导读:本文包含了基因功能注释论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:陆地棉,纤维品质,QTL定位,基因注释
基因功能注释论文文献综述
乔文青,严根土,石建斌,王宁,张亚林[1]（2019）在《陆地棉低世代群体纤维品质QTL定位及候选基因功能注释》一文中研究指出【目的】通过对纤维品质数量性状位点(Quantitative trait loci,QTLs)定位及其基因功能注释,为分子标记辅助育种提供理论依据。【方法】以2个纤维品质有差异的陆地棉品种(系)中棉所49和396289为亲本构建F2群体,以高密度遗传图谱为基础,对3个环境的F2:3家系做包括细度和成熟度等在内的7个纤维品质性状QTLs定位,利用直系同源基因簇(Clusters of orthologous groups,COG)、基因本体(Gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)等数据库对QTLs做基因功能注释。【结果】获得157个与纤维品质有关的QTLs,分布于20条染色体上,A03、A04、D02、A11和D07等有较多性状的QTLs聚集,可能是控制纤维品质性状的关键染色体。共获得13个稳定QTLs,其中qFL-A03-1和qFin-A11-4在3个环境中重复出现,另有9个QTLs则在2个环境中重复出现。通过COG、GO和KEGG对QTLs进行基因功能注释,共获得4 763个候选基因,3个数据库分别注释到2 416、4 188和2 512个基因,在稳定QTLs中共注释到429个基因,其中一些基因可能与纤维品质关系密切。【结论】利用高通量测序获得的高密度遗传图谱有助于获得较多QTLs,有利于纤维品质相关候选基因的筛选及性状的改良,提高育种效率。(本文来源于《棉花学报》期刊2019年04期）
张宁,尹美强,谭青青,温银元,王玉国[2]（2019）在《苦参转录组SSR位点及基因功能注释分析》一文中研究指出分析苦参转录组中的简单重复序列(SSR)位点信息,为开发分子标记奠定基础。利用Fastqc软件对苦参转录组测序的原始读长(reads)进行质量评估,再用Trimmomatic软件对reads质量较差的碱基进行过滤,利用Trinity软件对Trimmomatic处理后的reads进行序列组装,之后使用基因组装完整性评估(BUSCO)软件对转录组组装的序列进行质量评估,并分析组装的conting序列的开放阅读框(open reading frame,简称ORF);利用MicroSAtellite(MISA)软件对无冗余独立基因(unigene)进行SSR搜索。利用Trinity软件最终筛选得到23074条ORF信息;使用MISA软件从unigenes序列中发现8 798个SSR位点,分布于7 339条unigene中,总体上unigenes序列中SSR占比为2.16%,SSR位点平均间隔是5.28 bp,其中占比最高的是单核苷重复基序,为50.53%;其次是出现频率分别为22.28%、24.73%的二、叁核苷酸。苦参转录组中SSR类型众多,出现频率高,在后续的苦参遗传性状分析,及次生代谢(苦参碱和黄酮等次生代谢产物)途径等相关基因定位等方面具有很好的应用潜力。(本文来源于《江苏农业科学》期刊2019年07期）
陈才[3]（2019）在《猪转座组注释、活性分析及其对基因组、转录组和功能基因的影响》一文中研究指出近几十年来,大量生物基因组注释研究表明,转座元件(Transposableelements,TEs)或转座子(Transposons)及其可识别的残余成分,也称为转座组(mobilome),在原核生物和真核生物中广泛分布,对生物的基因组和基因进化发挥重要作用,转座子已成为后基因组时代的研究热点。但关于猪基因组中转座成份的注释还比较粗略,遗漏了大量信息,缺乏对猪转座组的多样性、进化、转录和转座活性及其对功能基因影响等信息的系统解读。同时转座子插入多态分子标记在猪等家畜中研究报道很少,其研究的深度和广度还远不及人类、小鼠和植物。基于此,本论文主要开展了以下研究工作:1.使用多个软件重新挖掘猪基因组中的反转录转座子,并进行了系统分类、进化动力学和插入年龄分析,构建了新的猪重复序列数据库;2.利用新构建的猪重复序列数据库,对猪基因组和转录组进行重新注释,揭示其对基因组和转录组的影响;3.根据RepeatMasker注释结果,探究了转座组对宿主基因(蛋白质编码基因和lncRNA基因)的影响;4.对年轻反转录转座子进行了转录活性、启动子活性和转座活性检测研究;5.以SINE为例,系统解析了转座子插入多态对基因外显子结构变异的影响;6.以生长发育重要候选功能基因GHR为例,系统研究了转座子插入多态对其结构变异的影响及其与表型的关联性。主要结果如下:1.从猪基因组中共鉴定到5937条L1序列,分为四个家族(L1A、L1B、L1C和L1D),53个亚家族。分析表明猪L1具有典型的哺乳动物L1的结构(5'UTR、ORF1、IGR、ORF2和3'UTR),总长度在5837bp到8822bp之间,5'UTR的长度变异较大,在551bp到3254bp之间,大多亚家族的IGR较长(390bp到529bp)。两个ORF比较保守,分别为900bp左右和3800 bp左右。四个家族呈现出不同的进化模式,每一个家族主导一个特定时期的进化活动,结合年龄分析表明,它们较其他LINE年轻,L1D是最年轻的一个家族,L1D1-7代表了最年轻的七个L1D亚家族。在L1D家族中共鉴定到98条结构完整的L1拷贝,含能够编码L1蛋白的两个ORF,可能具有转座活性。2.根据SINE序列的长度、相似性及结构特征,将其分成叁个家族(SINEA、SINEB和SINEC),25个亚家族,均属于tRNA起源。叁个SINE家族的长度差异明显,SINEA的长度在250 bp左右(不含polyA尾),而SINEB和SINEC相对短一些,分别为200 5p左右和120 bp左右。在基因组进化过程中,SINE呈现出叁个扩增波,每个扩增波对应一类SINE转座子家族。年龄分析表明SINEA是最年轻的家族,其中SINEA1、SINEA2、SINEA3代表最年轻的叁个SINE亚家族。3.ERV是LTR类反转录转座子的主要成员,分为18个家族,大多数ERV家族相对较为古老且已失去转座活性,长度大多分布在8.5kb到11 kb之间。而ERV6在近1000万年仍然比较活跃,插入年龄分析表明,ERV6是最年轻的家族,被进一步分为两个亚家族(ERV6A和ERV6B),各包含1个能编码含gag、pol和env的长肽的拷贝,可能具有转座活性。4.转座组注释结果表明,反转录转座子占基因组的37.13%(929.09MB),其中LINE、LTR和SINE分别占基因组的18.52%、7.56%和11.05%。DNA转座子相对而言非常少,仅占基因组的1.99%。最年轻的七个L1亚家族(L1D1-7)只占基因组的0.17%。最年轻的叁个SINE亚家族(SINEA1-3)仅占0.63%,而其中最年轻的两个ERV亚家族(ERV6A和ERV6B)仅占基因组的0.02%。5.通过生物信息分析,超过80%的蛋白编码基因和1ncRNA基因含有转座子的插入,约一半的蛋白编码基因(44.30%)和四分之一(24.13%)的1ncRNA基因含有年轻反转录转座子的插入,并且约一半的蛋白编码基因(43.78%)与反转录转座子产生融合转录本。进一步分析发现,反转录转座子在蛋白编码基因和1ncRNA基因及其他们的转录本中的含量、插入位置和插入方向存在明显的偏好性。6.通过反转录转座活性实验验证了猪基因组中年轻L1具有转座活性。实验证明无论以自身的5'UTR作为启动子还是替换为CMV启动子,都能够在HeLa细胞中发生反转录转座,但转座活性显着低于人的L1(p<0.01)。当把猪L1的IGR替换为人L1的IGR时,猪L1的转座活性显着提高(p<0.05)。7.通过双荧光素酶报告系统证实,来自L1D1、L1D2和L1D7的叁条正向5'UTR和一条来自L1D2的反向5'UTR在不同细胞系中检测到弱启动子活性。ERV6B的正向LTR呈现出较高的启动子活性,而ERV6A的正向LTR和ERV6B的反向LTR呈现出中等启动子活性,ERV6A的反向LTR在本次研究中未检测到启动子活性。8.叁类年轻反转录转座子在多个组织和细胞系中均检测到正反向转录产物。在除生殖器官外的各组织和细胞系中呈现出相似的转录模式并且均有反向转录产物,而在生殖器官中呈现出不同的转录模式,在睾丸中L1的ORF1、ORF2,ERV的gag、pol和env的正向转录以及ERV的LTR的反向转录受到抑制,但可以清楚的检测到L1的5'UTR的反向转录产物。另外,SINE在卵巢中正反向均检测到转录,但在睾丸中却未检测到转录。在大脑和小脑中观察到较高的ERV6-LTR的反向转录水平。9.SINEA、SINEB和SINEC叁个家族在基因组中的插入位点总数为1204691个,其中在基因的外显子区共鉴定到24024个插入位点,其中在编码区(CDS)共鉴定到792个,非编码区23232个,对应约30%的基因。通过比较不同年龄的SINE插入位点多态频率,发现越年轻的SINE亚家族,多态频率越高。对外显子区最年轻的叁个亚家族(SINEA1-3)插入位点进行全面比对分析和实验验证,最终筛选出151个多态位点,多分布在非编码区。10.GHR基因及其侧翼区的转座子注解后发现含有155个转座子插入,绝大部分为反转录转座子(152/98.06%),对应25.63%的序列。其中SINE类转座子最多,有74个,而其中68个来自最年轻的家族SINEA,对应5.64%的序列。对获取的15条来自不同品种基因组的GHR基因及侧翼序列比对后发现34个长度超过50 bp的结构变异,且全部为转座子插入多态引起。选取部分转座子引起的结构变异位点进行实验验证,获得5个转座子插入多态位点,其中1个在大白群体中检测后发现纯合转座子插入基因型(SINE+/+)的个体的校正背膘厚显着小于纯合无插入基因型(SINE-/-)的个体。研究对猪基因组中转座成份进行了系统的挖掘、分类、进化分析、活性分析和注解,并系统评估了转座组对基因组、转录组和功能基因的影响,并进行了分子标记挖掘及应用评估,研究结果为更加全面、深刻的认识和理解猪转座组提供了实验依据和理论基础,并为开发猪基因组新型分子标记,进行重要经济性状的精细定位提供参考。(本文来源于《扬州大学》期刊2019-04-12）
代佳妮,陈曦,云一倩,王勇,于靖[4]（2019）在《槟榔花果转录组数据组装及基因功能注释》一文中研究指出为了挖掘参与槟榔主要次生代谢产物生物合成与积累的关键酶基因,并明确其组织特异性,本研究以‘热研1号’槟榔雄花、雌花、种子、果肉为试验材料,用Illumina HiSeq TM 2000分别进行转录组测序,共获得265 505 184个Clean reads片段,组装后与Nr、KOG、KEGG、Swiss-Prot四大数据库进行比对,共有78 798个Unigenes被四大数据库注释,其中NR共注释35 467个Unigenes,对比后发现槟榔与油棕、海枣等具有一定的相似性;Swiss-prot共注释23 722个Unigenes;KOG共注释20 499个Unigenes,根据功能将槟榔转录组中的Unigene分为26类;KEGG共注释20 499个Unigenes,有10 009个Unigenes被四大数据库同时注释。槟榔转录组数据库的建立,可以有效地为解决槟榔次生代谢调控方面研究空白及活性成分合成和积累的代谢途径尚未明确的问题给予强大数据支持。该研究所得结果有助于槟榔药用成分的大量生产,为槟榔药用价值的开发利用提供依据。(本文来源于《分子植物育种》期刊2019年06期）
吴亚维,徐娟,韩秀梅,张兴无,洪怡[5]（2019）在《红白果肉颜色火龙果果肉转录组分析和基因功能注释》一文中研究指出为探明红肉和白肉火龙果果肉转录组差异,挖掘影响火龙果色素代谢的候选基因。利用Illumina HiSeq测序平台对不同颜色火龙果果肉组织中所有m RNA进行高通量测序,所得序列经质控、组装后比对到Nr (NCBI non-redundant protein sequences)、SWISS-PROT (an annotated protein sequence database)、Nt(NCBI nucleotide sequences)、KEGG (kyoto encyclopedia of genes and genomes)、COG (clusters of orthologous groups)和GO (gene ontology)数据库,并进行差异表达基因聚类分析和KEGG通路分析,对基于高通量测序拼接获得Unigenes进行SSR (simple sequence repeats)位点分析。结果表明,测序共获得74 033个Unigenes,其中有42 606个得到注释,‘紫红龙’和‘晶红龙’果肉差异表达基因11 958个,在‘紫红龙’果肉中分别有2 674个基因上调表达、9 284个下调表达,找到与甜菜苷代谢相关的差异表达基因25个,DODA、CYP76AD和GT7基因可能在火龙果甜菜苷调控中发挥正调控作用。通过SSR位点信息分析,从74 033个Unigene中共检测到15 770个SSR位点,含SSR标记序列12 988个,出现频率最高的复基元为AG/CT,共获得6 562条SSR引物,按照SSR序列长度大于20 bp的标准筛选得到1 291条SSR引物。本研究结果可为火龙果果肉颜色形成机制的阐明及其遗传育种提供理论依据。(本文来源于《分子植物育种》期刊2019年02期）
蒋向辉,苑静,王翔[6]（2018）在《青钱柳叶片转录组数据组装及基因功能注释》一文中研究指出青钱柳是一种民间常用中药,青钱柳叶中有多种生物活性的次生代谢物,如有机酸、黄酮类、皂苷类、铱类、精油、无机元素等,但对于青钱柳次生代谢产物合成的分子机制仍未见有报道.使用Illumina公司Hiseq 4000平台对青钱柳叶进行转录组测序,对reads进行拼接,得到50126个unigenes平均长度为1 247bp,有19 875 (39.65%)unigenes由NCBI非冗余数据库进行注释的,23 716 (47.31%)unigenes被注释到GO数据库,14 950个(29.82%)unigenes匹配到COG功能组.进一步的分析结果显示,6 012 (11.20%)个unigenes被富集到254个KEGG代谢通路,其中1 212个unigenes参与了次生代谢产物的生物合成,并且发现126个unigenes参与异戊二烯代谢,包括萜烯类、香茅醛、呋喃酮、苷的代谢途径.此外,总共检测到21 089个简单序列重复(SSRs).通过对老叶与嫩叶的转录组比较分析结果显示,在青钱柳不同生长发育时期的叶片中,基因表达上调占主异作用的过程主要涉及萜类和多肽的代谢、辅酶和维生素的代谢和氨基酸代谢,而基因表达下调占主异作用的过程主要涉及信号传输、类脂物代谢与能量代谢.该转录组数据可为青钱柳重要生物活性成分的生物合成和调控提供参考.(本文来源于《华中师范大学学报(自然科学版)》期刊2018年06期）
王妍,景岚,李鑫淳[7]（2018）在《向日葵锈菌转录组SNP位点挖掘及所在基因功能注释》一文中研究指出为了解向日葵锈菌基因组中SNP所在基因功能及其致病性,使用SOAPsnp软件对向日葵锈菌330小种不同萌发阶段(0,4,8 h)的转录组测序结果拼接得到的59 409条Unigene序列进行SNP检测,计算其发生频率并对其进行Nr、Nt注释、GO分类、COG分类、KEGG代谢通路注释与PHI比对。结果发现,共有29 966个SNP位点分别分布在8 321条Unigene上,SNP发生的频率为1/2 764 bp,其中转换19 599个,颠换10 367个。在所有变异类型中,A/G和C/T发生频率最高,分别达32.80%和32.60%。注释结果表明,分别有79.46%,43.00%的序列被注释到Nr、Nt数据库中,基因中涉及最多的为遗传信息过程通路,以翻译为主;最后将这些含SNP Unigene与病原菌寄主互作数据库PHI比对,共筛选到961条可能与向日葵锈菌致病性相关的含SNP的序列,因而认为,锈菌的致病性是由真菌细胞壁修饰蛋白和潜在的致病效应蛋白所致。结果可为以后进一步开发SNP遗传多态性、遗传图谱的构建提供理论依据,为研究向日葵锈菌毒力与功能奠定基础,并对向日葵的抗病育种研究具有重大意义。(本文来源于《华北农学报》期刊2018年03期）
刘雅婷[8]（2018）在《烟粉虱性别决定基因的注释与功能研究》一文中研究指出烟粉虱是世界性的重大农业害虫,寄主谱广、繁殖率高、适应性强、危害性大而难以治理。长期依赖化学杀虫剂进行防治,导致烟粉虱抗药性的产生,新的绿色防控方法的开发及其基础理论研究的开展刻不容缓。昆虫性别决定是物种长期进化选择的结果,影响昆虫的发育和生殖。本研究利用Q烟粉虱基因组及转录组数据信息,注释并克隆了烟粉虱性别决定基因,阐明了这些基因的表达模式及可变剪接模式,并在此基础上利用RNAi技术对部分基因进行功能验证。为筛选烟粉虱防治的靶标基因,开发新的烟粉虱防治方法提供理论依据。主要结果如下:在烟粉虱基因组中共鉴定到26个性别决定基因,其中PSI、dsx、tra2先前已被本实验室报道,另外23个基因包括tra、fru、Sxl等均首次被鉴定到。比较分析不同昆虫同源性别决定基因,发现性别决定基因存在物种特异性,例如tra在蚜虫、家蚕、褐飞虱、埃及伊蚊中缺失;her只存在于果蝇;sisC和sisA只在果蝇和家蝇中被找到。利用烟粉虱转录组信息,分析26个性别决定基因的表达谱,发现这些基因在不同龄期的表达模式上具有相似性:80.8%的基因在卵期表达丰度最高,92.3%的基因在成虫期表达量最低,57.7%的基因在雌雄两性中的表达丰度差异显着。通过实时荧光定量(RT-qPCR)对性别决定基因的表达模式进行验证,结果显示RT-qPCR和RNA-seq结果一致性比例为92.3%。分别组装烟粉虱的雌/雄转录组数据,开展26个性别决定基因的可变剪接形式分析,结果发现da、dsx、Imp、PSI、tra2、mle 6个基因在雌/雄转录组中存在不同片段大小的序列。进一步PCR验证结果显示,da、mle、dsx、PSI存在性特异可变剪接,而Imp和tra2无,其中tra2的结果和之前报道一致。依据传统的分类方法,所有可变剪接形式可分为内含子保留、外显子跳跃、可变的受体位点和可变的供体位点四类。将已研究的6个基因的剪接形式进行汇总,发现dsx、tra2、PSI和da的剪接形式大部分来自于外显子跳跃,说明外显子跳跃可能是烟粉虱可变剪接中最常见的一种模式。利用烟粉虱转录组序列数据及RACE技术,克隆烟粉虱BtPSI基因。BtPSI编码区全长2208bp,编码735个氨基酸,具有典型的PSI蛋白质保守结构域。BtPSI在烟粉虱成虫中共发现92种剪接形式,其中70种为雌性特有,14种为雄性特有。RNAi实验表明,BtPSI参与调控Vg的表达,但与dsx的转录调控无关。沉默BtPSI并未引起雌虫产卵量及两性特征的变化。根据序列注释信息,直接克隆得到Btix cDNA全长序列。Btix编码区全长546bp,编码181个氨基酸,且具有典型的IX蛋白质保守结构区域Med29。Btix在烟粉虱成虫中共有4种剪接形式,编码4种蛋白质,但仅Btix1和Btix2发现有完整的Med29结构域。RNAi实验表明,1)沉默Btix不会引起dsx可变剪接和mRNA表达水平的变化;2)沉默Btdsx对Btix的表达量没有影响;3)沉默Btix,烟粉虱雌虫的产卵量显着下降;4)沉默Btix偶见腹部异常的雌虫。该结果说明Btix可作为烟粉虱潜在的防治靶标基因。根据注释信息及烟粉虱转录组数据,在烟粉虱成虫中克隆到fru的2个转录本,fru-a和fru-b。fru-a包含一个1263bp的开放阅读框,编码420个氨基酸;fru-b包含一个1143bp的开放阅读框,编码380个氨基酸。fru在所有分析的昆虫中都保有BTB结构域和大部分的锌指结构域,fru-a和fru-b的锌指结构分别隶属于ZnA和ZnG。fru-a和fru-b均在烟粉虱的卵期出现高表达,且雌雄虫中的表达量呈现显着差异。可变剪接分析表明,fru-a和fru-b在烟粉虱成虫中都有性特异可变剪接。将烟粉虱的fru和dsx与金小蜂的fru、dsx进行比对发现,它们共有一段保守的TRA/TRA2结合位点。说明烟粉虱fru的性特异剪接很可能也受到tra/tra2的调控。(本文来源于《湖南农业大学》期刊2018-06-01）
蒋边,潘嘉琪,叶柳清,陆丽施,袁长春[9]（2018）在《番木瓜果实转录组数据组装及基因功能注释》一文中研究指出为了获得番木瓜果实转录组数据及预测关键基因功能。本研究通过Illumina HiSeq TM 2500高通量测序技术平台对番木瓜果实中提取的总RNA进行测序,获得了平均值为36 770 860.67个原始reads。经过滤、从头组装和拼接获得了54 941条高质量Unigene,平均长度为921 bp,N50的值为1 770。对所得Unigene进行不同数据库注释,30 592个和24 467个Unigene分别在NR和Swiss-Prot数据库有同源比对信息,确定了番木瓜同源序列所属物种;在KOG数据库中共有29 974个Unigene被注释上25种功能,其中涵盖基因最多的是一般功能预测;114 207个Unigene被注释到生物学过程、细胞组分及分子功能的GO数据库叁大类别的48个功能组,其中大量Unigene与细胞过程、代谢过程、细胞部分、细胞催化及结合相关;根据KEGG数据库,可将11 766个Unigene定位到130个代谢途径分支,其中大部分的基因都与氨基酸、碳水化合物、脂类以及核苷酸的代谢相关。本研究结果将为进一步开展番木瓜果实的相关代谢途径、激素信号传导途径以及生物活性物质的合成途径中关键基因的挖掘提供理论参考。(本文来源于《分子植物育种》期刊2018年21期）
林毅英[10]（2018）在《基于叁代测序技术的高产糖化酶黑曲霉工业菌株基因组组装与注释及功能基因比较研究》一文中研究指出黑曲霉是工业生产中常用的丝状真菌。本研究的研究对象黑曲霉SH2、HL_1具有不产孢子、蛋白分泌能力强等特点,并且可以进行高密度发酵在大规模发酵中应用广泛。第叁代基因组测序技术即单分子测序技术,没有PCR扩增,杜绝了扩增引入碱基的错误,同时以其独特的读长特点,显着减少后续的基因拼接以及提高功能注释的质量,在基因组测序中具有显着的优势。本研究应用第叁代单分子测序技术,对黑曲霉SH2和黑曲霉HL_1进行测序,通过组装、功能基因注释,分别将这两菌株和黑曲霉CBS513.88进行比较基因组学研究,从基因和功能蛋白表达等方面阐述两株菌的遗传学特性。本研究的主要内容和结果如下。1.黑曲霉SH2、HL_1基因组组装及功能基因注释基于Pac Bio平台,应用第叁代单分子技术对黑曲霉SH2和黑曲霉HL_1进行全基因组测序,获得原始reads,用Celera、Falcon软件分别进行组装,获得最优结果,其中黑曲霉SH2获得11个Scaffold,基因组大小为34.4Mb,基因11348个,外显子35883个,蛋白质编码区11348个,t RNA 317个,r RNA 57个,s RNA 62个,sn RNA 28个,mi RNA170个,GC含量49.74%。黑曲霉HL_1获得28个contigs,基因组大小为34.6 Mb,基因10821个,外显子35582个,蛋白质编码区10821个,t RNA300个,s RNA4个,sn RNA18个,GC含量49.49%。2.黑曲霉菌株SH2、HL_1与模式菌株CBS513.88的比较基因组分析将黑曲霉SH2、HL_1的基因组序列与黑曲霉模式菌株CBS513.88进行核苷酸层次以及蛋白质层次的同源性分析,通过比对得出叁菌株的基因组成差异以及两菌株所缺失的基因,并通过PCR验证生物信息学的分析结果,完善黑曲霉SH2和HL_1的基因组信息。其中,与黑曲霉菌株孢子发育相关的核心基因是An18g01170(Prp A),模式菌株CBS513.88存在该基因,将黑曲霉SH2和黑曲霉HL_1与模式菌株进行全基因组比对,比对结果显示黑曲霉SH2缺少该基因,而黑曲霉HL_1存在该基因,并且与CBS513.88是100%匹配,这与SH2菌株无孢子的表型以及HL_1产少量孢子的表型吻合。同时,两菌株在蛋白质翻译表达方面的基因富集较多,从理论上论证SH2和HL_1能够成为工业生产中异源蛋白表达宿主的原因。系统进化分析结果显示,SH2与ATCC-1015亲缘关系较近,HL_1与CBS513.88亲缘关系较近,该结果为明确工业黑曲霉菌株之间的亲缘关系以及进化演变地位提供理论支持。3.对黑曲霉SH2、HL_1关键代谢基因的注释与分析黑曲霉SH2和黑曲霉HL_1是工业生产细菌,用于糖化酶生产以及异源表达宿主,对与蛋白翻译转录以及分泌相关的基因簇聚类有重要工业价值,本研究主要对蛋白水解酶基因簇、多糖降解酶基因簇、转录因子基因簇、次级代谢基因簇以及与细胞壁相关基因簇进行聚类,并且构建了两株黑曲霉的中心代谢网络,这些信息对于利用基因修饰工术对菌株进行改造,从而进一步提高其蛋白分泌量有一定的参考价值。通过对两株黑曲霉的密码子使用频率进行分析,获得了两株菌蛋白基因高表达高使用频率密码子ATG(甲硫氨酸,Met)、TGG(色氨酸,Trp),为工业菌株密码子优化及其改造提供参考。本论文旨在利用第叁代单分子技术对两株黑曲霉SH2和HL_1进行全基因组测序,并进行功能预测以及注释,分析所有基因功能,充分了解两株黑曲霉的遗传特性、转录、以及表达等特点和机理,通过比较基因组学的研究,完善两菌株的基因层面的信息,为现代化的工业生产提供遗传信息支持,同时也为微生物基因组学的研究提供技术以及数据分析参考。构建了这两株高产糖化酶黑曲霉的中心代谢途径,并对其蛋白水解酶基因簇、多糖降解酶、次级代谢基因簇、与细胞壁相关基因簇聚类,这些基因簇与蛋白的表达或者分泌有一定的联系,同时也对两株菌的密码子偏好性进行分析,这对于菌株改造、基因修饰或者密码子优化有一定的指导作用,对于进一步提高蛋白的产量有重要意义。(本文来源于《华南理工大学》期刊2018-04-15）
基因功能注释论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
分析苦参转录组中的简单重复序列(SSR)位点信息,为开发分子标记奠定基础。利用Fastqc软件对苦参转录组测序的原始读长(reads)进行质量评估,再用Trimmomatic软件对reads质量较差的碱基进行过滤,利用Trinity软件对Trimmomatic处理后的reads进行序列组装,之后使用基因组装完整性评估(BUSCO)软件对转录组组装的序列进行质量评估,并分析组装的conting序列的开放阅读框(open reading frame,简称ORF);利用MicroSAtellite(MISA)软件对无冗余独立基因(unigene)进行SSR搜索。利用Trinity软件最终筛选得到23074条ORF信息;使用MISA软件从unigenes序列中发现8 798个SSR位点,分布于7 339条unigene中,总体上unigenes序列中SSR占比为2.16%,SSR位点平均间隔是5.28 bp,其中占比最高的是单核苷重复基序,为50.53%;其次是出现频率分别为22.28%、24.73%的二、叁核苷酸。苦参转录组中SSR类型众多,出现频率高,在后续的苦参遗传性状分析,及次生代谢(苦参碱和黄酮等次生代谢产物)途径等相关基因定位等方面具有很好的应用潜力。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
基因功能注释论文参考文献
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