导读:本文包含了数字表达谱分析论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:花生,下胚轴,光照,数字基因表达谱
数字表达谱分析论文文献综述
刘冠明,林增顺,郑奕雄,徐庆国[1]（2018）在《花生下胚轴曝光与不曝光差异表达基因的数字表达谱分析》一文中研究指出为研究花生播种后通过覆土延长幼苗曝光,可促使下胚轴伸长,引伸子叶节出土,控制早花下针,有利于提高产量的机理,本研究采用数字基因表达谱的方法分析了花生幼苗曝光(处理)和不曝光(对照)下胚轴中的基因表达差异。结果表明,对照中检测到40 275个基因,处理中检测到40 554个基因;处理与对照相比,共检测出2 722个表达差异基因,其中1 887个基因上调表达,835个基因下调表达;根据GO分析标准,2 722个表达差异基因可以分为3个本体类别。生物过程本体有22类功能的基因,其中代谢过程类有关的基因最多,其次是细胞过程类有关的基因;细胞组成本体有14类功能的基因,其中细胞和细胞组分类有关的基因最多,其次是细胞器类有关的基因;分子功能本体有12类功能的基因,其中催化类基因最多,其次是结合类基因。进一步对差异表达基因富积的植物激素代谢路径分析表明,生长素代谢路径中有6个差异表达基因,其中3个基因上调表达,3个基因下调表达;细胞分裂素代谢路径中有3个差异表达基因,全部为下调表达;赤霉素代谢路径中有3个差异表达基因,其中2个上调表达,1个下调表达;脱落酸代谢路径中有4个差异表达基因,其中3个表达上调,1个表达下调;乙烯代谢路径中有2个差异表达基因,1个上调表达,1个下调表达;茉莉酸代谢路径有9个差异表达基因,2个表达上调,7个表达下调;另外,油菜素甾醇代谢路径中有一个表达上调差异基因。本研究结果对了解延长幼苗曝光,促进下胚轴生长,控制下针有利于花生高产的机理具有重要意义。(本文来源于《基因组学与应用生物学》期刊2018年12期）
徐永艳,徐荣,张春华,孙永玉,熊辉[2]（2019）在《滇重楼根茎数字基因表达谱分析》一文中研究指出本研究利用高通量测序技术对滇重楼根茎1年生龄段(R1)和3年生龄段(R3)进行基因表达谱分析。结果表明:R3相对于R1,上调的差异基因3 758个,下调的差异基因1 353个;GO数据库显着富集的差异基因涉及生物学过程、细胞成分及分子功能相关的共53种生理代谢功能;两组样品间差异表达基因涉及COG分类的25个生物学功能类别,其中翻译、核糖体结构和生物合成功能的Unigenes数目最多;KEGG注释表明R1、R3的差异表达基因Pathway涉及到5个功能大类、50个功能小类、2 016条代谢通路。以上研究结果对研究滇重楼根茎生长发育过程中的分子机制具有一定的参考价值。(本文来源于《分子植物育种》期刊2019年17期）
马新侠,欧江涛,王资生[3]（2018）在《螺原体感染罗氏沼虾肝胰腺的数字基因表达谱分析》一文中研究指出罗氏沼虾又名马来西亚大虾、淡水长臂大虾、白脚虾和金钱虾等,素有淡水虾王之称,是世界上养殖量最高的叁大虾种之一。我国自1976年引进此虾,现已在广东、广西、湖南、湖北、江苏、上海、浙江等十多个省市自治区进行养殖,已取得了明显经济效益。但由于种质退化、抗病性弱、疾病多发等问题,给虾蟹养殖业带来了严重的经济损失,制约了虾蟹产业的可持续发展。(本文来源于《中国生物工程学会第十二届学术年会暨2018年全国生物技术大会论文集》期刊2018-11-09）
韩娟娟,纪砚耘,梁晓艳,张媛,王喆之[4]（2018）在《干旱胁迫下丹参数字基因表达谱分析》一文中研究指出丹参是中国传统大宗药材,具有重要的药用价值,但其品质受干旱胁迫影响较大,而对丹参响应干旱胁迫的应答机制尚不明确。本研究基于数字基因表达谱技术,对干旱胁迫处理后的丹参植株cDNA文库进行了差异基因表达谱分析。分析结果表明,共有5 740条基因受干旱胁迫诱导差异表达,其中1 143条表达上调,4 597条表达下调。Gene Ontology (GO)功能显着性富集分析表明,干旱胁迫应答基因的生物学功能主要集中在催化活性和结合活性中。Pathway显着性富集分析结果表明,上调基因显着富集在黄酮生物合成途径、核糖体途径、苯基丙酸类生物合成途径、半胱氨酸蛋氨酸代谢途径和植物激素生物合成等途径,下调基因则主要富集在鞘糖脂的合成途径、糖胺聚糖降解途径、卟啉代谢和叶绿素代谢途径上。随机抽取9个差异表达基因进行实时荧光定量PCR验证,其结果与EDG检测结果一致。本研究的分析结果有助于进一步了解丹参响应干旱胁迫的分子机制,为干旱应答功能基因的筛选奠定基础。(本文来源于《基因组学与应用生物学》期刊2018年10期）
刘长命,张显,王永琦,赵颖[5]（2018）在《甜瓜与白粉病菌非亲和互作的数字基因表达谱分析》一文中研究指出为探讨甜瓜与白粉病菌非亲和互作在转录水平的分子机制,本研究选用高抗甜瓜品种‘Yuntian930’,利用Solexa高通量测序技术分析甜瓜幼苗接种白粉病菌前0 h和接菌后24 h、48 h和72 h的基因表达谱。与未接种相比,接种后3个时间点分别鉴定出219个、1 784个和2 371个差异表达基因,且上调表达基因数多于下调表达基因数。GO功能分析表明,已注释的差异表达基因显着富集到代谢过程、生物学过程、磷代谢过程、磷酸化及蛋白磷酸化修饰、光合膜、类囊体、氧化还原酶活性和序列特异结合位点等生物学过程。Pathway分析显示,差异表达基因富集到多条物质代谢、次级代谢物合成、甘氨酸/丝氨酸/苏氨酸代谢、光和系统、植物激素信号转导等通路中。比较各接种时间的差异表达基因显示,接种后48 h鉴定出的差异基因和Pathway最多,并发现有7个涉及多胺代谢的差异表达基因,其中6个呈上调表达。这一结果进一步验证了多胺代谢途径基因能有效响应白粉病菌胁迫反应,从而提高对白粉病菌的抵抗能力。利用q RT-PCR验证4个多胺代谢相关基因在接种白粉病菌后的差异表达,其结果与DGE一致,证实了DGE测序结果的可靠性。(本文来源于《分子植物育种》期刊2018年15期）
刘锴栋,钟舒婷,黎海利,蒋边,袁长春[6]（2018）在《番荔枝花发育不同时期的数字基因表达谱分析》一文中研究指出采用Illunima HiSeq~(TM) 2500测序技术对不同发育时期的番荔枝花进行从头组装和注释分析,以期得到和挖掘更多与番荔枝花发育相关的基因数据和功能.测序结果表明:番荔枝花在不同发育时期中4个开花调控途径均已启动.转录组测序共获得107 197 488条clean reads,包含13 399 686 000个核苷酸序列信息.对原始数据进行组装,获得71 948条Unigenes序列信息,平均长度为825.4bp,将获得的Unigene序列与已知数据库进行比对,共有24 911条Unigene被注释到.其中,8 682条Unigene被注释到COG,COG功能涉及到各种类的生命活动,整体功能类的基因最多,有2 403条;6 837条Unigene匹配到KEGG数据库,Unigene参与的番荔枝代谢通路可以分为124类.(本文来源于《岭南师范学院学报》期刊2018年03期）
高坤,尚梦珂,钱荷英,覃光星,郭锡杰[7]（2016）在《家蚕感染二分浓核病毒(镇江株)的数字基因表达谱分析》一文中研究指出【目的】筛选家蚕与二分浓核病毒(Bombyx mori bidensovirus Zhenjiang strain,Bm BDV-ZJ)感染相关的差异表达基因,鉴定家蚕与病毒感染有关的调控基因,为进一步阐明家蚕抗Bm BDV-ZJ的分子机制提供理论依据。【方法】采用Illumina高通量测序技术,构建家蚕品种JS口服感染Bm BDV-ZJ的数字基因表达谱,为排除个体间差异,以10头蚕作为一个样本用于DGE检测。样本中基因的差异表达检测通过严格的运算法则进行,对差异检验的P值(P value)作多重假设检验校正,通过控制FDR(false discovery rate)来决定P值的域值。本研究中,差异表达基因定义为FDR≤0.001且差异倍数在2倍及以上(|log2ratio|≥1)的基因。采用基因本体论(GO)分类体系确定所有差异表达基因可能的功能。用GO计算P值和bonferoni校正。选用校正P值≤0.05作为基因组显着富集的阈值。WEGO软件用来视化、比较和绘制GO注释结果。利用KEGG数据库进行通路富集分析,进一步确定显着富集代谢途径或信号传导途径,Q值≤0.05的通路指定为DGEs中的显着富集通路。通过q RT-PCR方法对部分差异表达基因进行验证。【结果】感染组和对照组分别得到4 850 663和4 875 307个原始标签,去除低质量标签后,分别得到4 757 934和4 788 406个清洁标签,对应的标签种类数量分别为62 436和63 680种。两个文库间的清洁标签和清洁标签种类的数量在不同拷贝区间分布类似,感染组和对照组样本的测序量分别为3.5 M和3.7 M,测序深度符合试验的要求,两样本的DGE数据是可信的。将这两个DGE数据库的所有清洁标签与家蚕参考基因库进行比对,在对照组与感染组中,分别有36.39%和45.30%的清洁标签可以比对到基因。另有50.02%和43.34%的清洁标签可以比对到家蚕参考基因组,剩余的未知标签分别占清洁标签总数的13.59%和12.35%。共发现了447个差异表达基因,其中306个上调表达,141个下调表达。分别有218、147和179个差异表达基因涉及GO 3个本体中的分子功能、细胞组分和生物过程。利用KEGG公共数据库进行Pathway显着性富集分析,注释到的基因总数为8 473个。447个差异表达基因经鉴定后,其中的330个基因被归类到151个KEGG路径中。差异表达基因显着富集的Pathway(Q值≤0.05)有19个,其中最显着富集的是细胞质中DNA识别通路。挑选了24个差异表达基因进行q RT-PCR验证,其中20个基因的差异表达趋势与DGE的结果一致。其中在DNA识别通路中共检测到9个差异表达基因,BGIBMGA009408-TA、BGIBMGA004913-TA、BGIBMGA011753-TA均为编码RNA聚合酶III的基因,表达量均上调,是对照组的4.3、2.3、3.4倍。【结论】构建了3龄家蚕JS感染Bm BDV-ZJ后28 h感染组及对照组幼虫的数字基因表达谱,Pathway显着性富集分析和q RT-PCR验证显示,家蚕感染Bm BDV-ZJ后可能通过启动胞质内DNA识别通路来感应入侵病毒的异源DNA成分并迅速启动天然免疫抵御Bm BDV-ZJ病毒感染,为研究Bm BDV-ZJ侵染家蚕和家蚕抵御Bm BDV感染的分子机制打下了基础。(本文来源于《中国农业科学》期刊2016年17期）
许晓双,薛英,张福生,秦雪梅,彭冰[8]（2016）在《不同物候期栽培远志的数字基因表达谱分析》一文中研究指出不同物候期栽培远志中化学成分的含量变化是影响远志生产实践中最佳采收期确定的主要因素。本文采用数字基因表达谱(DGE)技术对不同物候期(花果期、枯萎期、休眠期)的栽培远志进行分析,从中找到被注释到与远志中化学成分生物合成相关的差异表达基因,并利用RT-q PCR(荧光定量PCR)技术对代表性差异表达基因进行验证,之后采用基因表达相关分析预测参与远志皂苷生物合成下游途径的关键酶(CYP450s与UGTs)。结果表明:1在花果期→枯萎期→休眠期的发育过程中,远志中共同表达下调的基因数量要高于上调的数量;2与叁萜皂苷生物合成相关的基因有6条(HMGS、PMK、FPPS、SQS、SE和β-AS),而与苯丙素类(黄酮类、木质素类)生物合成相关的基因有5条(PAL、C4H、4CL、CAD和peroxidase);3与枯萎期、休眠期相比,花果期远志中的皂苷类、酮类和木质素类成分的生物合成量最多;4 UGT83A1和CYP716B1、CYP98A3、CYP86B1、CYP94A1可能是参与远志皂苷生物合成下游途径的部分关键酶。本研究从转录水平上佐证了栽培远志传统采收期的正确性,并为今后远志皂苷生物合成关键酶(CYP450s与UGTs)的基因克隆及功能验证奠定了科学基础。(本文来源于《药学学报》期刊2016年07期）
姚富姣[9]（2016）在《赤拟谷盗磷化氢敏感和抗性品系数字基因表达谱分析》一文中研究指出赤拟谷盗(Tribolium castaneum. Herbst)是广泛分布于世界各地的储粮害虫,通过直接取食、粪便污染及加速霉变等方式对储粮进行危害。目前,全球公认最优良的储粮熏蒸剂是磷化氢(PH_3)。由于长期以来对磷化氢不科学的使用,使得赤拟谷盗在全球范围内产生了不同程度的抗性。随着世界贸易不断发展,其危害范围越来越广泛,抗性越来越严重。前人对于磷化氢的研究都是从某一方面出发,缺乏系统性、完整性。mRNA基因表达谱可在整体水平上研究细胞中基因转录的情况及规律,综合考虑环境与基因组相互作用,为磷化氢毒理及抗性机制的研究提供有效的研究方法,赤拟谷盗全基因组测序的完成,也为从整体水平研究熏蒸剂磷化氢提供了坚实的基础。为了进一步了解磷化氢的毒理机制和昆虫的抗性机制,本研究以赤拟谷盗为研究对象,采用高通量Illumina RNA-seq技术,构建了未熏蒸敏感品系(NF S)、未熏蒸抗性品系(NF R)、熏蒸后敏感品系(PF_S20)和熏蒸后抗性品系(PF R20)的数字基因表达谱。筛选NF_R vs NF_S、PF_R20 vs NF_R、PF_S20vsNF_S和PF_R20 vs PF_S20的差异表达基因,并进行GO和KEGG功能注释及富集分析。利用数字基因表达谱测序结果,本研究对磷化氢熏蒸后,赤拟谷盗呼吸作用、抗氧化物质和解毒酶的表达变化进一步分析。最后,采用qRT-PCR技术验证测序分析结果。主要结果如下：1.测序数据。4个样本的原始测序数据经过滤后,分别产生6,653,758 (NF_R)、 7,838,702 (NF_S),6.675,764 (PF_R20)和8,257,496(PF_S20)个测序序列,平均序列长度53 bp。2.差异表达基因筛选。NF_R vs NF_S差异表达基因为425个,PF_R20 vs NF_R差异表达基因为559个,PF_S20 vs NF_S差异表达基因为975个,PF_R20 vs PF_S20差异表达基因为1400个。3.差异表达基因功能分析。(1)对NF_R vs NF_S差异表达基因的功能分析,可以得知抗性品系和敏感品系的差异。GO富集结果表明,二者的差异主要表现在线粒体功能、蛋白质代谢和几丁质代谢等方面。KEGG富集结果表明,二者主要在抗氧化方面有差异。(2)对PF_S20 vs NF_S差异表达基因的功能分析,探究磷化氢的毒理机制。GO富集结果表明,磷化氢显着影响了敏感品系线粒体的功能,GO富集和KEGG通路富集结果表明,磷化氢熏蒸影响了糖类代谢和蛋白质代谢。(3)对PF_R20vsNF_R差异表达基因的功能分析,探究磷化氢的抗性机制。GO富集和KEGG富集结果表明,磷化氢熏蒸后,抗性品系蛋白质的降解和几丁质分解发生了变化。(4)对PF_R20 vs PF_S20差异表达基因的功能分析,可以得知敏感品系和抗性品系在磷化氢熏蒸后的差异。GO富集结果表明,熏蒸后抗性品系和敏感品系在线粒体功能、糖代谢、蛋白质代谢等方面有差异。KEGG富集结果表明,二者主要在糖类代谢、蛋白质代谢、抗氧化、解毒等方面有差异。4.从转录水平初步分析磷化氢熏蒸后,敏感和抗性品系呼吸作用、抗氧化物质和解毒酶表达差异。(1)磷化氢可能促进敏感品系的糖酵解,促进抗性品系叁羧酸循环。(2)磷化氢使赤拟谷盗抗氧化物质SOD、POD和HSP相关基因的表达量显着上调,且抗性品系上调表达倍数高于敏感品系。(3)通过对解毒酶表达差异的分析发现,磷化氢可显着影响敏感品系单加氧酶的活性；可使敏感和抗性品系GSTs相关基因总体上调表达；使抗性品系CarE相关基因上调表达,敏感品系相关基因表达趋势不一致。5. qRT-PCR验证。为了确认数字基因表达谱的可靠性,选择6个差异表达基因,进行荧光实时定量PCR初步验证。结果证明,数字基因表达谱测序结果与荧光实时定量结果趋势一致,该方法可靠。综上所述,磷化氢使赤拟谷盗敏感品系产生毒理反应的机制,可能与磷化氢影响了敏感品系线粒体的正常功能、糖类代谢和蛋白质代谢相关；抗性品系之所以对磷化氢产生抗性,可能是由于抗性品系可以维持线粒体的功能,从而维持正常的能量代谢；可以及时降解受损伤的蛋白质；抗氧化能力强于敏感品系等原因。(本文来源于《陕西师范大学》期刊2016-05-01）
姚敏磊,张璟曜,周汐,韩少怀,谢凤斌[10]（2016）在《大豆响应低磷胁迫的数字基因表达谱分析》一文中研究指出以Os PT6转基因T5代大豆为材料,以其受体亲本东农50为对照,对低磷胁迫处理下的根系c DNA文库进行数字基因表达谱分析,共筛选得到33个差异表达基因。以受体亲本为对照,在Os PT6转基因大豆中上调表达的差异基因有21个、下调表达的差异基因有12个。GO功能显着性富集分析表明,有25个差异表达基因在蛋白、核酸等生物大分子代谢、次生代谢和酶活性调节等过程中表现为富集。KEGG代谢通路分析表明仅有1个过氧化物酶超蛋白家族基因参与到苯丙合成、苯丙氨酸代谢和次生代谢产物合成等次生代谢途径中。综合分析表明:通过光合作用相关酶类活性的调节控制光合作用速率从而影响次生代谢途径可能是大豆适应低磷胁迫的主要途径。以上结果为大豆响应低磷胁迫相关分子机制的深入研究和功能基因的筛选奠定了基础。(本文来源于《大豆科学》期刊2016年02期）
数字表达谱分析论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本研究利用高通量测序技术对滇重楼根茎1年生龄段(R1)和3年生龄段(R3)进行基因表达谱分析。结果表明:R3相对于R1,上调的差异基因3 758个,下调的差异基因1 353个;GO数据库显着富集的差异基因涉及生物学过程、细胞成分及分子功能相关的共53种生理代谢功能;两组样品间差异表达基因涉及COG分类的25个生物学功能类别,其中翻译、核糖体结构和生物合成功能的Unigenes数目最多;KEGG注释表明R1、R3的差异表达基因Pathway涉及到5个功能大类、50个功能小类、2 016条代谢通路。以上研究结果对研究滇重楼根茎生长发育过程中的分子机制具有一定的参考价值。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
数字表达谱分析论文参考文献
[1].刘冠明,林增顺,郑奕雄,徐庆国.花生下胚轴曝光与不曝光差异表达基因的数字表达谱分析[J].基因组学与应用生物学.2018
[2].徐永艳,徐荣,张春华,孙永玉,熊辉.滇重楼根茎数字基因表达谱分析[J].分子植物育种.2019
[3].马新侠,欧江涛,王资生.螺原体感染罗氏沼虾肝胰腺的数字基因表达谱分析[C].中国生物工程学会第十二届学术年会暨2018年全国生物技术大会论文集.2018
[4].韩娟娟,纪砚耘,梁晓艳,张媛,王喆之.干旱胁迫下丹参数字基因表达谱分析[J].基因组学与应用生物学.2018
[5].刘长命,张显,王永琦,赵颖.甜瓜与白粉病菌非亲和互作的数字基因表达谱分析[J].分子植物育种.2018
[6].刘锴栋,钟舒婷,黎海利,蒋边,袁长春.番荔枝花发育不同时期的数字基因表达谱分析[J].岭南师范学院学报.2018
[7].高坤,尚梦珂,钱荷英,覃光星,郭锡杰.家蚕感染二分浓核病毒(镇江株)的数字基因表达谱分析[J].中国农业科学.2016
[8].许晓双,薛英,张福生,秦雪梅,彭冰.不同物候期栽培远志的数字基因表达谱分析[J].药学学报.2016
[9].姚富姣.赤拟谷盗磷化氢敏感和抗性品系数字基因表达谱分析[D].陕西师范大学.2016
[10].姚敏磊,张璟曜,周汐,韩少怀,谢凤斌.大豆响应低磷胁迫的数字基因表达谱分析[J].大豆科学.2016