导读:本文包含了生物学信息分析论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:结直肠癌,竞争性内源RNA(ceRNA)网络,TCGA数据库,GSEA功能富集分析
生物学信息分析论文文献综述
丁婷婷,张红,罗杰,刘晓曦,马虎[1]（2019）在《基于生物信息学技术对结直肠癌相关lncRNA、miRNA和mRNA的筛选及其部分生物学功能的分析》一文中研究指出目的:筛选TCGA数据库中结直肠癌(CRC)差异表达的lncRNA、miRNA和mRNA,探讨其与CRC预后的关系及相关生物学功能。方法:从TCGA数据库中下载CRC样本的RNA测序(RNA-Seq)数据及miRNA-Seq数据并进行分析,利用R程序筛选出差异表达的lncRNA、miRNA和m RNA。通过miRcode、TargetScan和miRTarbase 3个数据库对差异表达的RNA之间的关系进行分析整合,构建CRC中的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络。用Kaplan-Meier法分析ceRNA网络中的lncRNA、miRNA和mRNA表达量与患者生存预后的关系,后用GSEA功能富集分析软件分析出参与CRC发生发展的信号通路。结果:共鉴定出CRC中614个差异表达的lncRNA、244个差异表达的miRNA、12 672个差异表达的mRNA;构建了由139个lncRNA、37个miRNA和228个mRNA组成的ceRNA网络;发现有58个lncRNA、23个miRNA、150个mRNA与CRC的预后相关。GSEA富集分析结果显示,mRNA主要参与Notch、Hedgehog和TGF-β等信号通路。结论:成功构建CRC相关ce RNA网络,并筛选出与CRC预后相关的lncRNA、miRNA和mRNA,为后续深入开展CRC的临床研究及基础实验研究提供有价值的前期基础。(本文来源于《中国肿瘤生物治疗杂志》期刊2019年10期）
刘芳,韩倩云,倪元颖[2]（2019）在《膜结合态多酚氧化酶生物学信息分析》一文中研究指出苹果中膜结合态多酚氧化酶(mPPO)占苹果多酚氧化酶的90%左右,而国内外对m PPO性质及作用知之甚少。本文在前期获得的mPPO一级序列基础上,利用预测技术对mPPO进行信息学分析(包括氨基酸组成及性质、二级结构、跨膜结构、亚细胞定位等),为研究mPPO结构提供新思路,为探索mPPO在苹果采后生理中的作用提供理论基础。结果表明:mPPO氨基酸含量最多的为Thr(8.7%),其次为Asp(7.8%)和Leu(7.8%),不含有Pyl和Sec。对PPO功能起重要作用的His含量为2.5%。mPPO中暴露表面的残基为45.74%,埋藏内部的氨基酸残基为47.08%。mPPO的理论稳定指数为41.72,为不稳定蛋白。mPPO二级结构中的α-螺旋为18.67%,β-折迭为23.33%,无规卷曲为58.00%,不含310螺旋、Pi螺旋、β-桥、β-转角等结构。富士苹果mPPO位于叶绿体膜上,为疏水性膜整合蛋白,其大部分肽段位于细胞质中,肽段的1～39氨基酸残基为信号肽,82～97为N-端的一段跨膜肽段(由外到内),而548～567为C端的一段跨膜肽段(由内到外)。(本文来源于《中国食品学报》期刊2019年09期）
王世峰,郭烨,李梅兰,侯雷平,王文娇[3]（2019）在《黄瓜蜡质合成基因CsCER10的表达模式及生物学信息分析》一文中研究指出前人应用荧光定量技术在黄瓜中筛选出了可能与蜡质合成相关的基因CsCER10。在前人研究的基础上,利用荧光定量技术分析CsCER10在黄瓜不同组织及盐胁迫、干旱、低温等非生物胁迫下的表达模式,利用DNAMAN,MEGA5及SPDBV等软件对CsCER10的生物学信息进行分析,为黄瓜表皮蜡质合成的分子机制提供理论基础。结果表明,CsCER10在黄瓜的各个器官均有表达,在叶片和果皮中的表达量较高;CsCER10受非生物胁迫的诱导,在遭受干旱、低温及盐胁迫时表达量均呈上升趋势。研究结果与前人对蜡质合成基因的研究结果一致,可推断CsCER10是与蜡质合成相关的基因。(本文来源于《山西农业科学》期刊2019年05期）
张娜[4]（2019）在《汉防己甲素处理胃癌细胞系差异表达miRNAs的生物信息学分析及miR-500a-5p调控胃癌细胞生物学行为的研究》一文中研究指出目的:研究经汉防己甲素(Tetrandrine,Tet)作用胃癌细胞系HGC-27后一些差异表达的微小RNA(miRNAs)功能,探讨Tet的作用机制;进一步研究miR-500a-5p对胃癌细胞增殖、周期、凋亡、迁移与侵袭的影响;利用生物信息学方法预测靶基因,并结合高通量测序中RNA-seq结果,预测miR-500a-5p的候选靶基因,并通过RT-q PCR验证miR-500a-5p所调控的靶基因,研究结果旨在为汉防己甲素对胃癌作用机制提供一些参考依据。方法:通过高通量测序技术筛选Tet作用胃癌细胞后差异表达的miRNAs,经过文献检索,选择4个与肿瘤相关的miRNAs作为研究对象,先通过生物信息学方法预测其靶基因,并对靶基因进行了GO分析和KEGG信号通路分析。而后选择经Tet作用胃癌细胞后表达水平降低的miR-500a-5p为研究对象。利用MTT实验、流式细胞术与transwell小室实验,检测胃癌细胞中转染miR-500a-5p inhibitor(miR-500a-5p抑制剂)后,对其增殖、周期、凋亡、迁移与侵袭能力的影响。生物信息学并结合高通量测序中RNA-seq结果预测靶基因,RT-q PCR从m RNA水平验证miR-500a-5p调控的靶基因。结果:(1)选择了4个与肿瘤相关的miRNAs,miR-500a-5p与miR-122-5p经Tet处理后表达水平降低,miR-7641和miR-149-3p表达水平升高,对4个miRNAs的靶基因使用生物信息学软件进行预测,预测结果显示,miR-500a-5p、miR-122-5p、miR-7641和miR-149-3p的靶基因分别为1050个、773个、1105个和1758个,将这些靶基因进行基因功能注释和通路富集分析,结果显示4个miRNAs的靶基因与细胞增殖、细胞迁移、细胞周期、凋亡与血管形成等肿瘤相关的信号通路有关。(2)在胃癌细胞HGC-27与AGS中,转染miR-500a-5p inhibitor 48 h后,与inhibitor NC(Inhibitor negative control,阴性对照抑制剂)组相比,miR-500a-5p inhibitor组的细胞活性数量显着减少;转染miR-500a-5p inhibitor 48 h与72 h后,胃癌细胞的细胞周期均阻滞于S期,胃癌细胞的凋亡率显着增加;转染miR-500a-5p inhibitor后,胃癌细胞的穿膜数显着减少,细胞的迁移与侵袭能力减弱。(3)生物信息学软件预测miR-500a-5p有1050个靶基因,RNA-seq结果表明有139个上调的基因,取两者做交集分析,交集中有8个基因,分别是DNAJA1、ABCA1、CBWD6、VPS41、ANO5、ZNF326、PCDH10和RORα,可能是miR-500a-5p的靶基因,结合文献查阅,选择参与肿瘤发生发展的VPS41、ANO5、ZNF326、PCDH10和RORα5个基因做RT-q PCR验证。结果显示,转染miR-500a-5p inhibitor后,与inhibitor NC组相比,miR-500a-5p inhibitor组的VPS41和ANO5的m RNA的表达量显着上调;ZNF326的m RNA在HGC-27细胞中表达上调,在AGS细胞中表达显着下调;RORα的m RNA在两种细胞中表达量均下降;PCDH10的m RNA在两种胃癌细胞未见表达。结论:(1)生物信息学分析:miR-500a-5p、miR-122-5p、miR-7641和miR-149-3p的靶基因与细胞增殖、细胞迁移、细胞周期、凋亡与血管形成等肿瘤相关的信号通路有关。(2)抑制胃癌细胞中miR-500a-5p的表达,可抑制HGC-27与AGS细胞增殖、使细胞周期阻滞于S期、诱导胃癌细胞凋亡,并抑制胃癌细胞迁移与侵袭能力。(3)生物信息学结合RNA-seq结果预测靶基因,初步筛选出miR-500a-5p可能的下游靶基因为VPS41、ANO5、ZNF326、PCDH10和RORα,其中VPS41和ANO5经RT-q PCR验证与测序结果一致,miR-500a-5p调控胃癌细胞的功能可能与上调这两个基因有关。(本文来源于《广东药科大学》期刊2019-05-10）
徐文华,郑景辉,赵阳,赵新望,董音汝[5]（2019）在《基于网络药理学和生物信息学的丹参酮Ⅱ_A治疗冠心病的分子生物学机制分析》一文中研究指出目的基于网络药理学和生物信息学方法分析丹参酮Ⅱ_A治疗冠心病(CHD)的分子生物学机制。方法利用Pharm Mapper数据库筛选出丹参酮Ⅱ_A的作用靶点,利用OMIM、GeneCards、CTD数据库筛选CHD疾病作用相关靶点。利用STRING数据库进行蛋白互作网络分析,利用Cytoscape构建蛋白相互作用网络,利用ClueGO插件进行GO分析和KEGG信号通路富集分析,利用Systemsdock数据库进行系统分子对接,利用i GEMDOCK软件进行分子对接来预测丹参酮Ⅱ_A对CHD作用靶点的结合性。结果筛选出丹参酮Ⅱ_A的潜在靶点173个;与CHD相关的靶点42个;信号通路49条。结论丹参酮Ⅱ_A治疗CHD具有多靶点、多通路作用的特点;其可能作用机制是通过调控CHD发展过程中的血压调节、细胞代谢、血管新生、内分泌、活性氧代谢等过程对CHD进行干预。(本文来源于《中草药》期刊2019年05期）
赵亚萍,潘修义[6]（2018）在《信息技术在IBDP生物学课程实验教学中的应用及分析》一文中研究指出国际文凭组织的IBDP生物学课程能以多形式、多渠道地将信息技术应用到生物学实验教学中,能培养学生自主设计实验、分析实验数据和建立数学模型等能力。本文以实验教学案例展现和分析的形式,简要介绍信息技术在IBDP生物学实验教学中的应用。(本文来源于《生物学教学》期刊2018年12期）
李勇[7]（2018）在《分析多媒体信息技术在生物学教学中的应用》一文中研究指出生物学近几年发展迅速,学科内容也不断更新,生物学随其发展对社会、人类生活以及经济等方面产生的作用也逐渐深刻,传统教学模式显然已经不能有效满足其教学需求。将多媒体信息技术应用于生物学教学中具有显着优势,其能够保障生物学教学更加生动、直观、形象。随该技术的有效应用在生物学教学中起到较好作用,但其依旧存在一定实质问题。本文就对媒体信息技术应用于生物学中的不足及优势进行了详细阐述,旨在为生物学教育者提升其教学治疗及效果提供一定帮助及建议。(本文来源于《临床医药文献电子杂志》期刊2018年98期）
秦琴,张新华[8]（2018）在《生物学课堂中信息重组策略分析》一文中研究指出1正面信息的重组策略课堂上,应积极而有效地开展双向互动,让学生在互动中碰撞思维、交流观点,由此促进情感共鸣,迸发出智慧的火花。教学中,教师要充分把握互动过程中产生的有价值的信息,并巧妙进行信息的重组,将教学推向纵深发展。例如,在指导学生学习"禁止生物武器"有关内容时,笔者让学生举例分析将病毒作为武器的危害,学生的思维相当活跃,在讨论中列举了疯牛病病毒、(本文来源于《中学生物教学》期刊2018年20期）
黄坤,陈伟伟,刘锐,刘承利[9]（2018）在《基于生物信息学方法分析复方苦参注射液治疗肝癌的分子生物学机制》一文中研究指出目的基于网络药理学和生物信息学方法分析复方苦参注射液在治疗肝癌中的分子生物学机制。方法通过中药系统药理学数据库和分析平台筛选和预测复方苦参注射液的有效入血活性成分及其已知调控的基因,检索挖掘肝细胞癌的基因组数据库(Onco DB.HCC)中与肝癌相关联的基因。结合生物信息学方法,明确复方苦参注射液在治疗肝癌中对特异性基因的调节作用,运用Clue Go进行信号通路富集分析,分析其在治疗肝癌中可能发挥作用的分子生物学机制。结果检索出复方苦参注射液相关的成分185个,入血活性成分58个,可能的作用靶点146个;与人肝癌发生、发展相关的已知基因612个;信号通路30条。结论复方苦参注射液治疗肝癌具有多成分协同、调节多个基因的特点;其可能作用机制是通过调节肿瘤组织微环境,促肿瘤细胞凋亡、抑制其转移,还通过免疫炎症调节杀灭肿瘤细胞。与目前治疗肝癌的作用机制相一致。(本文来源于《山西医科大学学报》期刊2018年09期）
廖宇,刘敬仪[10]（2018）在《生物学领域学者信息行为分析——基于对云南大学生命科学学院的调研》一文中研究指出文章运用问卷调查法随机抽样调查云南大学生命科学学院学者的信息行为,根据答卷深入分析云南大学生物学领域学者在学术信息需求、信息查找、信息筛选、信息利用、信息交流、成果发布方面的特征,并通过特征分析为云南大学图书馆服务质量和馆藏建设提出了一些建议。(本文来源于《图书馆理论与实践》期刊2018年07期）
生物学信息分析论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
苹果中膜结合态多酚氧化酶(mPPO)占苹果多酚氧化酶的90%左右,而国内外对m PPO性质及作用知之甚少。本文在前期获得的mPPO一级序列基础上,利用预测技术对mPPO进行信息学分析(包括氨基酸组成及性质、二级结构、跨膜结构、亚细胞定位等),为研究mPPO结构提供新思路,为探索mPPO在苹果采后生理中的作用提供理论基础。结果表明:mPPO氨基酸含量最多的为Thr(8.7%),其次为Asp(7.8%)和Leu(7.8%),不含有Pyl和Sec。对PPO功能起重要作用的His含量为2.5%。mPPO中暴露表面的残基为45.74%,埋藏内部的氨基酸残基为47.08%。mPPO的理论稳定指数为41.72,为不稳定蛋白。mPPO二级结构中的α-螺旋为18.67%,β-折迭为23.33%,无规卷曲为58.00%,不含310螺旋、Pi螺旋、β-桥、β-转角等结构。富士苹果mPPO位于叶绿体膜上,为疏水性膜整合蛋白,其大部分肽段位于细胞质中,肽段的1～39氨基酸残基为信号肽,82～97为N-端的一段跨膜肽段(由外到内),而548～567为C端的一段跨膜肽段(由内到外)。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
生物学信息分析论文参考文献
[1].丁婷婷,张红,罗杰,刘晓曦,马虎.基于生物信息学技术对结直肠癌相关lncRNA、miRNA和mRNA的筛选及其部分生物学功能的分析[J].中国肿瘤生物治疗杂志.2019
[2].刘芳,韩倩云,倪元颖.膜结合态多酚氧化酶生物学信息分析[J].中国食品学报.2019
[3].王世峰,郭烨,李梅兰,侯雷平,王文娇.黄瓜蜡质合成基因CsCER10的表达模式及生物学信息分析[J].山西农业科学.2019
[4].张娜.汉防己甲素处理胃癌细胞系差异表达miRNAs的生物信息学分析及miR-500a-5p调控胃癌细胞生物学行为的研究[D].广东药科大学.2019
[5].徐文华,郑景辉,赵阳,赵新望,董音汝.基于网络药理学和生物信息学的丹参酮Ⅱ_A治疗冠心病的分子生物学机制分析[J].中草药.2019
[6].赵亚萍,潘修义.信息技术在IBDP生物学课程实验教学中的应用及分析[J].生物学教学.2018
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[8].秦琴,张新华.生物学课堂中信息重组策略分析[J].中学生物教学.2018
[9].黄坤,陈伟伟,刘锐,刘承利.基于生物信息学方法分析复方苦参注射液治疗肝癌的分子生物学机制[J].山西医科大学学报.2018
[10].廖宇,刘敬仪.生物学领域学者信息行为分析——基于对云南大学生命科学学院的调研[J].图书馆理论与实践.2018
标签：结直肠癌; 竞争性内源RNA(ceRNA)网络; TCGA数据库; GSEA功能富集分析;