导读:本文包含了候选基因分析论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:口腔鳞癌,数据库,SPP1,CXCL13
候选基因分析论文文献综述
利展鸿[1]（2019）在《基于基因表达谱筛选口腔鳞状细胞癌关键候选基因和通路的生物信息学分析》一文中研究指出研究背景:口腔鳞状细胞癌(Oral Squamous Cell Carcinoma)是头颈部常见的恶性肿瘤,约占口腔头颈部恶性肿瘤的95%,是全世界第六大常见的癌症,每年新增约30万例。外科治疗仍然是其主要的治疗方法,而在晚期病例中,可以同时使用放疗或化疗等辅助治疗。尽管这些方法在临床治疗口腔鳞状细胞癌方面取得了一些进展,但其总体存活率仍然普遍较低,约为50-60%。这主要是因为在一些临床调查中,多达50%的病例出现淋巴结转移,其中近50%的病例出现迟发性诊断。因此口腔鳞状细胞癌仍然是世界范围内具有挑战性的公共卫生问题,但调控口腔鳞状细胞癌发生发展的分子机制尚不清楚。本课题旨在通过基因芯片及生物信息学方法筛选出口腔鳞癌的关键候选基因,并深入探究口腔鳞状细胞癌发生发展的分子机制。材料方法:第一部分从基因表达数据库(GEO)和TCGA数据库中下载mRNA基因芯片GSE31056、GSE2280、GSE37991和癌症基因组图谱(TCGA)头颈癌的概况。使用R语言比较和鉴定OSCC组织与正常对照之间差异表达的基因(DEGs)。然后对常见的DEGs进行基因本体(GO)富集分析、路径分析、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析。第二部分利用GeneBank、STRING以及DAVID等数据库对候选基因CXCL13与SPP1基因进行进一步分析,探究其在口腔鳞状细胞癌发生发展中所发挥的分子机制,为未来可能的靶向治疗药物的开发提供理论基础。结果:芯片数据GSE31056共揭示差异基因表达差异2.5倍以上15724个,大于等于1为上调表达,小于等于-1为下调表达,其中上调1340个,下调1213个;芯片数据GSE2280共揭示差异基因表达差异2.5倍以上3328个,其中上调455个,下调314个;芯片数据GSE37991共揭示差异基因表达差异2.5倍以上2191个,其中上调841个,下调675个。对于关键基因SPP1与CXCL13分析揭示,SPP1主要参与细胞外基质、细胞因子活动、炎症反应、成骨细胞分化、细胞粘附等分子机制与生物功能,参与ECM受体协作、PI3K-Akt信号通路以及细胞黏附等过程。CXCL13参与慢性炎症反应、整合素活化正调控、T细胞趋化性、内皮细胞趋化成纤维细胞生长因子、GTPase活性活化、整合素介导的细胞粘附正调节、淋巴结发育、细胞增殖调节等分子机制与生物功能,同时参与细胞因子受体相互作用、趋化因子信号通路。结果还揭示了 CXCL13与SPP1蛋白与蛋白互作网络。而且SPP1在鳞状细胞癌、炎症、糖尿病等十余种类型疾病中均存在一定程度的相关性,其转录因子、相关非编码RNA等;而CXCL13也与炎症反应、淋巴瘤、自身免疫疾病等密切相关。结论:研究揭示MMP家族、COL11A1、CA9、SPP1以及CXCL13等基因在口腔鳞状细胞癌发生发展中可能起着重要作用。同时也筛选出一些口腔鳞状细胞癌相关的潜在的分子标记物,其中包括SPP1,CXCL13,并通过生物信息学的方法对其结构和功能进行初步研究。通过基因芯片和生物信息学口腔鳞状细胞癌相关基因的分析及分子标记物的筛选,为研究口腔鳞状细胞癌发生机制、诊疗方案的制定提供了一些新思路。(本文来源于《南方医科大学》期刊2019-11-19）
林志坚,廖卫平[2]（2019）在《基因互作网络分析CNTN2、EFHC1/CCDC150基因为特发性全面性癫痫候选基因》一文中研究指出目的通过基因互作网络模式寻找特发性全面性癫痫候选致病基因。方法收集特发性全面性癫痫患者142例,提取患者及其父母(叁人组)外周静脉血的DNA,采用全外显子组第二代测序方法(IlluminaHiSeq 2500测序平台),测定基因组的全外显子区及±10位内含子区的基因变异。296例排除癫痫史的视网膜病变患者为对照组。以癫痫基因表型、非良性变异(最小等位基因频率<0.05,且≥1个软件预测有(本文来源于《第八届CAAE国际癫痫论坛论文汇编》期刊2019-10-18）
孙亚莉,赵婷婷,杨欢欢,许向阳,李景富[3]（2019）在《番茄抗叶霉病基因Cf-12定位及候选基因分析》一文中研究指出近年来,番茄叶霉病的大面积发生对中国番茄生产造成极大影响。叶霉病菌(Cladosporium fulvum)与番茄植株发生的亲和性互作是番茄叶霉病发生的根源,以叶霉病抗性基因Cf为主导的抗叶霉病育种研究是工作的重点,但由于Cf基因抗性不断被克服,急需挖掘抗性更广更强的Cf基因。番茄品种‘CGN7495’含有Cf-12基因,田间表现出有效的C. fulvum抗性。本研究通过构建6世代群体,分析了Cf-12抗性的遗传规律,证实了该基因符合单基因的显性遗传规律,为分离群体分组分析法筛选Cf-12基因做了铺垫;采用父母本重测序及F2代极端性状混池简化测序SLAF (Specific locus amplified fragment sequencing)来定位Cf-12基因,将其定位到番茄第6号染色体上并最终筛选出3个候选基因。研究为Cf-12的精确克隆和相关抗病机制的研究提供了理论参考。(本文来源于《分子植物育种》期刊2019年18期）
张宇辰,周瑞进,袁建彬,李文杰,臧树成[4]（2019）在《籽鹅羽束性状分析及SOX5候选基因生物学功能预测》一文中研究指出目的分析籽鹅头顶部的表型性状-羽束性状(crest trait),并预测SOX5候选基因的相关生物学功能,从而进一步揭示禽类表型性状与调控基因的作用机制。方法选取无羽束公鹅6只,有、无羽束母鹅各15只,建立两个资源群体,有羽束群(crest population,C):3只无羽束公鹅,15只有羽束母鹅;无羽束群(non-crest population,NC):3只无羽束公鹅,15只无羽束母鹅。两个试验群体同舍分组饲养,收集试验蛋孵化,通过后代表型分离比,分析羽束性状遗传规律。采集1、14、21日龄肝脏、头顶部皮肤组织,采用qRT-PCR方法测定各组织中SOX5基因相对表达量,并通过生物信息方法进行关联性分析。结果观察籽鹅表型分离比,证明无羽束性状符合隐性遗传规律,有羽束性状受常染色体显性基因调控。在1日龄雏鹅肝脏组织中,C群SOX5基因的相对表达量显着高于NC群(P <0. 01),其他时期差异虽无统计学意义(P> 0. 05),但C群仍高于NC群。随日龄增长,公鹅体重呈上升趋势,且与SOX5基因在皮肤中相对表达量变化趋势相同。经SMART、David软件预测,SOX5基因具有保守结构域,能形成具有生物学功能蛋白。结论籽鹅羽束性状类似于鸡冠表型遗传方式,受常染色体基因调控,SOX5基因为羽束性状的调控基因,且广泛参与禽类相关组织的发育过程。(本文来源于《中国生物制品学杂志》期刊2019年09期）
庄站伟,丁荣荣,彭珑珑,杨明,王兴旺[5]（2019）在《全基因组关联分析鉴别到新的与杜洛克猪乳头数相关的位点和候选基因》一文中研究指出引言乳头是母猪喂养仔猪的重要器官。近年来,随着母猪产仔数的增加,也增添了母猪喂养仔猪的负担,而缺少足够的乳头会影响仔猪的体重增加,甚至导致仔猪因营养摄入不足而死亡[1]。虽然在猪基因组上已鉴别到许多与乳头数相关的位点,但其遗传结构仍不明晰。因此,鉴别到更多乳头数性状的候选基因是解析猪乳头数差异的重要手段。材料与方法试验对象包括3353头温氏S21系杜洛克种猪和2148头温氏S22系杜洛克种猪。表型数据包括左乳头数(LTN)、右乳头数(RTN)和总乳头数(TTN),在仔猪出生时通过计数获得。提取所有个体的DNA,(本文来源于《第叁届中国猪业科技大会暨中国畜牧兽医学会2019年学术年会论文集》期刊2019-09-19）
谈峰,李珍珠,王磊,李凤娥[6]（2019）在《猪产仔数候选基因多态性检测及遗传效应分析》一文中研究指出引言猪产仔数的高低直接影响养猪业的发展。我们在前期转录组测序的基础上,筛选了四个SNPs即FLT1 (g.76424C>G)、MMP2 (g.22677A>T)、IGF1(g.59177A>G)、INHBA (g.4693C>A),在大白猪进行了基因分型和遗传效应分析,旨在挖掘新的猪产仔数性状的分子标记。材料与方法本试验样品为487头大白猪,有1576胎次详细的产仔记录。采集猪血和毛发,提取DNA,PCR-RFLP进行基因分型,使用SAS9.0软件对基因多态性与产仔数性状进行关联分析。最后将四个基因位点两两组合后与大白猪产仔数进行遗传效应分析。(本文来源于《第叁届中国猪业科技大会暨中国畜牧兽医学会2019年学术年会论文集》期刊2019-09-19）
魏雅琪,危文亮,刘道敏,张江江,詹杰鹏[7]（2019）在《油菜开花期QTL定位和候选基因分析》一文中研究指出为辅助选育早熟油菜品种、克隆油菜开花期基因及开发花期分子标记,以已测序的油菜品种中双11 (Z)和重测序的油菜品系No.73290 (N)为亲本构建的含184个单株的BnaZNF2群体为材料,通过分析该群体的基因型数据和F2:3家系连续叁年(2010-2012)在武汉的表型数据,对开花期QTL进行检测和整合,定位到分布在11个连锁群上的14个开花期QTL。其中只有5个QTL能在3年中重复检测到,分别是qDtF.A2-1、qDtF.A6-2、qDtF.C2-1、qDtF.C2-2和qDtF.C3-1,贡献率在7.1%～21.1%之间。通过查阅文献和在拟南芥、水稻等作物网站上搜索,搜集到442个与植物开花期有关的基因。基于油菜基因组物理图谱,通过生物信息学分析,在本研究定位的QTL区间上筛选到54个可能的候选基因,可以用于开花期基因的克隆。在5个主要QTL区间内分别定位到8、5、4、2和4个候选基因,其中有15个在双亲中存在序列差异,可以开发开花期的功能标记用于分子标记辅助选择育种。(本文来源于《中国油料作物学报》期刊2019年05期）
周纯,焦然,胡萍,林晗,胡娟[8]（2019）在《水稻早衰突变体LS-es1的基因定位及候选基因分析》一文中研究指出衰老是植物发育末期自主发生且不可逆的适应性反应,叶片早衰相关分子机制研究对水稻(Oryzasativa)遗传改良以及抗衰老品种培育有重要意义。LS-es1是通过EMS诱变粳稻品种TP309获得的稳定遗传的早衰突变体。对LS-es1及其野生型的表型观察和生理生化分析表明,LS-es1叶片中积累了大量活性氧且细胞死亡更多,同时LS-es1与产量相关的农艺性状均显着下降,这也验证了LS-es1早衰的特征。对LS-es1及其野生型幼苗进行外源激素处理,结果表明LS-es1对水杨酸(SA)、脱落酸(ABA)和茉莉酸甲酯(MeJA)更敏感。用图位克隆方法将LS-es1基因定位在水稻第7号染色体长臂46.2 kb区间内,该区间共包括8个开放阅读框(ORF)。对该区间内的基因进行生物信息学分析,结果发现Os07g0275300和Os07g0276000两个候选功能基因与早衰途径相关,并且这2个基因的表达量在野生型和突变体中差异较大。研究结果为进一步克隆LS-es1基因并深入研究其生物学功能奠定了基础。(本文来源于《植物学报》期刊2019年05期）
牛影,张恒,张旭,肖进,王海燕[9]（2019）在《簇毛麦抗白粉病候选基因MIEL1-V的克隆及功能分析》一文中研究指出由小麦白粉菌(Blumeria graminis f.sp.ttritici,Bgt)侵染引起的小麦白粉病严重危害小麦生产,发掘利用抗病基因、解析白粉病抗性分子机制对于抗病遗传改良有重要意义。小麦近缘物种簇毛麦(Haynaldia villosa,2n=14,VV)对白粉病表现广谱高抗,可以作为一个互作体系解析广谱抗性的分子机制。本实验室前期利用大麦基因芯片技术,克隆了一个受白粉菌诱导快速上调表达的E3泛素连接酶CMPG1-V,发现该基因的过量表达可以提高小麦的广谱抗性。本研究在前期酵母双杂交筛到一个CMPG1-V互作蛋白CIN1的基础上,进一步筛选酵母双杂交文库,筛选到一个与CIN1互作的RING型E3泛素连接酶MIEL,在簇毛麦中克隆其全长发现,MIEL1-V存在两种转录形式,命名为MIEL1.1-V和MIEL1.2-V。回补验证和双分子荧光互补实验表明MIEL1.2-V可以与CIN1互作,同时也可以与CMPG1-V互作;而MIEL1.1-V与CIN1和CMPG1-V均不互作。二者亚细胞定位也存在差异,MIEL1.1-V主要定位于细胞膜,MIEL1.2-V主要定位于细胞膜、细胞核、细胞质的内质网及点状结构,MIEL1.2-V在细胞膜与点状结构定位之间存在动态平衡。初步功能分析表明,MIEL1-V受白粉菌诱导后显着下调表达,利用VIGS技术在普通小麦扬麦158中沉默MIEL1-V,可显着提高其对小麦白粉病的抗性,在扬麦158中瞬间过量表达MIEL1.2-V会显着提高白粉菌的吸器指数。推测MIEL1-V负向调控小麦白粉病抗性。(本文来源于《第十届全国小麦基因组学及分子育种大会摘要集》期刊2019-08-11）
乔悦,陈亮,胡银岗[10]（2019）在《小麦矮秆基因Rht4的精细定位及候选基因分析》一文中研究指出矮化及半矮化是增强小麦抗倒伏性、提升产量的重要性状。小麦矮秆基因Rht4可降低株高15.0%～20%,并显着提高抗倒伏性;Rht4不影响苗期活力,且可显着增加穗粒数(～10.0%),具有较大的应用前景。然而,目前关于Rht4的研究还较少,其遗传位置、致矮机理等还不清楚,不利于其育种应用。本研究构建了Rht4的F2定位群体,结合BSA和BSR策略,开发了与Rht4紧密连锁的分子标记,将Rht4定位于2BL染色体1.4cM的遗传区间(约0.9Mb),区间内包含两个与GA生物合成途径有关的候选基因,2BL-8和2BL-9,但二者功能不同,分别参与赤霉素合成代谢和降解代谢。序列分析发现,仅2BL-8在高矮株系间存在差异(一个SNP,导致氨基酸突变Q/R),且其在高矮株系间差异表达,推断其可能与Rht4株高发育相关,后续验证工作正在进行中。本研究为促进Rht4的分子标记辅助选择育种及致矮机理解析奠定了基础。(本文来源于《第十届全国小麦基因组学及分子育种大会摘要集》期刊2019-08-11）
候选基因分析论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的通过基因互作网络模式寻找特发性全面性癫痫候选致病基因。方法收集特发性全面性癫痫患者142例,提取患者及其父母(叁人组)外周静脉血的DNA,采用全外显子组第二代测序方法(IlluminaHiSeq 2500测序平台),测定基因组的全外显子区及±10位内含子区的基因变异。296例排除癫痫史的视网膜病变患者为对照组。以癫痫基因表型、非良性变异(最小等位基因频率<0.05,且≥1个软件预测有
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
候选基因分析论文参考文献
[1].利展鸿.基于基因表达谱筛选口腔鳞状细胞癌关键候选基因和通路的生物信息学分析[D].南方医科大学.2019
[2].林志坚,廖卫平.基因互作网络分析CNTN2、EFHC1/CCDC150基因为特发性全面性癫痫候选基因[C].第八届CAAE国际癫痫论坛论文汇编.2019
[3].孙亚莉,赵婷婷,杨欢欢,许向阳,李景富.番茄抗叶霉病基因Cf-12定位及候选基因分析[J].分子植物育种.2019
[4].张宇辰,周瑞进,袁建彬,李文杰,臧树成.籽鹅羽束性状分析及SOX5候选基因生物学功能预测[J].中国生物制品学杂志.2019
[5].庄站伟,丁荣荣,彭珑珑,杨明,王兴旺.全基因组关联分析鉴别到新的与杜洛克猪乳头数相关的位点和候选基因[C].第叁届中国猪业科技大会暨中国畜牧兽医学会2019年学术年会论文集.2019
[6].谈峰,李珍珠,王磊,李凤娥.猪产仔数候选基因多态性检测及遗传效应分析[C].第叁届中国猪业科技大会暨中国畜牧兽医学会2019年学术年会论文集.2019
[7].魏雅琪,危文亮,刘道敏,张江江,詹杰鹏.油菜开花期QTL定位和候选基因分析[J].中国油料作物学报.2019
[8].周纯,焦然,胡萍,林晗,胡娟.水稻早衰突变体LS-es1的基因定位及候选基因分析[J].植物学报.2019
[9].牛影,张恒,张旭,肖进,王海燕.簇毛麦抗白粉病候选基因MIEL1-V的克隆及功能分析[C].第十届全国小麦基因组学及分子育种大会摘要集.2019
[10].乔悦,陈亮,胡银岗.小麦矮秆基因Rht4的精细定位及候选基因分析[C].第十届全国小麦基因组学及分子育种大会摘要集.2019