导读:本文包含了子序列的和论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:拟南芥,运输载体蛋白(SWEET4),理化性质,结构特征
子序列的和论文文献综述
刘晓柱,李银凤[1]（2019）在《拟南芥AtSWEET4基因启动子序列、编码蛋白结构分析及其在病原菌胁迫下表达特性检测》一文中研究指出【目的】分析拟南芥糖运输载体蛋白基因(AtSWEET4)启动子序列及其编码蛋白的结构,并检测病原菌胁迫下AtSWEET4基因的表达特性,为研究AtSWEET4蛋白在拟南芥生长发育和生物胁迫中的作用机制提供理论依据。【方法】采用生物信息学方法分析AtSWEET4基因启动子序列及其编码蛋白的结构,并采用实时荧光定量PCR(qRTPCR)和β-葡萄糖苷酸酶(GUS)组织染色法检测人工接种菜豆晕疫病菌(Pseudomonas syringae pv. phaseolicola,Psp)NPS3121和丁香假单胞菌番茄致病变种(Pseudomonas syringae pathovar tomato,Pst)DC3000后AtSWEET4基因的表达情况。【结果】AtSWEET4蛋白由251个氨基酸组成,分子量为27.8 kD,分子式为C1300H2038N304O346S11,理论等电点(pI)为8.71,脂肪氨基酸指数为118.76,不稳定指数为38.72,平均亲水性指数为0.629,为稳定的亲水蛋白,且含有7个跨膜结构域,无信号肽,为非分泌型蛋白。AtSWEET4蛋白与芥属的亚麻荠和荠菜SWEET4蛋白亲缘关系最近,其次是十字花科的甘蓝和萝卜SWEET4蛋白,与禾本科的二穗短柄草SWEET4蛋白亲缘关系最远。AtSWEET4基因启动子序列中包含核心元件TATA-box、增强子元件CAAT-box、调控植物生长发育相关元件、激素响应相关元件、非生物胁迫响应相关元件和生物胁迫响应相关元件。Psp NPS3121和Pst DC3000均可诱导AtSWEET4基因表达,但表达模式不同:接种Psp NPS3121后6和12 h的AtSWEET4基因表达明显上调,但至接种后24 h又迅速下降;接种Pst DC3000后AtSWEET4基因表达量逐渐增加。【结论】AtSWEET4基因的启动子序列特征及其编码蛋白结构与其参与植物免疫反应密切相关。(本文来源于《南方农业学报》期刊2019年09期）
乔明泽,宋传鸣[2]（2019）在《最长递增子序列问题研究》一文中研究指出本文采用分治策略和动态规划策略探讨了最长递增子序列问题的两种解法,并分析了算法的计算复杂度。结果表明,本文算法的时间复杂度和空间复杂度分别为O(nlogn)和O(n)。(本文来源于《软件》期刊2019年07期）
方翟,马小龙,高庆华[3]（2019）在《多浪羊MHC-DRB3基因第二外显子序列分析》一文中研究指出主要组织相容性复合体(Major Histocompitibility Complex,MHC)广泛存在于脊椎动物中,由于高度多态性在遗传育种和抗病性方面成为人们关注的热点。本实验用直接测序技术(DR)对23只多浪羊DRB3基因进行核酸序列分析。并用DNAMAN分析序列共检测出46个突变位点。结果表明,MHC-DRB3基因在多浪羊中具有较高的多态性。(本文来源于《生物化工》期刊2019年03期）
张思佳[4]（2019）在《保守性与特异性人源增强子序列识别及转录调控的研究》一文中研究指出生物个体的新陈代谢离不开基因复杂的转录调控和遗传机制。随着高通量测序技术的快速发展,基因组序列的成功测序使得我们能够进一步探究隐含在序列背后负责的调控机制。人们发现真核细胞基因的表达调控受到多种因子的影响,如转录因子、增强子与DNA转录相关的酶协调合作,构成基因精准、高效的时空表达。近年来,叁维基因组学的快速发展促进了全基因组范围内表观遗传修饰、调控元件的鉴定和其参与基因表达的转录调控作用研究。本论文中我们以增强子这一重要的表观遗传修饰的调控元件为主要研究对象,以增强子序列的进化为基础,从染色质的叁维交互作用与转录调控着手,从增强子与转录因子、增强子与靶基因的关系探究其在基因组上的转录调控过程。主要研究结果如下:1,本研究通过人类乳腺上皮细胞的增强子在15种哺乳动物全基因组中的序列进行比较基因组分析,将增强子序列分类成保守性和特异性的增强子。研究发现保守性增强子序列的同源序列可出现在10种物种以上;保守性增强子和特异性增强子有明显的phastCons保守性分值差异。2,为探究增强子在转录调控过程发挥的作用,我们根据增强子作用的区域和ChIA-PET介导的远程调控交互区域,找到增强子和基因TSS附近区域的远程互作关系,识别了增强子-RNA PII靶基因。接着利用485个转录因子结合位点信息,判断增强子区域的转录因子富集程度;并进一步发现有些增强子-RNA PII靶基因为转录因子编码基因,且转录因子在该增强子区域存在结合位点,从而鉴定到了增强子相关联的转录因子“自”调控回路。3,对自调控作用的转录因子进行功能注释,发现它们大多富集在RNA聚合酶II核心启动子的分子功能和生物学过程中,其中MYC、JUN、NCOA3、SP1等转录因子与乳腺癌的雌激素信号通路有关,且这些转录因子的编码基因受多个增强子区域的调控。进一步联合TCGA临床乳腺癌患者的基因表达量水平分析,发现表达量上调的增强子靶基因与RNA聚合酶I启动子开放和转录、细胞减数分裂与重组的反应途径相关。此外,我们还发现了14个与乳腺癌相关的抑癌基因的表达量水平显着性下调。本研究探讨了转录因子结合的增强子转录调控机制,并在乳腺癌中找到了增强子关联的调控回路,得到了这些增强子在不同进化机制下的转录调控作用关系,为增强子与转录因子、靶基因在乳腺癌的转录调控过程提供了新的探索。(本文来源于《华中农业大学》期刊2019-06-01）
朱志静[5]（2019）在《基于趋势和特征子序列的时间序列数据挖掘研究》一文中研究指出在当今的万物互联的大数据时代下,人类活动的各行各业都会产生数据,随着科技一次又一次的革新和发展及随着时间的流逝,数据量正在极速增长中。这些数据广泛存在于商业、气象学、农业、生物科学以及生态学等方面。例如商业市场中我们观察每周的利润,月度价格指数,年度销售数量;气象学中观察每日高温和低温,年降水量和干旱指数以及每小时风速等。这些数据中包含着很多有用的信息,若能将其完整且细致的挖掘出来,将对人类社会做出极大的贡献。但是由于这些数据范围广、数据量大,导致原始序列具有数据维度高,干扰因素多以及实时更新动态变化等特性。这些特性直接导致从原始序列中直接进行知识挖掘成为了一项复杂度极高,准确度极低甚至不可取的工作。为了能解决这些特性带来的数据挖掘上的问题,我们需要对原始数据进行有效的预处理步骤。时间序列预处理步骤的关键部分就是时间序列的分段线性表示工作以及时间序列的相似性度量工作。故而,本文将对这两个方面的工作进行相应的研究,以期数据预处理工作能达到更好的效果。本文前两章综述了本文的研究背景及意义和研究现状。本文的主要研究创新点和相应的工作主要在叁、四、五叁章中,可以总结为以下几方面内容:(1)针对目前数据的数据量巨大、高维度高复杂度的特点,以及目前已有方法分段压缩率不够高的缺点,本文的第叁章通过分析时间序列的几何形态特征,研究时间序列向上、向下趋势的几何形态,提出了上、下滤波点及上、下滤波线概念。利用上、下滤波点线对趋势的几何特性进行了分析,提出一种基于全局趋势判断方法。进一步提出一种基于趋势的时间序列分段线性表示方法,该方法的复杂度为(7)(8)On,便于编程实现。实验结果表明,与其他同类算法比较,本文算法得到的线段数目较少,逼近程度也不错。(2)针对传统欧式距离队序列值依赖较高的缺点,本文第四章统筹运用几何学中的点,角,边叁要素,点值差距,序列趋势变化以及形态差异,将几个方面都考虑到位。所提算法整合点值差距,序列趋势变化以及形态差异叁个几何特征,构建出叁角形形态距离,以此为阈值去分析两条序列的微观点距离和宏观趋势距离,从而度量出两条序列的相似性。我们将其命名为基于自适应叁角形距离的算法(Adaption Triangle Distance,ATD)算法。ATD算法实验结果表明,ATD算法对时间序列对的度量效率进行大幅度的提升。于此同时,本方法的对时间序列对的度量准确度比传统的度量算法高很多。(3)针对传统相似性度量算法无法动态处理翘楚的问题,本文第五章提出了一种基于趋势的特征子序列的时间序列度量方法。该方法引入信号中的尺度空间理论,从随机位置和长度中选择多个子序列被划分为较短的间隔用以捕获时间序列数据的信息。对于每个间隔,提取拟合回归线的趋势、值的平均差和方差等特征用以提供序列的形态、分布的情况。从这些子序列中计算出的特征生成一个新的数据集,其中每个子序列的特征提供一个实例,每个时间序列形成一个包。为每个实例定义一个标签此来度量不同位置的属性和原始序列的拓展。这提供了一个不同于DTW却和其一样可以处理翘曲的基于特征的方法。我们称之为基于自适应特征子序列的时间序列相似度量算法(Adaption and Feature Sentence,AFS)算法。与主流算法和ATD算法相比,当需要进行度量的两条时间序列长度不相同或者时间跨度不相同时,算法可以动态且自动地完成时间序列相似度量工作而无需额外的人工对序列进行维度对等处理。很大程度上降低了时间和空间复杂度。(本文来源于《江南大学》期刊2019-06-01）
沈一超,倪世宏,张鹏[6]（2019）在《一种飞行数据相似子序列查询方法》一文中研究指出飞行数据是一种典型的时间序列数据,其存在随机噪声以及各种复杂变形,导致了相似子序列查询困难。为此,提出一种基于DTW病态匹配的飞行数据相似子序列查询方法。首先,利用已知的查询序列样本集构建上、下边界曲线,同时给出了相应的下界距离,并证明了其正确性。以此建立下界算法,用于筛选相似度高的子序列。其次,利用DTW距离搜索路径病态匹配来对筛选后的子序列无效序列段进行识别并去除,解决了子序列有效匹配长度难以确定的问题。仿真实验结果表明:该方法可以较为精确地查询出相似子序列,其起止时间偏差可以控制在3 s以下,满足飞机飞行动作查询的实际需求。(本文来源于《空军工程大学学报(自然科学版)》期刊2019年02期）
王雁楠,杨育峰,杨国红,张莉,陈献功[7]（2019）在《甘薯IbSSI基因启动子序列的克隆及瞬时表达分析》一文中研究指出植物可溶性淀粉合成酶(soluble starch synthase, SS)在植物支链淀粉的合成中起着关键作用,其主要负责支链的延伸。前期我们从甘薯中克隆到IbSSI基因并对其进行了表达分析及功能验证,发现该基因在甘薯中的表达受到外源蔗糖的诱导以及昼夜节律的调控。本研究在此基础上利用染色体步移法克隆到IbSSI基因1 811 bp的启动子序列。PlantCARE在线分析表明IbSSI启动子序列富含TATA-box和CAAT-box两个基本元件,还含有与昼夜节律、光照、蔗糖、逆境响应及组织特异表达等相关的顺式作用元件。将IbSSI基因全长启动子及其6个启动子5'端缺失片段分别替换植物表达载体pBI121的CaMV 35S启动子并在本生烟草(Nicotiana benthamiana)叶片中进行瞬时表达。GUS染色结果表明不同长度片段的启动子驱动β-葡萄糖醛酸酶基因(GUS)表达的能力有所差异,其中-200 bp～-369 bp区段以及-1 015 bp～-1 304 bp区段可能存在着增强转录的重要顺式作用元件。本研究揭示了IbSSI基因受外源蔗糖诱导表达及昼夜节律调控的原因,并为进一步阐明IbSSI基因在甘薯淀粉生物合成中的作用提供了科学依据。(本文来源于《分子植物育种》期刊2019年20期）
方翟,王熙凤,高庆华[8]（2019）在《多浪羊DQB1基因第二外显子序列分析》一文中研究指出实验采集了23只多浪羊的血样,利用PCR扩增技术,对其扩增产物进行测序,对测序结果进行比对分析。根据Blast比对分析发现,克隆到的该基因核酸序列的16个测序结果相似度较高,但只找到所给的反向引物的互补序列,确定为单向引物测得的结果。经过多次比对确定A04和B04两条序列的相似度达到96.8%。结果表明成功克隆到该基因片段核酸序列,长度为280 bp。经过DNAMAN的序列分析,发现有55个突变位点。(本文来源于《畜禽业》期刊2019年04期）
李兴芬,苗雅慧,孙永江,张孟娟,张凌云[9]（2019）在《青杄PwPEBP基因及其启动子序列的克隆与表达分析》一文中研究指出【目的】通过研究青杄中的PwPEBP基因及其启动子的表达特性及生物学功能,探究PEBP基因在植物生长发育过程中响应逆境胁迫的功能及作用机制。【方法】本研究从青杄转录组测序中获得PwPEBP的c DNA序列,利用TMHMM、GOR4等在线软件对PwPEBP蛋白进行生物信息学分析,以此为基础通过PCR技术克隆得到PwPEBP开放阅读框(ORF)序列;同时对其在不同组织与不同逆境及激素处理中的表达水平进行了RT-qPCR技术分析;采用染色体步移法克隆PwPEBP的启动子序列,并利用在线软件BDGP和PlantCARE对PwPEBP启动子序列进行基础启动子区域、转录起始位点和顺式作用元件的预测;最后通过农杆菌瞬时转化烟草法验证PwPEBP启动子的功能。【结果】PwPEBP cDNA长度为1 408 bp,开放阅读框共585 bp,编码194个氨基酸。PwPEBP蛋白分子式为C_(966)H_(1 484)N_(250)O_(299)S_6,无信号肽和跨膜结构域,为亲水蛋白,含有25个磷酸化位点;进化树分析显示,PwPEBP蛋白与北美云杉的PEBP单独聚成一簇,属于新的PEBP蛋白。组织特异性分析显示,PwPEBP在成熟叶中表达量最高,嫩叶中表达量最低;PwPEBP在各激素及逆境诱导下均有表达,但对盐处理无响应。克隆的PwPEBP启动子序列长度为903 bp,其具有响应GA、ABA、SA、MeJA的顺式作用元件。GUS染色及Luc定量实验显示,PwPEBP启动子均能响应GA、ABA、MeJA和SA外源激素及干旱、高温、低温等逆境胁迫。【结论】青杄中PwPEBP基因广泛响应干旱、低温、高温等非生物胁迫,其中对干旱胁迫最为敏感,同时还参与了ABA、GA、MeJA和SA激素的信号通路。(本文来源于《北京林业大学学报》期刊2019年04期）
高菽蔓[10]（2019）在《甲型和乙型流感病毒的型特异性启动子序列影响型间病毒复制机制的研究》一文中研究指出甲型和乙型流感病毒是威胁人类健康的主要病原体,其基因组结构及编码的蛋白都非常相似。甲型和乙型流感病毒分别能够在型内或谱系间发生重配,但不能发生型间重配。甲型和乙型流感病毒的启动子序列高度保守,但它们在核苷酸构成上存在明显差异,这些差异元素的生物学意义尚不清楚。因此,本研究拟从甲型和乙型流感病毒启动子的差异元素入手,探索它们在型间病毒复制中的生物学意义。本研究中,我们分别对甲型和乙型流感病毒各基因片段的启动子序列进行了大规模的生物信息学分析,全面展示了甲型和乙型流感病毒启动子区的序列特征,发现了型特异性启动子元素的存在,分别为甲型流感病毒vRNA启动子中的5U、6'A和乙型流感病毒vRNA启动子中的5C、6'U。我们建立了甲型(A/WSN)和乙型(B/Yam)流感病毒的小型复制子系统,并比较了甲型和乙型流感病毒聚合酶对同型和异型vRNA模板的偏好性,结果表明,在小型复制子系统中,甲型和乙型流感病毒聚合酶都更偏好同型模板。随后,我们利用该系统,深入地研究了型特异性启动子元素互换对甲型和乙型流感病毒RNA合成和蛋白表达的影响,通过这些实验,我们首次发现型特异性启动子元素——vRNA启动子3'端第5个核苷酸是关键的启动子元素,它能够特异性地识别甲型和乙型流感病毒聚合酶。另外,我们通过体内、体外聚合酶活性试验,深入地探索了甲型和乙型流感病毒vRNA启动子3'端第5个核苷酸的特性在调节体内、体外聚合酶活性中的作用,结果表明,甲型和乙型流感病毒型特异性的启动子元素——vRNA启动子3'端第5个核苷酸的特性直接决定了聚合酶活性,它能够在RNA合成的起始和延伸的多个环节起作用。随后,我们利用反向遗传学技术,研究了这些启动子元素突变对病毒复制的影响。我们在病毒感染水平上确认了甲型和乙型流感病毒vRNA启动子3'端第5个核苷酸是调节型特异性的关键位点。有趣的是,甲型和乙型流感病毒对型特异性启动子元素互换突变的表现不同,其中在甲型流感病毒A/WSN中,将甲型特异性U5替代为乙型特异性C5,传代2-3次后,该位点能迅速地发生回复突变,而在乙型流感病毒B/Yam中,将乙型特异性C5替代为甲型特异性U5,经连续传代后,仍然能够保留该突变,但明显降低了病毒的复制效率。这些结果强调了甲型和乙型流感病毒对核苷酸突变的容忍度及其聚合酶的纠错能力存在明显差异。总之,本研究首次发现并揭示了甲型和乙型流感病毒型特异性启动子元素3'端第5个核苷酸是决定型特异性的关键位点。这表明甲型和乙型流感病毒启动子的变化会引起核糖核蛋白复合物的不匹配,对进一步阐明甲型和乙型流感病毒不能发生型间重配的机制具有重要的指导意义,也丰富了我们对流感病毒型特异性以及启动子生物学意义的认识。本课题还揭示了甲型和乙型流感病毒聚合酶在转录机制上存在的细微差异,这些功能差异将为甲型和乙型流感病毒聚合酶结构的研究提供重要素材。(本文来源于《北京协和医学院》期刊2019-04-01）
子序列的和论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文采用分治策略和动态规划策略探讨了最长递增子序列问题的两种解法,并分析了算法的计算复杂度。结果表明,本文算法的时间复杂度和空间复杂度分别为O(nlogn)和O(n)。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
子序列的和论文参考文献
[1].刘晓柱,李银凤.拟南芥AtSWEET4基因启动子序列、编码蛋白结构分析及其在病原菌胁迫下表达特性检测[J].南方农业学报.2019
[2].乔明泽,宋传鸣.最长递增子序列问题研究[J].软件.2019
[3].方翟,马小龙,高庆华.多浪羊MHC-DRB3基因第二外显子序列分析[J].生物化工.2019
[4].张思佳.保守性与特异性人源增强子序列识别及转录调控的研究[D].华中农业大学.2019
[5].朱志静.基于趋势和特征子序列的时间序列数据挖掘研究[D].江南大学.2019
[6].沈一超,倪世宏,张鹏.一种飞行数据相似子序列查询方法[J].空军工程大学学报(自然科学版).2019
[7].王雁楠,杨育峰,杨国红,张莉,陈献功.甘薯IbSSI基因启动子序列的克隆及瞬时表达分析[J].分子植物育种.2019
[8].方翟,王熙凤,高庆华.多浪羊DQB1基因第二外显子序列分析[J].畜禽业.2019
[9].李兴芬,苗雅慧,孙永江,张孟娟,张凌云.青杄PwPEBP基因及其启动子序列的克隆与表达分析[J].北京林业大学学报.2019
[10].高菽蔓.甲型和乙型流感病毒的型特异性启动子序列影响型间病毒复制机制的研究[D].北京协和医学院.2019
标签：拟南芥; 运输载体蛋白(SWEET4); 理化性质; 结构特征;