导读:本文包含了伪扭结论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:伪扭结RNA,k-不交,匹配,模块化表
伪扭结论文文献综述
赵阳洋[1]（2012）在《对具有复杂结构的伪扭结RNA的组合分析》一文中研究指出在特殊的条件下，自然界会产生出许多具有复杂结构的k-不交伪扭结核糖核酸链（RNA链）。由于这类RNA链的特殊性，使得对它们的计数、预测和预测算法分析成为一项具有挑战性的课题。本文分别研究了两种典型的具有复杂结构的k-不交伪扭结RNA链。全文结构如下。第一章，从RNA发展历史角度出发，介绍了本文的研究背景以及研究课题的意义，并简要介绍了本文的主要研究成果。第二章，详细介绍了相关基本概念。主要包括：1. RNA的构造。其中包括RNA二级结构和伪扭结结构的定义以及RNA内部的子结构的定义等。2.符号计数。这是研究RNA结构计数的重要工具，本文中重要的生成函数都是通过符号计数方法得出。3.组合分析。研究RNA结构计数的渐近逼近以及RNA子结构的分布都需要组合分析的技术支持。我们较详细地介绍了D-有限、P-递归、奇异点分析、概率分布分析等运用在本文中的组合分析方法。第叁章，研究了一种称作模块化k-不交表的RNA复杂结构。这样的结构频繁出现在RNA预测当中，但是对这类结构的预测要比以往要复杂的多。为了弄清楚它的结构以及预测这种类型的RNA的算法复杂度，我们采用了全新的方法对具有模块化k-不交表结构的RNA进行了计数和渐近分析，这些方法包括构造子结构、子结构的递归、微分方程求解辅助生成函数、Vk-形求解模块化k-不交表生成函数、渐近分析。最终我们得出重要结论：Qk(n)是具有n个节点的模块化k-不交表的个数,当n趋于∞时,我们有其中γk是方程v(z)=ρk2的最小正实根,ck为某正的常数。第四章,研究了一种称作“骨架”的k-不交RNA复杂结构。该结构是从黄文达的3-不交RNA预测算法——折迭算法(folding algorithm)中衍生出来的重要结构。算法中首先建立一个“骨架树”(skeleta-tree),树上的每一个叶子都是一个骨架结构,然后根据骨架结构的性质对RNA进行预测。由于树的结构很复杂,原文只是用实验数据验证了生成骨架结构的算法复杂度。本章我们给出了严格的证明并得出结论：对于具有n个节点的典范3-不交骨架结构的个数s3[4](n),当n趋于无穷大时,我们有渐近逼近其中,C′≈7892.16,η≈0.4934。之后我们研究了典范3-不交骨架结构的弧(arc)的统计性质,根据它们的双变量生成函数证明了关于弧分布的中心极限定理,由这一结果可以估计随机生成的典范3-不交骨架结构的弧的数量。(本文来源于《南开大学》期刊2012-05-01）
马刚[2]（2010）在《规范的含伪扭结的RNA结构的组合性质及折迭问题》一文中研究指出RNA在蛋白质合成中发挥着非常重要的作用。RNA包含转移RNA(tRNA),信使RNA(mRNA)和核糖体RNA(rRNA)。转移RNA起着携带和转移活化氨基酸的作用；信使RNA是合成蛋白质的模板：核糖体RNA是细胞合成蛋白质的主要场所。RNA只有在拥有叁级结构时才会有活性,所以对RNA结构的研究就变的非常重要。在1978年,Michael Waterman开始了对RNA二级结构的组合性质及预测的研究。一方面,RNA分子是由一条主链组成的,这条主链是由A,G,U,C这些核苷组成的；另一方面,RNA像DNA一样折迭为叁级结构。越来越多的实验发现和序列比较分析学的结果表明：RNA的核苷之间存在相互交叉的作用。RNA的核苷之间这种交叉的作用被称作伪扭结。在第1章中,我们介绍了一些背景知识。首先,我们介绍了关于RNA二级结构的一些知识。我们依次介绍了RNA二级结构的定义,表示方法和递归式。递归式在关于RNA二级结构的许多结果中都扮演着非常重要的角色。其次,我们介绍了含伪扭结RNA结构的基本知识,我们给出了k-不相交的定义并且给出了k-不相交RNA结构若干组合结果。最后,我们介绍了RNA二级结构折迭的有关知识。RNA二级结构折迭的目的是从一个RNA序列生成最小能量的RNA二级结构。在第2章中,我们给出了k-不相交σ-规范(σ≥3)弧长≥4的含伪扭结RNA结构的生成函数。通过这个生成函数,我们利用奇异分析的方法,得到了(k,4,σ)-结构的指数增长率,其中σ≥3。为了得到(k,4,σ)-结构的生成函数,我们介绍了一种特殊的核,这种特殊核对建立<k,4,σ)-结构和k-不相交匹配的联系有着非常重要的作用。由于我们求得的生成函数是D-有限的,我们可以利用奇异分析的知识来求得(k,4,σ)-结构的指数增长率。在第3章中,我们研究了(k,4,σ)-结构的统计学性质,其中σ≥3。我们证明<k,4,σ>-结构边数的分布满足中央极限定理。首先,我们在<k,4,σ>-结构的二元生成函数和k-不相交匹配的生成函数之间建立了一个联系；其次,我们研究了(k,4,σ)-结构的含有某些特殊参数的二元生成函数的奇异点性质,并且指出它们的奇异点性质能够决定它的极限分布；最后,我们证明随机变量Xn的极限分布满足中央极限定理,其中IP(Xn=h)=Tκ,τ(n,h)/Tκ,τ(n)。在第4章中,我们给出了算法cross[16]的推广。在我们的算法中,给定一个序列,算法能够生成最小能量的<k,4,σ>-结构。算法分为叁个阶段：在第一阶段,我们生成所有的影像结构。在第二阶段,对每个影像结构,我们生成一颗框架结构树。在第叁阶段,对每个在第二阶段里生成的框架结构,我们在它的间隔里递归的添加一些子结构。在这一阶段里,我们主要采用动态规划的方法。在算法的第二阶段,在插入一个新的弧堆时,为了保证能够唯一的生成每个结构,我们需要遵循若干规则,详情见4.4节。我们同样注意到,每个(k,4,σ)-结构都有一种唯一的弧分解方法,这种弧分解对第叁阶段中能量的计算有着非常重要的作用,详情见4.5节。(本文来源于《南开大学》期刊2010-05-01）
伪扭结论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
RNA在蛋白质合成中发挥着非常重要的作用。RNA包含转移RNA(tRNA),信使RNA(mRNA)和核糖体RNA(rRNA)。转移RNA起着携带和转移活化氨基酸的作用；信使RNA是合成蛋白质的模板：核糖体RNA是细胞合成蛋白质的主要场所。RNA只有在拥有叁级结构时才会有活性,所以对RNA结构的研究就变的非常重要。在1978年,Michael Waterman开始了对RNA二级结构的组合性质及预测的研究。一方面,RNA分子是由一条主链组成的,这条主链是由A,G,U,C这些核苷组成的；另一方面,RNA像DNA一样折迭为叁级结构。越来越多的实验发现和序列比较分析学的结果表明：RNA的核苷之间存在相互交叉的作用。RNA的核苷之间这种交叉的作用被称作伪扭结。在第1章中,我们介绍了一些背景知识。首先,我们介绍了关于RNA二级结构的一些知识。我们依次介绍了RNA二级结构的定义,表示方法和递归式。递归式在关于RNA二级结构的许多结果中都扮演着非常重要的角色。其次,我们介绍了含伪扭结RNA结构的基本知识,我们给出了k-不相交的定义并且给出了k-不相交RNA结构若干组合结果。最后,我们介绍了RNA二级结构折迭的有关知识。RNA二级结构折迭的目的是从一个RNA序列生成最小能量的RNA二级结构。在第2章中,我们给出了k-不相交σ-规范(σ≥3)弧长≥4的含伪扭结RNA结构的生成函数。通过这个生成函数,我们利用奇异分析的方法,得到了(k,4,σ)-结构的指数增长率,其中σ≥3。为了得到(k,4,σ)-结构的生成函数,我们介绍了一种特殊的核,这种特殊核对建立<k,4,σ)-结构和k-不相交匹配的联系有着非常重要的作用。由于我们求得的生成函数是D-有限的,我们可以利用奇异分析的知识来求得(k,4,σ)-结构的指数增长率。在第3章中,我们研究了(k,4,σ)-结构的统计学性质,其中σ≥3。我们证明<k,4,σ>-结构边数的分布满足中央极限定理。首先,我们在<k,4,σ>-结构的二元生成函数和k-不相交匹配的生成函数之间建立了一个联系；其次,我们研究了(k,4,σ)-结构的含有某些特殊参数的二元生成函数的奇异点性质,并且指出它们的奇异点性质能够决定它的极限分布；最后,我们证明随机变量Xn的极限分布满足中央极限定理,其中IP(Xn=h)=Tκ,τ(n,h)/Tκ,τ(n)。在第4章中,我们给出了算法cross[16]的推广。在我们的算法中,给定一个序列,算法能够生成最小能量的<k,4,σ>-结构。算法分为叁个阶段：在第一阶段,我们生成所有的影像结构。在第二阶段,对每个影像结构,我们生成一颗框架结构树。在第叁阶段,对每个在第二阶段里生成的框架结构,我们在它的间隔里递归的添加一些子结构。在这一阶段里,我们主要采用动态规划的方法。在算法的第二阶段,在插入一个新的弧堆时,为了保证能够唯一的生成每个结构,我们需要遵循若干规则,详情见4.4节。我们同样注意到,每个(k,4,σ)-结构都有一种唯一的弧分解方法,这种弧分解对第叁阶段中能量的计算有着非常重要的作用,详情见4.5节。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
伪扭结论文参考文献
[1].赵阳洋.对具有复杂结构的伪扭结RNA的组合分析[D].南开大学.2012
[2].马刚.规范的含伪扭结的RNA结构的组合性质及折迭问题[D].南开大学.2010