导读:本文包含了直系同源基因论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:AGAMOUS-like基因,木本植物,花发育,直系同源基因
直系同源基因论文文献综述
周开颜,徐思远,吴秋亭,石雨,徐启江[1]（2018）在《木本植物AGAMOUS-like直系同源基因研究进展》一文中研究指出决定拟南芥花器官发育的关键调节因子AGAMOUS (AG)控制生殖器官的形成和分生组织决定性,与性别分化、开花结果等过程密切相关。然而,尽管对模式植物和一些重要经济植物的AG类基因已有深入研究,但关于木本植物直系同源基因研究还有待拓展。深入探究AG基因在木本植物花发育进程中的调控机制对于林木遗传育种具有重要的指导意义。本文重点阐述了木本植物AG-like同源基因的系统进化和表达模式,并对需深入研究的方向进行了探讨。(本文来源于《林业科技》期刊2018年06期）
林联宇[2]（2018）在《转录组水平揭示水稻直系同源基因响应稻瘟病菌时的表达差异》一文中研究指出水稻作为一种重要的经济农作物,为全世界超过百分之五十的人口提供粮作物。水稻在长期进化的过程中受到自然选择的作用,部分重要的优势性状得以保留并在不断的人工驯化过程中获得很好的提升,从而让水稻更好地抵御来自外界的生物或非生物胁迫。本研究利用转录组分析方法比较两种不同亚种的栽培水稻Nipponbare(粳稻,japonicarice cultivar)和 93-11(籼稻,indica rice cultivar)在响应子囊菌稻瘟病菌(Pyriculariaoryzae)的方式上的不同。从检测到的差异表达基因集中,我们发现两种水稻在响应稻瘟病菌侵染有很大差异,并且在进化上高度保守的直系同源基因所表现出的表达差异性是两种水稻对稻瘟病菌差异响应的一个重要因素。进一步分析结果表明直系同源基因上游启动子区域的高水平核酸多态性与它们的差异性基因表达模式呈现正相关,而由启动子区域的核酸多态性所造成的转录因子结合位点多态性是这些响应稻瘟病菌的直系同源基因在两种水稻中展现出差异表达模式的重要原因。从这些结果我们可以总结出粳稻和籼稻在受到长期自然选择和人工驯化的过程中可能进化出两种不同的机制来抵御稻瘟病菌的侵染,这种抵御机制的差异性与直系同源基因在响应稻瘟病菌侵染时所展现出来的差异表达模式密切相关。(本文来源于《福建农林大学》期刊2018-06-01）
杨婧,黄原,汪晓阳[3]（2013）在《直系同源基因的识别方法与数据库》一文中研究指出直系同源(orthology)是指由于物种形成事件而享有共同祖先的基因之间的关系,直系同源基因之间通常具有相似的结构和生物学功能.由于基因组和转录组序列的快速积累,精确的识别直系同源基因有助于功能基因的注释,比较和进化基因组学研究.综述了现有的识别直系同源基因的主要方法,并列举了由此构建的数据库.这些方法可以归纳为叁大类,第一类是基于序列相似性的方法,具有识别速度快以及灵敏度高等优点;第二类是基于构建系统发育树的方法,具有准确性高和信息量大等优点;第叁类是将上述两种方法结合起来的混合方法,更好地平衡了灵敏性和准确性.最后总结了识别过程所面临的问题.(本文来源于《生命科学研究》期刊2013年03期）
陈文波,张珍,王琳凯[4]（2012）在《斑马鱼神经介素S直系同源基因的克隆、序列分析及组织表达》一文中研究指出旨在更深入和广泛了解脊椎动物NMS前体基因的结构、进化和生理功能,利用生物信息学和分子生物学技术从斑马鱼脑组织中克隆得到了NMS前体基因序列,并对其基因和蛋白结构以及组织表达等方面进行了分析。结果表明,斑马鱼NMS前体基因cDNA序列编码110个氨基酸组成的多肽,其中包含22个氨基酸的信号肽。脊椎动物NMS前体蛋白序列比对结果显示,与哺乳动物不同,硬骨鱼类NMS前体蛋白在C端缺失很大一部分序列,不能形成类似哺乳动物的NMS成熟肽,经蛋白酶切割可能形成同源性较高的34个氨基酸的多肽。进化树和基因组分析显示,斑马鱼和青NMS前体蛋白聚类在一起,位于NMS这一分支上。同时,NMS前体基因在斑马鱼、青和人基因组中具有同线性关系。半定量RT-PCR结果显示,NMS前体基因在所检测的斑马鱼各组织中均有表达,其中以脑中表达量为最高。(本文来源于《生物技术通报》期刊2012年09期）
朱智慧,胡敏杰,常长青,彭金荣[5]（2012）在《斑马鱼leg1直系同源基因mu-leg1在小鼠中的表达谱分析》一文中研究指出基因leg1(liver-enriched gene 1)首先在斑马鱼中作为肝脏富集表达基因被鉴定。进一步的研究揭示leg1编码的Leg1蛋白代表一类新型外分泌蛋白,它在斑马鱼胚期肝脏生长发育过程中起关键作用。小鼠leg1(mu-leg1)是斑马鱼leg1(zb-leg1)的直系同源基因,二者编码的蛋白氨基酸序列相似性为31%。文章通过巢式PCR从成年小鼠肝脏中成功克隆了mu-leg1的cDNA序列,并对该基因在成年小鼠不同组织中的表达特征进行分析和鉴定。Northern印迹杂交和半定量RT-PCR分析结果显示,mu-leg1在成年小鼠小肠中而非肝脏中富集表达。此外,用制备的mu-Leg1多克隆抗体进行Western印迹杂交,结果显示mu-Leg1也是一个分泌蛋白。同时,还建立了mu-leg1基因条件性剔除杂合子小鼠。这些材料为今后深入研究和探讨mu-Leg1蛋白的生化功能奠定了基础。(本文来源于《遗传》期刊2012年09期）
王悦[6]（2012）在《簇毛麦抗白粉病基因Stpk-V及其直系同源基因启动子的克隆和特征分析》一文中研究指出由专性寄生真菌小麦白粉病菌(Blumeria graminis f. sp. tritici)引起的小麦白粉病是世界上许多国家小麦生产中危害日趋严重的病害之一,来自于小麦近缘物种簇毛麦的抗白粉病基因Pm21对白粉病抗性强、抗谱广,已经作为我国小麦抗白粉病育种的新一代抗源被广泛利用。本实验室曹爱忠等(2006)通过基因芯片杂交技术筛选到一个白粉菌诱导后上调表达的抗病相关基因Stpk-V,并获得了它的全长cDNA序列。把该基因转入感病小麦可提高其抗病性,推测Stpk-V基因可能是Pmm21位点的重要组成部分。虽然在普通小麦扬麦158中存在Stpk-V的直系同源基因Ta-A-Stpk, Ta-B-Stpk, Ta-D-Stpk,但该品种没有表现出对白粉病抗性的原因仍然未知。为了进一步研究基因Stpk-V和直系同源基因在抗白粉病功能上的差异,本研究开展了对基因的启动子和基因功能分析两个方面的工作：1、将胡佳梦(2010)从普通小麦cDNA中克隆得到的Stpk-V的同源基因Ta-D-Stpk构建超表达载体,利用基因枪转化法将Ta-D-Stpk转到感病小麦扬麦158中,进行功能互补实验,验证Ta-D-Stpk基因是否具有抗白粉病功能；2、根据Stpk-V启动子的序列设计引物,利用同源克隆法克隆Stpk-V及其在普通小麦A、B、D叁个基因组中直系同源基因的启动子,将这些启动子分别命名为pStpk-V, pTa-A-Stpk, pTa-B-Stpk和pTa-D-Stpk。将这些启动子分别置于GFP之前,融合载体分别命名为pSGFP-pStpk-V, pSGFP-pTa-A-Stpk, pSGFP-pTa-B-Stpk, pSGFP-pTa-D-Stpk,利用瞬间表达方法检测这些启动子是否具有组成型表达活性。同时,将这些启动子置于GUS之前,融合载体分别命名为pAHC25-pBI220-pstpk-V, pAHC25-pBI220-pTa-A-Stpk,pAHC25-pBI220-pTa-B-Stpk,pAHC25-pBI220-pTa-D-Stpk,利用瞬间表达方法检测这些启动子是否具有白粉菌诱导表达活性,检测是否是启动子的差异造成簇毛麦基因与普通小麦直系同源基因在白粉病抗性上的差异。实验结果表明：1、在转化了pSGFP的阳性对照叶片上,有大量GFP表达细胞,而转化了pSGFP-pStpk-V, pSGFP-pTa-A-Stpk, pSGFP-pTa-B-Stpk和pSGFP-pTa-D-Stpk的叶片上,仅有个别细胞中有GFP基因表达,且信号微弱,所以pStpk-V, pTa-A-Stpk, pTa-B-Stpk和pTa-D-Stpk不具有组成型启动子特征,是非组成型启动子。2、分别转化pAHC25-pBI220-pTa-A-Stpk,pAHC25-pBI220-pTa-B-Stpk和pAHC25-pBI220-pTa-D-Stpk四种表达载体的扬麦158叶片表皮,在未接种白粉菌的叶片上观察不到GUS基因表达的细胞,然而接种白粉菌的叶片上都能够观察到有GUS表达的细胞,并且在转化pAHC25-pStpk-表达载体的叶片中观察到的GUS细胞数目比转化pAHC25-pBI220-pTa-A-Stpk, PAHC25-pBI220-pTa-5-Stpk, pAHC25-pBI220-PTa-D-Stpk表达载体的叶片中观察到的GUS细胞数目多,由此推测簇毛麦Stpk-V基因的启动子pStpk-V和普通小麦扬麦158Stpk基因的启动子pTa-A-Stpk, pTa-B-Stpk和pTa-D-Stpk都能受到白粉菌的诱导表达,并且pStpk-V话性强于pTa-A-Stpk, pTa-B-Stpk和pTa-D-Stpk的活性。3、利用基因枪转化法将Ta-D-Stpk转入扬麦158中,获得了6株稳定的T0代转化植株。对其T1代植株进行白粉病抗性鉴定,结果表明Ta-D-Stpk的超量表达不能提高对白粉病的抗性。(本文来源于《南京农业大学》期刊2012-07-12）
肖鹏,林燊,李仁辉[7]（2011）在《基于基因组学的蓝藻部分直系同源基因的研究》一文中研究指出蓝藻非常古老,生境复杂,形态多样,蓝藻间的亲缘关系与进化问题一直倍受关注。直系同源基因指在不同物种中来自于共同祖先的基因,可以通过基因相互关系推测物种的遗传与进化。本研究选择genbank中收录的53株蓝藻基因组,其中完整拼接的39株,未完整拼接的14(本文来源于《中国藻类学会第八次会员代表大会暨第十六次学术讨论会论文摘要集》期刊2011-11-11）
朱晓然[8]（2011）在《运用全局优化策略预测原核生物的直系同源基因》一文中研究指出为了预测原核生物中的直系同源关系,我们开发了一种新的算法,称之为GOST (Globally Optimized STrategy)。与现有方法所不同,我们考虑了原核生物操纵子的结构在进化过程中的保守性,并且采用全局优化策略,在两个物种的基因组之间所有的许多同源关系中,识别出其中的直系同源关系。我们还将GOST的性能与其他3种较为流行的基于序列相似性的直系同源基因预测方法相比较,对大量的原核生物基因组序列做计算。从覆盖度和错误率的原则上看,GOST都要好于其他3种方法。同时,GOST的运算时效性也较高,可以在数分钟内计算出两条原核生物基因组之间的直系同源关系。(本文来源于《山东大学》期刊2011-04-20）
王镠璞[9]（2006）在《双聚类算法用于基因组序列直系同源基因聚类的研究》一文中研究指出随着人类基因密码解读完成,伴随而来的大量DNA序列资料,生物信息学领域产生了基因表达谱分析这个热门课题。基因表达谱分析的分析任务是从数据矩阵M中找出显着性结构。聚类方法是研究基因表达谱的一种有力工具。从生物学的角度,聚类分析方法所隐含的生物学意义或基本假设是,组内基因的表达谱相似,它们可能有相似的功能。通过基因聚类,可以得到一组或多组共表达的基因,在每组内,基因的表达谱非常类似,具有相似的表达模式。双聚类算法是近年来新出现的一种聚类方法,这种算法强调基因和条件同时聚类,从算法思想上有别于传统的聚类算法。其中Cheng &Church算法是现有几种算法中很主要的一种,它的思想是其它算法变化的原理。本文在分析Cheng & Church算法的基础上,对该算法做了具体的实现。本文的另一项重要工作是将双聚类算法应用于基因组序列中的直系同源基因上,设计了一种较新的建立物种进化系统发生树的方法,并使用公共数据库数据集进行了测试,与已有的物种进化树进行了比较。结果表明,新方法相对于全基因序列或者其它的建立系统发生树的方法干扰更小。新方法达到了预期的设计要求。(本文来源于《吉林大学》期刊2006-04-28）
直系同源基因论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
水稻作为一种重要的经济农作物,为全世界超过百分之五十的人口提供粮作物。水稻在长期进化的过程中受到自然选择的作用,部分重要的优势性状得以保留并在不断的人工驯化过程中获得很好的提升,从而让水稻更好地抵御来自外界的生物或非生物胁迫。本研究利用转录组分析方法比较两种不同亚种的栽培水稻Nipponbare(粳稻,japonicarice cultivar)和 93-11(籼稻,indica rice cultivar)在响应子囊菌稻瘟病菌(Pyriculariaoryzae)的方式上的不同。从检测到的差异表达基因集中,我们发现两种水稻在响应稻瘟病菌侵染有很大差异,并且在进化上高度保守的直系同源基因所表现出的表达差异性是两种水稻对稻瘟病菌差异响应的一个重要因素。进一步分析结果表明直系同源基因上游启动子区域的高水平核酸多态性与它们的差异性基因表达模式呈现正相关,而由启动子区域的核酸多态性所造成的转录因子结合位点多态性是这些响应稻瘟病菌的直系同源基因在两种水稻中展现出差异表达模式的重要原因。从这些结果我们可以总结出粳稻和籼稻在受到长期自然选择和人工驯化的过程中可能进化出两种不同的机制来抵御稻瘟病菌的侵染,这种抵御机制的差异性与直系同源基因在响应稻瘟病菌侵染时所展现出来的差异表达模式密切相关。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
直系同源基因论文参考文献
[1].周开颜,徐思远,吴秋亭,石雨,徐启江.木本植物AGAMOUS-like直系同源基因研究进展[J].林业科技.2018
[2].林联宇.转录组水平揭示水稻直系同源基因响应稻瘟病菌时的表达差异[D].福建农林大学.2018
[3].杨婧,黄原,汪晓阳.直系同源基因的识别方法与数据库[J].生命科学研究.2013
[4].陈文波,张珍,王琳凯.斑马鱼神经介素S直系同源基因的克隆、序列分析及组织表达[J].生物技术通报.2012
[5].朱智慧,胡敏杰,常长青,彭金荣.斑马鱼leg1直系同源基因mu-leg1在小鼠中的表达谱分析[J].遗传.2012
[6].王悦.簇毛麦抗白粉病基因Stpk-V及其直系同源基因启动子的克隆和特征分析[D].南京农业大学.2012
[7].肖鹏,林燊,李仁辉.基于基因组学的蓝藻部分直系同源基因的研究[C].中国藻类学会第八次会员代表大会暨第十六次学术讨论会论文摘要集.2011
[8].朱晓然.运用全局优化策略预测原核生物的直系同源基因[D].山东大学.2011
[9].王镠璞.双聚类算法用于基因组序列直系同源基因聚类的研究[D].吉林大学.2006
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