导读:本文包含了分子亲缘地理学论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:叁叶崖爬藤(叁叶青),常绿阔叶林,亲缘地理学,祖先分布区重建
分子亲缘地理学论文文献综述
王一涵[1]（2016）在《葡萄科药用植物叁叶崖爬藤的亲缘地理学和分子鉴定研究》一文中研究指出叁叶崖爬藤(Tetrastigma hemsleyanum Diels et Gilg)隶属于葡萄科(Vitaceae)崖爬藤属(Tetrastigma Planch.),是中国特有的民间药用植物,俗称“叁叶青”。该物种广泛分布于中国大陆的亚热带地区,在南部热带和亚热带岛屿(海南岛、台湾)也有少量分布,是中国亚热带常绿阔叶林下的典型广布成分。常绿阔叶林为中国亚热带低海拔地区的典型植被类型,它起源古老,自晚第叁纪以来经历了复杂的植被变迁历史。古植被重建研究认为这一植被类型在末次盛冰期时完全退居至南部热带地区,全新世气温回暖后从南部避难所向北回迁；而有限的亲缘地理学研究案例则一致揭示了物种在冰期原地居留在多个避难所,冰后期仅存在有限的扩张。因此,中国亚热带常绿阔叶林及其组成物种对历史气候变化的响应模式目前仍不甚清楚,亟需选择该森林植被的典型的广布成分,并整合多学科的研究手段进行深入研究。本研究以常绿阔叶林下的重要藤本类型叁叶崖爬藤为研究对象,在广泛的野外资源调查和取样的基础上,结合亲缘地理、系统发育、生物地理以及生态位模型的理论和方法,系统探讨了第叁纪以来中国亚热带常绿阔叶林物种在不同时空尺度下的谱系分化、群体动态历史和遗传变异的空间分布格局,并利用分子鉴定技术开发了物种特异性SCAR分子标记,为叁叶崖爬藤药材的科学鉴定提供技术支持。本研究获得的主要研究结果如下：(1)基于叶绿体序列的种内谱系分化和群体动态历史基于叁个cpDNA片段(petL-psbE,trnK-matK,rbcL),对叁叶崖爬藤的20个群体进行序列变异分析,共检测到20个叶绿体单倍型。在物种水平,叁叶崖爬藤具有较高的叶绿体遗传多样性(hT=0.918:πT:2.110×10-3)和显着的谱系地理结构(NST=0.851,GST=0.795,P<0.05).系统发育分析和TCS构建的单倍型谱系关系均支持叁叶崖爬藤种内存在两大地理谱系：西南谱系(SW)谱系和中东部谱系(CSE).CSE谱系可进一步划分为海南岛、中国中部和东南部叁大分支。对上述四个地理分支(中国西南,中部,东南部,海南)进行分层次的AMOVA分析揭示：67.9%的变异存在于地区间,19.5%存在于地区内群体间。基于cpDNA序列和多化石点校正的BEAST分歧时间估算结果表明,SW谱系和CSE谱系在上新世早期(c.5.07 Ma)开始分化。CSE谱系内部叁个主要分支的分化时间均在上新世晚期,其中,海南岛分支最早分化(c.2.78 Ma),中国中部和东南部两大分支的分化时间较晚(c.2.12Ma)。基于叶绿体数据的祖先分布区重建结果揭示了,上新世早期的全球变冷和地质变化引发的地理隔离事件导致了叁叶崖爬藤祖先群体压缩到中国西南部和南部两个避难所,进而分化形成两个独立的地理谱系,西南地区群体长期居留原地,而中国南部群体在上新世晚期到更新世早期经历了两次独立的由南向北的拓殖事件。失配分析结果也证实了SW谱系具有相对稳定的群体历史,仅在CSE谱系及其中部分支检测到了群体扩张信号,扩张事件发生在更新世早期到中期(CSE:0.81 Ma;中部分支：0.71 Ma)。上述研究结果揭示了第四纪前的东亚的环境变化对亚热带常绿阔叶林物种遗传结构的长期影响。(2)微卫星水平的群体遗传结构和地区间基因流本研究基于双重抑制法发开了8对有多态性的叁叶崖爬藤特异性微卫星引物。基于微卫星数据的STRUCTURE聚类分析结果表明,叁叶崖爬藤群体可以划分为四个地理分组,分别对应于中国西南部、中部、东部和南部地区(包括海南),这一模式反映了更新世后期该物种被压缩到至少四个独立的避难所。基于MIGRATE的地区间基因流检测结果表明,叶绿体地理分支(西南部、中部、海南、东南部群体)间存在中等或较低水平的基因流；个别地区间,如海南和东南部大陆群体间,存在明显的不对称基因流。生态位模型的模拟结果显示,末次盛冰期时叁叶崖爬藤的适宜分布区向西南方向有一定的迁移,但是并没有完全退缩到南部热带地区,南部大陆地区保留了稳定的适宜生境并进一步扩展到南海大陆架区域,因此更新世冰期路桥的形成很可能为海南岛和大陆群体间的二次接触提供了迁移通道。这些研究结果反映了物种在末次冰期-间冰期循环中相对稳定的群体历史,对前期古植被重建提出的“中国亚热带常绿阔叶林在末次盛冰期完全退居至中国南部热带地区”的观点提出了挑战。(3)比较转录组和单拷贝核基因开发通过Hiseq 2000测序平台对叁叶崖爬藤CSE谱系和SW谱系个体进行转录组测序,运用de novo从头组装的方法,分别获得了52,838和65,197条unigenes,其中89%以上的unigene可以比对到公共蛋白库中。基于序列相似性,我们共找出6692对谱系间直系同源基因,其中有10对基因的Ka/Ks值显着大于0.5,可能经历了较强的正向选择或松散的净化选择,有3734对基因的Ka/Ks比值显着小于0.5,表明受到了强烈的净化选择作用。从谱系间的直系同源基因中我们共定位了286个EST-SSR位点,有78个位点在谱系间可能存在长度多态性。基于叁种生物信息学手段,我们共鉴定了1018个单拷贝核基因位点,约78%的位点在谱系间存在中等或高水平的遗传分化(Pairwise identity≤99.5%)。通过与葡萄基因组比对预测内含子-外显子边界,本研究成功开发了12对外显子锚定的核基因引物,其中8对在叶绿体单倍型个体间具有较高的多态性(hT：0.909-0.993；πT：7.32--16.01×10-3),为后续基于多位点的统计亲缘地理学和景观遗传学研究提供了有效的功能基因标记。(4)叁叶崖爬藤(叁叶青)的分子鉴定本研究从100对ISSR通用引物中筛选了12条多态性适中、条带清晰和重复性好的引物,发现引物UBC843的扩增结果中在1800bp左右出现的条带为叁叶崖爬藤样品所特有的,而崖爬藤属其他近缘种和伪品土圞儿均不存在此条带。经实验验证,针对此特异性条带设计的SCAR分子标记,只在叁叶崖爬藤样品中才能扩增出单一、清晰的目标长度条带。因此在实际应用中,可根据扩增产物的有无和片段大小将叁叶崖爬藤与同属近缘种和市场伪品进行准确区分。(本文来源于《浙江大学》期刊2016-09-01）
赵群[2]（2016）在《分子亲缘地理学及遗传标记技术的应用》一文中研究指出本文论述了分子亲缘地理学的产生和发展过程,以及国内外的研究进展,同时对遗传标记特别是线粒体DNA分子标记技术进行了详细阐述。(本文来源于《生物技术世界》期刊2016年03期）
杨雪,谢伟玲,邹蓉,唐健民,黄荣韶[3]（2014）在《珍稀濒危植物分子亲缘地理学研究进展》一文中研究指出近年来,利用分子亲缘地理学,研究我国珍稀濒危植物地理格局分布或群体进化历史,探讨历史地质事件、地形地貌、气候变化及人为破坏对珍稀物种的形成、迁移和演化的影响成为国内外的一个研究热点。概述了现今我国珍稀濒危植物地理分布格局及成因,并总结了国内在该领域的研究进展和未来发展趋势,以期促进分子亲缘地理学研究工作的深入开展。(本文来源于《安徽农业科学》期刊2014年34期）
刘雁飞[4]（2013）在《长白山牛皮杜鹃的遗传多样性与分子亲缘地理学研究》一文中研究指出牛皮杜鹃（Rhododendron aureum Georgi或者Rhododendron chrysanthumPall），为多年生常绿小灌木，属杜鹃花科（Ericaceae），常绿杜鹃亚属，主要分布于长白山高山苔原带及岳桦林下，是长白山苔原生态系统的优势种。由于长白山特殊的地理条件，一定的海拔梯度和历史上的火山活动，为探讨牛皮杜鹃当今遗传变异分布格局及其成因，长白山特殊的地质历史活动对牛皮杜鹃进化历史及当今该物种的地理分布格局的研究提供了条件。本论文采用ISSR和RAPD分子标记技术揭示长白山海拔梯度造成的生境差异对牛皮杜鹃遗传多样性和遗传结构的影响。同时利用cpDNA trnL-trnF片段的序列变异研究火山活动对牛皮杜鹃进化历史及地理分布的影响。主要结果如下：1.利用ISSR和RAPD分子标记研究了长白山北坡4个不同海拔的牛皮杜鹃自然居群的遗传多样性及遗传结构。分别用10个ISSR引物和7个RAPD引物扩增66个牛皮杜鹃个体的DNA。10个ISSR引物共检测到183个位点，多态位点百分数（PPB）达到87.43%，Shannon's信息指数（I）为0.4593；7个RAPD引物共检测到124个位点，多态位点百分数（PPB）达到95.16%，Shannon's信息指数（I）为0.4794。两种分子标记方法都揭示该物种具有较高的遗传多样性水平，且随着海拔梯度由低到高而增大。Nei's遗传结构（GST，0.3652in ISSR和0.2511in RAPD）和分子变异分析（AMOVA）的结果均表明大部分的遗传变异分布在居群内（61.96%in ISSR和70.23%in RAPD），小部分的遗传变异分布在居群间，不同海拔居群间出现了一定程度的遗传分化。通过遗传分化系数GST估计的基因流分别为0.8690（ISSR）and1.4910（RAPD）。基于ISSR和RAPD分子标记的UPGMA聚类分析结果表明来自于同一居群的所有个体都聚在一起，来自于中海拔的2个居群（TYD2a和YHLa）总是聚在一起。为了进一步研究海拔梯度对牛皮杜鹃居群的影响，利用ISSR分子标记技术，分别比较了来自3组相同海拔的各2个牛皮杜鹃居群，发现它们之间具有相似的遗传多样性水平和较低水平的遗传分化。如来自2,300米海拔的两个居群TYD2a和TYD2b，多态位点百分数（PPB）分别为68.31%和69.40%，Shannon's信息指数（I）分别为0.3619和0.3642；其遗传分化系数GST为0.1263，远低于海拔间的居群（GST为0.3652）。位于2,000米海拔的两个居群YHLa和YHLb间遗传分化水平更低（GST为0.0814），且不同海拔居群间的遗传分化水平虽海拔而增高。所有实验数据表明，除了繁殖策略之外，长白山当地的地理环境对牛皮杜鹃居群遗传多样性和遗传结构的塑造起了重要的作用。恶劣的高山环境可能赋予牛皮杜鹃居群更高的遗传多样性，同时高水平的遗传变异增强了牛皮杜鹃适应环境变化的能力。2.在长白山北坡采集10个牛皮杜鹃自然居群共135个个体，扩增cpDNA的trnL-trnF片段并进行双向测序，比对后的序列长度为909bp，一共检测出9个多态位点，鉴定出5个cpDNA单倍型（Hap A-Hap E）。其中单倍型Hap A为古老单倍型，96%的牛皮杜鹃个体都享有此单倍型，其在长白山的低、中和高海拔地区都广泛存在。单倍型Hap B和Hap C是高海拔居群的特有单倍型；单倍型Hap D分布在中低海拔；Hap E只出现在低海拔地区。在物种水平上，牛皮杜鹃叶绿体核苷酸多样性和单倍型多样性水平普遍较低，平均水平分别为0.2×10-3和0.087。AMOVA分析结果表明94.79%的变异发生在居群内，5.21%的变异发生在居群间，群体间的遗传分化处于较低的水平（FST=0.05206, P <0.001）。单倍型的系统发育分析结果显示5个单倍型聚为一支，这可能是由于火山活动，使牛皮杜鹃经历的种内分化时间较短，还没有足够的时间形成各自的支系，但是在同一支系中，分支的长短不同，说明各单倍型分化时间有差异。在10个居群划分的叁个地理组中，低海拔组具有相对高的单倍型多样性，且中低海拔组除了共享单倍型Hap A之外，还共享单倍型Hap D，由此推断低海拔地区可能是长白山千年大喷发后北坡牛皮杜鹃的起源。较低的单倍型和核苷酸多态性，Tajima’s D值，Fu’s D*和F*值均为显着的负值以及星状的单倍型网络图都支持这样一个北坡牛皮杜鹃的群体进化历史：在火山喷发后其经历了从低海拔向高海拔的近期扩张过程，在此过程中可能遭遇了瓶颈效应。(本文来源于《吉林大学》期刊2013-05-01）
管毕财[5]（2008）在《特有濒危植物八角莲保护遗传学和分子亲缘地理学》一文中研究指出八角莲(Dysosma versipellis Hance M.Cheng)属小檗科(Berberidaceae)八角莲属植物,为我国特有二级濒危保护植物。本研究通过叶绿体DNA(cpDNA)基因间隔区序列变异、扩增片段长度多态性(Amplified Fragment LengthPolymorphism,AFLP)以及繁育系统的研究,对八角莲群体进化历史、群体遗传结构、遗传多样性水平以及濒危机制进行了探讨,同时,结合种群生态学调查资料,提出了就地保护和迁地保护策略。主要研究结果如下:1.繁育系统与传粉生物学特点八角莲花粉胚珠比(P/O)为20933.7±844.89,杂交指数(OCI)值为5。控制传粉实验表明,作为对照的自然条件下的结实率是11.8%,去雄不套袋的结实率是2.2%,不去雄而对整个花序套袋以及人工白花授粉均不产生果实,同株异花传粉的结实率为1.4%,异株异花传粉的结实率62.7%。以上实验表明,八角莲是自交不亲和的专性异花授粉植物,结实依赖传粉昆虫。有效传粉昆虫为长角甲虫(long hornbeetle),其飞行距离较短,不超过两米,访花频率很低(0.086visits/flower/hour)。因此,八角莲不同的克隆或亚群体间缺乏有效的花粉传播,是其结实率低的主要原因,也是造成八角莲濒危的重要因素之一。2.cpDNA遗传多样性与群体谱系地理结构筛选了3对cpDNA的基因间隔区片段(trnL-trnF,trnL-ndhJ,trnS-trnfM),对10个八角莲群体(共107个体)进行序列变异分析。共检测出了33个变异位点,可分辨出24种单倍型。以桃儿七(Sinopodophyllum hexandrum Ying)和北美足叶草(Podophyllum peltatum L.)作为外类群的最大简约树显示,八角莲24个cpDNA单倍型可分为中东部和西部两个主要的单倍型谱系。八角莲物种水平的核苷酸多样性(π)为0.236×10~(-3),单倍型多样性(h)为0.394。中东部群体单倍型多样性(h=0.408)和核苷酸多样性(π=0.000264)要高于西部群体(h=0.329,π=0.125×10~(-3))。N_(ST)(0.887)显着大于其相应的G_(ST)(0.600),表明了现存的八角莲群体存在明显的谱系地理结构。失配分布(mismatch distribution)分析表明,八角莲西部谱系的避难所群体,没有经历扩张事件,而中东部八角莲谱系则经历了明显的扩张过程。遗传距离与地理距离的相关性分析表明,八角莲的整个分布区内群体间的遗传距离和地理距离之间没有显着相关性(r=0.145,P=0.1908),同样,中东部地理组内群体间的遗传距离和地理距离之间也没有显着相关性(r=0.014,P=0.4735)。3.AFLP遗传多样性与群体遗传结构筛选了8对AFLP引物组合,对9个八角莲群体(共184个体)的遗传变异进行了分析。8对AFLP引物共扩增出了406条带峰值清晰、可重复、可判读的条带,其中364条(89.66%)为多态性条带。遗传变异水平最高的为西部地区的DJ群体(h=0.1537),最低的为中东部地区的SX群体(h=0.0379)。对八角莲群体进行AMOVA分子变异分析,结果显示,八角莲群体的遗传变异主要存在于群体间(58.56%)。AMOVA的分层次分析表明,将所有群体分为西部部地区群体、中东部地区群体2个地理组进行进行分子变异分析,一共检测到67.71%的遗传变异,其中37.02%来自于地理组间变异(F_(CT)=0.370),低于cpDNA检测到的结果(F_(CT)=0.307)。UPGMA分析、PCoA分析以及Structure分析表明,西部地区群体和中东部地区群体呈现出两个独立进化的路线。4.八角莲群体的进化历史及其保护本研究揭示八角莲群体分化为西部和中东部两个谱系,由于气候变化和地理隔离,阻止了两个谱系分化后的基因交流。中东部群体在谱系分化后发生了群体扩张事件,另外,地理隔离使中东部八角莲群体间发生产生了一定的群体分化。长期的地理隔离可能造成了八角莲谱系间的生殖隔离,八角莲群体西部谱系和中东部谱系可能正处于物种形成进程中的地理种形成的初期。根据群体进化历史和群体遗传结构研究结果,我们提出了相应的保护策略:(1)对八角莲就地保护时,把西部地区和中东部地区群体确定为进化显着单元,对所有群体都进行就地保护,采取策略促进这些群体内的幼苗更新。将同一群体内不同分布点的个体进行人为的移栽换位,加强远距离个体之间的基因交流,提高结实率。(2)在迁地保护、取样以及培育幼苗时,应从所有群体中取样,建立迁地保护园,最大限度地保护八角莲的遗传多样性,同时避免远交衰退。(本文来源于《浙江大学》期刊2008-09-01）
陈生云,吴桂莉,张得钧,高庆波,段义忠[6]（2008）在《高山植物条纹狭蕊龙胆的分子亲缘地理学研究》一文中研究指出草本植物由于较短的生活周期以及对环境变化的敏感性,可能会更好地揭示第四纪冰期以来植物居群变化的历史过程。分子亲缘地理学研究是揭示动植物居群历史的有力工具,但到目前为止对青藏高原草本植物的分子亲缘地理学研究几乎是空白。因此,本文选择在青藏高原及邻近地区生长的一年生高山草本植物条纹狭蕊龙胆为研究对象,进行了13个居群155个个体的叶绿体基因组(cpDNA)非编码片段trnH(GUG)-psbA基因间区序列变异检测,共发现7种单倍型,其中单倍型Hap A是分布最广的,而单倍型Hap E、Hap F和Hap G是拥有的居群所特有的。青藏高原东北部、东部及邻近地区的每个居群拥有的单倍型非常单一,而高原东南部横断山区的单倍型分布很集中,遗传多样性也相对较高。分子变异分析(AMOVA)结果表明整个分布区条纹狭蕊龙胆的遗传变异主要存在于居群间(73.05%),且居群间的遗传分化很高(GST=0.805,FST=0.731,NST=0.859),有着显着的亲缘地理学结构(NST>GST,P<0.05)和较低的居群间的平均基因流(Nm=0.184)。结合巢式支系法分析(NCA),根据本文的研究结果推测青藏高原东南部横断山区是该植物第四纪冰期时可能的避难所,而且在间冰期或冰期后,伴随着异域片段化和过去片段化从避难所发生范围扩张而形成当前单倍型及居群的分布格局。(本文来源于《植物分类学报》期刊2008年04期）
陈世龙,陈生云,张得钧,高庆波,段义忠[7]（2008）在《高山植物条纹狭蕊龙胆(龙胆科)的分子亲缘地理学研究》一文中研究指出条纹狭蕊龙胆 Metagentiana striata(Maxim.)T N.Ho,S.W Liu & S.L.Chen 隶属于龙胆科 Gentia-naceae 狭蕊龙胆属 Metagentiana(Ho et al.,2002),它的前身是该科龙胆属 Gentiana(Tourn.)L.狭蕊组 sect.Stenogyne Franch.中的条纹龙胆 Gentiana striata Maxim.(本文来源于《中国植物学会七十五周年年会论文摘要汇编（1933-2008）》期刊2008-07-01）
龚维[8]（2007）在《孑遗植物银杏的分子亲缘地理学研究》一文中研究指出孑遗植物银杏(Ginkgo biloba L.)是世界着名的“活化石”植物,目前在世界许多地方都广泛栽培。我国可能存在银杏第四纪冰期残存群体,关于银杏的冰期避难所以及群体遗传结构一直以来都是科学家们感兴趣的课题。本研究通过单亲遗传的cpDNA限制性片段长度多态性(Polymerase Chain Reaction-RestrictionFragment Length Polymorphism,PCR-RFLP),cpDNA trnK基因和trnS-trnG基因间隔区序列变异,双亲遗传的nrDNA的扩增长度多态性(Amplified FragmentLength Polymorphism,AFLP),以及mtDNA的had2内含子序列信息,对银杏在中国的13个群体,以及日本、欧洲和北美的样品,进行了分子亲缘地理学研究。在以往研究的基础上,本研究对中国银杏的群体遗传结构和遗传多样性水平进行了探讨,同时,结合群落生态学资料、地质历史事件、化石资料以及末次冰期植被重建的资料,推测了第四纪冰期银杏在中国的避难所,并对避难所群体及栽培群体的遗传结构和遗传多样性进行了分析,提出了保护策略。主要研究结果如下:1.cpDNA的PCR-RFLP分析cpDNA的PCR-RFLP分析中,中国的12个银杏群体以及日本、欧洲、北美的样品共220个个体的基因间隔区序列trnK1-trnK2经限制性内切酶HinfI和MspI酶切后,共产生19种单倍型类型。西南地区群体重庆金佛山(JF)、贵州务川(WC)、盘县(PX)和杉坪(SP)以及湖北恩施(ES)的单倍型多态性(h)为0.7714～0.8875,东部地区的浙江西天目山(TM)单倍型多态性(h)为0.8485,中国西南地区的群体和东部浙江西天目山地区形成了两个单倍型中心。分子变异(AMOVA)的分析结果表明,银杏群体内遗传变异(94.17%)大于群体间遗传变异(5.88%),G_(ST)=0.2。在本研究室以前的研究基础上,同时结合群落学资料,确定了中国西南地区是银杏第四纪冰期在中国的避难所之一。2.cpDNAtrnK基因和trnS-trnG基因间隔区序列分析在中国的13个银杏群体以及日本、欧洲、北美地区的样品共145个个体中,cpDNA trnK基因和trnS-trnG基因间隔区序列呈现出9个单倍型类型和11个变异位点(信息位点5个)。银杏物种水平的核苷酸多态性(p)为0.62×10~(-3),单倍型多态性(h)为0.289,总体遗传多样性水平较低。西南地区的JF、WC、SP、PX和ES群体一共有5种单倍型,其中4种为特有单倍型,单倍型多态性(h)为0.00～0.56,核苷酸多态性(p)为0～1.72×10~(-3)。东部TM群体有3种单倍型,其中2种为特有单倍型,单倍型多态性(h)为0.47,核苷酸多态性(p)为0.53×10~(-3)。AMOVA分析结果显示遗传变异主要存在群体内(61.94%),但群体间已经出现相当程度的遗传分化(38.16%),Fst=0.38065,Gst=0.25038。cpDNA单倍型分布、单倍型系统发育分析以及网状支系分析(Nested Clade Analysis)表明,中国西南地区为银杏第四纪冰期在中国的避难所,另外,还首次确定了东部浙江西天目山地区为银杏的另一个避难所。冰期后,银杏群体并没有经历过明显的群体扩张,但在西南地区避难所群体外围存在一定程度的短距离扩散。银杏的自然扩张能力有限,而人类的引种和白果买卖促进了银杏在各群体中的传播。3.AFLP分析AFLP分析了中国13个银杏群体以及欧洲样品共106个个体,6对引物组合共产生109条带峰值清晰、可重复、可判读的条带,其中62条(56.88%)为多态性条带。西南地区的ES群体(0.103),中部地区的DH群体(0.100),以及东部的TM群体(0.102)具有较高的遗传多样性水平。栽培群体TC、TX以及欧洲栽培银杏遗传多样性水平很低,分别为0.027、0.043和0.068。中部栽培群体由于种质来源丰富和群体的混杂从而具有较高的遗传多样性。AMOVA分析结果表明银杏群体的遗传变异主要存在于群体内(73.57%),但群体间已经发生了显着的遗传分化(26.43%),Fst=0.29。Neighbor-Joining分析、PCoA分析以及Structure和BAPS的分析表明,西南地区群体和中部-东部地区群体呈现出两个独立进化的路线,同时,西南地区群体和东部地区群体分别具有4条特有的条带,因此,我们进一步确定了中国的西南地区和东部浙江西天目山地区为银杏第四纪冰期在中国的避难所。欧洲的群体与中国的群体之间、栽培群体SX、TX和TC均出现了显着的遗传分化。与历史记载一致,欧洲银杏并非直接起源于中国,但与中国东部群体具有较近的亲缘关系。由于AFLP分析中缺乏日本的银杏材料,所以无法获得欧洲银杏通过日本传播的分子证据。4.mtDNA nad2内含子序列分析克隆测序得到的nad2内含子序列分析表明银杏不同个体之间存在高度变异,我们推测造成这种高度变异的原因可能是PCR过程的错配在克隆测序后的反映,同时发现该序列的二级结构中有较大的颈环结构,可能会阻碍PCR过程顺利进行。由于这些随机分布的变异位点不能作为分析的信息位点,因此,nad2内含子序列不适合用于银杏的分子亲缘地理学研究。5.银杏的进化历史及保护策略本研究揭示的银杏群体遗传结构表明,在中国存在两个避难所——中国西南的贵州、重庆和湖北交界地区以及东部的浙江西天目山地区。CpDNA单倍型被保留在两个避难所地区,冰期后,银杏群体并没有经历明显的群体扩张。银杏群体的遗传变异主要存在于群体内,但群体间、地区间已经发生了相当程度的遗传分化。栽培群体与避难所群体也发生了显着的遗传分化,遗传多样性程度低于避难所群体,欧洲和北美的银杏遗传多样性程度都较低。为了保护避难所地区的遗传多样性,我们提出了相应的保护策略:(1)对避难所群体实施就地保护策略,对银杏古树进行挂牌,纳入国家保护范围;(2)在迁地保护、取样以及育种时,尽可能在多个群体中取样,最大限度地保护银杏的遗传多样性。本研究的创新点和特色:(1)较系统的群体取样,分析了包括中国、日本、欧洲和北美的银杏样品;(2)结合了两种分子标记——单亲遗传的叶绿体基因组和双亲遗传的核基因组信息;(3)确定了银杏在中国的两个冰期避难所,并推测了银杏的亲缘地理历史;(4)初步探讨了中国栽培银杏群体和欧洲银杏的遗传多样性程度及可能的起源。(本文来源于《浙江大学》期刊2007-09-01）
曹东伟[9]（2006）在《李属樱亚属植物分子亲缘地理学研究》一文中研究指出樱亚属(Subgenus cerasus)隶属于蔷薇科(Rosaceae)李属(Prunus),种类繁多,多生长于地球的北温带地区。樱亚属植物具有巨大的经济价值,近年受自然灾害和人为破坏严重,为了更好地保护和利用这些资源,本文在广泛收集樱亚属植物材料的基础上,首次用PCR-RFLP分子标记技术对该亚属植物进行了分子亲缘地理学研究。 首先,通过走访该领域专家、翻阅资料、查阅标本、及对云南、贵州、四川等11个省市25个代表性地点的野外实地调查,较为全面、系统地报道了樱亚属植物的生存环境、生长状况和人为干扰等情况,为对该亚属植物进行全面研究补充了基本资料。调查结果显示,云南、四川、贵州、湖北、陕西等省是野生樱桃的主要产区。野生资源丰富,分布范围广;园林部门和科研单位缺乏相应宣传,人们对资源的认识不够,幼树多放任丛生,容易受到人为砍伐及破坏;资源利用不够,优良品种选育跟不上生产需要;产区缺乏科学管理,高新技术难以推广。 其次,探讨了中国樱桃、毛樱桃等10个种间亲缘关系。系统发育树显示,托叶樱桃和毛樱桃亲缘关系最近;微毛樱桃、华中樱桃和盘腺樱桃亲缘关系比较近;郁李、细齿、多毛樱桃、山樱花和中国樱桃也能聚为一大类。说明中国野生樱亚属还存在有物种隔离,种间缺乏基因交流,已出现了显着的遗传分化和生殖隔离,樱亚属植物在很久以前就产生了分化,中国樱桃、多毛樱桃、郁李、细齿樱桃和山樱花较为原始,托叶樱桃、盘腺樱桃、华中樱桃和微毛樱桃较为进化。 第叁,本研究中,42种引物/酶组合在樱亚属40个居群中,共检测到21种cpDNA单倍型。单倍型间的遗传距离和聚类关系表明,采自云南、四川、贵州等地的中国樱桃是比较古老的单倍型。根据cpDNA单倍型计算得出,毛樱桃cpDNA总的遗传多样性H_T=0.0340,微毛樱桃cpDNA总的遗传多样性为H_T=0.0217,中国樱桃cpDNA总的遗传多样性为H_T=0.1400,多毛樱桃cpDNA总的遗传多样性为H_T=0.0166,山樱花cpDNA总的遗传多样性为H_T=0.0192。 根据单倍型分布格局和所属山系,将40个居群划分为20个地理单元,利用(本文来源于《西北大学》期刊2006-06-01）
李珊[10]（2004）在《金钱槭属植物保护遗传学与分子亲缘地理学研究》一文中研究指出金钱槭属(Dipteronia Oliv.)隶属于槭树科(Aceraceae)，是我国特有少种属。属下仅包括云南金钱槭(D.dyeriana Henry)、金钱槭(D.sinensis Oliv.)两个种，分别被列为国家二级、叁级珍稀濒危保护植物。为了更好地保护我国特有种质资源，本文在广泛收集金钱槭属植物材料的基础上，首次对该属植物进行了保护遗传学和分子亲缘地理学研究。 首先，通过查阅标本、翻阅资料、走访有关专家及对云南、湖北、重庆等9个省市33个代表性地点的野外实地调查，较为全面、系统地报道了金钱槭属植物的生长状况、生存环境、人为干扰等情况，为对该属植物进行全面研究补充了基本资料。 其次，应用RAPD标记技术对金钱槭、云南金钱槭居群的遗传多样性和遗传分化进行了比较研究。利用18条随机引物对17个金钱槭居群的226个个体进行扩增，共检测到128个位点，其中多态位点119个。总多态位点比率(PPB)为92.97％，显示金钱槭具有较高水平的遗传多样性。Shannon多样性指数(0.5563)、Nei基因多样性指数(0.3864)和基因分化系数值(G_(ST)=0.4470)说明，尽管大多数遗传变异仍然存在于居群内，但居群间已产生较高水平的遗传分化。AMOVA分析结果显示，金钱槭居群内遗传变异占总遗传变异量的56.89％，居群间遗传变异占总变异量的43.11％，进一步支持了上述结果。金钱槭居群间的基因流Nm=0.6685，Nm＜1，居群间基因交流匮乏。居群间地理距离与遗传距离(经、纬度，海拔)的相关性分析结果显示，遗传距离与经度差异间具有极显着水平的正相关性(P＜0.01)，聚类分析、主成分分析结果也显示出各聚类群与地理差异存在相关性的趋势。用相同的18条引物对4个云南金钱槭居群的45个个体进行RAPD扩增，共检测到103个位点，其中多态位点84个，云南金钱槭物种水平的多态位点比率为81.55％。AMOVA分析结果揭示，云南金钱槭居群内遗传变异占总变异量的57.86％，居群间遗传变异占总变异量的42.14％，与基因分化系数(G_(ST)=0.4267)分析结果基本一致。云南金钱槭居群间的基因流Nm=0.6719，Nm＜1，居群间基因交流十分有限。居群间遗传距离与地理隔离的相关性分析结果显示，云南金钱槭居群间遗传距离与地理隔离不存在显着的相关性。对金钱槭、云南金钱械居群遗传多样性及遗传分化进行比较发现:l)金钱械的遗传多样性水平高于云南金钱械，符合广布种的遗传多样性高于狭域种这一规律。2)金钱械、云南金钱械居群间的遗传分化均已达到较高水平，居群间的基因流匾乏。3)在大尺度上(金钱械)遗传距离与地理距离有相关性而在小范围内(云南金钱械)则无上述关系，这可能与位于不同分布区内的物种所承受的生境选择压力不同有关。 第叁，通过测量27项果实、种子、枝叶的宏观、微观形态学性状，揭示了云南金钱械的形态变异模式。同时结合遗传变异及生态因子资料，分析了云南金钱械形态变异的产生、维持机制。形态学性状分析结果表明:l)各居群形态性状变异系数平均值从大到小的排列顺序为:文山居群>屏边居群>黑龙潭居群>蒙自居群。2)在27个性状中，有4个性状在居群间的差异达显着性水平(尸<0.05)，巧个达极显着水平(尸<0.01)。果实长度在居群间的变异最大，小叶叶长/叶柄长在居群间的变异最小。3)文山居群与屏边、黑龙潭、蒙自居群间已产生显着或极显着水平的形态差异，而后叁者间的差异未达显着水平。形态变异与遗传变异、生态因子间的相关分析结果显示:l)形态性状变异系数与多态位点比率、Shann口n多样性指数及Nei基因多样性指数间存在着正相关关系，但相关性均未达显着水平。2)形态变异与生态因子间存在较复杂的相关性，海拔、土壤含水量等6个生态因子与一些形态性状的相关性已达显着或极显着水平。相对于其它生态因子来说，海拔对形态性状变异的影响最大。上述结果说明，云南金钱械的形态变异虽然具有一定的遗传基础，但可塑性及环境压力对形态变异所产生的作用更大一些。基于形态性状和RAPD数据的聚类分析结果进一步说明，云南金钱械的形态变异受到环境因子的强烈影响而与遗传背景的关系不显着。 第四，本文采用PCR一RFLP技术对金钱械属植物进行了分子亲缘地理学研究。选取7对叶绿体DNA通用引物对来自17个金钱械居群、4个云南金钱械居群的63个个体进行PCR扩增，扩增产物用从刁。111、FunDH等四种4碱基内切酶和EeoRI+Rsal、Hindlll+Hin石I两种4、6碱基限制性内切酶组合进行酶切。42种引物/酶组合在云南金钱械中共检测到109个DNA片段，所有片段均为单态，在金钱械中共检测到124个片段，其中多态片段20个，多态片段占总片段数量的16.13%。分析所有酶切片段，发现了6种cPDNA单倍型，其中云南金钱械独享一种单倍型，金钱械具有另外5种单倍型。金钱械的5种单倍型具有叨显的地理分化，根据单倍型的地理分布格局和所属山系，将所研究的金钱械居群划分为4个地理单元:秦岭地理单元、武陵山地理单元、山民山地理单元和大巴山地理单元。通过AMOVA软件计算得到4个地理分布单元间的分化系数(Gs:)值为0.9299，即有92.99%的遗传变异存在于地理分布单元间，7.01%的遗传变异存在于地理单元内，说明金钱械(本文来源于《西北大学》期刊2004-05-01）
分子亲缘地理学论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文论述了分子亲缘地理学的产生和发展过程,以及国内外的研究进展,同时对遗传标记特别是线粒体DNA分子标记技术进行了详细阐述。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
分子亲缘地理学论文参考文献
[1].王一涵.葡萄科药用植物叁叶崖爬藤的亲缘地理学和分子鉴定研究[D].浙江大学.2016
[2].赵群.分子亲缘地理学及遗传标记技术的应用[J].生物技术世界.2016
[3].杨雪,谢伟玲,邹蓉,唐健民,黄荣韶.珍稀濒危植物分子亲缘地理学研究进展[J].安徽农业科学.2014
[4].刘雁飞.长白山牛皮杜鹃的遗传多样性与分子亲缘地理学研究[D].吉林大学.2013
[5].管毕财.特有濒危植物八角莲保护遗传学和分子亲缘地理学[D].浙江大学.2008
[6].陈生云,吴桂莉,张得钧,高庆波,段义忠.高山植物条纹狭蕊龙胆的分子亲缘地理学研究[J].植物分类学报.2008
[7].陈世龙,陈生云,张得钧,高庆波,段义忠.高山植物条纹狭蕊龙胆(龙胆科)的分子亲缘地理学研究[C].中国植物学会七十五周年年会论文摘要汇编（1933-2008）.2008
[8].龚维.孑遗植物银杏的分子亲缘地理学研究[D].浙江大学.2007
[9].曹东伟.李属樱亚属植物分子亲缘地理学研究[D].西北大学.2006
[10].李珊.金钱槭属植物保护遗传学与分子亲缘地理学研究[D].西北大学.2004
标签：叁叶崖爬藤(叁叶青); 常绿阔叶林; 亲缘地理学; 祖先分布区重建;