导读:本文包含了剪接模式论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:肺癌,PPP1R13L,可变剪接,P53
剪接模式论文文献综述
逯晓波,于涛,肖明扬,张国培[1]（2019）在《癌基因PPP1R13L可变剪接模式的预测、验证及与肺癌肿瘤特征的关联分析》一文中研究指出目的:肺癌以不断攀升的发病率和死亡率成为全球范围内严重威胁人类健康的疾病之一。找寻有效生物学标志做到早期预防和合理治疗意义重大。pre-mRNA的可变剪接是控制基因表达和产生蛋白质多样性的重要机制,也是引起癌症表达的天然来源。PPP1R13L是新发现的癌基因,存在2个常见的编码蛋白的可变剪接异构体PPP1R13L-L和PPP1R13L-SV,两者可能在化学致癌中发挥不同的生物学功能,呈现出特异性可变剪接模式。方法:首先根据Affymetrix基因芯片技术和生物信息学软件(UCSC等)综合预测和筛选PPP1R13L剪接异构体,通过RACE试验验证其真实存在。在肺癌及其癌旁组织中,实时定量PCR检测PPP1R13L候选可变剪接体和P53基因mRNA的表达水平,Western blot观察PPP1R13L候选转录本蛋白表达情况,整体及分层分析PPP1R13L候选转录表达与其临床病理特征之间的关联,分析在癌组织中P53表达与PPP1R13L候选可变剪接异构体的相关性。结果:1.根据基因芯片技术和数据库筛选,RACE试验确定在肺癌病例和肺癌细胞系中均表达PPP1R3L转录本PPP1R13L-L和PPP1R13L-SV。2.在98例肺癌患者中,PPP1R13L-SV可变剪接异构体在癌组织中mRNA表达水平明显高于癌旁(P<0.05),而P53基因mRNA表达水平在癌旁组织中明显升高(P<0.05);年龄大于60岁(包括60岁)的人群癌组织中PPP1R13L-SV剪接异构体mRNA表达水平明显升高,而P53基因mRNA表达水平在癌组织中表达明显降低(P<0.05)。吸烟患者PPP1R13L-SV可变剪接异构体在肺癌组织中mRNA表达水平要明显高于癌旁组织(P<0.05)。在鳞癌组织中PPP1R13L-SV可变剪接异构体mRNA表达水平升高,同时P53基因mRNA表达水平降低(P<0.05),而且在肺腺癌和肺鳞癌组织蛋白检测对比分析中也发现同样的趋势。在肺鳞癌组织中,当肿瘤直径≥3cm时,PPP1R13LSV明显高表达(P<0.05),同时P53基因低表达(P<0.05),在有淋巴结转移的情况下,PPP1R13LSV高表达(P=0.054,为临界值,认为差异具有统计学意义),在恶性肿瘤高分期组(Ⅲ/Ⅳ期),PPP1R13L-SV呈高水平表达(P<0.05),而P53基因呈低水平表达(P<0.05),PPP1R13L-SV可变剪接异构体m RNA或蛋白表达水平与P53mRNA或蛋白表达水平呈负相关(P<0.05)。在15例肺癌患者癌、癌旁及远端组织,PPP1R13L-SV可变剪接体在癌、癌旁及远端组织中mRNA表达水平呈下降趋势(F=11.183,P<0.05),但癌旁与远端组织中PPP1R13L-SV蛋白表达无明显差别。结论:肺癌人群研究发现PPP1R13L-SV可能通过影响P53的表达而成为在肺鳞癌发生发展的过程中起关键作用的可变剪接模式,且与肺癌发生发展密切相关。本研究为肺癌特异性可变剪接模式的研究提供理论基础,也为其精准预防和早期诊断提供新的科研思路和分子靶标。(本文来源于《2019全国呼吸毒理与卫生毒理学术研讨会论文集》期刊2019-10-25）
肖凤琳,张延松[2]（2018）在《超高强度钢电阻点焊拉剪接头断裂模式的模拟分析》一文中研究指出以1.5mm热成形钢为例,建立超高强度钢点焊拉剪接头有限元模型,定义了热影响区几何尺寸及其材料属性,分析了熔核尺寸对点焊接头断裂模式的影响.结果表明:部分界面断裂模式在软化区发生并在焊核内沿板厚方向失效;而焊核剥离模式则在焊核外沿板厚方向失效;获得了不同断裂模式(界面断裂,部分界面断裂和焊核剥离断裂)下的临界熔核尺寸.为超高强度钢点焊拉剪接头断裂模式评价与预测提供了技术参考.(本文来源于《上海交通大学学报》期刊2018年03期）
孙永山,赵海峰,汤振宇,李旦,马猛[3]（2016）在《基于序列模式挖掘的基因剪接位点》一文中研究指出剪接是基因表达过程中连接转录和翻译的中枢步骤,是一个高度调控的过程。剪接位点是基因剪接过程中的核心调控元件。本文通过挖掘剪接位点序列中蕴含的序列特征,提出了一个基于序列模式挖掘的基因剪接位点序列打分模型。通过该模型,实现对剪接位点序列信号强度的定量度量。实验结果表明,该模型可有效分类真假剪接位点序列,分类效果优于最大信息熵模型,模型具有良好的鲁棒性,并且可有效识别致病剪接位点序列突变。(本文来源于《数据采集与处理》期刊2016年05期）
刘旦梅,张彦洁,裴雁曦[4]（2016）在《番茄MADS-box基因Lemads1的可变剪接与表达模式分析》一文中研究指出可变剪接(alternative splicing)是真核基因转录的普遍现象和重要调控方式,在生物体的各种生理过程中发挥着重要的作用。植物转录因子MADS-box基因在植物生长发育中发挥重要作用。番茄(Solanum lycopersicum L.)SEPALLATA(SEP)亚族基因Lemads1是1个在番茄果实成熟过程中具有关键作用的MADS-box家族成员,但至今尚未见其转录剪接模式的详细报道。本研究发现,Lemads1基因在转录时存在可变剪接现象,并检测到4种Lemads1可变剪接转录本,其扩增长度依次为:699 bp、741 bp、1 404 bp和1 539 bp。剪接方式有外显子选择性切除和内含子保留两种。这4种转录本编码长度为232 aa、246 aa和266 aa的3种蛋白质。氨基酸序列比对和系统进化分析结果表明,这3种蛋白序列的差异主要集中在C区,但并不影响它们的系统进化地位。在进化上,它们仍属于SEP亚家族LOFSEP亚支中的FBP9/23分支,与它们亲缘关系最近的番茄SEP类蛋白是SLMBP21。Lemads1反义RNA转基因植株表型观察结果表明,该基因可能参与番茄果实成熟和萼片发育过程;而组织特异性表达分析表明,该基因的4种转录本具有相似但并不完全相同的表达模式,它们都在萼片和果实中高表达,但在这2个组织发育过程中的表达变化却有明显差异。暗示这些可变剪接转录本在萼片和果实发育过程中扮演了不同的角色。本研究提供了番茄Lemads1基因存在可变剪切的重要信息,对该基因功能的深度发掘具有指导意义。(本文来源于《中国生物化学与分子生物学报》期刊2016年06期）
孙永山[5]（2016）在《基于序列模式挖掘识别基因剪接位点的研究》一文中研究指出生物信息学是融合了计算机科学和生命科学形成的一门新兴交叉学科。生物信息学不仅成为了生物医学研究的基础学科,也成为了信息科学研究最为活跃的领域之一。基因表达调控是分子生物学研究的核心问题之一。基因剪接是基因表达过程中连接转录和翻译的中枢步骤。DNA通过转录得到前体RNA,前体RNA剪接后得到成熟RNA序列,根据成熟RNA序列编码蛋白质产物。研究基因剪接和剪接机制,能够为我们更深入了解基因表达提供重要证据,目前已成为生物信息学研究的一个重要方向。分子生物学理论研究表明影响剪接的核心顺式调控元件之一是剪接位点。医学工作者研究也表明多种人类疾病致病机理均和剪接位点突变有关联。所以,正确识别基因中存在的剪接位点是研究剪接机制和剪接位点突变的前提,并能为致病机制的研究提供依据和指导。围绕这个难题,本文通过挖掘剪接位点序列中蕴含的序列特征,融合PSSM(Position-Specific Scoring Matrix,位置特异分值矩阵)算法,提出了一个基于序列模式挖掘模型,可以实现对剪接位点信号强度的定量度量,进而识别剪接位点。基因剪接机制是多种不同顺式元件和蛋白质之间相互影响而进行的组合调控。为了更深入、更全面的研究剪接机制,我们在序列模式挖掘模型的基础上,进一步对剪接位点组合调控机制进行了研究。本文主要研究工作和创新之处如下：(1)提出一个能够定量分析剪接位点序列的模型。根据基因序列本身包含的丰富分类信息和保守型特征,本文应用频繁模式挖掘理论和算法融合PSSM算法,提出序列模式挖掘模型。通过该模型,挖掘出剪接位点序列中蕴含的碱基相关性,分别计算出供体剪接位点位点、受体剪接位点和致病基因突变剪接位点信号强度值,从而进行识别和分类。实验数据均按照生物理论,从UCSC数据库中的人类全基因序列抽取。通过对该模型的实验验证,可有效区分真、假剪接位点和识别致病剪接位点突变。并且其识别结果不仅优于最大信息熵模型,且本身具有良好鲁棒性。(2)剪接位点组合调控研究。剪接位点序列存在保守型(剪接位点上下游单聚体、二聚体、叁聚体组成具有强相关性)是能够有效识别剪接位点的最大依据,现今的识别算法和模型也都是基于抽取的序列保守特征信息来构造分类器。但是,在基因剪接过程中,剪接位点、分支位点和剪接调控元件叁种顺式序列以及不同的蛋白质均可以对剪接产生调控作用。并且,每一个内含子序列两端的5’端和3’端剪接位点本身也相互存在影响。研究不同剪接信号的相互作用和补偿机制,可以为提高剪接位点识别效果和深入研究剪接机制提供思路和证据。本文基于序列模式挖掘模型设计实验,对同一内含子5’端和3’端剪接位点信号强度进行量化,得出5’端剪接位点信号强度越大,3’端剪接位点就具有更多的选择,反之则不能的结论,阐明了两种不同剪接位点信号之间存在的关系。并进一步统计强弱5’端、3’端剪接位点延长序列上的四类剪接调控元件分布密度,得出剪接调控元件与剪接位点之间也存在相互补偿机制的证据。(本文来源于《安徽大学》期刊2016-03-01）
赵庆云,陈群志,黄宏,崔长京,肖庆东[6]（2015）在《7050-T7451干涉螺接双剪接头疲劳寿命与失效模式研究》一文中研究指出针对不同干涉量的7050-T7451双剪接头,进行疲劳试验,对比分析了不同干涉量接头的疲劳寿命。通过扫描电镜(SEM)方法,研究了干涉接头疲劳断口形貌特征。研究结果表明:采用干涉量0.08 mm~0.14 mm对7050-T7451板材双剪接头进行干涉安装,可取得较好的疲劳强化效果,并且在0.11 mm干涉量下,疲劳寿命增益最显着。7050-T7451双剪接头试样疲劳断口呈现混合型穿晶疲劳断裂特征,材料具备一定韧性。干涉螺接对孔壁有强化作用,干涉螺接的试片裂纹源于结构表面,而不源于孔壁,结构表面的改进将有利于疲劳寿命的提高。(本文来源于《机械科学与技术》期刊2015年05期）
李朝晖,田男,魏君,李小玲,杜超[7]（2014）在《胶质瘤细胞中ADAR2 mRNA前体选择性剪接模式的分析》一文中研究指出目的:比较胶质瘤细胞U87、U251、A172和正常星形胶质细胞HA1800中ADAR2 mRNA前体选择性剪接模式的差异。方法:RFPCR产物测序检测胶质瘤细胞和正常胶质细胞中GluR2 Q/R位点的A-to-I编辑水平。根据前期研究鉴定出的选择性剪接位点设计特异性引物,RT-PCR方法检测胶质瘤细胞U87、U251、A172和正常星形胶质细胞HA1800中不同剪接转录本的相对表达量,比较胶质瘤细胞和正常星形胶质细胞中ADAR2 mRNA前体剪接模式的差异。结果:胶质瘤细胞中GluR2 Q/R位点的A-to-I编辑水平明显下降。RT-PCR检测到在胶质瘤细胞中,Exon 1a(+)/1a(-)、Exon 2(+)/2(-)的比值在胶质瘤细胞和正常星形胶质细胞中无显着性差异。Exon 5a(+)/5a(-)的比值明显高于正常星形胶质细胞HA1800。结论:Exon 5a位点的剪接在胶质瘤细胞和正常星形胶质细胞中有显着性差异,Exon 5a(+)转录本的表达增加可能是导致胶质瘤细胞中ADAR2编辑活性下降的原因。(本文来源于《中国肿瘤临床》期刊2014年08期）
李军华,余章龙,昌鸣先[8]（2013）在《草鱼PGRP6剪接异构体的克隆与表达模式分析》一文中研究指出肽聚糖识别蛋白(peptidoglycan recognition proteins,PGRPs)是一类在先天性免疫系统中发挥重要作用的模式识别受体,因其对细菌细胞壁成分肽聚糖(peptidoglycan,PGN)的识别作用而被命名为肽聚糖识别蛋白,其结构在从无脊椎动物进化到脊椎动物的过程中相当保守。剪接异构体的存在是PGRPs家族的普遍特点。本研究对草鱼(Ctenopharyngodon idellus)肽聚糖识别蛋白PGRP6的剪接异构体进行了克隆,并对其表达特性和功能进行了详细分析。根据gcPGRP6的cDNA全长设计引物,克隆获得了gcPGRP6的剪接异构体gcPGRP6isoform,其开放阅读框包含585bp,编码194个氨基酸,在其N端具有一个推断的22个氨基酸的信号肽,C端具有完整的PGRP结构域。荧光定量PCR分析显示,gcPGRP6 isoform在健康草鱼的组织中呈组成型表达,在肠中表达量最高,其次是脾脏和肝脏。同时,利用LPS、PGN、LTA和Poly I:C等刺激均能使其在组织水平和细胞水平上的表达显着上调。免疫荧光和Western Blotting分析显示,尽管gcPGRP6 isoform含有信号肽,但它广泛分布于整个细胞内;且其胞浆蛋白对Lys型PGN、DAP型PGN以及革兰氏阳性菌和阴性菌均表现出较强的结合能力。通过荧光素酶检测发现,gcPGRP6 isoform能有效激活NF-κB通路。此外,gcPGRP6 isoform还能不同程度地诱导一些先天免疫分子的表达。(本文来源于《中国水产学会鱼病专业委员会2013年学术研讨会论文摘要汇编》期刊2013-11-05）
张薇,沈权,彭正羽[9]（2011）在《NCAM L1小基因模型的建立及其剪接模式研究》一文中研究指出目的:建立可用于前体mRNA可变剪接分析的NCAM L1小基因模型。方法:以人基因组DNA为模板,通过PCR扩增获得NCAM L1小基因片段,并将其克隆至真核表达载体中,构建小基因的质粒。在此基础上,用NCAM L1小基因模型转染HeLa、COS-1、PFSK及R28细胞,并用RT-PCR进行被剪接的小基因产物的半定量检测。结果:NCAM L1小基因在4种细胞中的剪接模式不同,在PFSK以及Hela细胞中,存在2种剪接亚型,而在COS-1以及R28细胞中只有一种剪接亚型存在。结论:所构建的NCAM L1小基因可用于细胞水平的基因剪接分析。(本文来源于《浙江大学学报(医学版)》期刊2011年04期）
罗瑾[10]（2011）在《Brm对永生化胃黏膜上皮细胞hTERT选择性剪接模式调控的研究》一文中研究指出研究目的：SWI/SNF (switch/sucrose non-fermenting)是位于基因编码区的染色质重塑复合物,具有调控选择性剪接体的功能。Brm (Brahma)是染色质重塑复合物SWI/SNF的催化亚单位,具有DNA依赖的ATP酶活性,通过调节染色质结构影响基因表达；同时Brm也参与多种基因前体mRNA的剪接调控,可以诱导E-钙粘着蛋白,BIM,细胞周期蛋白D1,CD44等多种基因mRNA发生外显子融合作用。选择性剪接是真核生物基因中普遍存在的一种现象,它在真核基因表达调控中起着十分重要的作用。选择性剪接是人端粒酶逆转录酶(human telomerase reverse transcriptase, hTERT)基因表达调控的机制之一。本研究利用Brm-siRNA转染永生化人胃黏膜上皮细胞,观察RNA干扰前后Brm基因对hTERT选择性剪接调控的影响,进一步阐明端粒酶逆转录酶选择性剪接的分子机制,为肿瘤的临床诊断和治疗提供了新的实验基础和理论依据。研究方法：实验用永生化人胃黏膜上皮细胞系GES-1购自北京肿瘤医院遗传室。传代培养GES-1细胞4-5代后,随机选取对数生长期细胞并转染入Brm-siRNA.提取RNA干扰前后GES-1细胞总RNA,以β-actin为内参,利用RT-PCR分别检测目的基因Brm的表达情况；然后分别提取RNA干扰前后GES-1细胞总蛋白,以β-actin为内参,经Western blot检测BRM蛋白的表达情况,确定Brm是否已被干扰。最后用RNA干扰前后提取的GES-1细胞总RNA进行逆转录,以逆转后的cDNA为模板,检测hTERT选择性剪接变异体的类型及表达情况,进一步观察Brm基因对人端粒酶逆转录酶选择性剪接的调控作用。数据分析采用SPSS17.0统计软件进行处理,采用单因素方差分析,P≤0.05作为差异有统计学意义。结果：1. RT-PCR法：对于空白对照组和阴性对照组,提取细胞总RNA逆转录后可以扩增出Brm目的基因,并且Brm mRNA的表达量无明显差异(P>0.05)；对于转染入Brm-siRNA的实验组,提取细胞总RNA逆转录后Brm mRNA表达量明显低于空白对照组和阴性对照组,差异具有统计学意义(P≤0.01)。2. Western blot法：对于空白对照组和阴性对照组,提取细胞总蛋白进行Western blot实验后可以检测到BRM蛋白的表达,并且BRM蛋白的表达量无明显差异(P＞0.05)；对于转染入Brm.siRNA的实验组,提取总蛋白进行Westernblot实验检测到BRM蛋白的表达量明显低于空白对照组和阴性对照组,差异具有统计学意义(P<0.01)。3.RT.PCR扩增hTERT选择性剪接转录本的表达：将空白对照组,阴性对照组以及转染Brm.siRNA的实验组中提取得到的总RNA进行逆转录,以逆转后的cDNA为模板PCR扩增后可检测到叁种hTERT选择性剪接变异体(hTERTASV),分别为的α+β+hTERT ASV,α-β+hTERT ASV和α+β-hTERT ASV.并且在转染入Brm-siRNA的实验组中可检测到α+β+hTERT ASV表达量较空白对照组和阴性对照组明显下降,α+β-hTERT ASV的表达量较空白对照组和阴性对照组明显升高,差异具有统计学意义(P<0.05)。结论：转染Brm-siRNA后,细胞中Brm mRNA表达量以及BRM蛋白的表达量均明显低于空白对照组和阴性对照组,提示Brm-siRNA可以有效的沉默目的基因和蛋白的表达。永生化胃黏膜上皮细胞GES-1 hTERT mRNA可产生叁种选择性剪接转录产物,分别为α+β+hTERT ASV,α+β-hTERT ASV和α-β+hTERT ASV,且沉默Brm基因后,α+β+hTERT ASV表达明显下降,α+β-hTERT ASV表达明显升高。Brm可以调控永生化人胃黏膜上皮细胞GES-1 hTERT选择性剪接变异体的表达,从而引起端粒酶活性的改变,为肿瘤的临床治疗提供新的思路和方法。(本文来源于《天津医科大学》期刊2011-05-01）
剪接模式论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
以1.5mm热成形钢为例,建立超高强度钢点焊拉剪接头有限元模型,定义了热影响区几何尺寸及其材料属性,分析了熔核尺寸对点焊接头断裂模式的影响.结果表明:部分界面断裂模式在软化区发生并在焊核内沿板厚方向失效;而焊核剥离模式则在焊核外沿板厚方向失效;获得了不同断裂模式(界面断裂,部分界面断裂和焊核剥离断裂)下的临界熔核尺寸.为超高强度钢点焊拉剪接头断裂模式评价与预测提供了技术参考.
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
剪接模式论文参考文献
[1].逯晓波,于涛,肖明扬,张国培.癌基因PPP1R13L可变剪接模式的预测、验证及与肺癌肿瘤特征的关联分析[C].2019全国呼吸毒理与卫生毒理学术研讨会论文集.2019
[2].肖凤琳,张延松.超高强度钢电阻点焊拉剪接头断裂模式的模拟分析[J].上海交通大学学报.2018
[3].孙永山,赵海峰,汤振宇,李旦,马猛.基于序列模式挖掘的基因剪接位点[J].数据采集与处理.2016
[4].刘旦梅,张彦洁,裴雁曦.番茄MADS-box基因Lemads1的可变剪接与表达模式分析[J].中国生物化学与分子生物学报.2016
[5].孙永山.基于序列模式挖掘识别基因剪接位点的研究[D].安徽大学.2016
[6].赵庆云,陈群志,黄宏,崔长京,肖庆东.7050-T7451干涉螺接双剪接头疲劳寿命与失效模式研究[J].机械科学与技术.2015
[7].李朝晖,田男,魏君,李小玲,杜超.胶质瘤细胞中ADAR2mRNA前体选择性剪接模式的分析[J].中国肿瘤临床.2014
[8].李军华,余章龙,昌鸣先.草鱼PGRP6剪接异构体的克隆与表达模式分析[C].中国水产学会鱼病专业委员会2013年学术研讨会论文摘要汇编.2013
[9].张薇,沈权,彭正羽.NCAML1小基因模型的建立及其剪接模式研究[J].浙江大学学报(医学版).2011
[10].罗瑾.Brm对永生化胃黏膜上皮细胞hTERT选择性剪接模式调控的研究[D].天津医科大学.2011