导读:本文包含了基因诊断芯片论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:微流控芯片,基因诊断,多态性检测
基因诊断芯片论文文献综述
张晓杰,费洪新[1]（2019）在《微流控芯片与基因诊断关系的研究进展》一文中研究指出微流控芯片(MC)也称为芯片实验室,其已经广泛于医学、生物、电子、流体、化学等领域~([1,2]),且MC可把样品制备、反应、分离、检测、扩增、分析等集成到一块几微米至几百微米尺度的芯片上并自动完成所有基本过程。目前,MC已经广泛地应用到医学基因诊断(GD)方面,例如基因多态性检测~([3])、基因高效性测序~([4])、基因快速性扩增~([5,6])等,为此,本文主要对MC与GD关系进行综述。1 MC简介1.1 MC相关概念MC主要是指在几微米至(本文来源于《中国老年学杂志》期刊2019年06期）
黄培坚,邓文成,尹志军[2]（2018）在《液相芯片技术在地中海贫血基因诊断中的应用》一文中研究指出目的探讨液相芯片技术在地中海贫血(以下简称地贫)基因诊断中的临床价值。方法收集南方医科大学附属小榄医院2017年1~6月已确诊的各类地贫基因型患者血液标本832份,采用液相芯片技术进行地贫基因检测;同时采用跨越断裂点PCR法(Gap-PCR)对α缺失型进行验证,采用PCR反点膜杂交法(PCR-RDB)对α和β突变型进行验证,并比较两种方法的检测结果;若两种检测方法结果不一致则用基因测序作最终验证。结果两种方法检测结果总符合率为99.199%,总Kappa值为0.982,液相芯片法出现黄区或灰区标注的结果,使用分析软件进行人工判读后,一致率达到100%。结论液相芯片技术能同时检测α地贫缺失型和α、β地贫突变型,适合大批量标本运作,具有极大的临床应用潜力。(本文来源于《海南医学》期刊2018年15期）
孙雪萍,沈鉴东,瞿殿云,孙方西,谢佳孜[3]（2016）在《耳聋基因芯片检测技术在非综合征性耳聋基因诊断中的应用》一文中研究指出目的应用耳聋基因快速诊断芯片对非综合征性耳聋患者进行基因检测,探讨其在临床遗传学诊断中应用的可行性。方法对241例非综合征性感音神经性耳聋患者采用遗传性耳聋基因芯片检测试剂盒对热点致聋的4个基因GJB2、SLC26A4、GJB3和线粒体12s rRNA上的9个致聋突变位点,包括(本文来源于《第十届全国遗传病诊断与产前诊断学术交流会暨海峡两岸医药卫生交流协会遗传与生殖专业委员会第一届年会论文汇编》期刊2016-10-13）
伍丽东,唐宁,严提珍,李哲涛,李健鸿[4]（2015）在《基因芯片联合Sanger测序技术在非综合征型聋患者基因诊断中的应用》一文中研究指出目的应用基因芯片联合Sanger测序技术检测广西壮族自治区听力言语康复中心非综合征型聋患者的基因突变谱系及基因型,为基因诊断、遗传咨询及防聋治聋提供参考。方法对广西壮族自治区听力言语康复中心136例双侧重度及以上程度感音神经性非综合征型聋患儿采集外周血并提取基因组DNA,用遗传性聋基因芯片对4个耳聋易感基因的9个突变位点(GJB2基因:c.35delG、c.235delC、c.176del16、c.299delAT;GJB3基因:c.538C>T;SLC26A4基因:c.919-2A>G、c.2168A>G;mtDNA 12SrRNA基因:m.1494C>T、m.1555A>G)进行分析。基因芯片技术未确诊的样本采用Sanger测序法进一步检测。结果通过基因芯片技术在20例聋儿中检出GJB2、SLC26A4和线粒体12SrRNA基因突变,总检出率为14.71%(20/136);结合Sanger测序技术,34例聋儿检出GJB2、SLC26A4和12SrRNA基因突变,总检出率为25%(34/136),发现6种基因芯片技术未检出的SLC26A4突变位点(c.259G>T、c.754C>T、c.1229C>T、c.1548_1549insC、c.1705+5A>G和c.2086C>T)。GJB2基因以c.235delC突变为主,SLC26A4基因以c.919-2A>G、c.754C>T和c.1229C>T为主;GJB2和SLC26A4基因突变者占本组病例基因突变总例数的38.24%(13/34)和58.82%(20/34)。结论基因芯片联合Sanger测序技术可以提高非综合征型聋患者基因突变的检出率;广西壮族自治区听力言语康复中心非综合征型聋患者热点突变基因以GJB2和SLC26A4基因为常见。(本文来源于《听力学及言语疾病杂志》期刊2015年06期）
武文峰,孙立元,伍健,潘晓冬,王春梅[5]（2014）在《靶向外显子捕获芯片在家族性高胆固醇血症基因诊断中的应用》一文中研究指出目的:选择国际公认的导致血脂异常的95个SNP所属基因,自行设计研制脂代谢相关基因靶向外显子捕获芯片结合二代测序技术,检测FH患者致病基因,探讨基因芯片在我国FH基因诊断中的应用价值。方法:以30例临床诊断纯合的FH患者为对象,提取外周血DNA,通过靶向外显子捕获芯片结合二代测序技术及生物信息方法发现突变位点,验证已知基因突变并明确未知基因突变,对检出的未知突变位点进行一代测序验证,FinchTV1.4.0软件读取测序结果与GeneBank参考序列比对,确定突变位置及类型。结果:1.靶(本文来源于《第十二届全国脂质与脂蛋白学术会议论文汇编》期刊2014-10-10）
戴毅[6]（2013）在《应用基因芯片捕获和新一代高通量测序技术建立Duchenne/Becker型肌营养不良基因诊断平台及相关临床应用》一文中研究指出研究背景Duchenne型／Becker型肌营养不良(DMD/BMD)是最常见的肌营养不良类型.致病基因为DMD基因。这一基因是迄今为止发现的人类最大基因,有多达79个外显子。同时DMD基因有多种致病突变类型,其中占全部突变30%微小突变,一直是临床基因诊断的难点。随着DNA测序技术、基因芯片技术的发展,己可利用全新技术平台,实现DMD基因微小突变的检测。研究目的建立基于目标序列捕获和高通量测序技术的平台用于检测DMD基因微小突变,并验证其敏感性和特异性。研究方法以2名经临床诊断、病理确诊且未发现DMD基因大片段缺失或重复的DMD患者(XZX、YZY)和1名经病理诊断排除DMD的肌病患者(CDY)为研究对象,在盲法原则下,分别完成DMD基因全部79个外显子的Sanger测序和基于目标序列捕获和高通量测序技术的新平台测序,对比两种检测方法的结果。同时,以YH标准gDNA确立了新平台的数据过滤法则。结果①经Sanger测序,发现患者XZX外显子22存在c.2833位单核苷酸C缺失；患者YZY外显子44存在c.6391-6392双核苷酸CA缺失；患者CDY未发现致病突变。②通过YH标准样本,确立"Ratio of Reads"=26.6%为用于检测的基因捕获芯片和高通量测序的最佳数据过滤法则。③经Targeted capture NGS平台,同样发现XZX外显子22存在c.2833位单核苷酸C缺失；患者YZY外显子44存在c.6391-6392双核苷酸CA缺失；患者CDY未发现致病突变。同时发现一些不致病SNP。④Target ed capture NGS测序与Sanger测序结果完全一致,是一种可供选择的DMD基因SNV检测方法。结论1、Targeted capture NGS检测平台,对DMD基因SNV和INDEL的检测,具有较高的敏感性、准确性。2、与经典Sanger测序相比,Targeted Capture NGS平台具有周期短、花费少、结果稳定的优势。研究背景Targeted capture NGS检测平台以往主要用于微小突变的检测。但通过精细操作和巧妙分析,是有可能用于基因CNV检测的。DMD为X连锁隐性遗传疾病,男性患者只有一条X染色体,更有利于通过测序深度分析来检测大片段缺失或重复。我们研究的同时,也有小样本回顾性研究将这一平台用于DMD基因的CNV检测。研究目的通过严格操作流程和后期程序化的生物信息学分析,将Targeted capture NGS检测平台用于DMD基因CNV检测,真正成为DMD/BMD患者基因诊断的常规手段。研究方法共有叁组人群纳入研究：1、124名无家族遗传史的健康成年人(男性62名,女性62名),命名为健康对照组；2、41名DMD/BMD患者(男性40名,女性1名)以及8名先证者的无症状携带状态亲属(母亲或姐妹),命名为DMD组;3、245名DMD/BMD以外的其他单基因病患者(男性144名,女性101名),命名为non-DMD组。DMD组全部患者或携带者均经MLPA检测发现大片段缺失或重复。上述叁组人群全部经Targeted Capture NGS检测平台检测,并通过公式计算标准化测序深度。健康对照组结果用来计算DMD基因每一外显子的标准化测序深度平均值和标准差。在盲法原则下,严格按计算公式和流程分析DMD组和non-DMD组的CNV情况。最后分析Targeted Capture NGS检测DMD基因CNV的敏感性和特异性。结果1、MLPA检测发现DMD组全部患者及携带者均存在大片段缺失或重复,并以这一结果为标准。2、健康对照组targeted capture NGS检测结果显示,DMD外显子男性测序深度约为女性测序深度的一半,结果均一性良好,标准差不大。3、通过targeted capture NGS平台CNV分析计算流程所得出的CNV结果具有良好的敏感性(99.26%)和特异性(99.99%)。结论1、利用创新性生物信息学分析方法,Targeted Capture NGS平台可用于DMD基因CNV检测,敏感性、特异性均良好。2、Targeted capture NGS检测平台更精确定位断裂点,可发现外显子部分缺失。研究背景Duchenne型肌营养不良从报道至今已有180余年历史,疾病的诊断经历了从临床诊断至基因确诊的不同阶段。自1987年Southern印迹杂交首先用于DMD基因诊断,先后出现多重PCR、MLPA、微阵列比较基因组杂交、Sanger测序等多种检测方法。这些方法各有优劣,但没有一种方法可以一次性全面检测DMD基因各种类型突变。利用目标序列捕获、高通量测序等最新分子生物学技术,我们建立了targeted capture NGS平台用于DMD/BMD的全方位基因诊断。研究目的验证全新targeted capture NGS平台在DMD/BMD实际临床检测中的有效性和可用范围。研究方法在近1年时间里,连续入组临床诊断DMD/BMD患者50名(男性48人,女性2人),其中4名先证者的母亲作为无症状携带者纳入研究。亦有6名先证者己死亡(生前仅临床疑诊,未基因确诊)家系中的可疑无症状女性携带者纳入研究,总入组人数60人。所有入组患者此前未明确基因诊断。入组受试者在targeted capture NGS平台进行全面基因检测,包括CNV和SNV。结果①50名受检患者中,共47人发现DMD基因致病突变,其中男性CNV7例、女性杂合CNV1例、男性SNV38例、女性杂合SNV1例。3人未检出致病突变,经肌肉活检免疫组化染色,其中1例证实为DMD,2例排除DMD。②4名先证者母亲均证实为相同突变的杂合携带者。6名无先证者家系可疑携带者中,3人发现为杂合大片段缺失携带者,3人未发现致病突变。③所有SNV均经Sanger测序证实,部分CNV重复MLPA证实。④首次系统报道了外显子部分缺失这一新突变亚型,共发现4个家系。结论1、Targeted capture NGS检测平台适用于DMD/BMD临床基因诊断,可一次性全面准确检测致病突变。具有准确、高效的特点。2、外显子部分缺失是一种新突变亚型,影响临床表型及未来的基因治疗。(本文来源于《北京协和医学院》期刊2013-04-15）
张旭,陈晓巍,姜鸿[7]（2012）在《基因芯片技术在非综合征性耳聋基因诊断中的应用》一文中研究指出目的探讨耳聋基因芯片诊断技术在非综合征性耳聋基因诊断中应用的可行性。方法对北京协和医院耳鼻咽喉科133例极重度感音神经性耳聋患者采集外周静脉血样,选用遗传性耳聋基因芯片检测试剂盒对热点致聋基因GJB2(35delG、176del16、235delC、299delAT)、GJB3(538C>T)、SLC26A4(IVS7-2A>G、2168A>G)和线粒体12SrRNA(1494C>T、1555A>G)共9个热点突变位点进行检测,并使用PCR直接测序的方法进行验证。结果 133例受检者中,GJB2、GJB3、SLC26A4和线粒体12SrRNA的阳性检出率分别为20.3%、0、21.8%和1.5%,总阳性检出率为43.6%,与样本直接测序验证的符合率为100%。结论遗传性耳聋基因芯片检测系统具有检出率高、准确性高、高通量、判读方便等特点,适用于临床大规模筛查和辅助诊断,是非综合征性遗传性耳聋检测的有效方法 。(本文来源于《协和医学杂志》期刊2012年02期）
[8]（2011）在《线粒体糖尿病基因诊断芯片问世》一文中研究指出近日从武汉大学中南医院了解到,该院周新教授率领的课题组新近发明的糖尿病基因诊断芯片,可以通过基因检测在一天之内确诊线粒体型糖尿病。(本文来源于《生物医学工程研究》期刊2011年03期）
朱发梅,胡鹏,赖若沙,谢鼎华[9]（2011）在《基因芯片联合DNA测序法在大前庭水管综合征患者基因诊断中的应用》一文中研究指出目的应用基因芯片联合DNA测序法对大前庭水管综合征患者进行基因突变检测,分析中国人患者的基因型及探讨其基因诊断策略。方法采集30例大前庭水管综合征患者的外周血,提取基因组DNA。耳聋基因芯片筛查SLC26A4基因的2个突变ⅣS7-2A>G和H723R,发现纯合突变或复合杂合突变即停止筛查。如未发现突变或发现单纯杂合突变则采用DNA测序法检测SLC26A4基因其余外显子,直至发现另一个突变。如仍未发现突变则检测FOXI1基因。结果在30例大前庭水管综合征患者中,基因芯片法联合DNA测序法共检出28例有SLC26A4基因突变(93.33%)。共发现16种突变类型,其中ⅣS7-2A>G突变的发生率最高,其次为H723R。新发现4种突变类型(G368X、ⅣS8-1G>T、ⅣS13+9C>T和Q696X),未发现FOXI1基因突变。结论在中国人大前庭水管综合征患者中,SLC26A4基因的ⅣS7-2A>G突变的发生率最高,其次为H723R。针对这两个突变热点的基因芯片适用于对中国人群进行SLC26A4基因突变的筛查。发现的4例新突变类型对大前庭水管综合征的病因研究和基因诊断具有重要意义。(本文来源于《中华耳科学杂志》期刊2011年02期）
朱发梅[10]（2011）在《大前庭水管综合征患者基因芯片法与DNA测序法基因诊断的对比研究》一文中研究指出目的：为了研究大前庭水管综合征(Enlarged vestibular aqueduct syndrome, EVAS)在中国人中的基因型和分子流行病学特点,我们应用耳聋基因芯片联合DNA测序法对30例大前庭水管综合征患者进行了相关基因SLC26A4、FOXI1的突变检测,探讨适合中国人大前庭水管综合征患者的基因诊断策略。方法：采集30例EVAS患者和50例听力检测正常者的外周血,提取基因组DNA,用耳聋基因芯片检测国人中SLC26A4基因的2个热点突变IVS7-2A>G和2168A>G。同时应用DNA测序法对EVAS患者的SLC26A4基因7-8号外显子和19号外显子基因编码区序列进行检测,以验证基因芯片检测这两个位点的准确性。如检测发现纯合突变或复合杂合突变即停止筛查,如未发现突变或发现单纯杂合突变则用DNA测序法筛查剩余外显子,直至发现另一个突变或筛查完全部外显子。同时对30例EVAS患者FOXI1的2个外显子及相邻的内含子区域进行突变检测。采用DNAstar软件分析所有测序结果,判断有无突变。结果：30例EVAS患者组中,基因芯片方法共检出SLC26A4基因突变25例,检出率为83.33%。正常人对照组发现一例IVS7-2A>G单杂合突变,EVAS患者组和正常人对照组的检出率差异有显着统计学意义(X2检验,P<0.01)。基因芯片发现突变的行DNA测序进行验证,符合率为100%。对未发现突变或发现单杂合突变的患者,联合DNA测序法进一步检测,有28例患者检测出了SLC26A4基因突变,检出率为93.33%。但基因芯片法检出率与DNA测序法检出率的差异无统计学意义(X2检验,P>0.05)。我们共发现了16种突变类型,其中4种为新的突变类型(G368X, IVS8-1G＞T, IVS13+9C＞T和Q696X)。在所有的突变中,IVS7-2A>G突变的发生率最高,其次为H723R和T410M。对FOXI1基因检测发现两个多态：279G>A,1044T>C。结论：SLC26A4基因突变是导致大前庭水管综合征的主要原因,其中IVS7-2A>G突变的发生率最高,其次为H723R和T410M。耳聋基因芯片对大前庭水管综合征患者SLC26A4基因的两个热点突变检出率高,能够适用于一般的基因筛查。但对基因芯片未发现这两种突变或仅发现单个突变的仍有必要采用DNA测序法进一步检测。发现的4种新突变类型对大前庭水管综合征的分子病因研究和基因诊断具有重要意义。本研究中只检测到FOXI1的两个多态,未发现有意义的突变,证明其在大前庭水管综合征患者中的发生率低。此外,EVAS的发生可能还存在其他的致病因素。(本文来源于《中南大学》期刊2011-05-01）
基因诊断芯片论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的探讨液相芯片技术在地中海贫血(以下简称地贫)基因诊断中的临床价值。方法收集南方医科大学附属小榄医院2017年1~6月已确诊的各类地贫基因型患者血液标本832份,采用液相芯片技术进行地贫基因检测;同时采用跨越断裂点PCR法(Gap-PCR)对α缺失型进行验证,采用PCR反点膜杂交法(PCR-RDB)对α和β突变型进行验证,并比较两种方法的检测结果;若两种检测方法结果不一致则用基因测序作最终验证。结果两种方法检测结果总符合率为99.199%,总Kappa值为0.982,液相芯片法出现黄区或灰区标注的结果,使用分析软件进行人工判读后,一致率达到100%。结论液相芯片技术能同时检测α地贫缺失型和α、β地贫突变型,适合大批量标本运作,具有极大的临床应用潜力。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
基因诊断芯片论文参考文献
[1].张晓杰,费洪新.微流控芯片与基因诊断关系的研究进展[J].中国老年学杂志.2019
[2].黄培坚,邓文成,尹志军.液相芯片技术在地中海贫血基因诊断中的应用[J].海南医学.2018
[3].孙雪萍,沈鉴东,瞿殿云,孙方西,谢佳孜.耳聋基因芯片检测技术在非综合征性耳聋基因诊断中的应用[C].第十届全国遗传病诊断与产前诊断学术交流会暨海峡两岸医药卫生交流协会遗传与生殖专业委员会第一届年会论文汇编.2016
[4].伍丽东,唐宁,严提珍,李哲涛,李健鸿.基因芯片联合Sanger测序技术在非综合征型聋患者基因诊断中的应用[J].听力学及言语疾病杂志.2015
[5].武文峰,孙立元,伍健,潘晓冬,王春梅.靶向外显子捕获芯片在家族性高胆固醇血症基因诊断中的应用[C].第十二届全国脂质与脂蛋白学术会议论文汇编.2014
[6].戴毅.应用基因芯片捕获和新一代高通量测序技术建立Duchenne/Becker型肌营养不良基因诊断平台及相关临床应用[D].北京协和医学院.2013
[7].张旭,陈晓巍,姜鸿.基因芯片技术在非综合征性耳聋基因诊断中的应用[J].协和医学杂志.2012
[8]..线粒体糖尿病基因诊断芯片问世[J].生物医学工程研究.2011
[9].朱发梅,胡鹏,赖若沙,谢鼎华.基因芯片联合DNA测序法在大前庭水管综合征患者基因诊断中的应用[J].中华耳科学杂志.2011
[10].朱发梅.大前庭水管综合征患者基因芯片法与DNA测序法基因诊断的对比研究[D].中南大学.2011