导读:本文包含了文库测序论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:耐盐基因,粪便微生物,倭蜂猴,宏基因组文库
文库测序论文文献综述
杨雁霞,范琴,杨云娟,唐湘华,慕跃林[1]（2019）在《胃肠道微生物宏基因组文库耐盐菌株的筛选、测序及潜在耐盐基因分析》一文中研究指出【背景】研究证实胃肠道微生物蕴含着丰富的耐盐基因,并可通过宏基因组学技术进行挖掘。【目的】对倭蜂猴粪便微生物宏基因组文库耐盐菌株筛选、测序并分析其潜在耐盐基因。【方法】通过7%NaCl从已构建的倭蜂猴粪便微生物宏基因组文库中筛选耐盐菌株,利用Illumina Solexa Genome Analyzer高通量测(本文来源于《第十二届中国酶工程学术研讨会论文摘要集》期刊2019-08-08）
梁孟杰[2]（2019）在《基于糜子BAC文库测序法的unmapped reads分析及线粒体基因组组装》一文中研究指出测序技术的飞速发展,让我们能够从基因组的角度对物种进行研究。通常在处理高通量测序数据的第一步是将得到的测序数据与参考基因组进行比对,提取匹配的数据进行后续分析,不匹配(unmapped reads)的数据则被忽略。而在这些unmapped reads中却包含有一些重要的生物学信息,如参考基因组缺失序列、物种特异性序列或样品中含有的污染序列等。本文利用基于BAC文库混合池测序法,通过对糜子(Panicum miliaceum L.)基因组测序数据中的unmapped reads进行组装,总共鉴定得到了135条缺失序列和64条特异性序列以及一些样品污染序列。线粒体基因组作为植物遗传信息不可或缺的一部分,在系统进化和基因工程等领域发挥着重要作用。糜子,作为一种重要的古老农作物,进行线粒体基因组组装和分析,对完善其基因组信息具有重要的意义。目前糜子的线粒体基因组数据还没有被发表,本研究结合第二代和第叁代DNA测序数据,通过采用迭代循环组装的方法得到了长度为484522bp、GC含量为43.76%的糜子线粒体基因组的核心序列。通过基因注释分析,发现基因间区在糜子线粒体基因组中占比较大,达到79.22%;编码区只占20.78%,含71个编码基因。进行密码子偏好性分析,发现其密码子的偏性较弱,自然选择压力和突变共同影响密码子偏好性。通过对蛋白编码区密码子进行的分析,得到了10个最优密码子。(本文来源于《华中农业大学》期刊2019-06-01）
游思亮[3]（2019）在《高通量测序文库构建中超声波破碎DNA条件的研究》一文中研究指出高质量的测序结果必须要有好的测序文库。本文利用超声波破碎仪Bioruptor NGS比较了不同的试验条件对破碎结果的影响,结果表明:对于目的片段为200-300bpDNA的试验条件为:100uL,浓度50ng/uL,强档能量, 30s On/30s Off,破碎9次;目的片段为400-600bp的试验条件为:100uL,浓度50ng/uL,强档能量,30s On/30s Off,破碎5次。(本文来源于《科技视界》期刊2019年08期）
刘正权,唐娟,陆香君,刘文丽,蒋锦晓[4]（2018）在《黑斑蛙肝脏和脾脏组织cDNA文库的构建与测序》一文中研究指出为丰富黑斑蛙转录组信息,运用Illumina测序技术构建了黑斑蛙肝脏和脾脏组织的cDNA文库,并对其进行测序.经热带爪蟾blastx比对数据库比对,共得到11 626条非重复序列.经Genebank数据库blastx比对验证,获得了6 701条非重复序列.该结果为黑斑蛙的生态毒理学研究提供了分子生物学信息.(本文来源于《杭州师范大学学报(自然科学版)》期刊2018年06期）
杨少丽,秦松[5]（2018）在《Gateway技术构建菊芋块茎全长cDNA文库及EST测序分析》一文中研究指出为丰富菊芋功能基因组学研究基础平台,以成熟期菊芋块茎为材料,将菊芋全长cDNA与Gateway供体载体pDONR222重组,构建了菊芋非剪切型全长cDNA文库。文库质量分析表明:未经扩增的原始文库库容量为5.76×10~6 CFU,插入片段大小主要为1～3000 bp,重组率为100%(24/24),达到了高质量文库的标准。利用该文库进行表达序列标签(expressed sequence tag, EST)测序,得到2639条高质量的EST序列,拼接后获得1895条非重复的唯一表达序列(unigene)。与NCBI的NR数据库同源比对分析表明,共有1533条unigene(80.9%)与已知基因有显着的同源性。GO分类结果显示:菊芋块茎表达基因在分子功能类群中,结合和催化活性所占比例最高。此cDNA文库将可用于菊芋功能基因组研究、新基因筛选、高通量EST测序以及菊芋cDNA芯片的制备等。(本文来源于《生命科学研究》期刊2018年05期）
程远芳[6]（2018）在《基于BAC文库指纹特征的油菜物理图谱构建及其测序、组装》一文中研究指出油菜(Brassica napus L.)是仅次于大豆和棕榈的第叁大油料作物。我国的油菜种植面积和产量曾经均居世界首位,但与欧洲和加拿大等相比,我国的油菜籽含油量和产量偏低,种植油菜的比较效益低,导致近年来我国的油菜种植面积大幅度下降,油菜籽严重依赖进口。通过品种遗传改良,提高我国油菜产量和产油量是提振油菜产业的根本出路。高质量的参考基因组对油菜重要农艺性状基因定位和克隆、品种改良具有重要意义。目前已发表两个油菜品种Darmor-bzh和中双11号的参考基因组,这两个基因组主要是以全基因组鸟枪法测序策略和第二代测序技术完成的,基因组覆盖度为80%左右。这两个参考基因组的共同缺点是基因组覆盖度不高、还有很多scaffold没有定位到染色体上、存在组装错误和大量的gap区域,给基因定位和克隆、染色体结构分析带来很多困惑。因此有必要利用逐步克隆法结合新一代测序技术构建一个高质量的油菜参考基因组。本研究中,我们基于中双11号(ZS11)BAC文库利用whole genome profiling方法构建BAC重迭群,并将BAC重迭群定位到染色体上,获得物理图。根据图谱上的最小路径挑选BAC进行测序。同时,用PacBio Sequel测序平台对中双11号进行全基因组测序,并用测序获得的序列辅助组装每个BAC,结果如下:(1)物理图谱构建:中双11号BAC文库一共包含有73,728个质粒克隆,存放于192个384孔板中,克隆的平均插入片段长度为120Kb左右。每6个384孔板按“2(列)×3(行)”的格式排列,长、宽方向都为48个克隆。将每行、每列的所有克隆分别混合形成48个行的pool混合池、48个列的pool混合池,存放于96孔板上形成一个单元。整个BAC文库共混合成32个单元,共计3,072个pool。随后,提取pool混池中的质粒、利用SacI/MseI两种酶进行完全酶切,然后加上接头和barcode序列进行NGS双端测序。测序一共得到1.02Gb PE150(paired-end 150bp)reads,去掉大肠杆菌污染的reads(4.4%),将PE150 reads按照90bp×2的长度截短生成tag标签,并根据barcode序列和行列交叉将所有tag标签分配到各个BAC克隆上。整个BAC文库,tag标签在BAC中的分布范围在0~220之间,10,274个BAC没有tag标签,剩下63,454个BAC平均每个克隆含有16个tag标签。最后通过FPC软件,设置FPC cutoff值为10~(-15),根据BAC之间的共有tag标签一共构建了4,049个BAC重迭群(contigs),共包含42,331个BAC,另外21,123个没有锚定到contigs的BAC,称为singleton。Contigs中BAC数目分布在0~142之间,平均每个contig含有10个BAC克隆。基于实验室NAM群体构建的高密度遗传图,利用37,607个遗传标记将2,934(72.46%)个contigs定位到基因组染色体。(2)BAC挑选、NGS测序:从物理图的最小路径上挑选出10,846个BAC进行二代测序。在开始大规模测序前,我们先评估了不同测序深度对BAC组装的影响,发现测序深度为500×时组装效果最好。分别构建每个BAC克隆的测序文库,平均插入片段为400bp,读长为PE150,测序深度500×,一共得到得到266.74Gb reads,去掉质粒载体、大肠杆菌以及PCR重复后的净数据约为186.9Gb。(3)全基因组叁代测序:利用PacBio Sequel平台对中双11号进行全基因组叁代测序。测序深度80×,共得到97.07Gb subreads,subreads N50为11,767bp,平均读长为8,378bp。(4)BAC组装:经过k-mer测试和组装软件选择测试,最终利用SOAPdenovo软件对挑选出的10,846个BAC进行NGS组装,选择k-mer=95作为组装输入参数,组装得到contigs N50平均长度约为10Kb。随后通过blasr软件比对contigs和subreads,按照(a)小于10Kb的contigs比对长度大于自身长度的90%;(b)大于10Kb的contigs比对长度大于自身长度的70%;(c)subreads累计比对长度大于自身长度的50%的条件抽取符合的subreads,平均每个BAC获得的subreads数目为1,800。利用每个BAC抽取的叁代测序数据进行组装,共10,764个BAC获得组装结果,其中8,901个BAC克隆组装成一条完整的序列,1,665个BAC克隆组装成2-3条片段,contigs N50平均长度为120Kb。(5)结果评估:利用随机函数随机抽取6个BAC的组装结果,通过bowtie软件比对,将其NGS数据回贴到组装结果上,检测reads在组装结果的覆盖深度是否均匀、覆盖范围是否全面,最后发现6个克隆的覆盖范围全面且未出现极端覆盖深度的现象,说明BAC克隆组装正确;将10,764个BAC组装结果与已发表的中双11号参考基因组比对,结果显示BAC克隆覆盖了已发表的中双11号参考基因组的67.56%,两者序列相似度达到99%,说明BAC克隆组装准确。(本文来源于《华中农业大学》期刊2018-06-01）
张磊,张清华,杜安娜,闵娟,高丁[7]（2018）在《Small RNA高通量测序文库分选方法比较》一文中研究指出对于常规small RNA测序,使用Bluepinpin全自动核酸电泳与片段回收系统对文库进行回收,安全,目前已被广大测序用户采纳,但费用相对较高;而传统的切胶回收方法,其使用的实验试剂对人体有危害,同时操作繁杂,耗时较长,但费用较低。作者发现某些特殊样品构建的文库使用两种回收方法获得的文库差异悬殊,这篇文章旨在对特殊样品的文库使用全自动回收仪和传统的切胶回收的方法进行比较。因此,在smallRNA文库回收时,需根据不同的实验材料与需求,选择最优的回收方案。(本文来源于《科技风》期刊2018年15期）
陈垂这[8]（2018）在《类鼻疽伯克霍尔德菌Hfq伴侣蛋白相关mRNA文库的构建及测序分析》一文中研究指出目的Hfq与s RNA结合,它们的结合体通过s RNA与靶m RNA进行配对相互作用,通过该结合机制寻找相关靶m RNA是研究其调节功能的主要手段,本文旨在寻找B.p C006中Hfq相关m RNA,为进一步研究m RNA生物学功能和致病机制打下基础。方法1)PCR扩增B.p C006菌株的Hfq基因并亚克隆至p MD19-T克隆载体中,经测序验证后,用Ndel和Xhol双酶切p MD19T-Hfq与p ET30a(+),然后插入目的基因以构建重组表达质粒p ET30a(+)-Hfq。重组质粒转化入大肠埃希菌BL21(DE3),以IPTG最佳剂量浓度诱导目的基因表达,提取其表达产物利用SDS-PAGE与Western blot分析鉴定,确定目的蛋白,最后经过Ni2+螯合柱纯化表达产物以取得目的蛋白;2)将前期实验得到的重组表达质粒p ET30a(+)-Hfq转化入大肠埃希菌S17中,随后挑取阳性单克隆以做菌液PCR验证,利用重组质粒S17/p ET30a(+)-Hfq接合入B.p C006,IPTG诱导目的蛋白Hfq表达,将细菌破碎提取上清,并利用His-tag单抗通过免疫共沉淀方法分离Hfq与其结合的RNA,利用TRIzol Universal提取RISC复合物中的RNA,采用Nano drop测所得RNA的浓度,取出部分RNA进行后续实验,其余逆转录为c DNA放液氮速冻并保存以后续送高通量测序并构建m RNA子文库。结果1)以临床B.p C006菌株DNA为模板,利用PCR扩增,其结果与Hfq基因理论值预期大小的片段一致;2)经双酶切和测序验证亚克隆质粒与原核表达质粒构建成功;3)利用IPTG最佳剂量浓度诱导大肠埃希菌BL21(DE3)中的His-Hfq的融合蛋白,蛋白电泳显示约9.4k Da;4)通过His标签蛋白纯化试剂盒及Western blot分析鉴定获得单一条带的目的蛋白;5)重组质粒S17/p ET30a(+)-Hfq接合入B.p C006后经PCR验证得到阳性单克隆;6)利用His-tag单抗体通过免疫共沉淀方法分离得到与Hfq结合的相关RNA;7)高通量测序构建Hfq相关m RNA子文库,总共检测到的基因数目有4185个,其中检测到的已知基因数目有4155个,检测到的新基因数目有30个。新基因中运用KEGG Pathway分析及预测发现有5个基因都可以在KEGG-A-class与KEGG-B-class信号通路中找到,预测其可能有新陈代谢、环境信息加工、膜转运、氨基酸代谢及其他次生代谢的生物合成功能;8)附加发现9个Hfq相关s RNA。结论1)原核表达质粒构建成功;2)在大肠埃希菌中His-Hfq融合蛋白成功表达,并经过Ni2+柱纯化得到了s RNA伴侣蛋白Hfq;3)Hfq相关m RNA文库被成功构建且进行转录组分析、多态性、插入突变、RNA基因编辑及基因结构优化等,为进一步钻研这些m RNA的功能提供了根底,研究B.P的m RNA功能可能会揭示B.P某方面的致病机制,从而找到相应的治疗靶点;4)附加发现9个Hfq相关s RNA,同时为筛选与该蛋白相关生物s RNA奠定基础。(本文来源于《海南医学院》期刊2018-05-01）
张磊,杜安娜,闵娟,高丁[9]（2018）在《禽流感病毒高通量测序文库构建的方法优化》一文中研究指出流感的常年流行是由于流感病毒较强的基因变异,通过高通量测序的方法来研究流感病毒的基因组是研究流感病毒基因变异的最主要方法,有助于进一步加强对流感的预防和治疗研究。而测序文库的构建是研究病毒基因变异的关键技术环节。目前,禽流感病毒的测序文库构建方法存在不足,需要对测序文库的构建方法进行优化。(本文来源于《科学技术创新》期刊2018年02期）
何雨琦,李桂梅,周鑫,丁昭莉[10]（2017）在《用于Illumina测序平台不同试剂盒制备RNA-seq文库的方法比较》一文中研究指出RNA-seq是利用深度测序进行转录组分析的技术,并且在新一代测序的主流平台Illumina上运用广泛。针对Illumina平台的RNA-Seq建库,目前有多个不同类型的建库方法支持该技术,但是在操作步骤和成本上有很大差距。本研究分别试验了Tru Seq RNA文库制备、NEBNext RNA文库制备以及KAPA RNA文库制备3种方法,首次系统地对这3种建库方法得到的片段长度,浓度和建库流程进行了比较分析。研究显示,3种文库的片段长度都集中在300~1 000 bp之间,KAPA RNA文库制备得到的文库浓度最高,该制备方法只需要进行一次磁珠纯化,操作简便,成本低,所需要的起始量低,适用于进行大规模的建库实验。(本文来源于《基因组学与应用生物学》期刊2017年11期）
文库测序论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
测序技术的飞速发展,让我们能够从基因组的角度对物种进行研究。通常在处理高通量测序数据的第一步是将得到的测序数据与参考基因组进行比对,提取匹配的数据进行后续分析,不匹配(unmapped reads)的数据则被忽略。而在这些unmapped reads中却包含有一些重要的生物学信息,如参考基因组缺失序列、物种特异性序列或样品中含有的污染序列等。本文利用基于BAC文库混合池测序法,通过对糜子(Panicum miliaceum L.)基因组测序数据中的unmapped reads进行组装,总共鉴定得到了135条缺失序列和64条特异性序列以及一些样品污染序列。线粒体基因组作为植物遗传信息不可或缺的一部分,在系统进化和基因工程等领域发挥着重要作用。糜子,作为一种重要的古老农作物,进行线粒体基因组组装和分析,对完善其基因组信息具有重要的意义。目前糜子的线粒体基因组数据还没有被发表,本研究结合第二代和第叁代DNA测序数据,通过采用迭代循环组装的方法得到了长度为484522bp、GC含量为43.76%的糜子线粒体基因组的核心序列。通过基因注释分析,发现基因间区在糜子线粒体基因组中占比较大,达到79.22%;编码区只占20.78%,含71个编码基因。进行密码子偏好性分析,发现其密码子的偏性较弱,自然选择压力和突变共同影响密码子偏好性。通过对蛋白编码区密码子进行的分析,得到了10个最优密码子。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
文库测序论文参考文献
[1].杨雁霞,范琴,杨云娟,唐湘华,慕跃林.胃肠道微生物宏基因组文库耐盐菌株的筛选、测序及潜在耐盐基因分析[C].第十二届中国酶工程学术研讨会论文摘要集.2019
[2].梁孟杰.基于糜子BAC文库测序法的unmappedreads分析及线粒体基因组组装[D].华中农业大学.2019
[3].游思亮.高通量测序文库构建中超声波破碎DNA条件的研究[J].科技视界.2019
[4].刘正权,唐娟,陆香君,刘文丽,蒋锦晓.黑斑蛙肝脏和脾脏组织cDNA文库的构建与测序[J].杭州师范大学学报(自然科学版).2018
[5].杨少丽,秦松.Gateway技术构建菊芋块茎全长cDNA文库及EST测序分析[J].生命科学研究.2018
[6].程远芳.基于BAC文库指纹特征的油菜物理图谱构建及其测序、组装[D].华中农业大学.2018
[7].张磊,张清华,杜安娜,闵娟,高丁.SmallRNA高通量测序文库分选方法比较[J].科技风.2018
[8].陈垂这.类鼻疽伯克霍尔德菌Hfq伴侣蛋白相关mRNA文库的构建及测序分析[D].海南医学院.2018
[9].张磊,杜安娜,闵娟,高丁.禽流感病毒高通量测序文库构建的方法优化[J].科学技术创新.2018
[10].何雨琦,李桂梅,周鑫,丁昭莉.用于Illumina测序平台不同试剂盒制备RNA-seq文库的方法比较[J].基因组学与应用生物学.2017