA-YS35的最佳感染复数(Multiplicity of infection,MOI)为0.01;(5)一步生长曲线显示,PA-YS35有3分钟的潜伏期,爆发期持续21分钟,爆发量为380 PFU/cell;(6)经噬菌体稳定性实验发现,PA-YS35噬菌体在50℃-70℃和p H 4-9的范围内依然有较高的活性和裂解率。噬菌体基因组测序结果表明,噬菌体PA-YS35基因组为线性双链DNA、大小为93,296 bp,GC含量为49.35%,检测出11个t RNA相关基因,其平均长度为77 bp,总长度为850 bp,占基因总量的0.9111%。使用RAST进行基因注释,结果显示,PA-YS35基因组含有172个开放阅读框(Open Reading Frame,ORF),其中有41个可预测其功能,剩余的131个为未知的编码序列。使用RNA连接酶核苷酸序列进行进化树的绘制,发现噬菌体PA-YS35的基因组与铜绿假单胞菌噬菌体Pseudomonas phage PAK P1在同一个分支上,有着较近的进化关系。噬菌体PA-YS35的全基因组序列已提交至Gen Bank,登录号:MF974178.1。综上所述,噬菌体PA-YS35为毒性噬菌体,其潜伏期短,裂解效率高,有较宽的裂解谱和极高的环境适应能力(在50℃-70℃和p H4-9的范围内依然保持较高的裂解活性),可以考虑应用于耐药性的铜绿假单胞菌感染的噬菌体生物制剂的开发。(本文来源于《吉林大学》期刊2018-05-01）
吴浠闻[5]（2018）在《鲍曼不动杆菌裂解性噬菌体XW-59的分离鉴定和全基因组序列分析》一文中研究指出鲍曼不动杆菌(Acinetobacter baumannii)是专性需氧的、非发酵的革兰阴性杆菌,广泛分布于自然界中,属于条件致病菌。临床资料显示,在感染标本中鲍曼不动杆菌的检出率不断上升,现普遍认为鲍曼不动杆菌是引起医院内感染的重要病原菌之一。另一方面,鲍曼不动杆菌多重耐药菌株和泛耐药菌株的出现造成抗生素疗效的下降。因此,鲍曼不动杆菌严重威胁着免疫功能缺陷的住院病人(如接受放疗和化疗的肿瘤患者、接受器官移植的病人、大面积烧伤患者和患有各种慢性疾病的老年人)。鲍曼不动杆菌引起的感染和日趋严重的耐药性已成为人们关注的公共卫生问题。近十几年来有关利用噬菌体用于耐药性细菌感染又引起人们的兴趣。本研究目的是通过研究鲍曼不动杆菌裂解性噬菌体的生物学特性,为噬菌体疗法应用于细菌性感染提供依据。采用双层琼脂法以鲍曼不动杆菌为宿主菌从环境污水中分离到一株裂解性噬菌体,命名为XW-59。通过电镜观察,噬菌体XW-59的形态学特征符合有尾噬菌体目(Caudovirales Order)、短尾病毒科(Podoviridae Family)噬菌体。噬菌体XW-59的最佳感染复数为10。一步生长曲线显示,噬菌体XW-59的潜伏期为10 min,爆发期为30 min。稳定性试验表明,噬菌体XW-59在60℃1h的条件下和在pH4~10的范围仍保持其裂解活性。将提取并纯化的噬菌体XW-59的基因组提交至联川生物技术有限公司(杭州,中国)进行基因测序,测序平台为IlluminaHiSeq PE150。结果表明,噬菌体XW-59基因组为双链DNA、由40,958bp组成,G+C含量为39.42%,未发现tRNA。利用GeneMarks软件并结合RAST软件对基因组进行注释。结果发现,噬菌体XW-59基因组含有50个编码序列(Coding sequences,CDSs),其中13个编码序列可预测其功能,37个编码序列为未知基因。通过BLASTn在线软件比对,噬菌体XW-59基因序列与鲍曼不动杆菌噬菌体vB_baM_IME200具有很高的同源性。综上所述,噬菌体XW-59对鲍曼不动杆菌具有较好的裂解活性,而基因组序列分析将有助于今后深入研究噬菌体在鲍曼不动杆菌感染中的应用。(本文来源于《吉林大学》期刊2018-05-01）
聂向民[6]（2017）在《HLA新等位基因的确认、序列分析及其噬菌体展示单克隆抗体的制备》一文中研究指出人类主要组织相容性复合体(Major Histocompatibility Complex,MHC)位于人类第6对染色体短臂6P21.31-21.33,由一组紧密联锁的复等位基因位点组成。其全长3.6Mb～4Mb,约古整个人类基因组3×109bpDNA的0.13%左右。该复合体编码人类白细胞抗原(human leucocyte antigen,HLA),包含蛋白编码基因位点超过150余个,约占整个人类基因组已知约3.2万个表达基因的0.5%左右。MHC是迄今所知人类最复杂、最具多态性的免疫遗传系统,也是人类基因组中已知基因最密集的区域。在人类基因组计划(the Human Genome Project,HGP)开始之前,HLA基因复合体即是整个人类基因组中研究最充分的片段。作为人类基因组计划的重点,MH成为1999年人类基因组计划中第一个完成全长测序的基因区域。其后,MHC区域基因数据不断获得更新。根据2009年Shiina等进行的统计,在总共3.78Mb的MHC区域内,已确认基因位点更新为253个。包括HLA基因45个,非HLA基因208个。MHC作为人类已知最复杂、最具多态性的基因区域,具有高度多态性。这种多态性表现为其主要基因位点含有大量的复等位基因,且等位基因的分布具有明显的种族和地区差异,不同地区、不同人群中各等位基因的频率各不相同。截止2017年,国际免疫遗传学信息系统数据库(IMGT/HLA)已公布HLA等位基因16.755个[12]。其中HLA-Ⅰ类等位基因12351个,包括HLA-A等位基因3913个,HLA-B等位基因4765个,HLA-C等位基因3510个。HLA-Ⅱ类等位基因4404个,包括HLA-DRB1等位基因2058个。HLA的这种高度多态性显示了遗传背景的多态性和复杂性。它是人类在进化过程中抵御不良环境因素的一种适应性表现,使人类具有更大的抵抗入侵病原体的能力,对维持种群的生存与延续具有重要的生物学意义。近二十年来,随着分子生物学技术与HLA DNA测序分型技术应用的不断发展与成熟,HLA新等位基因的发现进入快速发展期。随着中华骨髓库(CMDA)的建立与HLA分型数据的增加以及SBT(Sequencing Based Typing)测序分型技术的建立,在中国人群中不断发现新HLA等位基因。HLA抗体作为HLA应用研究的重要组成部分,对于HLA临床表型分析及移植排斥监测具有重要意义。HLA抗体早期来源主要为妊娠、输血等同种免疫。杂交瘤单克隆抗体技术建立后,其成为制备HLA抗体的主要来源。噬菌体抗体库(phage antibody library)技术又称噬菌体展示抗体文库(phage-display antibody library)技术,是继杂交瘤单克隆抗体技术之后,免疫抗体制备技术发展史上的又一重要技术飞跃。噬菌体抗体库技术是由噬菌体展示技术发展而来,是噬菌体展示技术和抗体库技术相结合而发展出的一项新型抗体制备技术。噬菌体抗体库技术从根本上改变了传统杂交瘤单克隆抗体的制备流程,绕过了杂交瘤细胞融合和选择性克隆化等流程,大大缩短了制备周期,增殖周期从数月可缩短至数周,极大地提高了制备效率;其抗体库容量可扩大达到106～109个克隆;并可直接获得抗体的基因序列,并可对其进行进一步基因工程改造。在HLA单克隆抗体应用研究领域,噬菌体展示抗体技术研究尚未见报道。我们自2008年起至今已发现确认HLA新等位基因33例,均获得WHO HLA因子命名委员会的正式命名。在论文第一部分,进行了 6个新等位基因的鉴定,并对其变异序列的可能来源进行分析,对其编码蛋白空间分子结构的改变进行初步分析。在论文第二部分,利用原核表达系统,对4例A*24新等位基因:HLA-A*24:191、A*24:224、A*24:225、A*24:257、A*24:02:01(作为标准 A*24等位基因)以及A*24总变异序列(包含A*24:224、A*24:225、A*24:257这3个新等位基因的变异序列)编码分子的重链胞外结构域进行原核表达,然后通过噬菌体展示抗体库技术,针对HLA-A*24:191新等位基因编码的氨基酸变异位点,进行单克隆抗体制备,作为今后对这些新等位基因的分子结构和表达进行进一步的分析和了解的研究工具。第一部分HLA新等位基因的发现鉴定及序列分析目的发现、鉴定分析新的HLA等位基因序列方法1.基因分型:样本HLA-A、B、DRB1位点常规高分辨分型采用HLAPCR-SBT(sequence-based typing)测序分型与基于Luminex液相流式平台的荧光微珠PCR-rSSO(reverse sequence-specific oligonucleotide probe,序列特异性寡核苷酸探针反向杂交)分型方法相结合的方法进行。2.基因序列分析:HLA常规高分辨分型异常样本采用单等位基因特异性单链双向测序技术,使用HLAssureTM SET HLA Typing Kit测序试剂,对每个位点上的两条单倍体上的杂合等位基因,分开进行单独正反双向测序。3.新等位基因编码蛋白分子空间结构预测分析:使用SWISS-MODEL同源建模、Phyre2及RasMol和RCSB PDB Protein Workshop软件,对新等位基因编码蛋白分子空间结构进行模拟分析。结果:1.00333号样本采用Luminex液相流式平台rSSO荧光磁珠反向杂交分型复核,结果显示为A*02:06:01+A*68:01:02,但伴有FP#022、FN#072假反应探针的异常结果。该样本SBT测序复核结果显示A位点序列最匹配结果为A*02:03:01 +A*68:01:02,但存在2个碱基差异,即在第2外显子第98位核苷酸为A(A+A)而非W(A+T),第102位核苷酸为Y(C+T)而非W(A+T)。单等位基因双向测序鉴定,表明该样本A*02:03:01等位基因第2外显子第98位核苷酸发生T->A碱基替代,导致第9位密码子由TTC变为TAC,其编码氨基酸由苯内氨酸(Phe,F)变为酪氨酸(Tyr,Y);第102位核苷酸发生A->C碱基替代,导致相应的第10位密码子由ACA变为ACC,但其编码氨基酸未发生改变。2.01513样本采用rSSO荧光磁珠流式反向杂交分型,结果显示为罕见型DRB1*15:66+DRB1*14:05:01/02,并存在FP#516/517假阳性探针的异常结果。SBT测序分型复核结果显示DRB1位点最匹配结果为DRB1*14:05:01 +DRB1*15:66,但存在2个碱基差异,即在第2外显子第258位核苷酸为T(T+T)而非Y(T+C),第261位核苷酸为Y(C+T)而非T(T+T),存在2个碱基差异替代。单等位基因双向测序鉴定,表明该样本DRB1*15:66等位基因第2外显子第258位核苷酸碱基发生C->T碱基替代,结果导致相应的第57位密码子GAC→GAT;第261位核苷酸发生T->C碱基替代,结果导致相应的第58位密码子GCT→GCC。但这两个密码子的碱基改变都未造成编码氨基酸改变。3.00791号样本SBT测序分型结果显示A*24:02:01序列第2外显子第215位核苷酸为R(A+G)而非G(G+G).存在1个碱基差异替代。单等位基因双向测序鉴定,表明该样本第2外显子第215位核苷酸碱基发生G->A碱基替代,导致相应的第48位密码子发生CGG→CAG,其编码氨基酸由精氨酸(Arg,R)→谷氨酰胺(Gln,Q)。4.00059样本SBT测序分型结果显示A位点序列最匹配结果为A*24:02:01 +A*33:03:01,但在第2外显子第178位核苷酸为Y(C+T)而非T(T+T),存在1个碱基差异替代。单等位基因双向测序鉴定,表明该样本A*24:02:01等位基因第2外显子第178位核苷酸碱基发生T->C碱基替代,结果导致相应的第36位密码子发生TTC→CTC改变,其编码氨基酸由苯丙氨酸(Phe,F)变为亮氨酸(Leu,L)。5.00290样本SBT测序分型结果显示A位点序列最匹配结果为A*24:198 +A*33:03:01,但第2外显子第155位核苷酸为W(A+T)而非T(T+T),存在1个碱基差异替代。单等位基因双向测序鉴定,表明该样本A*24:198等位基因上第2外显子第155位核苷酸碱基发生了 T->A碱基替代,结果导致相应的第28位密码子由GTG→GAG,其编码氨基酸由缬氨酸(Val,V)变为谷氨酸(Glu,E)。6.00550样本Luminex液相流式平台rSSO荧光磁珠反向杂交分型,结果显示为罕见型A*24:02:15+A*02:01:01,并存在FP#043假阳性探针的异常结果。SBT测序分型复核显示A位点序列最匹配结果为A*24:156 + A*02:01:01,但第2外显子第256位核苷酸为S(C+G)而非G(G+G),存在1个碱基差异替代。单等位基因双向测序鉴定,表明该样本A*24:156等位基因上第2外显子第256位核苷酸碱基发生了 G->C碱基替代,结果导致相应的第62位密码子由GAG→CAG,其编码氨基酸由谷氨酸(Glu,E)变为谷氨酰胺(Gln,Q)。以上等位基因序列经IMGT/HLA数据库BLAST检索确认后,递交美国NCBI GenBank数据库,获得注册序列号,然后经EMBL-EBI申报,分别被世界卫生组织(WHO)HLA因子命名委员会正式命名为HLA-A*02:355(00333样本)、DRB1*15:06:02(01513 样本)、A*24:224(00791 样本)、A*24:225(00059 号样本)、A*24:257(00290 样本)和 A*24:191(00550 号样本)。结论发现鉴定6例HLA新等位基因,分别被WHO HLA命名委员会命名为HLA-A*02:355(00333 样本)、HLA-DRB1*15:06:02(01513 样本)、HLA-A*24:224(00791 样本)、HLA-A*24:225(00059 号样本)、HLA-A*24:257(00290 样本)和 HLA-A*24:191(00550 号样本)。第二部分通过噬菌体展示技术制备新等位基因A*24:191编码蛋白单克隆抗体第一章A*24蛋白分子重链胞外结构域的原核蛋白表达纯化目的:对A*24新等位基因重链胞外结构域进行表达纯化,制备原核表达可溶性蛋白。方法:1.以A*24:19、A*24:224、A*24:225、A*24:257新等位基因序列作为模板序列进行蛋白表达。根据新等位基因A*24:224、A*24:225、A*24:257核苷酸序列变异位置,设计将以上3个新等位基因核苷酸变异汇总为A*24总变异序列(A*24 Total Mutation),将 A*24:02:01 作为 A*24 标准蛋白序列。2.基因模板采用重迭延伸PCR法,制备模板基因。使用NcoI、XhoI酶切pET-28a(+)载体。载体连接使用同源重组无缝克隆技术,将目的基因连接入载体进行表达。3.转化使用TOP10感受态细胞,将载体转化入TOP10感受态细胞。并进行克隆鉴定。4.目的蛋白诱导表达采用Transetta DE3细胞作为表达感受态细胞,对目的蛋白进行表达。5.通过超声裂解包涵体,使用Ni-NTA Resin柱纯化法进行可溶性蛋白纯化。6.SDS-PAGE电泳鉴定表达蛋白质量。结果:1.模板重迭延伸PCR鉴定、菌液PCR鉴定结果显示PCR产物大小正确,符合预期标准。2.阳性克隆测序结果显示插入基因片段与目的基因序列一致无误。3.SDS-PAGE电泳及Western Blot结果显示表达蛋白大小正确,该表达可溶性蛋白可用于下·步单克隆抗体鉴定。第二章HLA-A*24:191编码蛋白噬菌体展示库单克隆抗体制备目的通过噬菌体展示技术制备A*24新等位基因单克隆抗体方法1.使用A*24:191变异序列合成多肽免疫5只小鼠,共计4次,其间隔时间为分别为3/2/2周。免疫完成7天后ELISA检测小鼠血清效价。3天后进行免疫终加强。2.终加强免疫完成第2天提取小鼠脾脏RNA,反转录cDNA。3.使用25对轻链基因引物及50对重链基因引物,分别扩增轻链及重链基因。4.使用ApaLI和AscI内切酶,对轻链基因及pHD载体质粒进行酶切。使用NotI和SfiI内切酶酶切重链基因。5.将轻链基因酶切片段与载体质粒连接,脱盐纯化后电转SS320细胞。6.测定轻链子库库容并进行测序鉴定,鉴定合格后提取轻链子库质粒。7.使用NotI和SfiI内切酶进行酶切轻链子库质粒。然后将已酶切之重链基因连接导入轻链子库。8.测定Fab抗体库库容,挑取Fab抗体文库菌落,进行测序验证,对其抗体基因完整性与文库多态性、抗体基因种源及其Germline亚型进行分析。9.Fab抗体库经复苏、接种培养、辅助噬菌体侵染、筛选扩培,完成噬菌体展示抗体库营救扩培。10.进行噬菌体海选、淘选,营救与扩增,ELISA初筛及确认,阳性克隆抗体诱导表达。11.菌液裂解上清与A*24:191表达蛋白进行免疫印迹法检测。结果1.小鼠免疫血清检测结果显示3号小鼠免疫血清效价达到标准。2.琼脂糖凝胶电泳显示小鼠RNA提取质量、轻链和重链基因扩增及酶切结果符合要求。3.轻链子库测定库容为3.6×106pfu,测序分析显示其抗体基因正确插入率为86%(6/7)。4.Fab抗体库测定库容为4.4×l07pfu,测序分析显示其抗体基因正确插入率为80%(16/20)。抗体重链序列分析显示其均为鼠源性抗体序列,Germline亚型分析显示其70%(7/10)分布在IGHV1家族,表明抗体基因完整性与文库多态性均应大于80%。5.经噬菌体展示抗体库营救、噬菌体海选、ELISA初筛及确认,选择一株单克隆菌液裂解上清与A*24:191表达蛋白进行免疫印迹法检测,显示所制备该株噬菌体单克隆抗体可与目的蛋白以较高亲和力结合。(本文来源于《山东大学》期刊2017-09-01）
郭钟贺[7]（2017）在《鲍曼不动杆菌裂解性噬菌体LZ35的分离鉴定和全基因组序列分析》一文中研究指出鲍曼不动杆菌(Acinetobacter baumannii)是不动杆菌属重要成员之一,为专性需氧的革兰染色阴性杆菌,广泛存在于自然界的土壤和水中,也可存在健康人的肠道中。流行病学资料证实,鲍曼不动杆菌是引起医院内感染重要的条件致病菌之一,鲍曼不动杆菌引起感染的对象主要为接受化疗的肿瘤患者、器官移植病人、严重外伤和有慢性病的老年患者。此外,鲍曼不动杆菌耐药菌株和多重耐药菌株的不断出现使得抗生素疗法的实际功效明显下降,同时鲍曼不动杆菌可将其携带的耐药基因通过接合、转化和转导的方式传递其他细菌,造成细菌耐药的进一步传播。细菌耐药性的日趋严重和普遍性已成为全球的公共卫生问题。近年来,利用噬菌体预防和控制细菌感染的噬菌体疗法重新引起有关人士的关注。本项研究的目的是通过分离鉴定鲍曼不动杆菌噬菌体并对其生物学特征和遗传信息进行分析,为今后噬菌体用于鲍曼不动杆菌引起的感染提供依据。本研究采用常规方法以鲍曼不动杆菌为宿主菌从环境污水中分离到5株裂解性噬菌体,分别命名为噬菌体LZ12、LZ22、LZ35、LZ57和LZ78。电镜观察发现,噬菌体LZ12、LZ22、LZ35和LZ57的形态学特征符合肌尾病毒科(Myoviridae family)噬菌体,而LZ78则属于足尾病毒科(Podoviridae family)噬菌体。在本研究中,我们对噬菌体LZ35的生物学特性和基因组序列进行了初步的分析。结果显示,噬菌体LZ35的头部呈二十面体立体对称、直径约47 nm,尾部为伸缩性、长约56 nm。噬菌体LZ35的最佳感染复数(MOI)为0.01,一步生长曲线表明,LZ35的潜伏期为10 min,爆发量为149 pfu/cell。LZ35在p H4~10和孵育50℃1h的条件下仍能保持其生物学活性。酶切电泳显示,噬菌体LZ35的基因组中含有Eco RⅠ、BglⅡ、Eco RⅤ、HindⅢ、NdeⅠ、PstⅠ和XbaⅠ的酶切位点。提取和纯化的噬菌体LZ35基因组提交至金维智基因技术服务公司进行测序。结果表明,噬菌体LZ35基因组呈线性双链DNA、大小为44,885 bp,G+C含量是37.95%,未发现t RNA。基因注释显示,LZ35基因组含有83个编码序列(coding sequences,CDS),其中22个编码序列可预测其功能,61个编码序列为未知基因。利用BLASTn软件分析比对表明,噬菌体LZ35的基因组与鲍曼不动杆菌噬菌体IME-AB2(登录号:JX976549.1)和鲍曼不动杆菌噬菌体YMC-13-01-C62(登录号:KJ817802.1)具有很高的同源性(分别为97%和99%)。依据鲍曼不动杆菌噬菌体基因组中的RNA聚合酶核苷酸序列所绘制的进化树发现,噬菌体LZ35与鲍曼不动杆菌噬菌体YMC11/12/R12的进化关系最近,在同一分支上。噬菌体LZ35的全基因组序列已提交至Gen Bank,登录号:KU510289.1。(本文来源于《吉林大学》期刊2017-05-01）
郑辉[8]（2017）在《屎肠球菌裂解性噬菌体Ec-ZZ2全基因序列的初步分析》一文中研究指出屎肠球菌(Enterococcus faecium)是肠球菌属(Enterococcus)的重要成员,为革兰阳性球菌,常见于人和动物的肠道内,亦存在于自然界的环境中。肠球菌(粪肠球菌和屎肠球菌)为条件致病菌,是引起医院内感染的常见病原菌之一。肠球菌引起的感染对象主要为接受化疗的肿瘤患者、器官移植病人、严重外伤和有慢性病的老年患者。此外,肠球菌对抗生素的耐药已成为重要的公共卫生问题。特别是耐万古霉素肠球菌(Vancomycin-resistant Enterococci,VRE)的出现严重威胁到公众的健康。近年来,利用噬菌体预防和控制细菌感染的噬菌体疗法重新引起有关专业机构和人士的关注。本项研究的目的是通过分离鉴定屎肠球菌噬菌体并对其遗传信息进行初步分析,为今后噬菌体用于肠球菌引起的感染提供依据。采用常规方法从环境的污水中分离一株屎肠球菌裂解性噬菌体,命名为Ec-ZZ2。透射电镜显示,噬菌体Ec-ZZ2的头部呈球形、直径约50 nm,尾部长约180 nm。噬菌体Ec-ZZ2的形态学特征符合有尾病毒目、长尾病毒科噬菌体。提取和纯化的噬菌体Ec-ZZ2基因组提交至华大基因技术服务公司进行测序。结果显示,Ec-ZZ2的基因组为双链DNA、大小41,170 bp,G+C含量34.59%。序列分析表明,Ec-ZZ2基因组有59个编码序列、5个串联的重复序列和2个微卫星DNA,未发现t RNA。在59个编码序列中,29个编码序列可预测其基因功能,其余30个编码序列为未知基因。这些可预测基因功能涵盖结构蛋白模块(衣壳蛋白、尾蛋白、头尾连接蛋白、尾带宽度蛋白和尾丝蛋白)、DNA复制和组装模块(DNA多聚酶、DNA引物酶、DNA解旋酶、HNH内切酶、转录调节蛋白、通道蛋白、末端酶大亚基和末端酶小亚基)、代谢模块(裂解素、穿孔素和谷胱甘肽家族蛋白)和其他模块(金属-β-内酰胺酶蛋白域)。基因比对发现,噬菌体Ec-ZZ2基因组与肠球菌噬菌体IME-EF4(登录号:KF733017)、肠球菌噬菌体IME-EF3(登录号:KF728385)、肠球菌噬菌体Efa CPT1(登录号:JX193904)和肠球菌噬菌体AUEF3(登录号:KJ127304)具有较高的同源性,分别为97%、91%、92%和96%。噬菌体Ec-ZZ2的全基因组序列已提交至Gen Bank,登录号:KR131750。(本文来源于《吉林大学》期刊2017-05-01）
张倩,张湘莉兰,孙耀强,于会举,张培生[9]（2016）在《奶牛乳房炎金黄色葡萄球菌裂解性噬菌体裂解酶LysIMEP5基因的克隆及序列分析》一文中研究指出为了克隆奶牛乳房炎金黄色(葡萄球菌裂解性噬菌体裂解酶Lys IMEP5基因,分析其生物信息学特性,以本实验室分离的奶牛乳房炎金黄色葡萄球菌裂解性噬菌体v B_Sau S_IMEP5为材料,根据其全基因组学信息,获取裂解酶基因序列,应用Primer 5.0设计特异性引物。采用PCR方法扩增并克隆Lys IMEP5基因,通过BLAST进行序列比对分析,利用在线软件对蛋白结构进行预测。成功克隆到裂解酶Lys IMEP5基因,测序结果通过DNAMAN比对与原序列完全匹配,无任何基因突变,同源性分析显示,与已报道的金黄色葡萄球菌噬菌体裂解酶相似性最高为83.1%;裂解酶Lys IMEP5基因序列全长1371 bp,共编码456个氨基酸,为亲水性蛋白,分子质量为51.717 k Da,理论等电点为9.70;Lys IMEP5同时存在CHAP片段和Amidase-3片段;该蛋白无跨膜区,无信号肽,以无规则卷曲为主。从奶牛乳房炎金黄色葡萄球菌裂解性噬菌体中成功克隆出Lys IMEP5基因,通过对该蛋白的结构预测分析为后续克隆表达及开发新型绿色抑菌剂奠定了基础。(本文来源于《中国兽药杂志》期刊2016年10期）
聂丽,马羊帅,钟军华,杨慧林,王筱兰[10]（2016）在《基于全基因组序列比对的大肠杆菌噬菌体侵染能力分析》一文中研究指出迄今,在NCBI基因组数据库中大肠杆菌及其噬菌体的全基因组序列数量众多,这些大数据足以让我们基于全基因组序列比对研究大肠杆菌噬菌体侵染能力及宿主的抗感染能力。目前还未见大肠杆菌噬菌体侵染能力的相关报道。本研究为研究噬菌体侵染能力及其专一性提供数据。从NCBI数据库中下载大肠杆菌进化树上的代表菌株及全部的大肠杆菌噬菌体基因组序列,采用Blast软件进行序列比对,找出噬菌体与宿主的一一对应关系,再通过R语言等相关软件分析噬菌体对不同大肠杆菌宿主的侵染能力。在35个大肠杆菌噬菌体中,Escherichia phage HK75等四株噬菌体的侵染能力最强,Escherichia phage PhaxⅠ和Escherichia phage v B_Eco M_CBA120的侵染能力比较弱。在44个大肠杆菌代表株中,Escherichia coli strain400791、Escherichia coli M605的易感能力较强,Escherichia coli MS 84-1的抗噬菌体能力较强。本研究首次利用全基因组序列比对的方法分析了噬菌体对宿主的侵染能力,为噬菌体侵染能力研究提供参考数据。(本文来源于《基因组学与应用生物学》期刊2016年08期）
噬菌体序列论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
分离一株新铜绿假单胞菌噬菌体,进行生物学特征分析,全基因组测序和比较基因组学分析.了解该噬菌体与其他假单胞菌噬菌体之间的亲缘关系以及它的潜在应用价值.利用双层平板法分离纯化噬菌体,利用酚氯仿抽提基因组,利用Illumina Hiseq测序平台对基因组测序,利用生物信息学进行基因组和比较基因组学分析.分离到一株新的烈性铜绿假单胞菌噬菌体SRT6,其基因组全长91 364bp,G+C含量49.3%,存在182个蛋白质编码基因,其中的96个与已知功能的蛋白质具有相似性,无tRNA和tmRNA.比较基因组分析发现,噬菌体SRT6属于一个新物种.分离鉴定出一株烈性铜绿假单胞菌噬菌体SRT6,并发现它属于一个新种噬菌体,为未来利用噬菌体治疗耐药铜绿假单胞菌感染打下坚实的基础.
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
噬菌体序列论文参考文献
[1].方臻成,谭洁,吴姝芳,李墨,徐聪敏.基于深度学习的宏基因组噬菌体与质粒序列片段识别算法[C].中国生物工程学会第十叁届学术年会暨2019年全国生物技术大会论文集.2019
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[3].林小波,贾环,于照祥,李四光,李贞.噬菌体展示技术筛选胃癌高表达CD44分子特异性多肽序列的可行性分析[J].山东医药.2018
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[5].吴浠闻.鲍曼不动杆菌裂解性噬菌体XW-59的分离鉴定和全基因组序列分析[D].吉林大学.2018
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[8].郑辉.屎肠球菌裂解性噬菌体Ec-ZZ2全基因序列的初步分析[D].吉林大学.2017
[9].张倩,张湘莉兰,孙耀强,于会举,张培生.奶牛乳房炎金黄色葡萄球菌裂解性噬菌体裂解酶LysIMEP5基因的克隆及序列分析[J].中国兽药杂志.2016
[10].聂丽,马羊帅,钟军华,杨慧林,王筱兰.基于全基因组序列比对的大肠杆菌噬菌体侵染能力分析[J].基因组学与应用生物学.2016