导读:本文包含了进化树构建论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:微生物,进化树,构建
进化树构建论文文献综述
李司宇,刘雪,王文婧,卢松霖,郝雪萌[1]（2019）在《微生物进化树构建方法》一文中研究指出进化树的构建是当代生命科学技术中最为重要的技术之一,可以分析未知微生物和已知微生物的亲疏关系,从而进一步获取微生物进化关系的重要证据。本文对微生物进化树的构建进行了研究,阐述了进化树的原理,梳理了相关的理论,同时全面地介绍了最常用的构建进化树的软件及其功能,详细地介绍了微生物进化树的构建方法,以期为更便捷地开展后续研究提供参考。(本文来源于《现代农业科技》期刊2019年19期）
刘雪梅,李文,黄管大,黄天来,叶宇中[2]（2019）在《相异度算法结合邻接法构建系统进化树的评估》一文中研究指出在系统发育学中,构建系统进化树的算法是研究进化关系的基础.本文探讨并验证了基于k-mer的相异度算法d2S结合邻接法NJ构建系统进化树的可行性,对两种进化情景下的12个16S rRNA和36个噬菌体分子序列构建了系统进化树(其中k=4,6,8,10),3类16S rRNA很清晰的按照古菌、细菌和真核生物分类开来,效果和Woese目录基本一致;同时可把4种类型的噬菌体按原来的进化关系区分开,而且受参数k影响小,分类效果非常好.这展现了相异度算法d2S结合邻接法NJ强大的功能.使用相异度算法d2S结合邻接法NJ构建系统进化树,将为系统进化关系提供新的算法和思路.(本文来源于《华南理工大学学报(自然科学版)》期刊2019年06期）
申丹丹[3]（2019）在《基于层次推断和简约聚类的古生物进化树构建方法研究》一文中研究指出古生物进化树的构建是探索早期生命起源和进化发展规律的重要途径。对于古生物进化树的构建而言,采集于化石的表征数据是可以依据的主要材料。然而古生物表征数据中存在的缺失值和不适用状态,往往导致古生物进化树难以有效构建。针对上述问题,本文从古生物表征数据的特点出发,通过融入演化分析中的先验知识,提出了一种基于层次推断和简约聚类的古生物进化树构建方法。具体研究内容如下:(1)根据表征数据的特征之间存在逻辑关联的特点,建立特征层次结构模型,进而提出了一种基于层次推断的表征数据中缺失值的填补方法。首先,基于特征层次模型提出了一种层次推断框架,并将距离加权的K近邻法引入该框架填补缺失值。实验表明,上述方法在多个缺失比例下优于模糊优化方法。(2)针对不适用状态导致进化树难以稳定构建的问题,提出了一种基于简约聚类的含不适用状态的进化树构建与优化方法,包括进化树的构建和最优树的搜索两个阶段。在进化树的构建过程中,将特征层次结构模型和特征极向等先验知识融入聚类算法,提出一种简约聚类方法用以构建含不适用状态的进化树。在最优树的搜索阶段,在简约原则的基础上采用模拟退火算法进行启发式地搜索。多个含不适用状态的表征数据上的实验表明,相较于现有处理不适用状态的方法,上述方法构建的进化树与模板树之间的Robinson-Foulds距离平均减少了0.125左右。(3)通过分析古生物表征数据中缺失值的缺失机制和不适用状态,在(2)与(3)的基础上,提出了一种基于层次推断和简约聚类的古生物进化树构建方法。该方法首先结合距离加权的K近邻法和层次推断框架以填补古生物表征数据中的缺失值,在数据可解释的前提下降低数据的模糊性。然后,采用(2)中的方法构建并优化含不适用状态的古生物进化树。实验表明,基于上述方法构建的古生物进化树,与目前普遍认可的进化树的拓扑结构基本一致,验证了该方法在含缺失值和不适用状态的古生物进化树构建方面的有效性。综上所述,本文提出的方法更适合构建含缺失值和不适用状态的古生物进化树的构建,可以为古生物学家为探索生命起源提供了更多的论证资料。(本文来源于《西北大学》期刊2019-06-01）
季梦玮,滕飞翔,周敏,张小蒙[4]（2019）在《原生动物AQPs系统进化树的构建以及结构分析》一文中研究指出文章应用Mega 7,DNAMAN 6等生物信息学软件,以检索并经过筛选的原生动物的AQPs为基础构建系统进化树,明确原生动物在进化中的亲缘关系,并找出聚类在一起的原生动物AQPs中的特异性序列。结果表明,70个原生动物AQPs聚类成4个大簇。聚成的4簇刚好覆盖原生动物门的4个纲,但是4个纲在特异性序列上并不完全相同,这为进一步研究AQPs的结构、分类及进行进一步比对和特异性功能预测提供基础依据。(本文来源于《江苏科技信息》期刊2019年13期）
张欣[5]（2019）在《基于后缀树的DNA序列进化树构建研究》一文中研究指出生物序列比较是近年来迅速发展起来的一门学科,主要用来应对由分子生物学飞速发展所产生的巨大数据等问题。生物序列比较的常见方法有2种:序列的比对方法和序列的非比对方法。然而由于生物的全基因组序列比较长,比对方法计算量较大,我们利用序列的比对方法来直接分析序列间相似性在一些情况下是不可行的。序列的非比对方法不是具体的比较基对,而是将序列看成是一个整体并将其转化为数学对象,最终借助于数学工具对其进行分析比较。在本文中,我们使用序列的非比对方法来进行生物序列相似性的研究。后缀树模型是用来存储生物序列中每个位置处的后缀标识,它的提出为多方面的研究提供了高效率的保证。很多领域的国内外学者都从事过有关后缀树模型在实际应用方面的研究。后缀树模型在生物序列比较方面也有着重要的应用,例如Leimeister CA等人利用后缀树模型查找最长公共子串的位置来近似求取k个错配下最长公共子串的长度。本文基于后缀树模型提出了2种新的相异度量。第一种相异度量是基于每个后缀标识集在序列中对应的位置集。取两条生物序列后缀标识集的交集,对交集中所有后缀对应的位置集取并集,并求每条序列的并集中含有位置个数与序列长度的比值,最后用1减去比值中较大的一个;第二种相异度量是取两条序列长度中的较小值与基于后缀树模型找到这两条序列间的公共唯一后缀的个数,二者作差后除以长度中的较小值。经过测试,本文提出的方法可以分别对12条灵长目动物的生物序列、31条哺乳动物线粒体序列和48条E型肝炎病毒序列组成的数据集重构得到的进化树图示是符合当前的生物学分类的,并且本文方法对数据集重构的进化树结果优于现在已发表的文献中其他方法对数据集重建得到的进化树结果,或与现在已发表的文献中其他方法对这个数据集重构得到的进化树完全一致。(本文来源于《辽宁师范大学》期刊2019-03-01）
李芳菲,马文瑶,金亮亮,杨英军[6]（2018）在《基于PG蛋白的蔷薇科植物分子进化树的构建与分析》一文中研究指出为了分析蔷薇科植物PG蛋白序列的进化关系,从NCBI网站搜索到177条相关蔷薇科植物PG蛋白序列,筛选出23条可用序列,采用ClustalW2和MEGA6两种聚类方法联配,并构建分子进化树。结果表明:蔷薇科植物23条PG序列聚类成2个类群,一类群有14条序列,主要为苹果亚科梨属和苹果属植物;另一类群包括8条序列,为李亚科的桃属和杏属植物。ClustalW2和MEGA6两种方法的分析结果基本一致,表明两种方法都可用于评价蔷薇科植物的演化与进化关系。本研究通过对23条蔷薇科植物PG序列的亲缘关系的分析,为蔷薇科植物在基因工程育种方面提供了理论依据。(本文来源于《分子植物育种》期刊2018年19期）
王泽宇,张虹亮,耿爽,郭斌,杨占清[7]（2017）在《梅花鹿CYP26B1基因过表达载体的构建及进化树分析》一文中研究指出CYP26B1是调节体内视黄酸(retinoic acid,RA)水平的一个关键酶,广泛存在于哺乳动物器官和组织中,对软骨细胞的分化具有重要的调节作用。本试验参照NCBI GenBank中已发表的牛CYP26B1基因序列,设计特异性引物。利用PCR方法扩增CYP26B1基因的编码区,并与pGEM-T载体连接,经EcoRⅠ和XhoⅠ双酶切后与pcDNA3.1载体融合得到CYP26B1过表达重组质粒。经测序鉴定后,转染鹿茸软骨细胞,利用实时荧光定量PCR方法检测CYP26B1mRNA表达变化。应用MEGA软件的Test Neighbor-Joining Tree法绘制CYP26B1基因系统进化树并进行比对分析。结果显示,重组质粒pcDNA3.1-CYP26B1转染鹿茸软骨细胞后,CYP26B1的表达量显着升高(P<0.05)。进化树分析结果表明,梅花鹿CYP26B1基因与牛的基因同源性最高。本研究成功构建了梅花鹿CYP26B1过表达载体,为进一步研究CYP26B1在鹿茸生长及再生中的作用奠定基础。(本文来源于《中国兽医学报》期刊2017年09期）
张亚丽,韩志刚,吴昊,夏云[8]（2017）在《应用FastTree2.1.8快速构建HIV-1 pol区基因的最大似然系统进化树》一文中研究指出目的以艾滋病病毒1型(HIV-1)的pol区基因片段为例,研究FastTree2.1.8构建最大似然树的优势所在,为HIV-1基因序列的分子系统发生学研究提供参考。方法通过从Los Alamos HIV Database的亚型参考序列中选择全部非重组亚型(A~D、F~H、J和K)、CRF01_AE、BC重组、01B重组、CRF65_cpx和作为外群的SIVcpz共100条HIV-1 pol区基因序列作为研究样本,分别应用FastTree2.1.8的最大似然法(ML)和MEGA6.06的ML以及邻接法(NJ)构建系统进化树,然后比较叁个系统进化树的构建时间、准确性以及分支支持度之间的差别。结果 FastTree2.1.8的建树时间最快(10.8秒),明显优于MEGA 6.06的ML法(70 767秒)和NJ法(82秒);FastTree2.1.8 ML树的准确率为94.0%,MEGA 6.06 ML树和NJ树均为90.0%,叁者差异无统计学意义(χ~2=1.401,P=0.540);叁棵系统进化树上具有两个以上序列的亚型的最近共同祖先节点(MRCA)的分支支持度差异无统计学意义(χ~2=1.057,P=0.590)。结论 FastTree作为快速构建系统进化树的软件,在建树时间上明显优于常用的MEGA 6.06,使在个人电脑上构建基于大数据集的ML树成为可能,是HIV-1基因序列分子系统发生分析研究领域的一个有力工具。(本文来源于《中国艾滋病性病》期刊2017年08期）
朱秋昱,姚菁青,姚振,常展,宋珍珍[9]（2017）在《节肢动物α-淀粉酶系统进化树构建及分析》一文中研究指出目的:构建节肢动物α-淀粉酶的系统进化树,探讨其进化关系,找出进化树中聚类在一起的α-淀粉酶的特异性序列。方法:在美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)数据库中选取了56个节肢动物的α-淀粉酶氨基酸序列,利用CLUSTALX2.0进行序列比对、MEGA6.0建立进化树,通过BOXSHADE找到聚类的α-淀粉酶特异性序列。结果:56个α-淀粉酶聚类成A、B、C、D四大簇,A簇特异性序列为"VD NHD NQ",B簇特异性序列为"ID NHD NX",C簇特异性序列为"ID NHD NQ",D簇特异性序列为"XGN NHD X"。A、B、C、D四簇都含有保守的NHD(天冬酰胺-组氨酸-天冬氨酸)序列,但序列两端氨基酸种类不同。结论:56个节肢动物α-淀粉酶分为4簇,每簇都有其特异性序列,但都含有保守序列NHD。(本文来源于《现代生物医学进展》期刊2017年15期）
朱佩佩,李艳梅,侯泳志,杨英军[10]（2016）在《基于PGIP基因的蔷薇科植物分子进化树构建与分析》一文中研究指出从NCBI网站筛选到97条蔷薇科植物PGIP基因序列,用邻位相接法构建系统进化树,分析他们之间的亲缘关系。结果表明,蔷薇科植物PGIP基因可聚为17个类群,这与传统的分类结果基本一致,初步探讨了吐根树、耆叶梅、Cercocarpus ledifolius、Purshia tridentate、Horkelia cuueata和卡塔林硬木的亲缘关系,对进一步研究蔷薇科植物之间进化与亲缘关系提供参考。(本文来源于《湖北农业科学》期刊2016年21期）
进化树构建论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
在系统发育学中,构建系统进化树的算法是研究进化关系的基础.本文探讨并验证了基于k-mer的相异度算法d2S结合邻接法NJ构建系统进化树的可行性,对两种进化情景下的12个16S rRNA和36个噬菌体分子序列构建了系统进化树(其中k=4,6,8,10),3类16S rRNA很清晰的按照古菌、细菌和真核生物分类开来,效果和Woese目录基本一致;同时可把4种类型的噬菌体按原来的进化关系区分开,而且受参数k影响小,分类效果非常好.这展现了相异度算法d2S结合邻接法NJ强大的功能.使用相异度算法d2S结合邻接法NJ构建系统进化树,将为系统进化关系提供新的算法和思路.
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
进化树构建论文参考文献
[1].李司宇,刘雪,王文婧,卢松霖,郝雪萌.微生物进化树构建方法[J].现代农业科技.2019
[2].刘雪梅,李文,黄管大,黄天来,叶宇中.相异度算法结合邻接法构建系统进化树的评估[J].华南理工大学学报(自然科学版).2019
[3].申丹丹.基于层次推断和简约聚类的古生物进化树构建方法研究[D].西北大学.2019
[4].季梦玮,滕飞翔,周敏,张小蒙.原生动物AQPs系统进化树的构建以及结构分析[J].江苏科技信息.2019
[5].张欣.基于后缀树的DNA序列进化树构建研究[D].辽宁师范大学.2019
[6].李芳菲,马文瑶,金亮亮,杨英军.基于PG蛋白的蔷薇科植物分子进化树的构建与分析[J].分子植物育种.2018
[7].王泽宇,张虹亮,耿爽,郭斌,杨占清.梅花鹿CYP26B1基因过表达载体的构建及进化树分析[J].中国兽医学报.2017
[8].张亚丽,韩志刚,吴昊,夏云.应用FastTree2.1.8快速构建HIV-1pol区基因的最大似然系统进化树[J].中国艾滋病性病.2017
[9].朱秋昱,姚菁青,姚振,常展,宋珍珍.节肢动物α-淀粉酶系统进化树构建及分析[J].现代生物医学进展.2017
[10].朱佩佩,李艳梅,侯泳志,杨英军.基于PGIP基因的蔷薇科植物分子进化树构建与分析[J].湖北农业科学.2016