导读:本文包含了候选基因筛查论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:马凡综合征,FBN1基因,先天性无虹膜,PAX6基因
候选基因筛查论文文献综述
蒋琳鑫[1]（2018）在《候选基因法对两种罕见病家系突变的筛查》一文中研究指出目的:马凡综合征是一种显性遗传的罕见性结缔组织病,全身多个系统均可出现异常,以眼部、心血管系统及骨骼系统为主,发病率约为1/10000-1/20000。目前尚无特殊治疗方法,主要对相应系统及器官病变进行药物或手术对症治疗。人类原纤维蛋白基因-1(fibrillin-1 gene,FBN1)的突变在马凡综合征发病过程的重要作用已经被证实;先天性无虹膜是一种罕见的常染色体遗传性疾病,发病率在不同族群中约为1/64,000-1/96,000,其中虹膜组织的退化是最显着的临床特征,大多数情况下,前房角镜下可见残存的虹膜根部,在大多数病人中能检出人类配对基因盒6(the paired box 6 gene,PAX6)突变。本研究分别选取FBN1基因与PAX6基因为两种疾病的候选基因,对其进行突变筛查,探讨这两种罕见病发病的分子机制,以期推动其遗传咨询及产前诊断研究。方法:本研究收集到两个马凡综合征家系和一个先天性无虹膜家系,家系编号分别为MFS-01、MFS-02及CA-01,病史采集后分别绘制出家系图。并收集同期健康检查者作为对照组。对马凡综合征家系成员主要进行眼科,心血系统及体格检查,依据临床标准确诊患者;对先天性无虹膜家系成员主要进行神经系统、体格检查及视力检查、眼前节检查、眼压测量、眼底检查和正视评估等眼科专科检查,依据临床指南确诊患者。在征得知情同意后采集5-10ml静脉血提取基因组DNA,从NCBI数据库中获取FBN1和PAX6基因序列,使用primer3设计引物,应用聚合酶链式反应(PCR)扩增出两基因的全部外显子及前后100bp左右片段,纯化酶纯化PCR产物后使用ABI-3730直接测序法进行序列分析,与健康对照比较研究,SIFT与Poly Phen-2预测FBN1蛋白可能的结构和功能变化。结果:MFS-01家系确诊1名男性患儿,主要临床表现有双眼晶体缺如、玻璃体浑浊、主动脉窦部扩张、体瘦身长、指趾细长等,从该患者FBN1基因发现了位于32外显子上的c.3998 G>A(p.C1333Y),而家系中未患病成员及健康对照者中未检出此突变;MFS-02中确诊两名患者,为一对父女,两者除有晶体异位、斜视、骨骼系统等相似的临床表现外,男性患者有主动脉夹层病史,女性患儿也存在主动脉根部扩张,从两名患者中检出一位于14外显子上的c.1708 T>G(p.C570G)杂合错义突变,而家系中其余未患病成员及正常对照未检出此突变;CA-01家系确诊4名患者,主要临床表现集中在眼部,包括虹膜缺如、视力低下、眼球震颤、白内障等,在4名患者PAX6基因发现了位于6号外显子上的c.275 G>A(p.R92Q)杂合突变。以上叁个通过SIFT与Poly Phen-2预测突变位点可能导致相应蛋白的结构和功能受到破坏。结论:FBN1基因的突变c.3998 G>A(p.C1333Y)和c.1708 T>G(p.C570G)可能是马凡综合征家系中患者发病的主要原因,而PAX6基因的突变位点c.275 G>A(p.R92Q)可能是先天性无虹膜家系患者发病的主要原因。这叁个家系中所发现的突变在国内外未见有报道,为新突变,此结果丰富了FBNI与PAX6的突变谱,为马凡综合征和先天性无虹膜的遗传咨询及产前检查提供了依据。(本文来源于《西南医科大学》期刊2018-05-01）
谭英彩[2]（2018）在《第一部分 ZP4基因单核苷酸多态性与中国汉族人群原发性开角型青光眼关联研究 第二部分 一个遗传性压力易感性周围神经病家系候选基因PMP22筛查研究》一文中研究指出目的:迄今为止,基于全基因组关联研究(genome-wide association study,GWAS)发现了数十个遗传基因或位点与原发性开角型青光眼(Primary Open-angle Glaucoma,POAG)的发病相关。其中小梁网诱导性糖皮质激素反应蛋白基因(Myocilin,MYOC)、视神经病变诱导反应蛋白基因(Optineurin,OPTN)、色氨酸-天门冬氨酸重复序列36基因(WD40-repeat 36,WDR36)和神经营养因子(Neurotrophin-4,NTF4)等被鉴定为POAG的致病基因。近来,研究发现透明带糖蛋白基因(Zona Pellucida Glycoprotein 4,ZP4)单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNPs)位点rs547984、rs540782、rs693421和rs2499601与POAG相关联(Nakano M等,2009;Kim K等,2014)。但在其他人群未得到有关联的证据。本研究在中国汉族人群验证ZP4基因SNPs与POAG的关联性。方法:本研究纳入336例POAG及768例正常对照进行病例对照研究;采用单碱基延伸法(SNa Pshot)对ZP4基因的SNPs位点rs547984、rs540782、rs693421、rs2499601进行基因分型。统计学分析方法(SPSS22.0)包括:采用卡方检验分析等位基因、基因型频率分布及分析其显性、隐性遗传模型;采用Logistic回归校正性别、年龄的差异;采用Bonferroni方法进行P值多重校正;采用Haploview4.2(Broad Institute,Cambridge,MA)分析连锁不平衡(Linkage Disequilibrium,LD)和单倍体型结构。结果:ZP4基因4个SNPs位点的基因型频率在病例组与对照组的分布均符合HWE(P>0.05),说明研究对象具有群体代表性。本研究未发现ZP4基因的这4个SNPs位点等位基因分布与POAG的发病相关。进一步应用显性与隐性遗传模型进行分析这些SNPs位点与POAG的关系,结果显示病例组及正常对照组的差异无统计学意义(P>0.05)。进一步分析单倍体型,发现这4个SNPs产生的GGAG单倍体型在病例组与对照组之间的分布有统计学差异(P<0.05),为风险单倍体型;携有GGAG单倍体型的个体患POAG的风险将增加2.935倍。结论:本研究对336例POAG患者和768例对照进行病例对照研究,验证ZP4基因SNPs位点rs547984、rs540782、rs693421及rs2499601的多态性与POAG的关系,结果表明ZP4基因SNPs位点rs547984、rs540782、rs693421及rs2499601与中国汉族人群POAG发病可能无关联性。目的:针对一个遗传性压力易感性周围神经病(hereditary neuropathy with liability to pressure palsy,HNPP)家系,进行周围神经髓鞘蛋白22(peripheral myelin protein22,PMP22)基因缺陷筛查,确定PMP22基因是否为该先证者的遗传病因。方法:对先证者及未患病家系成员采用(1)PCR结合Sanger测序,筛查PMP22基因2-5号外显子和5’-UTR侧翼区的点突变;(2)采用多重连接依赖性探针扩增技术(multiplex ligation-dependent probe amplification,MLPA)检测PMP22基因大片段重复或缺失突变。结果:(1)直接Sanger法测序未检测到PMP22基因外显子及其侧翼区点突变;(2)MLPA检测到先证者PMP22外显子相对峰面积比值小于0.7,提示相对应的17p11.2包含PMP22基因在内的片段发生杂合缺失。结论:研究表明17p11.2包含PMP22基因在内的大片段缺失是该HNPP先证者的分子诊断依据。(本文来源于《西南医科大学》期刊2018-05-01）
谢丹[3]（2018）在《WES筛查RP致病基因PRPF31新位点及RP候选基因EMC9的功能研究》一文中研究指出视网膜色素变性(retinitis pigmentosa,RP)是一种遗传性眼部疾病,它最终会导致失明。目前已鉴定了超过70个RP基因,但仍有35%~45%的RP病人无法用已知基因解释,根据该疾病的相关研究提示还有很多未知RP基因等待鉴定。基于我们对RP复杂发病机制的认识不清晰,目前尚缺乏并且公认有效的干预手段来防治RP。对RP致病基因新突变及新型候选基因的发现是首要目的,对RP分子诊断、治疗方向和分子遗传学研究具有重要意义。然而传统Sanger测序已经无法满足需求,其费用高额、耗时巨大、且无法获取未知致病基因,随着二代测序技术的发展,全外显子测序(whole exome sequencing,WES)运用在疾病研究中成功案例越来越多,它们逐渐成为疾病研究中极为常用的筛查手段,它们具有高的灵敏度,低成本投入等优点,值得一提的是WES可以检测到未知致病基因。在此研究中,我们利用WES对收集到的家系及散发患者筛查,得到RP已知致病基因的一个新致病突变位点、一个候选致病突变位点和一个常染色体隐性遗传(arRP)候选基因:(1)在中国人群中,我们检测到常染色体显性遗传(adRP)基因PRPF31一个新型移码突变c.1226_1227insA(p.T410Dfs*65),与一个候选终止突变c.1015C>T(p.Q339*)。在1000例正常人中没有这些突变位点。(2)对前期筛选出的arRP候选基因EMC9及其突变位点c.59G>A(p.R20Q)的初步功能研究。EMC9在正常小鼠视网膜、睾丸、脊髓、小脑、大脑呈现高表达。我们成功构建了EMC9质粒pCDNA3.1-EMC9-FLAG-WT和pCDNA3.1-EMC9-FLAG-MUT(59G>A),与WT组相比较,pDNA3.1-EMC9-FLAG-MUT细胞蛋白表达量降低90%以上,且其蛋白定位呈缺失状态。这些均与基因突变的致病性一致。下一步我们打算构建EMC9基因敲除小鼠,EMC9基因对视网膜功能的影响有待进一步研究。综上所述:(1)我们通过WES,发现了中国人群RP患者中已知adRP基因PRPF31的新型突变,扩大了RP致病基因突变谱,给产前诊断提供新思路。(2)对新发现的RP基因EMC9及其新位点c.59G>A(p.R20Q)进行了初步的功能研究,其突变导致了蛋白不稳定表达,从而可能导致疾病。(本文来源于《电子科技大学》期刊2018-03-31）
张柳[4]（2017）在《两个先天性白内障家系的疾病相关候选基因筛查与机制研究》一文中研究指出研究目的:先天性白内障是儿童常见的致盲性眼病,约1/3的先天性白内障与遗传因素有关。目前,至少发现了70个先天性白内障相关的致病基因及位点。通过对先天性白内障进行遗传学研究,不仅能够加深我们对该病的发生、发展的认识,而且有助于阐明先天性白内障的致病机制,为先天性白内障的产前诊断和基因治疗打下坚实的基础。本研究首先对两个遗传性先天性白内障家系进行疾病相关候选基因筛查,随后应用生物信息学方法预测基因突变的致病性,最后采用体外细胞转染的方法研究其致病的分子机制。研究方法:本实验研究对象来自就诊于郑州市眼科医院的两个先天性白内障家系,两个家系所有成员均接受详细的病史调查、眼科检查及全身其他系统的临床检查。依据家系患者信息绘制家系图谱。经两个家系所有成员的知情同意后,采集所有家系成员外周血样本,提取及纯化基因组DNA。根据基因型-表型的关系,基于NCBI、ENSEMBLE和HGMD等数据库,建立先天性白内障主要致病基因系列引物库(包含外显子和两侧的内含子区域),PCR扩增对应候选区域,Sanger测序分析筛查结果。在生物信息学分析中,通过SIFT、PolyPhen-2、Mutation Taster、同源建模和疏水性分析等软件预测突变对蛋白质结构、功能的影响。在分子机制研究中,设计PCR高保真搭桥引物从患者全基因组中扩增目标编码序列,通过DNA体外重组技术构建野生型基因表达载体(pSIN-CRYGS/Flag-WT),而后利用定点突变技术获得突变型基因表达载体(pSIN-CRYGS/Flag-S82P),将野生型基因表达载体和突变型基因表达载体(pSIN-CRYGS/Flag-WT、pSIN-CRYGS/Flag-S82P)转染晶状体上皮细胞及HEK-293细胞,细胞免疫荧光观察蛋白亚定位情况,Western Blot半定量检测蛋白表达情况,流式细胞术检测细胞凋亡,综合以上分子生物学手段,阐明基因突变的发病机制。研究结果:1.两家系系谱分析结果:经详细病史调查及眼科检查,家系一患者白内障表型为核性白内障,家系二患者白内障表型为后极性白内障。两个家系遗传方式均为常染色体显性遗传。根据候选基因测序结果显示:家系一:CRYGS基因的第244位碱基由胸腺嘧啶变为胞嘧啶(c.244T>C),导致了第82位氨基酸由丝氨酸变为脯氨酸(p.82S>P),经NCBI、ENSEMBLE和HGMD等数据库的序列比对和文献回顾,结合生物信息学预测和家系共分离分析,CRYGS(c.244T>C)是一个新的致病突变。该家系所有患者中都携带这个新的突变,而此突变在该家系正常成员和100个健康对照者中均未出现。家系二:CRYBA1基因第279位到281位碱基缺失(c.279-281delGAG),导致了第91位的甘氨酸的缺失(?G91),经序列比对和文献回顾,发现这是一个已知的缺失突变。该家系所有患者都检测出这个缺失,而该缺失在此家系正常成员和100个健康对照者中均未发现。2.生物信息学分析及分子机制研究:我们选择性的对家系一的突变CRYGS(c.244T>C)进一步进行生物信息学分析以及分子机制研究。生物学信息分析结果显示:SIFT、PolyPhen-2和Mutation Taster均预测CRYGS(c.244T>C)这一错义突变能够影响蛋白质结构和功能;同源建模和疏水性分析显示野生型蛋白和突变型蛋白在结构和疏水性方面差异不明显。突变功能研究结果分析:瞬时转染pSIN-CRYGS/Flag-WT和pSIN-CRYGS/Flag-S82P,使晶状体上皮细胞过表达野生型和突变型融合蛋白,细胞免疫荧光观察结果提示突变型蛋白未出现明显聚集,但其细胞丝状骨架结构较野生型明显减少;在HEK-293中转染pSIN-CRYGS/Flag-WT和pSIN-CRYGS/Flag-S82P,对目的蛋白进行Western Blot分析,结果显示突变蛋白表达较野生型明显减少;流式细胞术结果显示突变型细胞早期凋亡率高于野生型。研究结论:1.本研究在家系一中发现了CRYGS基因上一个新的致病突变(c.244T>C),进一步扩大了常染色体显性先天性白内障相关基因突变谱。研究结果提示CRYGS(c.244T>C)突变可通过减少CRYGS蛋白表达,扰乱细胞骨架结构,诱导细胞早期凋亡等途径,导致先天性核性白内障的发生。2.本研究在家系二中发现CRYBA1基因的279位到281位碱基缺失(c.279-281delGAG)能够导致先天性后极性白内障的发生。(本文来源于《福建医科大学》期刊2017-05-01）
吴杭迪[5]（2017）在《中国汉族先天性单侧肾缺如患者候选基因致病突变筛查》一文中研究指出背景:既往少有研究聚焦先天性单侧肾缺如这一独特表型。该表型患者通常临床表现隐匿,但随着病情进展,高血压、蛋白尿等症状均可能出现,部分患者甚至发展为终末期肾脏病。目的:在大组中国汉族先天性单侧肾缺如患者队列中,针对根据文献确定的大组候选基因进行致病突变筛查,明确突变谱。方法:通过文献阅读,并参考基因、蛋白质公共数据库信息,确定候选基因。根据病史及影像学资料,纳入2008年1月至2016年1月在上海交通大学医学院附属瑞金医院肾脏科诊治的中国汉族先天性单侧肾缺如患者。因肾脏切除所致孤立肾及继发因素所致萎缩肾个体均予以排除。同时纳入100例汉族健康正常人作为对照。针对候选基因的所有编码区及邻近内含子区进行目标区域二代测序,所有突变位点均经Sanger测序排除假阳性结果,并在100例健康对照中验证。结果:本研究共入选报道在肾脏异常发育患者中存在突变的基因或其相关基因25个,所有候选基因均在肾脏发生过程中起到重要作用,绝大多数存在相互作用关系。该25个基因的遗传模式涵盖常染色体显性,常染色体隐性和伴X遗传。本研究共纳入86例无血缘关系中国汉族先天性单侧肾缺如患者,平均诊断年龄为32岁。9例(10.5%)患者具有肾脏异常发育家族史,15例(17.4%)患者合并泌尿生殖系统其他畸形。本研究在SALL1,EYA1,RET,HNF1B,DSTYK,WNT4以及SIX5这7个基因中筛查出10种致病突变(9种错义突变,1种缺失突变)。所有突变在公共数据库中频率均小于0.1%且均未在100例正常对照中出现,其中8种突变在我们所知的数据库(The Human Gene Mutation Database,1000 Genomes project,Exome Sequencing project,Exome Aggregation Consortium)中没有记录,认为是新突变。保守性分析结果提示绝大多数突变位点从灵长类到斑马鱼都高度保守。部分位点位于重要结构域,与既往报道过的致病性突变位点邻近或位于同一结构域。共9例(10.5%)患者携带候选基因突变。7例患者携带单个杂合突变,其中2例携带DSTYK基因的同一突变c.1532A>G。另外1例患者在RET基因上携带2种不同突变,1例在HNF1B及EYA1两个基因上各携带一种突变。结论:本研究在候选基因中共发现10种致病突变,其中8种为新突变,可解释10.5%中国汉族先天性单侧肾缺如患者的发病原因。突变谱呈分散分布,未发现热点突变。(本文来源于《上海交通大学》期刊2017-04-01）
李强[6]（2016）在《猪生长速度和背膘厚性状候选基因SNP筛查及其关联分析》一文中研究指出猪肉是我国居民食用的主要肉类,人们对猪肉尤其是瘦肉的消费数量不断增加,对质量要求也越来越高,而猪体内脂肪沉积过多则会影响生长性状、胴体性状和繁殖性状。本研究基于GWAS结果筛选出生长速度、背膘厚和眼肌面积叁个性状的候选基因,并通过混池测序筛查SNP以及利用PCR-RFLP方法进行基因型分型,同时运用线性混合模型对SNP和叁个性状进行关联分析,以及基因间的互作效应的分析。所得结果为猪生长和胴体性状的分子标记辅助选择提供了依据。本研究以369头大白猪和157头长白猪群体作为研究对象,测定了 100kg体重日龄、第十肋骨处背膘厚和第十肋骨处眼肌面积3个性状。同时根据查阅文献以及运用分子生物学和生物统计方法对ACOXL、LMNA和MC4R叁个基因的4个错义突变位点与所测3个性状进行关联分析,为猪生长和胴体性状的育种工作提供有效的分子标记,所得结果如下:1.AOXL基因有两个错义突变分别为c.8C/T和c.509A/G,其中在大白猪中ACOXL c.8C/T与第十肋骨处背膘厚显着关联(P<0.05),TT型个体背膘厚比CC型和CT型个体都薄(P<0.05)。2.LMNA基因通过碱基突变引入一个酶切位点,大白猪中LMNAc.741 G/C与第十肋骨处背膘厚显着关联(P<0.05),大白猪CC型个体背膘厚比CG型和GG型个体都薄,且差异分别显着(P<0.05)和极显着(P<0.01)。长白猪LMNAc.741G/C与第十肋骨处背膘厚显着关联(P<0.05),CG型个体背膘厚比CC型和GG型个体都薄,CG型个体与CC型差异显着(P<0.05)。3.MC4R基因有一个错义突变位点c.892G/A,大白猪和长白猪MC4R基因c.892 G/A与第十肋骨处背膘厚极都显着关联(P<0.05),大白猪是AG型个体背膘厚最薄,长白猪是GG型背膘厚最薄。大白猪MC4R基因c.892 G/A与100kg体重日龄显着关联(P<0.05),大白猪AG型是有利基因型。4.ACOXLc.8C/T和LMNAc.741G/C基因型中,TT-CC组合是各自优势基因型的合并,第十肋骨处背膘厚最薄,为优势基因型组合,比背膘厚度最高的CC-CG组合(劣势基因型组合)要薄0.34mm,且差异显着(p<0.05)。(本文来源于《华中农业大学》期刊2016-06-01）
王莉莉[7]（2015）在《DDI2基因对结直肠癌HT-29细胞增殖和迁移影响的研究及筛查和确定散发性结直肠癌候选基因TGFBR2 3’ UTR功能性遗传标识》一文中研究指出结直肠癌在全世界范围内发病率一直呈不断上升的趋势,已严重影响着人类的身心健康,结直肠癌中约70%为散发性结直肠癌,使得人们更加关注散发性结直肠癌的发生机制。由于散发性结直肠癌发病早期不易发现,且预后差、易发生转移等问题,目前已报道的散发性结直肠癌分子标识较少,因此,急需在全基因组范围内寻找新的能够进行早期诊断的散发性结直肠癌的遗传标志物。本课题前期已经通过全基因组外显子测序及相关文献查询筛选出可能作为散发性结直肠癌的候选基因DDI2。DDI2 (DNA-damage inducible 1 homolog 2)即DNA损伤诱导的同源物2,其在甲状腺癌中表达降低,而在散发性结直肠癌的研究并未见报道。实验通过Western Blot和RT-PCR (real time PCR)分析DDI2基因在结直肠癌细胞系Lovo、HT-29、colo320、sw480细胞系及正常细胞系NCM460中的表达情况；同时构建DDI2基因的野生型和突变型表达载体(pIRES2、pCDNA3.1、pEGFP-C2),通过DDI2基因表达载体转染结直肠癌HT-29细胞系来研究DDI2基因对肿瘤细胞增殖和迁移的影响,为进一步研究DDI2基因对散发性结直肠癌的发生发展的影响奠定基础。Western Blot实验结果显示,DDI2基因在细胞系NCM460、colo320、sw480、Lovo和HT-29中的表达量均很少,差异不显着,但在RT-PCR实验中,DDI2基因的mRNA在上述结直肠癌细胞系中均有表达,且与正常的肠细胞系NCM460有差异显着。与转染空载体的HT-29细胞相比,携带野生型DDI2基因pIRES2载体的HT-29细胞,在细胞的增殖速度、克隆形成数、迁移速度方面明显降低且有显着性(P<0.05)。结论：DDI2基因表达产物抑制结直肠癌HT-29细胞系的增殖和迁移。提示DDI2基因很有可能参与到散发性结直肠癌的发生过程中。结直肠癌是目前研究发现重要的恶性肿瘤之一,已严重影响着人们的生活和健康。由于结直肠癌早期不易发现、易转移、治愈率差等原因,因此需要一种新的方法寻找结直肠癌疾病风险预警的遗传标志物显得特别重要。目前发现微小RNA (microRNA, miRNA)可能通过与靶基因的非编码区特异调控靶基因的表达水平。而肿瘤相关基因3'UTR区域的多态性可能通过影响miRNA与特异位点结合而最终影响肿瘤的发生与发展。目前,关于结直肠癌相关基因3'UTR的多态性与相关基因表达量的关系尚未被深入研究。本课题通过查阅相关文献,并用RegRNA. RNAhybrid等网站进行筛选,分析候选基因的3’UTR的多态性位点与miRNA的结合方式,发现仅TGFBR2基因3'UTR的rs11466537位点与hsa-miR-1193结合紧密,因此选择TGFBR2基因的rs11466537位点为研究对象。构建TGFBR2基因rs11466537位点上下游约300 bp的野生型和突变型载体pmirGLO,转染至hela细胞,通过双荧光素酶分析方法检测荧光值。研究结果显示,相比转染了突变型表达载体的细胞系,含T碱基的野生型表达载体的细胞系的双荧光素酶活力明显下降(P<0.001)。结论：TGFBR2的3'UTR的rs11466537位点突变与hsa-miR-1193结合影响TGFBR2基因的表达,该结果为进一步研究TGFBR2基因表达调控结直肠癌发生发展提供实验依据。(本文来源于《西北大学》期刊2015-06-30）
史植文,刘伟奇,刘娇娇,王春燕,景迎春[8]（2014）在《利用PiggyBac转座子插入胚胎致死突变小鼠库对致出生缺陷新候选基因的筛查》一文中研究指出神经管畸形(Neural Tube Defects,NTD)、先天性心脏病(Congenital Heart Diseases,CHD)等均是我国发病率居前的重大出生缺陷。内在遗传因素在这些疾病的发生中占重要地位,如超过70%的NTD的发生可归于遗传因素。深入明确这些重大出生缺陷的遗传机制,建立产前基因筛查清单,是降低其发生率的重要因素。罕见相关家系一定程度上限制(本文来源于《2014全球华人遗传学大会全国第十叁次医学遗传学学术会议论文汇编》期刊2014-10-29）
郁金泰,谭兰[9]（2014）在《汉族人阿尔茨海默病关键候选基因的突变筛查和关联分析》一文中研究指出目的近期,多项来自于欧美高加索人群阿尔茨海默病(AD)的大规模GWAS新发现CLU,CR1,PICALM,BIN1等基因为AD新的易感基因。目前还不清楚这些基于高加索人群的AD GWAS关联区域是否也是其他种族AD患者的易感区域。并且目前缺少基于深度基因测序的候选基因研究策略进行各候选基因与AD易感关联的(本文来源于《中华医学会第十七次全国神经病学学术会议论文汇编（下）》期刊2014-09-18）
闫伟[10]（2013）在《中国藏、汉人群UGT1A9，1A7遗传多态性的比较分析及结直肠癌候选基因3’UTR功能风险预警标志物的初步筛查》一文中研究指出第一部分UDP-葡萄糖醛酸转移酶(UDP-glucuronosyltransferases,UGTs)作为一类重要的Ⅱ相药物代谢酶催化葡萄糖酸化反应,负责35%的Ⅱ相药物代谢。因而,UGT酶在药物代谢过程中发挥着非常重要的作用,需要我们加深对其的了解。但是UGTs的活性存在个体及种族间的差异,影响临床药物疗效及药物的安全性,而造成该差异的原因是由于基因组中大量遗传多态性位点的存在。因此,全面系统的了解UGT家族基因的遗传多态性将有助于有效的开展个体化用药,从而提高药物疗效减少毒副作用。本课题选取该家族中重要的两个基因UGT1A9.1A7作为研究对象,国内外已经对这两个基因进行了不少深入研究,但关于中国藏族人群及藏汉民族遗传信息的比较相对较少。中国是一个由56个民族组成的大民族国家,汉族是最大的一个民族人口占中国总人口的90.56%,而藏族则是中国少数民族中的一个主要民族,由于种族及地域的差别可能也会造成遗传信息的差异。该研究以藏、汉两个民族人群为研究对象,随机选取这两个民族健康志愿者各100例,对正常人群UGT1A9.1A7基因的遗传多态性做了全面系统研究。研究结果如下：1.UGT1A9中共检测到21个变异位点,其中7个是新发现的变异。叁个高频变异(-1888T>G,95246T>C,96292C>T)的等位基因频率在藏汉民族间具有显着性差异。UGT1A7中检测到27个变异位点,其中叁处高频变异(-561A>C,85243T>C,86289C>T)的等位基因频率在藏、汉民族间具有显着性差异。此外,功能预测结果显示,-1888G,一1819C.-441T,-57G影响了转录因子的结合。2.UGT1A9*1b,UGT1A7*3是中国人群主要的缺陷等位基因。3.单倍体型分析表明,ACTCTC是藏族人群主要的单体型,频率为52.9%；TCTCGT是汉族人群主要的单体型,频率为57%。此外,CCC是中国人群主要的一种单体型,频率约为85%。本研究中,我们系统的对藏、汉民族UGT1A9.IA7的遗传信息进行了分析,发现等位基因和基因型频率、连锁不平衡模式(Linkage disequilibrium,LD)、单体型及标签SNPs在两民族中是存在一定差异的。因此,本研究中UGT1A9.1A7藏、汉人群的遗传信息将为更多的有关药代动力学的研究奠定一定的理论基础,同时也为中国藏、汉人群开展个体化医疗提供数据来源。第二部分microRNAs (miRNAs)是一组小、非编码的RNA序列,长度大约18-22个核苷酸。miRNA通过和靶基因3’非编码区(3'Untranslated regions,3'UTR)结合,在细胞分化、细胞周期的进行、细胞应答反应及细胞凋亡等细胞过程中发挥关键性的基因表达调控作用。已有不少研究证实,位于miRNA靶位点的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNPs)会影响miRNA的结合及靶基因的表达。目前已经报道了miRNA靶标位点的SNPs与银屑病、阿尔茨海默病、前列腺癌、乳腺癌、结直肠癌等的发病风险相关。目前,虽有少量关于miRNA靶标位点的SNPs与结直肠癌发病风险的报道,但这些研究仅仅是通过病例－对照研究分析了SNPs与结直肠癌发病的风险,并未对靶基因的功能影响进行深入的研究,也未从真正意义上揭示miRNA与靶基因的调控关系。本研究借助生物信息学软件筛选了叁个位于散发性结直肠癌候选基因CD86(rs17281995), APC (rs6875894), KRAS (rs7960917)3'UTR的miRNA作用靶点的SNPs,通过构建候选基因3'UTR的野生型及突变型的双荧光素报告基因表达载体分析SNPs位点对miRNA发挥调控作用的影响。针对双荧光素报告基因筛查有意义的位点,进一步研究预测的miRNA与靶基因的相互作用关系,主要通过Western Blot和实时定量PCR从不同表达水平研究]miRNA对靶基因的调控。研究结果如下：1.双荧光素酶筛选结果显示,与CD863'UTR含G等位基因的重组子共转染的miR-582-3p降低了荧光素酶的活力,而对含C等位基因的重组子的荧光素酶活力没有影响。2.Western Blot和实时定量PCR结果显示,miR-582-3p inhibitor抑制了miR-582-3p对靶基因的调控,使得CD86mRNA及蛋白的表达量均显着上升。本研究从一定意义上说明了miR-582-3p与CD86调控关系,但还需要在中国大样本的结直肠癌及疾病对照人群中进行统计关联分析,明确该位点是否也是中国散发性结直肠癌人群的一个新的功能风险预警遗传标志物。(本文来源于《西北大学》期刊2013-06-30）
候选基因筛查论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的:迄今为止,基于全基因组关联研究(genome-wide association study,GWAS)发现了数十个遗传基因或位点与原发性开角型青光眼(Primary Open-angle Glaucoma,POAG)的发病相关。其中小梁网诱导性糖皮质激素反应蛋白基因(Myocilin,MYOC)、视神经病变诱导反应蛋白基因(Optineurin,OPTN)、色氨酸-天门冬氨酸重复序列36基因(WD40-repeat 36,WDR36)和神经营养因子(Neurotrophin-4,NTF4)等被鉴定为POAG的致病基因。近来,研究发现透明带糖蛋白基因(Zona Pellucida Glycoprotein 4,ZP4)单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNPs)位点rs547984、rs540782、rs693421和rs2499601与POAG相关联(Nakano M等,2009;Kim K等,2014)。但在其他人群未得到有关联的证据。本研究在中国汉族人群验证ZP4基因SNPs与POAG的关联性。方法:本研究纳入336例POAG及768例正常对照进行病例对照研究;采用单碱基延伸法(SNa Pshot)对ZP4基因的SNPs位点rs547984、rs540782、rs693421、rs2499601进行基因分型。统计学分析方法(SPSS22.0)包括:采用卡方检验分析等位基因、基因型频率分布及分析其显性、隐性遗传模型;采用Logistic回归校正性别、年龄的差异;采用Bonferroni方法进行P值多重校正;采用Haploview4.2(Broad Institute,Cambridge,MA)分析连锁不平衡(Linkage Disequilibrium,LD)和单倍体型结构。结果:ZP4基因4个SNPs位点的基因型频率在病例组与对照组的分布均符合HWE(P>0.05),说明研究对象具有群体代表性。本研究未发现ZP4基因的这4个SNPs位点等位基因分布与POAG的发病相关。进一步应用显性与隐性遗传模型进行分析这些SNPs位点与POAG的关系,结果显示病例组及正常对照组的差异无统计学意义(P>0.05)。进一步分析单倍体型,发现这4个SNPs产生的GGAG单倍体型在病例组与对照组之间的分布有统计学差异(P<0.05),为风险单倍体型;携有GGAG单倍体型的个体患POAG的风险将增加2.935倍。结论:本研究对336例POAG患者和768例对照进行病例对照研究,验证ZP4基因SNPs位点rs547984、rs540782、rs693421及rs2499601的多态性与POAG的关系,结果表明ZP4基因SNPs位点rs547984、rs540782、rs693421及rs2499601与中国汉族人群POAG发病可能无关联性。目的:针对一个遗传性压力易感性周围神经病(hereditary neuropathy with liability to pressure palsy,HNPP)家系,进行周围神经髓鞘蛋白22(peripheral myelin protein22,PMP22)基因缺陷筛查,确定PMP22基因是否为该先证者的遗传病因。方法:对先证者及未患病家系成员采用(1)PCR结合Sanger测序,筛查PMP22基因2-5号外显子和5’-UTR侧翼区的点突变;(2)采用多重连接依赖性探针扩增技术(multiplex ligation-dependent probe amplification,MLPA)检测PMP22基因大片段重复或缺失突变。结果:(1)直接Sanger法测序未检测到PMP22基因外显子及其侧翼区点突变;(2)MLPA检测到先证者PMP22外显子相对峰面积比值小于0.7,提示相对应的17p11.2包含PMP22基因在内的片段发生杂合缺失。结论:研究表明17p11.2包含PMP22基因在内的大片段缺失是该HNPP先证者的分子诊断依据。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
候选基因筛查论文参考文献
[1].蒋琳鑫.候选基因法对两种罕见病家系突变的筛查[D].西南医科大学.2018
[2].谭英彩.第一部分ZP4基因单核苷酸多态性与中国汉族人群原发性开角型青光眼关联研究第二部分一个遗传性压力易感性周围神经病家系候选基因PMP22筛查研究[D].西南医科大学.2018
[3].谢丹.WES筛查RP致病基因PRPF31新位点及RP候选基因EMC9的功能研究[D].电子科技大学.2018
[4].张柳.两个先天性白内障家系的疾病相关候选基因筛查与机制研究[D].福建医科大学.2017
[5].吴杭迪.中国汉族先天性单侧肾缺如患者候选基因致病突变筛查[D].上海交通大学.2017
[6].李强.猪生长速度和背膘厚性状候选基因SNP筛查及其关联分析[D].华中农业大学.2016
[7].王莉莉.DDI2基因对结直肠癌HT-29细胞增殖和迁移影响的研究及筛查和确定散发性结直肠癌候选基因TGFBR23’UTR功能性遗传标识[D].西北大学.2015
[8].史植文,刘伟奇,刘娇娇,王春燕,景迎春.利用PiggyBac转座子插入胚胎致死突变小鼠库对致出生缺陷新候选基因的筛查[C].2014全球华人遗传学大会全国第十叁次医学遗传学学术会议论文汇编.2014
[9].郁金泰,谭兰.汉族人阿尔茨海默病关键候选基因的突变筛查和关联分析[C].中华医学会第十七次全国神经病学学术会议论文汇编（下）.2014
[10].闫伟.中国藏、汉人群UGT1A9，1A7遗传多态性的比较分析及结直肠癌候选基因3’UTR功能风险预警标志物的初步筛查[D].西北大学.2013