导读:本文包含了全基因克隆论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:猪圆环病毒2型,全基因,分离鉴定,序列分析
全基因克隆论文文献综述
杨志刚,石远菊,汤德元,曾智勇,黄涛[1]（2019）在《猪圆环病毒2型贵州部分流行株的全基因克隆及序列分析》一文中研究指出为了调查近几年贵州地区猪圆环病毒2型(PCV2)流行毒株的遗传变异趋势,为猪圆环病毒病的有效控制提供参考,利用实验室所建立的多重PCR对贵州不同地区送检的病死仔猪及采集的血样进行检测,并对PCV2核酸进行全基因的扩增,应用生物学软件对PCV2全基因序列进行核苷酸同源性和遗传进化分析。结果:从PCV2检测为阳性的病料中成功扩增出8条PCV2全基因序列,均属于PCV2d基因型。结果表明:近年来贵州地区猪群PCV2d基因型的感染病例增多。研究结果为贵州PCV2疫苗毒株提供了选择依据。(本文来源于《贵州畜牧兽医》期刊2019年03期）
金宏凯,马宇驰,孙莉,樊琼,董媛媛[2]（2019）在《猪圆环病毒3型全基因克隆及遗传演化分析》一文中研究指出辽宁地区某猪场发现疑似断奶仔猪多系统综合征(PMWS),经临床症状、病理变化和PCR检测,确诊为猪圆环病毒3型(PCV3)感染;根据Gen Bank中收录的PCV3基因序列,设计2对特异性引物,从患有PMWS的仔猪内脏组织中扩增PCV3全基因序列,克隆到p MD18-T载体中,经测序、拼接获得PCV3全长c DNA序列,利用DNAStar和DNAman生物软件对全基因组进行遗传变异分析。结果显示:PCV3毒株基因组全长2 000 bp,命名为CN/Liaoning-2017 (简称LN株)(GenBank登录号:MH177453. 1),基因组有3个开放阅读框(ORF),其中2个ORF编码的蛋白与圆环病毒的复制相关蛋白(Rep)和衣壳蛋白(Cap)同源。Cap基因大小为645 bp,编码214个氨基酸。PCV3国内株可分为3大分支(3a簇、3b簇与3c簇),LN株处于3a簇分支中,与湖北株(KY354039. 1)同源性最高,达到99. 7%; LN株与PCV3a簇代表株(PCV3-USMN2016,PCV3-US-MO2015)同源性在98. 8%～99. 2%之间,与PCV3b簇代表株(PCV3-US-SD2016)的同源性为98. 8%,与PCV3c簇代表株(PCV3-China-GD-2016)同源性为98. 7%。Cap蛋白氨基酸位点分析显示,LN株在第68位发生突变,与其他代表株都不相同。以上试验结果表明,成功从患有PMWS的仔猪体内克隆了PCV3全基因,并完成了序列分析。LN株是辽宁省首次发现的PCV3毒株,这些数据将为研究PCV3的遗传变异和流行病学特征提供分子生物学依据。(本文来源于《畜牧与兽医》期刊2019年02期）
苗丽娟,尹柏双,张立春,刘东旭[3]（2018）在《吉林磐石新分离株PCV2全基因克隆及Cap蛋白B细胞抗原表位预测》一文中研究指出对吉林市磐石某猪场采集疑似为猪圆环病毒2型感染的病死猪的脏器进行PCR检测,同时接种PK15细胞,成功分离到1株猪圆环病毒2型。通过对该毒株全基因组进行克隆并测序,采用DNAstar软件对Cap蛋白进行二级结构分析和B淋巴细胞抗原表位的预测,结果表明:该新分离株Cap蛋白具有多处抗原优势表位,为抗原表位鉴定、基因工程疫苗研制和单克隆制备奠定基础。(本文来源于《吉林农业科技学院学报》期刊2018年04期）
孙兴臣,熊晓妍,李敏婕,李玉峰,姚大伟[4]（2017）在《一株赛鸽源鸽圆环病毒全基因克隆与序列分析》一文中研究指出鸽圆环病毒(Pigeon circovirus,PiCV)是圆环病毒科的一个成员,是一种免疫抑制性病原。为了研究PiCV中国流行毒株的基因特征和遗传进化关系,本研究应用PCR方法对江苏省某赛鸽公棚的22份样品进行了PiCV检测,结果有6份样品为阳性。采用重迭PCR技术得到一株鸽圆环病毒全基因序列,命名为JS15-1(GenBank登录号:KX431143)。基因序列分析表明,JS15-1全长为2 034bp,包含3个主要开放阅读框。核苷酸同源性比较结果显示JS15-1与GenBank上登录的其他鸽圆环病毒分离株的全基因核苷酸同源性为85.3%~97.1%,与比利时分离的Bel20株同源性最高。不同鸽圆环病毒Rep基因同源性为92.1%~96.6%,Cap基因同源性为72.2%~99.4%。全基因遗传进化树显示JS15-1与之前的中国分离株处于不同的分支,而与Bel20的亲缘关系最近,Rep基因进化树显示JS15-1与Bel20、PiCV/Japan/2010、Ita4B位于同一分支,Cap基因进化树显示JS15-1与Bel20处于同一分支,亲缘关系最近。氨基酸序列比较发现,JS15-1与Bel20在Rep蛋白存在6个氨基酸残基的差异,而Cap蛋白存在1个氨基酸残基的差异和1个氨基酸残基的插入。研究结果表明,JS15-1极可能来源于比利时,而且发生了变异。(本文来源于《病毒学报》期刊2017年05期）
张静,雷小亚,李昕键,张宇,陈立根[5]（2017）在《H9N2亚型禽流感病毒河南分离株的全基因克隆及序列分析》一文中研究指出为了研究H9N2亚型禽流感病毒的基因组变异情况,试验以一株2015年在河南省分离的H9N2亚型Ck/HN/12/15为研究对象,用RT-PCR方法扩增病毒基因组的8个基因片段并进行克隆和测序,将测序结果与Gen Bank公布的H9N2参考毒株序列进行比对分析,绘制各基因片段的进化树。结果表明:分离株的PB1、PA、NP、NS基因与1998年中国上海鸡源毒株Ck/SH/F/98(H9N2)归于同一进化分支,核苷酸序列同源性分别为93.57%、90.48%、87.66%和86.64%。分离株的HA、NA基因与1997年中国香港鸭源毒株Dk/HK/Y280/97(H9N2)属同一个进化分支,核苷酸序列同源性分别为87.62%和85.32%。该毒株裂解位点处的序列是PSRSSR,符合低致病性禽流感病毒的分子特点。该株HA基因的226位(对应H3亚型位置)氨基酸为Leu,更易与哺乳动物唾液酸受体结合。说明应该做好对此类H9N2亚型禽流感病毒免疫防控工作,避免在人和禽类之间传播。(本文来源于《黑龙江畜牧兽医》期刊2017年11期）
郭颖[6]（2017）在《鸽疱疹病毒全基因克隆及DNA疫苗的制备》一文中研究指出鸽疱疹病毒(Pigeon herpesvirus,PiHV)又称哥伦比亚疱疹病I型(Columbid herpesvirus 1,CoHV-1),是禽疱疹病毒科、α疱疹病毒亚科、马立克氏病毒属的一员。患病鸽子临床症状主要表现为厌食、精神不振等,少数有结膜炎和神经症状。鸽子是该病的主要宿主,同时也是我国主要经济养殖动物,所以鸽疱疹病毒对养鸽业造成了一定经济损失。目前还未有能预防CoHV-1传播且能阻止该病复发的特效药物,因此,研制安全、长期有效的CoHV-1疫苗已成为预防病毒感染的关键。DNA疫苗,又称基因疫苗,是一种新型疫苗,它的的出现改善了一些疱疹病毒病的防治工作,目前有很多疱疹病毒DNA疫苗的免疫成功案例,如马立克氏病毒、传染性喉气管炎病毒等。2013年,本实验室于黑龙江省哈尔滨康达禽病技术咨询服务中心的患病野鸽中分离出CoHV-1黑龙江株(下简称CoHV-1-HLJ株)。虽然,国内外陆续报道称已从鸽子、猛禽体内都有分离出CoHV-1,但是CoHV-1基因组序列的相关研究甚少。本研究参考多个禽α疱疹病毒基因组序列,设计95对引物,采用常规PCR与单侧寡聚核苷酸嵌套PCR(SON-PCR)相结合的方法,对CoHV-1-HLJ株进行分段克隆。使用DNAStar、ORF Finder、MrBayes等生物信息学软件对CoHV-1-HLJ进行了序列拼接及分析。CoHV-1-HLJ株基因组全长为204,237 bp(GenBank登陆号为:KX589235),具有典型的E型α疱疹病毒基因结构,共编码130个蛋白。进化系统分析发现CoHV-1-HLJ进化地位与其他禽α疱疹病毒一致,并与猎鹰疱疹病毒I型(FaHV-1)亲缘关系最近。而当将CoHV-1-HLJ株基因组序列与FaHV-1基因组序列进行比对发现,其同源性高达99.4%,且有74个氨基酸序列不一致,其中包括一些结构蛋白和功能蛋白。根据已获得的CoHV-1-HLJ株的gC、gD和gE基因序列设计叁对引物,通过PCR方法分别扩增gC、gD和gE,并分别定向插入真核表达载体pcDNA3.1(+),构建真核表达质粒pgC、pgD和pgE。重组质粒经过弗氏佐剂乳化后免疫接种鸽子,并设灭活病毒组、空载体组和无菌PBS叁组对照。动物实验表明:经过初次免疫和加强免疫后,叁种DNA疫苗均可以诱导机体产生较高水平的体液免疫和细胞免疫应答,同时能够显着提地高了鸽子抵御致死剂量CoHV-1的能力。本研究首次克隆出野鸽疱疹病毒全序列,并对全序列进行了系统的测定,利用分子生物学方法分析鸽疱疹病毒与其他禽类疱疹病毒间的分子差异,为研究相应基因的功能奠定基础。同时,成功制备了叁种CoHV-1 DNA疫苗pgC、pgD和pgE,为CoHV-1DNA疫苗的工业化生产奠定了基础。(本文来源于《东北林业大学》期刊2017-04-01）
孔宁,吴永光,孟琼,王忠泽,童武[7]（2016）在《猪BST-2全基因克隆、真核表达载体构建及组织表达谱分析》一文中研究指出为研究猪BST-2基因的生物学功能,用特异性的引物扩增猪BST-2基因,并利用生物信息学软件对猪BST-2基因及氨基酸进行分子特性分析,同时进行了猪BST-2蛋白的真核表达及组织表达谱分析。结果表明:猪BST-2基因全长851 bp,其中5’-UTR为23 bp,3’-UTR为294 bp,CDS区为534 bp,编码177个氨基酸,猪源BST-2蛋白氨基酸序列与大猩猩、仓鼠、家鼠、驴、猫、牛、猕猴、绵羊、人BST-2蛋白氨基酸序列同源性分别为46.1%,41.7%,39.5%,35.4%,42.0%,40.5%,44.4%,38.7%,46.8%。含有两个跨膜结构(27–49 aa和154–176 aa),两个潜在的糖基化位点,14个潜在的磷酸化位点,包含磷酸激酶ATM、CKⅡ、PKA、PKC的结合位点。构建真核质粒并转染发现猪BST-2蛋白能够在Vero细胞内正确表达。半定量PCR检测发现BST-2基因在所有组织中都有表达,尤其是在免疫组织及器官(淋巴结、胸腺、扁桃体、脾)、大肠、小肠中的表达量较高。本研究为今后进一步分析验证猪BST-2蛋白的抗病毒机制奠定了基础。(本文来源于《中国畜牧兽医学会兽医公共卫生学分会第五次学术研讨会论文集》期刊2016-07-20）
孔宁,吴永光,孟琼,王忠泽,童武[8]（2017）在《猪BST-2全基因克隆、真核表达载体构建及组织表达谱分析》一文中研究指出为研究猪BST-2基因的生物学功能,用特异性的引物扩增猪BST-2基因,并利用生物信息学软件对猪BST-2基因及氨基酸进行分子特性分析,同时进行了猪BST-2蛋白的真核表达及组织表达谱分析。结果表明:猪BST-2基因全长851bp,其中5′-UTR为23bp,3′-UTR为294bp,CDS区为534bp,编码177个氨基酸,猪源BST-2蛋白氨基酸序列与大猩猩、仓鼠、家鼠、驴、猫、牛、猕猴、绵羊、人BST-2蛋白氨基酸序列同源性分别为46.1%,41.7%,39.5%,35.4%,42.0%,40.5%,44.4%,38.7%,46.8%。含有2个跨膜结构(27~49aa和154~176aa),2个潜在的糖基化位点,14个潜在的磷酸化位点,包含磷酸激酶ATM、CKⅡ、PKA、PKC的结合位点。构建真核质粒并转染发现猪BST-2蛋白能够在Vero细胞内正确表达。半定量PCR检测发现BST-2基因在所有组织中均有表达,尤其是在免疫组织及器官(淋巴结、胸腺、扁桃体、脾)、大肠、小肠中的表达量较高。本试验为今后进一步分析验证猪BST-2蛋白的抗病毒机制奠定了基础。(本文来源于《中国兽医学报》期刊2017年08期）
林思远,洪绍锋,黄加滨,韦莹,陈樱[9]（2016）在《PRRSV广西分离株GXYL-1403全基因克隆与序列分析》一文中研究指出对本实验室所分离的1株猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)毒株GXYL-1403进行全基因组克隆和序列分析。参考已发表的扩增全长PRRSV序列的13对特异性引物,用RT-PCR方法对病毒基因组进行分段扩增。将扩增得到的PCR片段克隆到pMD18-T载体上,获得的重组质粒经PCR鉴定后进行序列测定。通过软件对所扩增序列进行拼接,获得GXYL-1403的全长序列,并对GXYL-1403进行比较和遗传进化分析。结果表明GXYL1403株基因序列全长为15 018bp,与国内外多株PRRSV毒株进行同源性比较发现,与VR-2332的相似性为89.1%,与TJ、JXA1、HEB1、HUB1、HUB2、TP株同源性达到了97.9%~98.1%。另外,GXYL-1403分离株nsp2蛋白含有高致病性PRRSV特异的1+29个氨基酸的缺失。特别重要的是,在缺失29个氨基酸区域的上游,含有连续20个氨基酸缺失,在下游出现了连续74个氨基酸的缺失。遗传进化分析发现美洲型PRRSV主要分为3个亚群,GXYL-1403跟高致病性PRRSV毒株属于同一分支,证实了GXYL-1403株为美洲型PRRSV毒株。(本文来源于《动物医学进展》期刊2016年02期）
马建,辜文洁,贾雪荣,黄维金,梁争论[10]（2015）在《我国丁型肝炎病毒全基因克隆及序列分析》一文中研究指出为构建我国丁型肝炎病毒(HDV)全基因克隆,分别从3份HDV阳性血清中提取病毒RNA,通过反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)分段扩增,获得4个相互重迭的DNA片段,将PCR产物测序,利用DNAStar软件拼接,获得HDV全基因组序列;设计引物,用重迭PCR扩增全长HDV片段并连接至克隆载体,构建全基因克隆。结果成功克隆出3株1 675bp的HDV全长基因组。经与GenBank标准序列比对,3株HDV均为基因Ⅰb型,核酸序列同源性达98%以上,与我国Ⅰ型X77627的同源性均达98%以上,与其他基因Ⅰ型的同源性均高于84%。与基因Ⅱ型和Ⅲ型的同源性分别低于77%和66%。本研究构建了3株具有我国代表性的HDV全长基因cDNA克隆,为进一步开展HDV分子生物学研究提供了基础。(本文来源于《微生物与感染》期刊2015年06期）
全基因克隆论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
辽宁地区某猪场发现疑似断奶仔猪多系统综合征(PMWS),经临床症状、病理变化和PCR检测,确诊为猪圆环病毒3型(PCV3)感染;根据Gen Bank中收录的PCV3基因序列,设计2对特异性引物,从患有PMWS的仔猪内脏组织中扩增PCV3全基因序列,克隆到p MD18-T载体中,经测序、拼接获得PCV3全长c DNA序列,利用DNAStar和DNAman生物软件对全基因组进行遗传变异分析。结果显示:PCV3毒株基因组全长2 000 bp,命名为CN/Liaoning-2017 (简称LN株)(GenBank登录号:MH177453. 1),基因组有3个开放阅读框(ORF),其中2个ORF编码的蛋白与圆环病毒的复制相关蛋白(Rep)和衣壳蛋白(Cap)同源。Cap基因大小为645 bp,编码214个氨基酸。PCV3国内株可分为3大分支(3a簇、3b簇与3c簇),LN株处于3a簇分支中,与湖北株(KY354039. 1)同源性最高,达到99. 7%; LN株与PCV3a簇代表株(PCV3-USMN2016,PCV3-US-MO2015)同源性在98. 8%～99. 2%之间,与PCV3b簇代表株(PCV3-US-SD2016)的同源性为98. 8%,与PCV3c簇代表株(PCV3-China-GD-2016)同源性为98. 7%。Cap蛋白氨基酸位点分析显示,LN株在第68位发生突变,与其他代表株都不相同。以上试验结果表明,成功从患有PMWS的仔猪体内克隆了PCV3全基因,并完成了序列分析。LN株是辽宁省首次发现的PCV3毒株,这些数据将为研究PCV3的遗传变异和流行病学特征提供分子生物学依据。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
全基因克隆论文参考文献
[1].杨志刚,石远菊,汤德元,曾智勇,黄涛.猪圆环病毒2型贵州部分流行株的全基因克隆及序列分析[J].贵州畜牧兽医.2019
[2].金宏凯,马宇驰,孙莉,樊琼,董媛媛.猪圆环病毒3型全基因克隆及遗传演化分析[J].畜牧与兽医.2019
[3].苗丽娟,尹柏双,张立春,刘东旭.吉林磐石新分离株PCV2全基因克隆及Cap蛋白B细胞抗原表位预测[J].吉林农业科技学院学报.2018
[4].孙兴臣,熊晓妍,李敏婕,李玉峰,姚大伟.一株赛鸽源鸽圆环病毒全基因克隆与序列分析[J].病毒学报.2017
[5].张静,雷小亚,李昕键,张宇,陈立根.H9N2亚型禽流感病毒河南分离株的全基因克隆及序列分析[J].黑龙江畜牧兽医.2017
[6].郭颖.鸽疱疹病毒全基因克隆及DNA疫苗的制备[D].东北林业大学.2017
[7].孔宁,吴永光,孟琼,王忠泽,童武.猪BST-2全基因克隆、真核表达载体构建及组织表达谱分析[C].中国畜牧兽医学会兽医公共卫生学分会第五次学术研讨会论文集.2016
[8].孔宁,吴永光,孟琼,王忠泽,童武.猪BST-2全基因克隆、真核表达载体构建及组织表达谱分析[J].中国兽医学报.2017
[9].林思远,洪绍锋,黄加滨,韦莹,陈樱.PRRSV广西分离株GXYL-1403全基因克隆与序列分析[J].动物医学进展.2016
[10].马建,辜文洁,贾雪荣,黄维金,梁争论.我国丁型肝炎病毒全基因克隆及序列分析[J].微生物与感染.2015