导读:本文包含了遗传进化分析论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:边鸡,简化基因组测序(RAD-seq),选择信号,遗传进化
遗传进化分析论文文献综述
李国辉,魏清宇,张会永,殷建玫,薛倩[1]（2019）在《基于RAD-seq技术分析边鸡保种群体的遗传进化》一文中研究指出边鸡(Gallus gallus)是我国珍贵的地方鸡遗传资源。从分子水平上探究边鸡保种群的遗传多样性和分子遗传进化,对该品种资源的保护具有重要意义。本研究利用简化基因组测序(restriction-site associated DNA sequence, RAD-seq)检测边鸡群体的SNP标记,通过计算遗传统计量,分析比较边鸡群体与其他地方鸡种群体的遗传差异,并对进化过程中受到选择的基因进行功能注释。结果在边鸡保种群体中鉴定出SNP标记319 723个,保种群体的观察杂合度(observed heterozygosity, Ho)为0.193,核苷酸多样度(Pi)为0.231,近交系数为0.167,近交水平相对较高。连锁不平衡分析表明,边鸡群体各等位基因不存在强烈的连锁不平衡现象。模型聚类结果表明,边鸡与大骨鸡、安义瓦灰鸡及狼山鸡聚为一类,亲缘关系较近。对鉴定出的前200个受到强烈选择的基因进行基因本体论(Gene Ontology, GO)和京都基因与KEGG注释分析,这些差异基因主要富集在代谢、神经受体—配体的相互作用、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase, MAPK)、血管内皮生长因子等信号通路。基因功能分析的结果有助于了解边鸡的抗寒、耐缺氧、繁殖力、神经系统发育和抗逆性等特殊性状形成的分子机理,为我国地方鸡种的遗传进化、种质特性评价及品种保护提供理论依据。(本文来源于《农业生物技术学报》期刊2019年12期）
季文博,王会,柴志欣,王吉坤,信金伟[2]（2019）在《西藏牦牛mtDNA-Cytb及ZFY基因遗传多样性与系统进化分析》一文中研究指出为进一步了解西藏牦牛的遗传多样性及系统进化关系,通过对申扎、斯布、类乌齐和帕里4个西藏牦牛类群的mtDNA-Cytb基因及ZFY基因部分序列进行克隆及序列分析。结果表明:(1)西藏牦牛Cytb基因全长1 140 bp,共发现SNP位点13个,核苷酸多样性(Pi)为0.00315, Tajima's D值为0.41410(P>0.10),共检出7种单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.709;(2)ZFY基因第11外显子长596 bp,筛查出SNP位点22个,Tajima's D值为0.78287(P>0.10),发现3种单倍型,核苷酸多样性和单倍型多样性分别为0.001066和0.2976;(3)聚类分析及核苷酸同源性分析显示,西藏牦牛与家牦牛的核苷酸同源性最高,与美洲野牛及欧洲野牛的核苷酸同源性次之,与水牛及非洲水牛的核苷酸同源性最低。研究结果表明,西藏牦牛遗传多样性较丰富,进一步支持将西藏牦牛及家牦牛划为牛亚科中独立牦牛属的观点,及牦牛的原始祖先来自于亚欧大陆东北部的观点。(本文来源于《家畜生态学报》期刊2019年11期）
赵靓,白彩霞,王小朋,杨侃侃,张达[3]（2019）在《猪细小病毒6型全基因组克隆及遗传进化分析》一文中研究指出对猪细小病毒6型(PPV6)安徽分离株PPV6 AH进行全基因组序列克隆,并进行遗传进化树构建及同源性分析。将病毒基因分10段进行PCR扩增并测序,用SeqMan进行拼接,获得全基因组序列。将PPV6 AH株与GenBank中PPV6其他毒株进行遗传进化分析。结果显示,PPV6 AH基因组全长6 180 bp,与其他国内外15株PPV6全基因的核苷酸序列同源性达到97.1%～99.5%。基于PPV6全基因、NS1及Cap基因构建的遗传进化树显示PPV6 AH株与PPV6 BJ、BJ2、SC及JS株有着共同的进化起源。NS1基因第708、996、1 932核苷酸位点发生突变;Cap基因在第1 205、1 211、1 582、1 614核苷酸位点发生突变;Cap蛋白氨基酸在第402和404位点发生突变。本研究首次报道PPV6在安徽省猪群中存在,该研究结果为安徽地区PPV6的分子遗传进化特征提供了一定的参考。(本文来源于《江苏农业学报》期刊2019年05期）
陈荣,张喜懿,田浪,温贵兰,祝景[4]（2019）在《苏太猪源TTP基因的克隆及其遗传进化分析》一文中研究指出为了分析苏太猪源Tristetraproin(TTP)基因CDS序列和遗传进化关系,试验根据Gen Bank公布的野猪源TTP基因设计1对特异性引物,通过RT-PCR从苏太猪血液中扩增出TTP基因CDS区,并进行克隆和遗传进化分析。结果:扩增所得的TTP基因CDS长度为981 bp,共编码326个氨基酸。同源性分析表明:该基因核苷酸编码序列同源性与Gen Bank中公布的野猪源TTP基因一致性最高,为99.8%。系统进化树显示:该基因与野猪源TTP基因在遗传进化树上位于同一分支,亲缘关系最近;与白鱀豚、虎鲸的亲缘关系最远。(本文来源于《贵州畜牧兽医》期刊2019年05期）
杨杰,徐闻,杨正虎,张晓晓,周吟[5]（2019）在《昆虫呼肠孤病毒的遗传进化分析》一文中研究指出昆虫呼肠孤病毒主要包括质型多角体病毒(Cypovirus,简称CPV)、昆虫非包涵体病毒属(Idnoreovirus)以及迪诺维纳病毒属(Dinovernavirus)。为了确定几种昆虫呼肠孤病毒在进化上的关系,对几种病毒属的RNA依赖的RNA聚合酶(RdRp)和主要衣壳蛋白(major capsid protein)做了进化树分析。结果显示,迪诺维纳病毒属和CPV位于同一进化分支中,迪诺维纳病毒属和CPV具有较近的亲缘关系。(本文来源于《生物化工》期刊2019年05期）
范梅华,唐修君,贾晓旭,樊艳凤,葛庆联[6]（2019）在《基于线粒体D-loop区分析茶花鸡遗传多样性和起源进化》一文中研究指出为探讨茶花鸡遗传多样性和起源进化,以茶花鸡为试验素材,对30只茶花鸡线粒体DNA D-loop区全序列进行测序,结合GenBank已公布D-loop区全序列的19条红色原鸡序列,进行比对和分析处理。结果显示:茶花鸡线粒体D-loop区全长为1 232 bp,无缺失和插入。30只个体共发现9处单核苷酸多态位点,为3种单倍型。系统发育分析显示,3种单倍型可分为A和B两个分支,A和B分支均与Gallus gallus spadiceus聚为一类,推测这两个分支可能均起源于红色原鸡滇南亚种。研究从分子水平为茶花鸡遗传资源保护和开发利用提供了参考。(本文来源于《中国家禽》期刊2019年20期）
师志海,徐照学,兰亚莉,王文佳[7]（2019）在《牛环曲病毒河南分离株的遗传进化分析》一文中研究指出2018年在河南地区规模化牛场进行犊牛腹泻流行病学调查时,在粪便样品中检测到4株牛环曲病毒,分别命名BToV/CH/HN-1、BToV/CH/HN-2、BToV/CH/HN-3和BToV/CH/HN-4。对4个毒株的M基因进行克隆、测序与分析,结果表明,4个BToV毒株之间的基因核酸序列同源性为97.4%～100%,与欧洲BToV代表株同源性最高(95.6%～99.5%)。遗传进化分析表明,4个毒株均属于欧洲谱系的牛源进化分支。提示我国牛群中存在环曲病毒感染,丰富了牛环曲病毒的流行病学资料,可为制定综合防控措施提供参考依据。(本文来源于《动物医学进展》期刊2019年10期）
孟维悦,张国钢,陆军,孟德荣[8]（2019）在《渤海湾两株H2亚型禽流感病毒的遗传进化分析》一文中研究指出野鸟是禽流感病毒的自然储存库,病毒可以随着宿主的迁徙传播给其他野鸟与家禽。渤海湾是鸟类南北迁徙的重要停歇地,也是东亚-澳大利西亚鸟类迁徙通道的重要组成部分,每年有大量水鸟在渤海湾停歇,促进了禽流感病毒的传播。为了解渤海湾地区禽流感病毒的传播及进化与水鸟迁徙的相关性,2018年春季鸟类迁徙期间的4和5月份,在渤海湾采集鸻鹬类粪便样品2120份,对样品进行检测,分离出2株H2亚型禽流感病毒。对这2株H2亚型禽流感病毒进行了分子特征及遗传进化分析,并结合渤海湾水鸟的环志回收数据,对H2亚型病毒的重组及遗传进化与水鸟迁徙的联系进行了分析。结果表明,2株分离株的HA蛋白裂解位点符合低致病性禽流感病毒的分子特征,它们的8个基因片段同源性均不高,其中879-H2N7的8个基因片段分别与我国福建和澳大利亚的毒株同源性最高,遗传关系最近;854-H2N8的8个基因片段分别与我国湖南以及日本、韩国、孟加拉国和越南的毒株同源性最高,遗传关系最近。渤海湾水鸟的环志回收数据分析表明,879-H2N7随着野鸟的迁徙在渤海湾、福建沿海和澳大利亚之间进行传播与扩散;854-H2N8可能跨越东亚-澳大利西亚和中亚-印度两条通道之间进行基因重组和进化,并会随着鸟类迁徙进行传播和扩散。(本文来源于《动物学杂志》期刊2019年05期）
孟凡亮,曹龙龙,焦秋林,李焱,王宏宇[9]（2019）在《一例牙鲆淋巴囊肿病例的诊断及病毒MCP基因遗传进化分析》一文中研究指出2019年1月,山东省某牙鲆鱼场出现疑似淋巴囊肿病例。患病鱼体表长有灰白色菜花样瘤状物,死亡率超过30%,给养殖场造成了较为严重的经济损失。为确定发病原因,对该鱼场病死鱼进行了病理组织学诊断和病毒检测,并对病毒MCP基因进行了序列测定及遗传变异分析。结果显示:眼观及组织学病变符合淋巴囊肿病的病变特征;所检测到的病毒与选定的参考毒株核苷酸和氨基酸同源性分别为78.7%～99.9%和86.8%～100%。MCP基因遗传进化分析显示,检测到的病毒与LCDV-C、JF00Kuma、JF03Yoshi、JF03GunNe A、JF、LCDV-K1等毒株同属于淋巴囊肿病毒基因II型,且与我国分离株LCDV-C有较高的同源性。经综合诊断,确定该流行病由淋巴囊肿病毒基因II型所致。该研究为该病的综合诊断及流行病学调查提供了新资料,为下一步进行该病毒相关分子生物学研究以及疫苗制备等提供了理论依据。(本文来源于《中国动物检疫》期刊2019年10期）
李宁,郭慧芳,王增,赵军[10]（2019）在《一株猪塞尼卡病毒河南株的分离鉴定与遗传进化分析》一文中研究指出猪塞尼卡病毒(Seneca valley virus,SVV)是小RNA病毒科塞尼卡(Senecavirus)病毒属的唯一成员,可引起猪原发性水疱病(Porcine idiopathic vesicular disease,PIVD),临床症状与口蹄疫十分相似。自2015年来我国广东、湖北、黑龙江、河南和福建等地陆续报道SVV感染病例。了解SVV在我国的流行和变异情况对于PIVD的有效防控具有重要意义。本研究从河南地区临床疑似SVV感染的发病猪采集水疱液病料,利用仓鼠肾细胞(BHK-21)分离鉴定出1株SVV,CH-HNCY-2019,并对其进行了全基因组序列分析。病毒分离鉴定结果表明,(本文来源于《第叁届中国猪业科技大会暨中国畜牧兽医学会2019年学术年会论文集》期刊2019-09-19）
遗传进化分析论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
为进一步了解西藏牦牛的遗传多样性及系统进化关系,通过对申扎、斯布、类乌齐和帕里4个西藏牦牛类群的mtDNA-Cytb基因及ZFY基因部分序列进行克隆及序列分析。结果表明:(1)西藏牦牛Cytb基因全长1 140 bp,共发现SNP位点13个,核苷酸多样性(Pi)为0.00315, Tajima's D值为0.41410(P>0.10),共检出7种单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.709;(2)ZFY基因第11外显子长596 bp,筛查出SNP位点22个,Tajima's D值为0.78287(P>0.10),发现3种单倍型,核苷酸多样性和单倍型多样性分别为0.001066和0.2976;(3)聚类分析及核苷酸同源性分析显示,西藏牦牛与家牦牛的核苷酸同源性最高,与美洲野牛及欧洲野牛的核苷酸同源性次之,与水牛及非洲水牛的核苷酸同源性最低。研究结果表明,西藏牦牛遗传多样性较丰富,进一步支持将西藏牦牛及家牦牛划为牛亚科中独立牦牛属的观点,及牦牛的原始祖先来自于亚欧大陆东北部的观点。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
遗传进化分析论文参考文献
[1].李国辉,魏清宇,张会永,殷建玫,薛倩.基于RAD-seq技术分析边鸡保种群体的遗传进化[J].农业生物技术学报.2019
[2].季文博,王会,柴志欣,王吉坤,信金伟.西藏牦牛mtDNA-Cytb及ZFY基因遗传多样性与系统进化分析[J].家畜生态学报.2019
[3].赵靓,白彩霞,王小朋,杨侃侃,张达.猪细小病毒6型全基因组克隆及遗传进化分析[J].江苏农业学报.2019
[4].陈荣,张喜懿,田浪,温贵兰,祝景.苏太猪源TTP基因的克隆及其遗传进化分析[J].贵州畜牧兽医.2019
[5].杨杰,徐闻,杨正虎,张晓晓,周吟.昆虫呼肠孤病毒的遗传进化分析[J].生物化工.2019
[6].范梅华,唐修君,贾晓旭,樊艳凤,葛庆联.基于线粒体D-loop区分析茶花鸡遗传多样性和起源进化[J].中国家禽.2019
[7].师志海,徐照学,兰亚莉,王文佳.牛环曲病毒河南分离株的遗传进化分析[J].动物医学进展.2019
[8].孟维悦,张国钢,陆军,孟德荣.渤海湾两株H2亚型禽流感病毒的遗传进化分析[J].动物学杂志.2019
[9].孟凡亮,曹龙龙,焦秋林,李焱,王宏宇.一例牙鲆淋巴囊肿病例的诊断及病毒MCP基因遗传进化分析[J].中国动物检疫.2019
[10].李宁,郭慧芳,王增,赵军.一株猪塞尼卡病毒河南株的分离鉴定与遗传进化分析[C].第叁届中国猪业科技大会暨中国畜牧兽医学会2019年学术年会论文集.2019
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