导读:本文包含了家系关联分析论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:桥本氏甲状腺炎(HT),PTPN22,全外显子组测序(WES),错义突变
家系关联分析论文文献综述
刘倍宏[1]（2019）在《一个桥本氏甲状腺炎家系的致病基因研究及SNP rs12532、rs870142与藏族先心病发病风险的关联分析》一文中研究指出背景:桥本氏甲状腺炎(HT)是一类复杂的自身免疫性甲状腺疾病,其发病与环境暴露和特异性易感基因有关。该疾病中女性发病率高于男性。到目前为止,前期研究虽已阐明了一些易感位点,包括有PTPN22、FOXP3和CD25等,但该疾病的病因和发病机制仍未研究清楚。方法:我们收集到一个HT叁代家系,其中有6名成员患病,均为女性。选取该家系中先证者及其3名患病亲属进行了全外显子组测序(WES),根据已设计的严格标准对测序结果进行检测和筛选,识别该家系致病基因突变。利用采集到的该家系中所有成员的外周血样本进行Sanger测序,以验证候选致病基因和突变,并通过在线网站对相关蛋白进行有害性分析。结果:经过全外显子组测序和生物信息分析,我们识别出一个PTPN22基因罕见错义突变(NM_015967.5;c.77A>G;p.Asn26Ser)。PTPN22 是该疾病的一个易感基因,与多种自身免疫性疾病的发生风险显着相关。公共数据库均显示该错义突变是极其罕见的。Sanger测序显示该家族中所有女性患者均携带有该突变。保守性分析显示该位点在蛋白中较为保守,并且突变导致该位点的氨基酸疏水性增加。结论:此次研究第一次在HT家系患者中发现错义突变PTPN22A77G,进一步证明了PTPN22在自身免疫性甲状腺疾病中的致病或易感性作用,为该疾病的遗传学致病研究提供了新的方向。背景:先天性心脏病(CHD)是指胎儿时期心脏结构或功能出现异常情况的疾病,具有很高的发病率和死亡率。青藏高原是人类生活环境最为极端的地区之一,CHD的发病情况较平原地区更为严峻。前期GWAS研究中发现,TBX1、NKX2.5、GATA4以及MSX1基因等都与CHD的发生风险存在关联,其中MSX1基因中的SNP rs12532和rs870142可能与CHD的发生有关。由于CHD的发病率和影响因素会因种族和地区的不同而存在有一定的差异性,因此rs12532和rs870142与藏族CHD发生风险的相关性仍然未知。方法:我们收集到387名藏族先天性心脏病患者的血液样本及临床资料,并随机选取690名一般人群样本作为对照组。通过基质辅助飞行时间质谱对rs12532和rs870142两个多态性位点进行基因型分析。通过IBM SPSS Statistics 22.0进行统计分析。P<0.025被认为具有显着性差异。结果:SNP rs12532位点中,病例组与对照组的基因型频率分布存在显着的差异性(P<0.025),隐性模型(GG/AA+AG)使CHD的患病风险升高(OR=1.680,P=0.005)。同时与对照组相比,该位点基因型频率在ASD亚型中的分布存在统计学差异。在对SNP rs870142位点的分析中,病例组与对照组间不存在显着性差异。进行性别矫正后,所有结果均不改变。对单体型的检测中并没有发现任一单体型与CHD疾病之间的显着关联。结论:我们的研究结果表明rs12532可能与藏族CHD的发生相关,而rs870142与该疾病无显着关联。这一结果为今后藏族CHD的易感位点研究提供了新的思路。(本文来源于《北京协和医学院》期刊2019-05-23）
刘晓芬[2]（2018）在《MTMR9与非特异性精神发育迟滞的研究》一文中研究指出精神发育迟滞(Mental Retardation,MR)是一种严重影响儿童和青少年健康的神经精神类疾病。非特异性精神发育迟滞(Non-Specific Mental Retardation,NSMR)是一种常见的MR类型,其特点是智力障碍和适应能力明显受损。遗传因素是NSMR的主要病因之一,患者往往表现出明显的家族聚集性。遗传突变检测和致病基因筛查研究发现,微管相关蛋白9(Myotubularin-related protein 9,MTMR9)基因的错义突变可引起NSMR发生,提示该基因的遗传变异可能与NSMR密切相关。为了探究MTMR9基因与人类NSMR的相关性,本研究在来自中国秦巴山区的258 NSMR家系、721个个体中,分别用限制性片段长度多态(RFLP)、单链构象多态(SSCP)和Sanger测序相结合的方法,检测了MTMR9基因序列上的7个单核苷酸多态位点(single nucleotide polymorphism,SNP)的遗传多态性。然后采用基于家系人群的关联分析的方法(Family-Based Association Test,FBAT)分析了MTMR9基因遗传变异与NSMR的相关性。本研究的统计量也由Quanto 1.2.4软件根据样本量、样本结构和等位基因的频率估计。本研究发现,3个SNP rs4559208、rs2164273、rs7815802的等位基因在秦巴山NSMR家庭成员之间存在显着的传递偏倚现象(显着性检测结果分别为:z=1.926,p=0.041;z=2.811,p=0.005;z=2.360,p=0.018),其等位基因G、G和C更倾向于由携带/患者父母传递给患儿。由叁个SNPs位点所组成的单倍型在人群中的传递也呈现出与单位点相似的趋势(Chi2(4)=8.835,Global p=0.065)。其中G-G-C单倍型在患者家族成员中表现出过度传递(z=2.505,p=0.012),该单倍型携带者的NSMR患病风险显着高于其他类型人群(OR=1.462,95%CI[1.01~2.09],p=0.04)。叁个位点两两形成的单倍型分析也获得一致结果。依据本研究的样本量(家系个数)、样本结构和等位基因频率数据,Quante 1.2.4分析显示本研究结果具有理想的统计学力度(statistic power>93%)。本实验结果说明,MTMR9基因的遗传多态性与中国汉族人群的NSMR具有相关性,该基因的遗传变异或突变可能会引起个体发生不同程度的NSMR。因此,对于病因尚不明确的NSMR患者,开展MTMR9基因的突变检测工作对患者的临床诊断、病因分析以及后期预防和矫治很有必要。(本文来源于《西北大学》期刊2018-06-30）
郭添福[3]（2018）在《高覆盖度甲基化重测序解析巴马香猪组织和时序特异位点以及基因组全序列关联分析研究F2家系肌纤维性状的遗传机理》一文中研究指出巴马香猪体型小、耐近交,是药理试验、疾病模型构建和异种器官移植的重要模型动物。DNA甲基化在基因的表达调控中发挥着重要作用,是当前的研究热点之一。至今,不同时序年龄巴马香猪不同组织的全基因组高分辨率甲基化研究还未见报道。本试验利用全基因组重亚硫酸盐测序技术研究1岁、4岁和9岁共叁个年龄段巴马香猪公猪的睾丸和肌肉组织,首次以高覆盖度甲基化重测序系统地解析巴马香猪的组织特异和时序特异位点,绘制了巴马香猪睾丸和肌肉组织单碱基高分辨率全基因组甲基化图谱,探讨了DNA甲基化在巴马香猪繁殖功能衰退和肌肉衰老机制,为动物育种和人类医学研究提供重要的理论参考。结果表明,不同年龄段巴马香猪公猪不同组织的全基因组总体甲基化水平约为4.4%,甲基化主要发生在CG环境下,约占70%(mCG/CG),平均占总甲基化水平的89.57%以上(mCG/mG),mCG环境下各染色体的甲基化水平基本一致,CHG和CHH环境的甲基化水平与总体甲基化水平(mC)在不同染色体上的分布趋势一致;各染色体的甲基化水平与染色体长度基本呈反比。不同年龄段、不同组织巴马香猪基因功能区域全基因组甲基化模式相似,基因的内含子区和3’UTR区的甲基化水平最高,5’UTR区最低。不同年龄和不同组织在不同序列环境下的DMRs主要集中在基因间区、基因的内含子区和外显子区,少量分散在其他基因功能区。不同年龄段、不同组织的DMRs长度在各染色体上的分布呈多样性。两种组织的DMRs数量随着年龄的增长呈减少趋势,DMRs的甲基化水平随着年龄的增长先升后降。不同组织间的DMRs数量随着年龄的增长逐渐减少,说明DNA甲基化差异存在时序特异性。不同年龄段睾丸组织的DMRs甲基化水平高于肌肉组织,证实了DNA甲基化存在组织特异性,而且这两种组织间的DMRs甲基化水平差异不随年龄的变化而变化。通过对不同年龄段和不同组织的DMGs进行GO和KEGG分析,富集到了与骨骼肌发育、肌管细胞发育、肌细胞自我调节和甾类激素介导信号等通路。对不同组别DMGs求交集,在肌肉和睾丸组织中我们共鉴定到了3个候选基因:DMD、SGO1和CITED1。对不同组织不同组别的DMGs求交集,得到148个基因,利用STRING数据库进行分析,筛选了4个DMGs:WT1、NCOA1、NR3C1和NEOD4L。这些候选基因可以为后期研究提供重要参考。猪作为人类最主要的肉类来源,研究其肌肉的相关性状,对养猪生产和消费具有重要意义。不同肌纤维类型及其数量显着影响肌肉的色泽、p H值、滴水损失、系水率和嫩度等肉品质性状。本实验室工作团队利用183个微卫星进行了肌纤维性状的全基因组QTL定位,共鉴别出8个基因组显着水平的QTLs,置信区间为11-127c M,在置信区间内包含了成百上千的基因,从中筛选并鉴别因果基因或因果位点已成艰巨挑战。本研究基于前期肌纤维的表型数据、illumina porcine SNP60芯片的基因型数据和已有的重测序数据,采用基因型填充策略对白色杜洛克×二花脸猪资源家系的1020个个体填充到基因组全序列并进行基因组全序列的关联分析,旨在精细定位影响不同肌纤维类型的QTL区域,鉴别影响猪肌纤维类型的关键标记位点并进一步鉴别影响肌纤维类型的因果基因。本研究以19头F0代和98头无亲缘关系个体的深度重测序数据构建基因组全序列单倍型参考库,利用IMPUTE2软件把1020个个体60k芯片单倍型与参考单倍型的LD及IBD关系填充到基因组全序列,共填充了21,624,800个SNPs。经过质控过滤后剩下14,749,450个SNPs,填补精度范围为91%~96%,平均精度为94%。随后利用线性混合模型对其中11项肌纤维表型的100个个体进行基因组全序列的关联分析,共检测出14个分布在14、15和16号染色体的SNPs与I型肌纤维相对面积(I_RA)、单位面积肌纤维根数(FN)和肌纤维总根数(TFN)显着相关。此外,我们在14号染色体上发现同时影响FN和TFN的多效QTL。通过基因筛选,发现3个与FN(ADAM8和BIN1)、TFN(BIN1)和I_RA(FAM105A)最相关的候选基因。本研究采用基因组全序列关联分析定位到3个影响肌纤维类型的QTLs,为下一步在更大样本群中进行重复验证及精细定位肌纤维类型相关基因奠定了坚实基础,为最终优质肉分子育种技术提供了理论依据。(本文来源于《江西农业大学》期刊2018-06-01）
丁彧琦[4]（2018）在《数量性状下考虑家系信息的关联分析》一文中研究指出全基因组关联研究是研究疾病与基因关联性的有效方法,不仅可以一次性检测到数以万计的SNPs信息,还可以对未知基因进行定位探索。基于家系信息的关联研究相对于基于群体的研究具有独特的优势,充分考虑群体混杂和群体分层,具有较强的稳健性。本文针对家系数据研究数量性状下的检验统计量,用以发现与感兴趣疾病关联的基因位点。以往大多数基于家系信息的关联研究是在已知遗传模型下对二分性状进行关联分析,或在遗传模型未知情况下直接使用基于可加模型的统计量。但是,很多已知的遗传疾病其性状表现为连续性,潜在遗传模型也不仅仅表现为可加遗传。为此,本文在数量性状下同时考虑隐性、可加、显性遗传模型这叁种遗传模型,提出稳健的统计量~((3),使得在遗传模型未知情形下具有较好的统计功效。由本文的模拟结果表明,~((3)在隐性、可加和显性遗传模式下的第I类错误控制较好,统计功效比较稳健。尤其是当遗传模型为隐性遗传时,~((3)在不同的样本量和家庭数下都具有较高的统计功效。综上所述,~((3)在遗传模型未知情形下是更稳健的统计量。(本文来源于《广西师范大学》期刊2018-06-01）
史素琴[5]（2018）在《LGR4基因多态性和单倍型与女性峰值骨密度及肥胖表型核心家系的关联分析》一文中研究指出背景与目的:一项冰岛人群的全基因关联研究表明:低骨量、骨质疏松症及骨质疏松骨折的发生风险与富含亮氨酸重复序列的G蛋白偶联受体4(Leucine-rich repeat G-protein-coupled receptors 4,LGR4)基因无义突变(c.376C>T)位点相关。动物试验表明:LGR4促进白色脂肪向棕色脂肪转化,对能量代谢和体重控制有重要作用;还可通过多个信号通路调控骨形成及骨重建。本研究旨在探讨中国青年女性LGR4基因多态性与峰值骨密度及肥胖表型的关系。研究方法:收集汉族女性核心家系390家,包括780个父母双亲和478个20-40岁之间健康女儿,38个儿子,共1296例。使用双能X线吸收仪测定女儿左股骨颈、全髋、腰椎1-4骨密度和躯干脂肪含量(trunk fat mass)、全身瘦组织含量(total lean mass,TLM)、全身脂肪含量(total fat mass,TFM)。TLM和TFM分别除以体重得到瘦组织百分量(PLM)和脂肪百分量(PFM)。同时测量所有研究对象身高和体重,计算体重指数。利用dbSNP数据库和国际人类基因组单倍型图计划数据库(HapMap),选取 LGR4 基因的 21 个标签 SNPs(rs11030016,rs7936621,rs1083518,rs4542364,rs2447995,rs4128868,rs4923447,rs12787344,rs1 102998,rs2219783,rs1531557,rs6484295,rs11030014,rs4923445,rs12796247,rs4074516,rs16917037,rs4514364,rs7927234,rs10835171 和 rs10835173)及 SNP:c.376C>T,核心家系所有成员样本经DNA抽提后,使用imLDRTM多重SNP分型技术鉴定上述22个位点的基因型。根据无亲缘关系的父母的基因型,使用Haploview4.2软件计算得出单倍型区域和相应的单倍型。每个个体的单倍型由PHASE(ver.2.1)软件评估。先后采用协方差和数量性状传递不平衡检测法(QTDT)方法进行统计,分析这些标签SNPs及单倍型与人体峰值骨密度以及肥胖表型变异之间的关系。结果:1.与冰岛人群不同,在我们的研究中C376T位点仅发现一种基因型(GG),rs11029986最小等位基因频率小于0.05,因此未再对这两个位点做进一步统计分析。协方差分析提示rs7936621与股骨颈和全髋骨密度变异相关(P=0.023和P=0.020),AA基因型者股骨颈和全髋骨密度比GA、GG基因型高,该位点对股骨颈和全髋骨密度的贡献率为2.00%。QTDT家系内相关分析发现rs7936621与股骨颈、全髋和腰椎部位骨密度相关(P=0.031,P=0.020,P=0.017),经1000 permutation检验后,显示rs7936621仍与股骨颈、全髋和腰椎部位骨密度相关(P=0.038,P=0.029,P=0.031)。利用 Haploview和 PHASE 软件得出 5 个单倍型区域,rs7936621位于block3中。经协方差分析block2中单倍型GAG与全髋及腰椎骨密度变异有统计学意义(P=0.048,P=0.047),block5中单倍型TACTTC及CGCCTC均与腰椎骨密度变异相关(P=0.047,P=0.033)。QTDT家系内相关分析发现在block3中单倍型AGCGT与全髋骨密度相关(P=0.032),block5中单倍型TGCTCC与股骨颈和全髋骨密度相关(P=0.015、P=0.041),单倍型TACTTC与腰椎骨密度相关(P=0.040);1000次重复排列检验仍发现block3中单倍型AGCGT与全髋骨密度相关(P=0.043),block5中单倍型TGCTCC与股骨颈骨密度相关(P=0.025),单倍型TACTTC与股骨颈和腰椎骨密度相关(P=0.024,P=0.037)。2.协方差分析发现rs2219783位点基因型在PFM、PLM的差异有统计学意义(P=0.022 和 P=0.018)。rs7927234 位点基因型在 TFM、PFM、PLM 的差异有统计学意义(P=0.013、P=0.046和P=0.042)。rs4923445位点基因型在BMI的差异有统计学意义(P=0.012)。QTDT家系内相关分析发现rs2447995、rs10835173、rs7936621、rs4128868与rs11030014位点多态性均和躯干脂肪相关(P=6.00E-29,P=6.00E-29,8.00E-29,P=7.00E-29,P=1.00E-28)。经 1000 次重复排列检验后发现 rs10835171 与躯干脂肪相关(P=0.045),rs6484295 与 BMI 相关(P=0.043)。Haploview软件计算出rs10835171和rs6484295均位于block2中。使用协方差的方法对单倍型进行分析发现block2中GAA单倍型与TFM、BMI、躯干脂肪显着相关(P=0.033,P=0.014,P=0.012),block4 中 TTG单倍型与 TFM、TLM、BMI、躯干脂肪显着相关(P=0.017,P=0.029,P=0.016,P=0.011)。QTDT 家系内相关分析发现block1中单倍型CC、CT及TC均与躯干脂肪相关(P=1.OOE-28、7.00E-29、5.00E-29),block1 中单倍型 CT还与 TFM 相关(P=0.033),block2中单倍型GAA与躯干脂肪及BMI相关(P=0.043,P=0.031),block3中单倍型GACCC 与躯干脂肪(P=0.049),block4 中单倍型 TTA 与 TFM 相关(P=0.033);经1000次重复排列检验发现block2中单倍型GAA与躯干脂肪及BMI相关(P=0.027,P=0.019)。研究结论:1.LGR4基因rs7936621位点与股骨颈、全髋和腰椎部位骨密度相关,rs7936621位于block3中,LGR4基因block3单倍型AGCGT与全髋骨密度相关,rs7936621是峰值骨密度的数量性状位点。2.LGR4基因rs10835171与躯干脂肪相关,rs6484295与BMI相关。rs10835171和rs6484295均位于block2中,block2单倍型GAA与躯干脂肪及BMI相关,rs10835171及rs6484295是肥胖症的数量性状位点。3.LGR4基因是中国汉族女性骨质疏松症及肥胖症的候选基因。(本文来源于《郑州大学》期刊2018-05-01）
朱占芳,徐蕾,刘建虎,褚超,汪洋[6]（2018）在《WNK1基因rs2301880位点多态性与血压钠反应性的家系关联分析》一文中研究指出目的本研究通过对正常血压受试者进行饮食干预试验,探讨WNK1基因rs2301880位点对血压钠反应性的作用。方法 342例正常成人(来自126个家系),采用7 d低盐-7 d高盐饮食干预,分析血压对钠干预的反应性;采用LDR测序分型技术对WNK1基因rs2301880单核苷酸多态性位点进行基因分型,应用FBAT2.0.2软件分析WNK1基因rs2301880位点与血压及血压钠反应性之间的关系。结果 rs2301880位点与高盐期血压反应性密切相关,与收缩压、舒张压以及中心动脉压反应性均有关;但是该位点与低盐期血压反应性无关。结论人群WNK1基因rs2301880位点多态性与血压对钠反应性有关,而该位点可能成为血压钠反应性识别的重要生化标记物之一。(本文来源于《精准医学杂志》期刊2018年02期）
常帅[7]（2018）在《LncRNA在云南宣威地区肺癌家系中的表达及临床关联分析》一文中研究指出[背景与目的]肺癌的发病率和死亡率居高不下,云南宣威地区肺癌发病率和死亡率远高于国内其他地区,这与当地燃煤污染密切相关,且发病呈现出明显的家族聚集性。本研究旨在探究长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA)与宣威地区家族肺癌之间的潜在联系,为宣威地区肺癌遗传易感性研究及早诊早治提供理论依据和实验基础。[方法]在前期宣威地区肺癌患者的家族癌症病史进行调查,及家系肺癌代表性患者全基因组测序(Genome Wide Association Studies,GWAS)数据分析的基础上筛选出高频率突前十的长链非编码RNA,针对其中高频率的突变位点设计引物。通过qRT-PCR技术检测目标LncRNA在不同非小细胞肺癌患者癌及癌旁正常组织中的表达水平;在非小细胞肺癌细胞系A549、NCI-H1299、H1650、HCC-827和人正常支气管上皮细胞系BEAS-2B中验证目标LncRNA的表达情况;分析在肺癌组织中表达差异明显的关键LncRNA与非小细胞肺癌患者临床病理特征的相关性,为明确LncRNA在非小细胞肺癌的进一步诊断、治疗研究中提供理论和实验依据。[结果]1.在宣威肺癌家系基因组中交集分析突变频率前十的LncRNA:Linc00842、Linc00343、Linc00507、Linc00433、LincC00578、Linc00544、Linc00320、Linc00624、Linc00665、Linc00871。2.Linc00665、Linc00624、Linc00320在57例非小细胞肺癌组织和人非小细胞肺癌细胞株表达明显上调,差异有统计学意义(P<0.05);Linc00842在癌组织和人非小细胞肺癌细胞株中表达明显下调,差异有统计学意义(P<0.05)。3.相关性分析结果提示:Linc00665在癌组织中高表达与长期居住地区、肿瘤病理类型有关,在肺腺癌患者和宣威地区肺癌患者中其高表达,而在肺鳞癌及其他病理类型以及非宣威地区肺癌中低表达,差异有统计学意义(P<0.05);Linc00320在癌组织中高表达与淋巴结转移有关,在淋巴结转移阳性患者中其高表达,而在淋巴结转移阴性患者中其低表达,差异有统计学意义(P<0.05);Linc00624高表达与患者临床病理特征无明显关联。4.Linc00665、Linc00624、Linc00320、Linc00871、Linc00343、Linc00507 在A549、NCI-H1299、NCI-H1650、HCC-827 细胞中较 BEAS-2B 细胞表达上调,而 Linc00842、Linc00578、Linc00544 在 A549、NCI-H1299、NCI-H1650、HCC-827细胞中较BEAS-2B细胞表达下调。[结论]1、Linc00665、Linc00624、Linc00320、Linc00842 可能与非小细胞肺癌发生发展有关。2、Linc00665和Linc00320可能成为非小细胞肺癌诊断、治疗相关的新生物学标志,且Linc00665在非小细胞肺癌差异性表达对宣威地区家系肺癌的进一步研究提供新的思路。(本文来源于《昆明医科大学》期刊2018-04-01）
滕爽爽,方军,邵艳卿,林兴管,柴雪良[8]（2017）在《泥蚶G2代快速生长家系遗传结构的微卫星分析及其与生长性状的关联分析》一文中研究指出利用微卫星标记对泥蚶G2代家系的遗传结构和遗传多样性进行了分析,并结合家系的表型生长数据,关联分析筛选可用于育种的候选标记。遗传结构分析表明,18对引物共检测出59个等位基因,其中家系F19,F21,F22的平均等位基因数(N_a)分别是2.500,2.722,2.722;平均观测杂合度(H_o)为0.446,0.510,0.628;平均期望杂合度(H_e)为0.394,0.433,0.464;多态信息含量(PIC)分别是0.346,0.379,0.403。标记与生长性状的相关性分析显示,有3个位点与壳高、壳长、壳宽和总重显着相关,其中F19家系的Teg-30的BB基因型与壳高、总重显着相关,F21家系的Teg-03的BB基因型和Teg-20的BC基因型与壳高、壳长、壳宽和总重均显着相关,筛选出的与生长性状相关的标记为开展泥蚶分子标记辅助育种提供了有价值的遗传信息和参考依据。(本文来源于《第十二届浙江渔业科技论坛论文摘要集》期刊2017-11-26）
赵菲[9]（2016）在《METTL21C基因SNP和单倍型与男性峰值骨密度及体成分变异的核心家系关联分析》一文中研究指出目的:骨密度和体成分是复杂性状,内在互为联系。近期研究发现甲基转移酶-21C(methyltransferase-like 21C,METTL21C),又名C13orf39,位于13q33.1,有264个氨基酸,是7β链甲基转移酶超家族成员之一,能够催化甲基(CH3)从供体转移到热休克蛋白70(Hsp70)受体上。METTL21C主要表达于肌肉中,可以通过调节NF-κB信号通路来促进成肌细胞向肌管分化并调节肌肉内肌浆网钙离子的释放。它还可以减少糖皮质激素诱导的骨细胞的凋亡。因此,本研究主要探讨METTL21C基因单核苷酸多态性(SNP)和单倍型与上海地区男性峰值骨密度(peak BMD)和体成分的关系。方法:我们招募了400家上海市男性核心家系,其中包括400对父母和415个年龄在20-40岁的健康儿子,共1215人。根据国际人类基因组单倍型图计划(Hap Map)数据库,利用Haploview软件,设定连锁不平衡系数r2>0.8,最小等位基因频率MAF>0.05,挑选METTL21C基因全部15个标签SNPs(rs641652、rs660207、rs9585961、rs7988265、rs896000、rs595825、rs9518810、rs7984675、rs654454、rs3858792、rs9514044、rs7981120、rs2390760、rs966724和rs599976),并应用im LDRTM多重SNP分型试剂盒对核心家系所有成员鉴定上述15个位点的基因型。应用双能X线吸收仪(DAX)检测腰椎、股骨颈和全髋部的p BMD,并检测全身脂肪含量(total fat mass,TFM)和瘦组织含量(total lean mass,TLM)等体成分。再运用SPSS和数量性状传递不平衡(QTDT)等方法进行数据分析。结果:应用ANCOVA分析发现rs9518810和rs7984675分别与股骨颈和全髋部BMD变异相关(p分别为0.005、0.032、0.035和0.035);rs7988265、rs2390760和rs599976与BMI变异相关(p分别为0.023、0.005和0.023);rs595825和rs654454与TLM变异相关(p=0.043,p=0.045)。QTDT家系内相关分析发现rs9585961与腰椎和股骨颈BMD变异相关(p=0.035,p=0.015);rs9518810与股骨颈BMD变异相关(p=0.028);rs660207与TFM变异相关(p=0.024);rs7981120与BMI变异相关(p=0.042);rs599976与BMI和TFM变异相关(p=0.012,p=0.022)。最后用1000 permutation结果显示仅有rs9585961与腰椎和股骨颈BMD变异相关(p=0.024,p=0.043);rs9518810与股骨颈BMD变异相关(p=0.029);rs599976与BMI、TFM和PFM变异相关(p分别为0.025、0.043和0.044)。利用Haploview和PHASE软件得出3个单倍型区域,ANCOVA分析结果为block2中单倍型CAA与全髋部BMD变异相关(p=0.039);CGG与股骨颈和全髋部BMD变异相关(p=0.008,p=0.031);block3中单倍型GCTG与BMI变异相关(p=0.029);而QTDT 1000 permutation结果为block1中单倍型AG和GA与TFM变异相关(p=0.009,0.047),block2中单倍型CAG与腰椎BMD变异相关(p=0.031)。结论:本研究首次分析了METTL21C基因SNP和单倍型与男性峰值骨密度和体成分的相关性。研究发现该基因SNP:rs660207、rs7981120和rs599976与BMI和TFM呈显着相关性,而rs9585961和rs9518810与BMD呈显着相关性,提示METTL21C基因常见位点的多态性对骨密度和体成分变异都具有调节作用。(本文来源于《山西医科大学》期刊2016-06-09）
阮培峰[10]（2016）在《家系数据中罕见基因变异与疾病关联分析的统计方法》一文中研究指出目的提出一种适应家系数据的序列核关联检验(sequence kernel association test,SKAT)模型,以提高家系数据中检验罕见变异的统计模型的功效。方法提出一种适应家系数据的SKAT模型(adjusted SKAT,ADSKAT),通过对SKAT的原模型进行修改,加入表示家系结构的随机作用向量,使得家系数据中亲属相关性的影响被考虑进模型,并且得出新的检验统计量对应的概率分布。结果在家系数据中,ADSKAT不仅有效地控制了一类错误的增长,并且比现有的识别罕见变异的GWAS统计模型有着更高的统计功效。结论ADSKAT是一种在家系数据中识别与疾病关联的罕见变异的统计模型,具有广泛的应用前景。(本文来源于《复旦学报(医学版)》期刊2016年02期）
家系关联分析论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
精神发育迟滞(Mental Retardation,MR)是一种严重影响儿童和青少年健康的神经精神类疾病。非特异性精神发育迟滞(Non-Specific Mental Retardation,NSMR)是一种常见的MR类型,其特点是智力障碍和适应能力明显受损。遗传因素是NSMR的主要病因之一,患者往往表现出明显的家族聚集性。遗传突变检测和致病基因筛查研究发现,微管相关蛋白9(Myotubularin-related protein 9,MTMR9)基因的错义突变可引起NSMR发生,提示该基因的遗传变异可能与NSMR密切相关。为了探究MTMR9基因与人类NSMR的相关性,本研究在来自中国秦巴山区的258 NSMR家系、721个个体中,分别用限制性片段长度多态(RFLP)、单链构象多态(SSCP)和Sanger测序相结合的方法,检测了MTMR9基因序列上的7个单核苷酸多态位点(single nucleotide polymorphism,SNP)的遗传多态性。然后采用基于家系人群的关联分析的方法(Family-Based Association Test,FBAT)分析了MTMR9基因遗传变异与NSMR的相关性。本研究的统计量也由Quanto 1.2.4软件根据样本量、样本结构和等位基因的频率估计。本研究发现,3个SNP rs4559208、rs2164273、rs7815802的等位基因在秦巴山NSMR家庭成员之间存在显着的传递偏倚现象(显着性检测结果分别为:z=1.926,p=0.041;z=2.811,p=0.005;z=2.360,p=0.018),其等位基因G、G和C更倾向于由携带/患者父母传递给患儿。由叁个SNPs位点所组成的单倍型在人群中的传递也呈现出与单位点相似的趋势(Chi2(4)=8.835,Global p=0.065)。其中G-G-C单倍型在患者家族成员中表现出过度传递(z=2.505,p=0.012),该单倍型携带者的NSMR患病风险显着高于其他类型人群(OR=1.462,95%CI[1.01~2.09],p=0.04)。叁个位点两两形成的单倍型分析也获得一致结果。依据本研究的样本量(家系个数)、样本结构和等位基因频率数据,Quante 1.2.4分析显示本研究结果具有理想的统计学力度(statistic power>93%)。本实验结果说明,MTMR9基因的遗传多态性与中国汉族人群的NSMR具有相关性,该基因的遗传变异或突变可能会引起个体发生不同程度的NSMR。因此,对于病因尚不明确的NSMR患者,开展MTMR9基因的突变检测工作对患者的临床诊断、病因分析以及后期预防和矫治很有必要。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
家系关联分析论文参考文献
[1].刘倍宏.一个桥本氏甲状腺炎家系的致病基因研究及SNPrs12532、rs870142与藏族先心病发病风险的关联分析[D].北京协和医学院.2019
[2].刘晓芬.MTMR9与非特异性精神发育迟滞的研究[D].西北大学.2018
[3].郭添福.高覆盖度甲基化重测序解析巴马香猪组织和时序特异位点以及基因组全序列关联分析研究F2家系肌纤维性状的遗传机理[D].江西农业大学.2018
[4].丁彧琦.数量性状下考虑家系信息的关联分析[D].广西师范大学.2018
[5].史素琴.LGR4基因多态性和单倍型与女性峰值骨密度及肥胖表型核心家系的关联分析[D].郑州大学.2018
[6].朱占芳,徐蕾,刘建虎,褚超,汪洋.WNK1基因rs2301880位点多态性与血压钠反应性的家系关联分析[J].精准医学杂志.2018
[7].常帅.LncRNA在云南宣威地区肺癌家系中的表达及临床关联分析[D].昆明医科大学.2018
[8].滕爽爽,方军,邵艳卿,林兴管,柴雪良.泥蚶G2代快速生长家系遗传结构的微卫星分析及其与生长性状的关联分析[C].第十二届浙江渔业科技论坛论文摘要集.2017
[9].赵菲.METTL21C基因SNP和单倍型与男性峰值骨密度及体成分变异的核心家系关联分析[D].山西医科大学.2016
[10].阮培峰.家系数据中罕见基因变异与疾病关联分析的统计方法[J].复旦学报(医学版).2016
标签：桥本氏甲状腺炎(HT); PTPN22; 全外显子组测序(WES); 错义突变;