本文主要研究内容
作者李涛（2019）在《粳糯谷子籽粒灌浆期转录组测序和差异表达基因分析》一文中研究指出：谷子糯性影响小米的蒸煮食味品质,本研究依据灌浆期GBSSI、SSS和SBE酶活性动态变化,利用高通量测序技术Illumina Hiseq4000对糯谷公谷68(灌浆期第1和5天)和粳谷赤谷4号(灌浆期第1和10天)未成熟籽粒进行转录组测序。结果表明:1.三种酶活性均呈现低—高—低的变化趋势,其中GBSSI、SSS和SBE活性在灌浆第5天、10天和3天分别达到最大。2.Unigene注释到eggNOG和KEGG数据库的同源比对信息分别为73752和37785条,其中eggNOG依其功能约分为24类,KEGG依其功能注释到有机系统、新陈代谢、遗传信息处理、环境信息处理和细胞进程的Unigene序列依次分别为2457、20382、10214、2259和2473个。GO功能分类将345137条Unigene分到生物过程、细胞组分和分子功能三大本体,分别含25、15和10个GO子类别。3.GBSSI活性最高和最低时,糯谷差异基因数量较少,上调较下调表达基因多431个;粳谷差异基因数量较多,上调较下调表达基因多97个。说明糯谷籽粒形成过程中差异基因个数变化不大,且上调基因为主导因素,粳谷籽粒形成过程中差异基因个数变化较大。4.灌浆前期糯谷差异表达基因GO富集最大的是种子油体生物发生功能,粳谷是光合作用、光系统中的光捕获I和色素结合功能;灌浆前期粳糯谷GO富集程度最大的是芳香族化合物生物合成。5.粳糯谷差异表达基因KEGG富集在植物激素信号转导途径变化均较明显;粳谷在植物-病原体相互作用途径变化显著,但糯谷不显著。6.筛选出表达量(TPM值)较高且差异较大的差异基因10个。比较组A2-VS-A1中,差异基因SSII-3和PHO1在A2中为下调表达,在A1中为上调表达;差异基因AS在A2中为上调表达,在A1中为下调表达。比较组B2-VS-B1中,差异基因PHO1-1、AGP16和WAXY在B2中为下调表达,在B1中为上调表达;差异基因AS在B2中为上调表达,在B1中为下调表达。比较组B1-VS-A1中,差异基因GT7在B1中为上调表达,在A1中为下调表达;差异基因CESA1在B1中为上调表达,在A1中为下调表达。在比较组B2-VS-A2中,差异基因CESA7在B2中为下调表达,在B1中为上调表达。7.以Actin(Si001873)为内参基因,将10个粳糯相关的差异基因进行qRT-PCR验证,与转录组结果相吻合,证明所挑选出的10个差异基因确实与谷子粳糯性相关。
Abstract
gu zi nuo xing ying xiang xiao mi de zheng zhu shi wei pin zhi ,ben yan jiu yi ju guan jiang ji GBSSI、SSShe SBEmei huo xing dong tai bian hua ,li yong gao tong liang ce xu ji shu Illumina Hiseq4000dui nuo gu gong gu 68(guan jiang ji di 1he 5tian )he jing gu chi gu 4hao (guan jiang ji di 1he 10tian )wei cheng shou zi li jin hang zhuai lu zu ce xu 。jie guo biao ming :1.san chong mei huo xing jun cheng xian di —gao —di de bian hua qu shi ,ji zhong GBSSI、SSShe SBEhuo xing zai guan jiang di 5tian 、10tian he 3tian fen bie da dao zui da 。2.Unigenezhu shi dao eggNOGhe KEGGshu ju ku de tong yuan bi dui xin xi fen bie wei 73752he 37785tiao ,ji zhong eggNOGyi ji gong neng yao fen wei 24lei ,KEGGyi ji gong neng zhu shi dao you ji ji tong 、xin chen dai xie 、wei chuan xin xi chu li 、huan jing xin xi chu li he xi bao jin cheng de Unigenexu lie yi ci fen bie wei 2457、20382、10214、2259he 2473ge 。GOgong neng fen lei jiang 345137tiao Unigenefen dao sheng wu guo cheng 、xi bao zu fen he fen zi gong neng san da ben ti ,fen bie han 25、15he 10ge GOzi lei bie 。3.GBSSIhuo xing zui gao he zui di shi ,nuo gu cha yi ji yin shu liang jiao shao ,shang diao jiao xia diao biao da ji yin duo 431ge ;jing gu cha yi ji yin shu liang jiao duo ,shang diao jiao xia diao biao da ji yin duo 97ge 。shui ming nuo gu zi li xing cheng guo cheng zhong cha yi ji yin ge shu bian hua bu da ,ju shang diao ji yin wei zhu dao yin su ,jing gu zi li xing cheng guo cheng zhong cha yi ji yin ge shu bian hua jiao da 。4.guan jiang qian ji nuo gu cha yi biao da ji yin GOfu ji zui da de shi chong zi you ti sheng wu fa sheng gong neng ,jing gu shi guang ge zuo yong 、guang ji tong zhong de guang bu huo Ihe se su jie ge gong neng ;guan jiang qian ji jing nuo gu GOfu ji cheng du zui da de shi fang xiang zu hua ge wu sheng wu ge cheng 。5.jing nuo gu cha yi biao da ji yin KEGGfu ji zai zhi wu ji su xin hao zhuai dao tu jing bian hua jun jiao ming xian ;jing gu zai zhi wu -bing yuan ti xiang hu zuo yong tu jing bian hua xian zhe ,dan nuo gu bu xian zhe 。6.shai shua chu biao da liang (TPMzhi )jiao gao ju cha yi jiao da de cha yi ji yin 10ge 。bi jiao zu A2-VS-A1zhong ,cha yi ji yin SSII-3he PHO1zai A2zhong wei xia diao biao da ,zai A1zhong wei shang diao biao da ;cha yi ji yin ASzai A2zhong wei shang diao biao da ,zai A1zhong wei xia diao biao da 。bi jiao zu B2-VS-B1zhong ,cha yi ji yin PHO1-1、AGP16he WAXYzai B2zhong wei xia diao biao da ,zai B1zhong wei shang diao biao da ;cha yi ji yin ASzai B2zhong wei shang diao biao da ,zai B1zhong wei xia diao biao da 。bi jiao zu B1-VS-A1zhong ,cha yi ji yin GT7zai B1zhong wei shang diao biao da ,zai A1zhong wei xia diao biao da ;cha yi ji yin CESA1zai B1zhong wei shang diao biao da ,zai A1zhong wei xia diao biao da 。zai bi jiao zu B2-VS-A2zhong ,cha yi ji yin CESA7zai B2zhong wei xia diao biao da ,zai B1zhong wei shang diao biao da 。7.yi Actin(Si001873)wei nei can ji yin ,jiang 10ge jing nuo xiang guan de cha yi ji yin jin hang qRT-PCRyan zheng ,yu zhuai lu zu jie guo xiang wen ge ,zheng ming suo tiao shua chu de 10ge cha yi ji yin que shi yu gu zi jing nuo xing xiang guan 。
论文参考文献
论文详细介绍
论文作者分别是来自内蒙古农业大学的李涛，发表于刊物内蒙古农业大学2019-10-08论文，是一篇关于谷子论文,籽粒灌浆期论文,转录组测序论文,差异表达基因论文,内蒙古农业大学2019-10-08论文的文章。本文可供学术参考使用，各位学者可以免费参考阅读下载，文章观点不代表本站观点，资料来自内蒙古农业大学2019-10-08论文网站，若本站收录的文献无意侵犯了您的著作版权，请联系我们删除。
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