导读:本文包含了褐点石斑鱼论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:生长激素,生长激素受体,雌激素受体生物信息学分析,组织表达
褐点石斑鱼论文文献综述
Amenyogbe,Eric[1]（2019）在《杂交石斑鱼（褐点石斑鱼♀×清水石斑鱼♂）生长激素、生长激素受体及雌激素受体的分子识别、生物信息学和表达谱分析》一文中研究指出生长激素可以对脊椎动物产生促进包括身体生长,刺激特定的代谢和精确基因的转录调控在内大量的生物作用。它通过靶组织上的生长激素受体促进这些生物活性。生长激素有反应的靶细胞则含有膜结合的生长激素受体。这与其他细胞因子受体相似;信号转导由一个GH结合两个GHR引发,形成一个受体二聚体。同样,类固醇激素在脊椎动物的生殖生物学中发挥着重要作用。包含雌激素,雄激素和孕激素的类固醇激素的几种目前叙述的活性都是由限制在靶细胞核中的精确受体介导的。在硬骨鱼类和仓鼠配体激活转录因子中,至少存在ERα、ERβ1和ERβ2叁种雌激素受体。雌激素不是单一通过雌激素受体发挥作用的的雌性生殖激素,而是在包括鱼类在内的脊椎动物的整个身体中起作用,并参与雄性和雌性所有性别的生理和病理状态。例如,在人类中,雌激素调控下颌骨保护、循环和中枢神经系统以及生殖系统。对杂交脊椎动物尤其是杂交石斑鱼的生长激素、生长激素受体和雌激素受体的了解相对较少。因此,本研究是采用母本褐点石斑鱼与父本清水石斑鱼杂交出来的石斑鱼,作为研究杂交脊椎动物的GH,GHR和ERs的模型。具体目的是研究存在于杂交石斑鱼中的生长激素,生长激素受体(GHR1或GHR2和雌激素受体(ERα,ERβ1和ERβ2),并且对之后它们的表达也进行了研究。将杂交石斑鱼GH、和ERs cDNA从脑垂体、脑、肝和心脏cDNA文库中分离出来。GH序列分析显示:5'非翻译区146bp,开放阅读框588bp,3'非翻译区166bp,全长899bp,编码蛋白156个氨基酸残基。GHR1显示6bp的5'utr,开放阅读框1842bp,328bp的3'utr,总长度2176bp,编码蛋白612个氨基酸残基。建立了由48 bp的5'utr、708 bp的开放式阅读框和1068bp的3'utr组成的GHR2编码蛋白,总长度为1824 bp,氨基酸残基235个。另一方面,ERα显示5'utr为172 bp,开放式阅读框为1866 bp,3'utr为354 bp,总长度为2391 bp,编码蛋白质的氨基酸残基为621个。以53 bp的5'utr、1638 bp的开放式阅读框和457bp的3'utr组成ERβ1,使编码蛋白总长2626 bp,氨基酸残基546个。建立了含1075bp的5'utr、732bp的开放式阅读框和532bp的3'utr的ERβ2,使编码蛋白全长2339bp,氨基酸残基244个。这些结果证实了杂交石斑鱼中GH/GHRs和ERs的特性,并为进一步研究提高杂交石斑鱼生长速度提供了良好的材料。(本文来源于《广东海洋大学》期刊2019-06-01）
卢晓颖[2]（2019）在《杂交石斑鱼及其母本褐点石斑鱼免疫相关基因的筛选及功能分析》一文中研究指出石斑鱼(Epinephelus spp.)以其味道鲜美、营养丰富、肉质细嫩成为热带和亚热带地区最受欢迎的养殖品种之一。本课题组前期开展了褐点石斑鱼(Epinephelus fuscoguttatus,♀)×清水石斑鱼(E.polyphekadion,♂)杂交育种研究,并成功完成杂交石斑鱼子一代的培育。该杂交石斑鱼在免疫应答、抗病力等方面的表现尚不清晰,本研究围绕杂交石斑鱼及其母本褐点石斑鱼在免疫应答方面的差异开展了以下研究:1、杂交石斑鱼和褐点石斑鱼免疫相关组织的转录组测序采用Illumina/Hiseq-2000 RNA-Seq技术对杂交石斑鱼[褐点石斑鱼(E.fuscoguttatus,♀)×清水石斑鱼(E.polyphekadion,♂)]和褐点石斑鱼注射polyI:C 24h后的脾脏和头肾进行RNA-seq测序。共得到62,238条高质量unigenes,平均长度为1,150bp,N50为2,499bp。功能注释结果显示,至少有27,305(43.94%)个unigenes在一个数据库中被注释,有11,622(23.07%)个unigenes在4个数据库中都被注释。根据差异基因筛选原则[基因的|log2(倍数变化)|≥1]和错误发现率(FDR)<0.05,筛选出47,920个差异表达基因(DEGs)。KEGG功能富集分析结果表明,差异表达基因(DEGs)富集到20条免疫相关的信号通路里,如RIG-I-样受体信号通路,NOD-样受体信号通路和Toll样受体信号通路。随机选出9个差异基因进行qRT-PCR验证,结果显示,这9个差异基因的表达趋势与转录组结果一致。基于转录组测序筛选出的差异表达基因数据,从中挑选出与免疫应答相关的模式受体基因(NLRX1、NLRP1、TLR9、NLRP3、NOD2和TLR5)、白细胞介素IL-1β和IRF3,开展基因的克隆及表达分析。2、免疫相关差异表达基因的表达分析(1)先天性免疫抵抗病原的入侵主要依赖于模式识别受体(pattern-recognition receptors,PRRs)对病原的识别,激活免疫反应,从而抵御外界病原的侵入。外周血淋巴细胞(PBL)由淋巴器官产生,是具有免疫识别功能的细胞系,也是机体免疫应答功能的重要细胞成分和开展免疫学研究的关键。为了解PRRs基因在杂交石斑鱼和褐点石斑鱼免疫应答中的作用。首先需要采集纯度高且足量的PBL,本研究首先利用不同Percoll浓度(15%、20%、25%、30%、35%)梯度密度离心法分离杂交石斑鱼的外周血淋巴细胞,通过血涂片的方法对血细胞中的不同细胞进行分类、统计。结果表明,浓度为25%的Percoll分离液收集的杂交石斑鱼淋巴细胞白膜层富集最明显,且PBL数量最多(85.56%),纯度最高(90%),活性最好(95%以上)。(2)为了检测免疫相关差异表达基因在PBL应对LPS和PolyI:C免疫过程中的表达情况,利用LPS和PolyI:C刺激PBL(25%浓度),检测免疫相关差异表达基因的时序性表达情况。结果显示,LPS和PolyI:C刺激PBL1h后,杂交石斑鱼的TLR2和TLR9基因表达量在LPS刺激后无明显差异;褐点石斑鱼中只有NLRX1基因和IL-1β基因表达量在PolyI:C刺激后无明显区别。(3)为了解IRF3基因在杂交石斑鱼应对外源病毒刺激的免疫应答中的作用,本研究利用RACE(rapid-amplification of cDNA ends)技术克隆了杂交石斑鱼IRF3基因并分析其在PBL中的表达情况。结果表明,该基因cDNA全长为2529bp,包含5’非编码区(5’-UTR)325bp,3’非编码区(3’’UTR)916bp,开放阅读框(Open Reading Frame,ORF)1377bp,可编码458个氨基酸。氨基酸序列包含N-末端DNA结合区(DBD)(1-108aa)、1个C-末端干扰素相关区(IAD)(255-435aa)以及色氨酸富含区(SRD)3个结构域。系统进化分析结果显示,杂交石斑鱼IRF3与花鲈(Lateolabrax maculatus)IRF3聚为一支,亲缘关系较近。利用实时荧光定量PCR检测了IRF3基因在杂交石斑鱼肝、胃、鳃、肠、脾脏等9种组织的表达情况,结果显示,IRF3基因在9种组织中均有表达,肝、胃、肠中的表达量明显高于其他组织,头肾表达量最低。此外,PBL在PolyI:C刺激1h后,IRF3基因表达量逐渐升高,4h时表达量达到最大值(约为对照组的9.3倍),8h后逐渐下降。3、PolyI:C和LPS刺激对杂交石斑鱼PBL中叁种酶活力的影响利用PolyI:C和LPS分别刺激PBL,并在0h、1h、4h、8h和12h分别测定ACP、AKP和CAT的活力。结果显示,PBL经PolyI:C刺激后,ACP和AKP两种水解酶的活力都显着高于对照组(0h),但CAT活力无明显变化;PBL经LPS刺激后,ACP、AKP和CAT叁种水解酶的活力都显着高于对照组(0h);(本文来源于《广东海洋大学》期刊2019-06-01）
林明德[3]（2019）在《基于转录组测序对杂交石斑鱼及其母本褐点石斑鱼的比较分析》一文中研究指出褐点石斑鱼(Epinephelus fuscoguttatus)和杂交石斑鱼(E.fuscoguttatus♀×E.polyphekadion♂)是鲈形目石斑鱼属鱼类,是我国东南沿海的重要养殖品种。杂交石斑鱼是褐点石斑鱼(E.fuscoguttatus♀,又叫老虎斑、棕点石斑鱼)和清水石斑鱼(E.polyphekadion♂,又叫杉斑)杂交获得的新型杂交种。国内外的研究表明,该杂交石斑鱼具有较亲本更好的生长性状,是一种非常有市场接受度和适合产业化养殖的杂交种。现有关于该杂交石斑鱼的研究主要集中在生长等表观性状或者生理生化刚面,但是生长背后分子机制方面的研究依旧未见报道。为了探究褐点石斑鱼和杂交石斑鱼表现出生长差异性背后的分子机制,本研究对褐点石斑鱼和杂交石斑鱼的脑、肝脏以及肌肉组织进行测序和比较分析。取得的研究结果如下:1、通过转录组测序分别在杂交石斑鱼和褐点石斑鱼的脑、肝脏以及肌肉的六个文库中获得7 581 722 449,6 330 804 586,8 175 941 387,6 343 265 141,6229 084 451,7 197 785 696 bp的clean reads。2、组装得到54 610个unigenes,GC含量为46.666 5%,N50为2 718,平均长度为1 357,总数据量达到74 119 587 bp。组装得到的54610个ungenes进行Nr、Swissprot、KOG和KEGG四大数据库功能注释,共有28 832个unigenes注释到Nr,Swissprot,KOG和KEGG数据库。3、在脑组织比较分析发现6 437个差异表达基因,进一步分析发现生长激素、生长激素释放激素前体、促乳素、生长催乳素前体、精氨酸催产素等生长相关基因在杂交石斑鱼中显着上调,这和杂交石斑鱼生长较快的性状吻合。肝脏组织比较分析发现7 380个差异表达基因,分析发现磷脂酰肌醇4-磷酸5-激酶1β型,蛋白磷酸酶1调节亚基3C,肝型脂肪酸结合蛋白,淀粉结合域蛋白1,Mid1-互作蛋白1等基因在杂交石斑鱼中表达上调,也与杂交石斑鱼生长较快的性状相符。肌肉组织的比较分析发现6 417个差异表达基因,其中配对盒蛋白Pax-3,肌酸激酶亚型,类心肌素和生肌决定因子等调节肌肉发育的基因在杂交石斑鱼中显着上调表达,和杂交石斑鱼生长较快的性状一致。将差异表达基因比对到KEGG数据库中。共有7452个差异表达基因比对到217条通路中。其中,神经活性配体-受体互作、胞吞作用、MAPK信号通路、粘着斑和钙信号通路是富集较多基因的通路,其中MAPK信号通路,钙信号通路,PPAR信号通路等通路是和生长调节密切相关的通路,可能参与了杂交石斑和褐点石斑鱼生长差异性的调节。4、克隆得到血小板衍生生长因子样受体、脂肪酸结合蛋白和MID1相互作用蛋白1基因,并对这叁个基因的序列进行生物信息学分析;最后,对PDGFRL、FABP、MID1IP基因的组织分布发现,这叁个基因在各组织均有表达,其中PDGFRL在心脏的表达显着高于其他组织,FABP在肝脏中的表达显着高于其他组织,MID1IP在心脏、肌肉和肠的表达显着高于其他组织。综上所述,本研究获得了杂交石斑鱼和褐点石斑鱼脑、肝脏和肌肉转录组数据,筛选到一批生长相关的差异表达基因,这些基因在脑、肝脏和肌肉的差异表达可能是两种石斑鱼生长差异性的重要因素。同时,克隆得到杂交石斑鱼PDGFRL、FABP、MID1IP基因序列的克隆和特征分析,为杂交石斑鱼后期功能验证和调控机制的研究奠定了基础。(本文来源于《广东海洋大学》期刊2019-05-28）
林明德,陈刚,马骞,王忠良,张健东[4]（2019）在《杂交石斑鱼和母本褐点石斑鱼转录组测序及差异表达基因分析》一文中研究指出【目的】筛选褐点石斑鱼(Epinephelus fuscoguttatus)及其杂交子一代(E. fuscoguttatus♀×E. polyphekadion♂,F1)的差异表达基因,探讨褐点石斑鱼及F1代之间的生长差异性。【方法】采用Illumina HiSeq 2000测序平台对同龄的褐点石斑鱼及其杂交F1的脑、肝脏和肌肉组织进行转录组测序,通过edgeR软件包筛选差异表达基因,并对差异表达基因进行GO(Gene Ontology)功能注释和KOG注释,最后通过实时荧光定量PCR验证转录组数据。【结果】测序的原始数据经过质量控制和组装共得到54 610条unigenes。组装的unigenes共有28 832条unigenes得到注释,共获得20234条差异表达基因,其中有10218条上调,10016条下调。GO功能注释显示共34061条unigenes聚类到涉及生物过程、分子功能和细胞组分的53个功能类别,其中被较多基因聚类到的功能类别为细胞过程、结合、单一生物过程、代谢过程和催化活性等。KOG注释发现,42 753 unigenes被注释到25个功能类别中,其中较多涉及信号转导机制、基因功能预测、翻译后修饰,蛋白质周转和分子伴侣、转录等。进一步筛选到一批和生长相关的差异表达基因,如GH、GHRH、PRL、SLP、AVTp等,这些差异表达基因在F1中的表达水平均高于其亲本褐点石斑鱼,与杂交F1相较于褐点石斑鱼生长快速的性状相符。【结论】研究完成了对褐点石斑鱼及其杂交F1的转录组测序、组装,获得了测序数据在不同数据库的功能注释信息,同时筛选了一批生长相关差异表达基因,这些基因在F1中的表达水平均高于其亲本褐点石斑鱼,与现实生长性状相符。(本文来源于《广东海洋大学学报》期刊2019年03期）
陈刚,黄建盛,张健东,王忠良,汤保贵[5]（2018）在《杂交石斑鱼(褐点石斑鱼♀×清水石斑鱼♂)仔、稚鱼的摄食与生长特性》一文中研究指出为阐明人工育苗条件下褐点石斑鱼♀×清水石斑鱼♂杂交子代(简称杂交石斑鱼)仔、稚鱼阶段的摄食与生长变化状况,采用随机取样实验生态学方法,在水温27.5～31°C条件下,对人工培育的杂交石斑鱼仔、稚鱼的摄食及生长进行了研究。结果显示,杂交石斑鱼仔、稚鱼具有较强的摄食能力;仔鱼3日龄开口摄食,摄食发生率为40%,之后的仔、稚鱼摄食发生率均为100%。仔、稚鱼摄食量随体质量的增加而逐渐上升,可用二项方程式表达。消化道饱满系数为0.95%～11.26%。仔、稚鱼在1.5 h内可以饱食,仔鱼对轮虫和桡足类的消化时间分别为0.5～1 h和1～2 h,稚鱼对桡足类成体的消化时间为1.5～3.5 h。杂交石斑鱼仔、稚鱼各阶段的日摄食率分别为49.85%(5日龄)、22.55%(10日龄)和15.72%(24日龄),可将其作为杂交石斑鱼仔、稚鱼日投喂量参考依据。杂交石斑鱼仔、稚鱼摄食具有明显的昼夜节律性,白天摄食,夜间不摄食。5日龄和10日龄仔鱼均出现2个摄食高峰,分别为9:00和18:00;24日龄稚鱼仅在中午12:00出现摄食高峰。3～30日龄的仔、稚鱼平均全长日增长率为7.96%,平均体质量日增重率为28.73%。全长、体质量分别与日龄的关系均可用指数方程表达,体质量(y)与全长(x)的回归方程为y=0.037 3x2.537 8,b值接近3,表明杂交石斑鱼仔、稚鱼为等速生长类型。(本文来源于《水产学报》期刊2018年11期）
黄建盛,阮涛,陈刚,张健东,王忠良[6]（2018）在《葡萄糖对杂交石斑鱼(褐点石斑鱼♀×清水石斑鱼♂)受精卵孵化及卵黄囊仔鱼乙酰辅酶A羧化酶、脂肪酶合成酶活性的影响》一文中研究指出为了研究葡萄糖对杂交石斑鱼受精卵孵化、卵黄囊仔鱼乙酰辅酶A羧化酶(ACC)和脂肪酶合成酶(FAS)活性的影响,在杂交石斑鱼(褐点石斑鱼♀×清水石斑鱼)受精卵孵化水体添加不同浓度[0(对照组)、2、4、6、8和10 mg/L]的葡萄糖,测定孵化率及畸形率,并测定1、2、3日龄卵黄囊仔鱼全长、ACC和FAS活性的变化。结果表明:葡萄糖浓度对受精卵孵化率及初孵仔鱼畸形率均有显着影响(P<0.05);葡萄糖浓度与受精卵孵化率、初孵仔鱼畸形率的相关性均可用一元二次方程描述,通过回归方程计算,获得最大受精卵孵化率的葡萄糖浓度为3.8 mg/L。葡萄糖浓度低于6 mg/L时,随着葡萄糖浓度的增加,受精卵孵化率随之升高,初孵仔鱼畸形率随之降低,卵黄囊仔鱼全长随之增加。对于1~3日龄仔鱼,葡萄糖添加组ACC及FAS活性均显着高于对照组(P<0.05);随着葡萄糖浓度的增加,在1日龄仔鱼阶段,ACC和FAS活性均呈上升的变化;在2~3日龄仔鱼阶段,ACC活性呈"上升—下降"的变化,FAS活性呈"上升—平缓"的变化。综上分析,在杂交石斑鱼人工育苗孵化水体中添加6 mg/L葡萄糖可显着促进其受精卵孵化及卵黄囊仔鱼发育,显着提高卵黄囊仔鱼ACC及FAS活性。(本文来源于《动物营养学报》期刊2018年03期）
刘洋,孟连仲,张建雄[7]（2018）在《豆粕替代鱼粉对褐点石斑鱼生长、营养组成及血液指标影响》一文中研究指出为研究豆粕替代鱼粉对石斑鱼生长及营养组成影响,试验选择初重(3.47±0.03)g的褐点石斑鱼为研究对象,对照组(CK)饲料含鱼粉30%,试验组(R20、R30、R40、R50)饲料是在对照组饲料的基础上分别用豆粕替代20%、30%、40%、和50%的鱼粉,配制的共5种等氮等能(粗蛋白质49.67%、粗脂肪8.08%)饲料,每种饲料设3个重复,每个重复饲养褐点石斑鱼53尾,进行为期8周的饲养试验。结果显示,对照组CK、R20组与R30组在增重率、特定生长率和饲料效率指标上均显着优于R40和R50试验组(P<0.05);结合增重率的方差回归分析,本试验条件下,当豆粕替代13.88%的鱼粉时,褐点石斑鱼能达到最大增重率。各组在消化酶活性和免疫指标上未出现显着变化(P>0.05)。研究表明:为使褐点石斑鱼的生长性能、免疫功能以及消化酶活性等指标在鱼粉蛋白被豆粕替换时均不受到影响,建议豆粕替代鱼粉蛋白的比例最好不超过30%。(本文来源于《中国饲料》期刊2018年04期）
白丽蓉,赵志英[8]（2016）在《褐点石斑鱼(Epinephelus fuscoguttatus)胚胎及仔稚幼鱼发育研究（英文）》一文中研究指出[目的]研究掌握褐点石斑鱼胚胎及仔稚幼鱼各期发育特征,以便高效的进行褐点石斑鱼的苗种培育。[方法]通过对海南养殖的褐点石斑鱼(Epinephelus fuscoguttatus)人工催产后自然产卵受精所得的受精卵的群体试验,研究了其胚胎及胚后发育各期的形态特征、发育时间以及神经系统、消化系统、循环系统的发生等。[结果]褐点石斑鱼受精卵圆球形,无色透明,单油球,卵径0.83~0.94 mm;依据发育进程其胚胎发育划分为受精卵阶段、卵裂阶段、囊胚阶段、原肠阶段、胚体形成阶段、孵化阶段共6个阶段;在水温28.4~31.9℃,盐度31~32‰,p H 8.4的海水中,褐点石斑鱼胚胎历时20 h47 min完成整个胚胎发育过程孵化出膜,孵化的生态学总积温为455.361℃·h;胚后发育依据卵黄囊、背鳍第二鳍棘、腹鳍棘及鳞片、体色的变化分为仔鱼期、稚鱼期及幼鱼期。仔鱼期根据卵黄囊的有无又分为前期仔鱼和后期仔鱼。褐点石斑鱼胚后发育过程中最显着的变化是第一腹鳍棘与第二背鳍棘以及鳍棘上小刺的长出与收回。[结论]该研究为褐点石斑鱼的大规模育苗生产提供基础参考资料。(本文来源于《Agricultural Science & Technology》期刊2016年06期）
林阿乞,孙秋萍,刘丽,陈小红,蔡俊鹏[9]（2013）在《应用蛭弧菌提高褐点石斑鱼土塘育苗成活率初探》一文中研究指出据世界粮农组织(FAO)的统计,2009年全球石斑鱼总产量约7.5万t,其中养殖产量占70%。中国大陆为石斑鱼主产地,产量占全球总产量的60%。养殖品种包括斜带石斑鱼、褐点石斑鱼等15个品种。但目前在石斑鱼产业界,仍有诸多问题制约其进一步的发展壮大,包括种质退化和病害蔓延等主(本文来源于《河北渔业》期刊2013年04期）
周晖,陈刚,纪多亮,王赛,张健东[10]（2012）在《3种蛋白替代鱼粉对褐点石斑鱼生长、体成分及能量收支的影响》一文中研究指出以全鱼粉饲料做对照(D1),用豆粕替代10%、20%鱼粉(D2、D3),玉米蛋白替代10%鱼粉(D4),啤酒酵母替代10%鱼粉(D5),配制5组等氮等能饲料,进行56 d的养殖实验,研究3种替代蛋白源对褐点石斑鱼幼鱼(23.18±1.58g)生长性能、体成分及能量收支的影响。结果表明,实验条件下5组实验鱼的末体质量、增重率、特定生长率、肝体系数、脏体系数、肥满度和蛋白表观消化率差异不显着(p值>0.05)。饲料转化效率、蛋白质效率、干物质和能量表观消化率差异显着(p值<0.05),D2组最好而D5组最差。5组实验鱼全鱼和肌肉成分中粗蛋白含量无显着差异,全鱼水分含量也无显着差异(p值>0.05),其他指标则有显着差异(p值<0.05)。5组实验鱼的排泄能及呼吸能无显着差异(p值>0.05),摄食能、生长能和排粪能有显着差异(p值<0.05),D1、D2和D3组能量分配较好,而D4和D5组较差。与全鱼粉饲料相比,豆粕替代10%鱼粉显着提高了幼鱼的饲料转化效率和蛋白质效率,而豆粕替代20%鱼粉亦未对幼鱼产生不良影响,豆粕为褐点石斑鱼幼鱼饲料中鱼粉蛋白较好的替代品。(本文来源于《广东海洋大学学报》期刊2012年06期）
褐点石斑鱼论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
石斑鱼(Epinephelus spp.)以其味道鲜美、营养丰富、肉质细嫩成为热带和亚热带地区最受欢迎的养殖品种之一。本课题组前期开展了褐点石斑鱼(Epinephelus fuscoguttatus,♀)×清水石斑鱼(E.polyphekadion,♂)杂交育种研究,并成功完成杂交石斑鱼子一代的培育。该杂交石斑鱼在免疫应答、抗病力等方面的表现尚不清晰,本研究围绕杂交石斑鱼及其母本褐点石斑鱼在免疫应答方面的差异开展了以下研究:1、杂交石斑鱼和褐点石斑鱼免疫相关组织的转录组测序采用Illumina/Hiseq-2000 RNA-Seq技术对杂交石斑鱼[褐点石斑鱼(E.fuscoguttatus,♀)×清水石斑鱼(E.polyphekadion,♂)]和褐点石斑鱼注射polyI:C 24h后的脾脏和头肾进行RNA-seq测序。共得到62,238条高质量unigenes,平均长度为1,150bp,N50为2,499bp。功能注释结果显示,至少有27,305(43.94%)个unigenes在一个数据库中被注释,有11,622(23.07%)个unigenes在4个数据库中都被注释。根据差异基因筛选原则[基因的|log2(倍数变化)|≥1]和错误发现率(FDR)<0.05,筛选出47,920个差异表达基因(DEGs)。KEGG功能富集分析结果表明,差异表达基因(DEGs)富集到20条免疫相关的信号通路里,如RIG-I-样受体信号通路,NOD-样受体信号通路和Toll样受体信号通路。随机选出9个差异基因进行qRT-PCR验证,结果显示,这9个差异基因的表达趋势与转录组结果一致。基于转录组测序筛选出的差异表达基因数据,从中挑选出与免疫应答相关的模式受体基因(NLRX1、NLRP1、TLR9、NLRP3、NOD2和TLR5)、白细胞介素IL-1β和IRF3,开展基因的克隆及表达分析。2、免疫相关差异表达基因的表达分析(1)先天性免疫抵抗病原的入侵主要依赖于模式识别受体(pattern-recognition receptors,PRRs)对病原的识别,激活免疫反应,从而抵御外界病原的侵入。外周血淋巴细胞(PBL)由淋巴器官产生,是具有免疫识别功能的细胞系,也是机体免疫应答功能的重要细胞成分和开展免疫学研究的关键。为了解PRRs基因在杂交石斑鱼和褐点石斑鱼免疫应答中的作用。首先需要采集纯度高且足量的PBL,本研究首先利用不同Percoll浓度(15%、20%、25%、30%、35%)梯度密度离心法分离杂交石斑鱼的外周血淋巴细胞,通过血涂片的方法对血细胞中的不同细胞进行分类、统计。结果表明,浓度为25%的Percoll分离液收集的杂交石斑鱼淋巴细胞白膜层富集最明显,且PBL数量最多(85.56%),纯度最高(90%),活性最好(95%以上)。(2)为了检测免疫相关差异表达基因在PBL应对LPS和PolyI:C免疫过程中的表达情况,利用LPS和PolyI:C刺激PBL(25%浓度),检测免疫相关差异表达基因的时序性表达情况。结果显示,LPS和PolyI:C刺激PBL1h后,杂交石斑鱼的TLR2和TLR9基因表达量在LPS刺激后无明显差异;褐点石斑鱼中只有NLRX1基因和IL-1β基因表达量在PolyI:C刺激后无明显区别。(3)为了解IRF3基因在杂交石斑鱼应对外源病毒刺激的免疫应答中的作用,本研究利用RACE(rapid-amplification of cDNA ends)技术克隆了杂交石斑鱼IRF3基因并分析其在PBL中的表达情况。结果表明,该基因cDNA全长为2529bp,包含5’非编码区(5’-UTR)325bp,3’非编码区(3’’UTR)916bp,开放阅读框(Open Reading Frame,ORF)1377bp,可编码458个氨基酸。氨基酸序列包含N-末端DNA结合区(DBD)(1-108aa)、1个C-末端干扰素相关区(IAD)(255-435aa)以及色氨酸富含区(SRD)3个结构域。系统进化分析结果显示,杂交石斑鱼IRF3与花鲈(Lateolabrax maculatus)IRF3聚为一支,亲缘关系较近。利用实时荧光定量PCR检测了IRF3基因在杂交石斑鱼肝、胃、鳃、肠、脾脏等9种组织的表达情况,结果显示,IRF3基因在9种组织中均有表达,肝、胃、肠中的表达量明显高于其他组织,头肾表达量最低。此外,PBL在PolyI:C刺激1h后,IRF3基因表达量逐渐升高,4h时表达量达到最大值(约为对照组的9.3倍),8h后逐渐下降。3、PolyI:C和LPS刺激对杂交石斑鱼PBL中叁种酶活力的影响利用PolyI:C和LPS分别刺激PBL,并在0h、1h、4h、8h和12h分别测定ACP、AKP和CAT的活力。结果显示,PBL经PolyI:C刺激后,ACP和AKP两种水解酶的活力都显着高于对照组(0h),但CAT活力无明显变化;PBL经LPS刺激后,ACP、AKP和CAT叁种水解酶的活力都显着高于对照组(0h);
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
褐点石斑鱼论文参考文献
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标签：生长激素; 生长激素受体; 雌激素受体生物信息学分析; 组织表达;