导读:本文包含了系统发生学分析论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:灵芝,全基因组分析,分子钟,基因扩增
系统发生学分析论文文献综述
龚明,鲍大鹏,唐传红,张劲松[1]（2016）在《沪农灵芝1号全基因组系统发生与比较基因组学分析》一文中研究指出对"沪农灵芝1号"(Ganoderma lucidum SH,简称沪灵芝)等23个真菌物种进行全基因组系统发生分析,进一步选取其中10个具有代表性的物种进行比较基因组学分析。全基因组系统发生分析显示沪灵芝与其它两个灵芝物种形成一个簇并与绵腐卧孔菌(P.placenta)靠近。分子钟估计结果显示灵芝属和绵腐卧孔菌的分化时间大约为180百万年前,其中JGI灵芝(G.lucidum JGI)的分化时间为35.2百万年前,而沪灵芝和京灵芝(G.lucidum BJ)的分化时间为8.75百万年前。这表明相比JGI灵芝的分化时间,沪灵芝和京灵芝分化较晚,两个灵芝物种的亲缘关系较近。基因家族尺寸和直系同源基因数目分析显示,与其它灵芝物种相比沪灵芝基因家族具有一定的收缩趋势;进一步对基因家族数目进行比较的结果显示,沪灵芝逆转录酶家族发生了显着扩增。GO功能分析提示沪灵芝逆转录酶家族的功能富集主要为结合和催化活性。(本文来源于《中国菌物学会2016年学术年会论文摘要集》期刊2016-08-19）
郝家胜,孙晓燕,石庆会,盖永华,杨群[2]（2011）在《基于线粒体基因组全序列数据的蝶类系统发生和谱系发育年代学分析》一文中研究指出蝶类是鳞翅目昆虫中的一个重要的类群。然而,由于化石记录的相对匮乏,蝶类的起源与系统进化研究还存在许多未解的难题。基于基因组序列数据的分子系统学研究和谱系发育年代学分析将为这些问题的解决提供重要的线索。(本文来源于《中国古生物学会第26届学术年会论文集》期刊2011-10-21）
张帆,蔡红兵[3]（2011）在《湖北地区宫颈癌组织中HPV16型LCR基因变异特点及系统发生学分析》一文中研究指出目的研究人乳头瘤病毒(HPV)16型LCR基因在湖北地区宫颈癌组织中的变异特点,通过系统发生学分析探讨宫颈癌患者感染的HPV16型变异株的流行型别及特征。方法从22例宫颈癌手术切除标本中提取组织DNA,用HPV16LCR特异性引物进行PCR扩增,对扩增的LCR产物片段进行测序,用:Paup4.0软件使用邻接法对HPV 16变异株进行系统发生学分析。结果在22例宫颈癌组织中LCR基因存在着12个位点的基因变异。高频率突变位点有5个。其中第7521位核苷酸由G变异为A,变异频率为100%;第7730位核苷酸由A变异为C,变异频率为86.4%,第7842位核苷酸由G变异为A,变异频率为77.3%,7714位由T变异为G,变异频率为31.8%;第7930位核苷酸由C变异为T,变异频率为31.8%。HPV 16 LCR中的5个高频位点,均位可与多个转录因子结合的区域。对LCR基因进行的进化树分析表明,中国湖北地区流行的HPV16病毒株主要为亚洲型变异体(As),其次为欧洲型(E),没有发现非洲-1型(Af-1),非洲-2型(Af-2)和亚洲美洲型(AA)HPV16变异体。结论湖北地区宫颈癌组织中LCR存在着一定程度的基因变异,其中一些高频位点与国内、外报道的结果有明显差异,构成了湖北地区LCR的突变热点。湖北地区流行的As变异体是否有更高的致宫颈癌的风险还有待于对变异体蛋白进行功能研究。(本文来源于《中国抗癌协会妇科肿瘤专业委员会第十一届全国学术会议论文汇编》期刊2011-10-13）
季燕萍[4]（2009）在《热带爪蟾G蛋白偶联受体的系统发生及比较基因组学分析》一文中研究指出G蛋白偶联受体是人类基因组中成员数量最多的一个超蛋白家族。这些受体蛋白将细胞外的信号传递到细胞内的效应器,在几乎所有的生理功能运行中扮演至关重要的角色。在人体内,很多疾病的产生与这些受体正常功能的失调有关,因此G蛋白偶联受体在临床医学领域占据极为重要的地位。G蛋白偶联受体的进化数据可以用于其功能方面的研究,特别是对于致病型突变的结构评估有非常大的利用价值。虽然G蛋白偶联受体的完整信息已在鱼类及哺乳类动物中有了详尽的报道,但是两栖类动物这方面的数据还是空白。两栖动物代表了脊椎动物从水生到陆生这一演化阶段的过渡类群,因此将两栖动物G蛋白偶联受体的研究结果结合此前在鱼类和哺乳类动物中的研究成果,将有助于串联起G蛋白偶联受体从鱼类到哺乳类动物的进化史。另外,由于两栖动物自身作为实验模式动物有很多优点,并且它们的某些生理特性和脊椎动物相同(包括高级灵长类动物),所以两栖动物可作为非哺乳类的实验模式动物来研究G蛋白偶联受体的功能和药理特征。因此,本课题选择热带爪蟾全基因组为研究对象,通过一系列实验策略,鉴定、研究和分析了热带爪蟾基因组中的全部G蛋白偶联受体。研究得到以下结果:(1)在热带爪蟾的全基因组中共鉴定出1452个G蛋白偶联受体。(2)严格的系统发生学分析将热带爪蟾G蛋白偶联受体分成了谷氨酸盐受体类,视紫红质类,粘着蛋白类,卷曲蛋白类,味觉2受体类,分泌素受体类和犁鼻骨1受体类这七个受体家族。(3)不管是从受体的种类还是数量来看,热带爪蟾中的G蛋白偶联受体更趋近于高等动物,兼有水生和陆生特点,表现出从水生到陆生的过渡形态。(4)将近70%的热带爪蟾G蛋白偶联受体都与外界化学信息的接受有关,分别由嗅觉受体、犁鼻骨1受体和犁鼻骨2受体这叁类受体组成。(5)大规模的本地扩增是造成热带爪蟾与化学信息相关类G蛋白偶联受体数量和种类特征的主要原因。通过把热带爪蟾G蛋白偶联受体与鱼类和/或哺乳类动物的相关受体进行比较,得到了一系列系统发生学比较数据,这些数据将帮助更好地了解G蛋白偶联受体这一古老蛋白的进化历程。最终得到的受体序列信息也将为G蛋白偶联受体功能相关保守基序的鉴定,特别是一些致病型突变的鉴定提供有价值的参考。此外,从热带爪蟾中的鉴定出的孤儿G蛋白偶联受体更将为创新药的研发提供线索。(本文来源于《华东师范大学》期刊2009-05-01）
系统发生学分析论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
蝶类是鳞翅目昆虫中的一个重要的类群。然而,由于化石记录的相对匮乏,蝶类的起源与系统进化研究还存在许多未解的难题。基于基因组序列数据的分子系统学研究和谱系发育年代学分析将为这些问题的解决提供重要的线索。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
系统发生学分析论文参考文献
[1].龚明,鲍大鹏,唐传红,张劲松.沪农灵芝1号全基因组系统发生与比较基因组学分析[C].中国菌物学会2016年学术年会论文摘要集.2016
[2].郝家胜,孙晓燕,石庆会,盖永华,杨群.基于线粒体基因组全序列数据的蝶类系统发生和谱系发育年代学分析[C].中国古生物学会第26届学术年会论文集.2011
[3].张帆,蔡红兵.湖北地区宫颈癌组织中HPV16型LCR基因变异特点及系统发生学分析[C].中国抗癌协会妇科肿瘤专业委员会第十一届全国学术会议论文汇编.2011
[4].季燕萍.热带爪蟾G蛋白偶联受体的系统发生及比较基因组学分析[D].华东师范大学.2009