导读:本文包含了测序的分析方法论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:遗传性聋,二代测序,点突变,拷贝数变异
测序的分析方法论文文献综述
赵丽萍,顾晓东,纪海婷[1]（2019）在《运用二代测序的方法对非综合征性迟发性聋患者进行易感基因检测分析》一文中研究指出目的通过研究上海地区79例患者迟发性感音神经性聋的致病基因,探讨常见耳聋相关基因的在患者中的点突变特征。方法对79例门诊散发感音神经性聋患者进行听力学检测并排除全身性疾病。DNA样本提取于患者外周血白细胞。利用标准的Illumina二代测序平台对79个临床散发病例基因组DNA在杂交的水平上进行80个常见耳聋基因全外显子的捕获。通过将二代测序分析分析结果与标准的基因组序列进行比对,从而明确DNA序列的改变。检测结果采取PCR扩增和Sanger测序的方法进行验证。结果 79例临床散发感音神经性聋患者均为语后聋。利用二代测序技术,在79例患者的中共检测出有1 508个点突变。将点突变共分为9类,划分第Ⅰ、Ⅲ、Ⅴ、Ⅶ类的突变为纯合突变,并被归类为明确或可疑的致病突变。其中有23个DNA样本检测出此类突变。按照检测出的点突变发生数目的多少将常见耳聋基因进行排序,分别为GJB2、DSPP、SLC26A4、COCH、ESRRB、MYO6、SOX2、TMPRSS3及WFS1。结论二代测序法在遗传性聋患者基因突变位点的检测中的应用效果确切,能够有效对耳聋基因进行筛查,弥补了以往测序方法不能准确发现长片段插入性突变的缺陷。(本文来源于《临床和实验医学杂志》期刊2019年21期）
廖存,廖锡文,韦瑞丽,黄伟,龚艺贞[2]（2019）在《基于全基因组RNA测序数据和基因集富集分析方法对直肠癌发病机制的初步探讨》一文中研究指出目的采用癌症基因组图谱(TCGA)的直肠癌全基因组RNA测序数据和基因集富集分析方法 (GSEA),并通过比较直肠癌与癌旁正常组织的全基因组数据集,以初步探讨直肠癌相关发病机制。方法从TCGA门户网站下载直肠癌组织和癌旁正常组织的全基因组RNA测序数据集,以癌组织与癌旁正常组织作为表型分组依据,从GSEA网站的Molecular Signatures Database(MSigDB)中选取c2和c5作为对照基因集。结果共下载到167个直肠癌组织和10个癌旁正常组织的全基因组RNA测序数据集。在c2、c5富集分析结果中,在癌组织表型分组中分别获得170条、151条差异具有统计学意义的基因集,在癌旁正常组织表型中则分别获得341条、710条基因集。直肠癌发病机制可能与调控细胞周期、DNA修复、DNA复制等生物学过程和NF-κB等信号通路有关。结论直肠癌发病机制可能涉及细胞基本状态的调控。(本文来源于《结直肠肛门外科》期刊2019年04期）
茹志莹,唐婷婷,姚瑶,朱高翔,陈芷雯[3]（2019）在《高通量测序方法分析冰鲜鸡肉保鲜期间微生物菌相变化研究》一文中研究指出目的分析冰鲜鸡保鲜期间微生物菌相(细菌和真菌)的变化。方法采用高通量(16srDNA high-throughputsequencing)技术对冰鲜鸡保鲜期间微生物菌相多样性及丰富度进行分析。结果研究结果表明:冰鲜鸡在保鲜期间微生物菌相多样性及丰富度总体上呈先上升后下降的趋势。在保鲜初期,细菌(Cellulosimicrobium、 Vagococcus、 Serratia)的相对丰度水平均呈下降趋势;在保鲜的中后期,假单胞菌(Pseudomonas)的相对丰度急剧增加,成为优势菌。真菌主要为担子菌门(Basidiomycetes)与子囊菌门(Ascomycetes),其中子囊菌门(Ascomycetes)最丰富;保鲜期间曲霉(Aspergillus)、白蚁(Termitomyces)和镰刀菌(Fusarium)为优势菌属。结论冰鲜鸡保鲜期间Pseudomonas急剧增加,为优势腐败菌。(本文来源于《食品安全质量检测学报》期刊2019年11期）
王卓[4]（2019）在《转录组测序数据与DNA序列结构的几种差异分析方法》一文中研究指出基因是带有遗传信息的DNA序列。随着测序技术的发展,基因测序渐渐揭开了生物学的众多奥秘。基因表达反映了细胞的进化过程,同时,伴随着转录组测序技术和单细胞测序技术的出现,基因数据与结构的多样性与差异性逐渐显现出来。然而,由于基因数据的数据量庞大,基因结构的复杂程度高,如何对基因数据与结构进行准确分析面临着巨大的挑战,如何筛选出疾病数据的致病基因具有显着意义。本文主要致力于进行转录组测序数据、单细胞时间序列测序数据的基因差异表达分析以及DNA序列结构的差异分析的研究,本文主要的研究内容如下:第一,针对转录组测序数据,鉴于当前方法不适用于对多组样本数据进行基因差异表达分析,利用信息熵理论,构造了用于识别差异表达基因的差异类熵函数,研究了基于差异类熵函数识别差异表达基因的方法(DEF:Differential Entropy-Like Function)。首先,与DESeq2、edgeR、baySeq和limma等传统方法相比,DEF方法可以应用于多组样本的数据集,应用范围更为广泛。其次,DEF方法与传统方法具有一样的功能,可以用于两组样本数据的基因差异表达分析,由于DEF方法适用于零表达量较多的数据集,因此DEF方法可以分析出未被传统方法分析出的差异表达基因。最后,针对亨廷顿疾病的microRNAs数据,利用DEF方法对控制组与对照组中的microRNAs进行了差异表达分析,预测了可能与疾病相关的microRNA作为亨廷顿疾病的生物标记物。同时利用相关性分析,得到与疾病严重程度有关的microRNAs,为亨廷顿疾病的诊断与治疗提供了新的线索。第二,针对单细胞时间序列测序数据,鉴于单细胞时间序列测序数据的不均匀性。利用动态时间规整算法,研究了用于识别差异表达基因的动态时间规整计分法。动态时间规整计分法适用于不均匀的单细胞时间序列测序数据,解决了不均匀间隔的两个时间序列数据的差异分析问题。同时将动态时间规整计分法应用于模拟数据集以及公共数据集,实验结果表明动态时间规整计分法检测出了细胞间高度变化的基因,验证了方法的有效性。进一步利用动态时间规整计分法推断的差异表达基因识别潜在的细胞类型,对细胞进行聚类分析。动态时间规整计分法作为识别差异表达基因以及推断潜在细胞类型的工具,对研究生物进化过程起到重要作用。第叁,针对DNA序列的结构,鉴于DNA序列结构的复杂度较高,拓扑熵方法在进行有限长度DNA序列结构的差异分析时会出现误判现象。基于序列的拓扑熵理论,定义了序列的向量拓扑熵,减少了拓扑熵方法在进行有限长度DNA序列结构的差异分析时出现的误判现象。鉴于向量拓扑熵比较不同长度序列的局限性,定义了序列的K-维拓扑熵,K-维拓扑熵可以对不同长度的DNA序列结构进行差异分析,数值实验验证了方法的有效性。对于无限长度的序列,推广了序列的广义拓扑熵,证明了无限长度序列的广义拓扑熵等于其拓扑熵。同时,研究了DNA序列广义拓扑熵的有限近似法,并对其性质进行分析,说明通过广义拓扑熵的有限近似法,可以对无限长度序列的广义拓扑熵进行有限近似,为DNA序列结构的差异分析提供了新的思路。(本文来源于《哈尔滨工业大学》期刊2019-06-01）
张博洋[5]（2019）在《一种单细胞测序数据流程化分析方法》一文中研究指出目前最新的一代测序技术是单细胞测序,scRNA-seq(single cell RNA sequencing:单细胞RNA测序)是其中一项代表性技术。该技术可以解决细胞群体异质性的问题,有助于发现和定义新的细胞亚型。通常采取的方法首先对数据进行质量检查、填补缺失数据及标准化等预处理,接着进行聚类分析,并从聚类结果中筛选出差异表达基因,最后进行细胞类型富集分析和转录动力学分析或其他进一步的生物学分析。在整个分析过程中,对经过预处理的数据进行准确的聚类分析是关键且具有挑战性的任务。本文提出了一种流程化分析方法:LAK(Lasso And K-means based single cell RNA sequencing data analysis pipeline:基于Lasso和K-means的单细胞RNA测序数据流程化分析方法),将数据预处理、标准化、特征提取及聚类、差异表达分析及细胞类型识别等单细胞聚类分析流程整合为一个集成工具。本文重点聚焦于聚类环节,改进完善现有方法,以提高聚类结果及后续细胞类型识别的准确性。对其他环节,本课题对现有成熟方法进行分析、比较、筛选,采用准确度高、稳定性好、计算开销小的方法纳入分析流程。在聚类环节,本文通过将Lasso正则项作为特征选择方法融入到聚类算法中,缩小了备选基因的范围,提取出对聚类有实际影响的基因,因此不需要额外的基因筛选或降维方法,可以直接应用于单细胞测序数据。另外,本文针对聚类算法中的参数选择问题,提出了一种二分查找算法,根据数据的大小进行最优参数自适应查找。与其他聚类方法相比,LAK中的聚类方法在公开的scRNA-seq数据集上具有较好的稳定性和准确性。另外,本文在一份公开数据集上应用了完整的分析流程,给出了每一个细胞的具体细胞类型,得到了与相关生物学文献相一致的结论,进一步验证了整个分析流程的准确性。(本文来源于《哈尔滨工业大学》期刊2019-06-01）
占萌苹[6]（2019）在《基于高通量测序数据的跨界sRNA数据分析方法研究》一文中研究指出Small RNA(sRNAs)是一类长度在几十至几百个核苷酸之间的非编码小分子RNA,在生物体内通过和靶mRNA碱基互补配对结合进而调控基因表达,从而参与控制细胞的多种生物过程。最初,sRNA由于长度过小,很难被检测到。随着高通量测序技术的出现,越来越多的sRNA不断被发现,其作为调控基因表达的重要调节因子也逐渐成为生命科学研究的热点问题。现有研究证实sRNA在跨界调控中起着重要作用。由于sRNA的序列及结构与其进入宿主细胞的能力息息相关,因此从序列及结构方面对跨界sRNA进行数据分析,进而寻找并识别类似的跨界sRNA,不仅可以发掘sRNA序列及结构和功能的相关性,也对有效识别未知的跨界sRNA有重要意义。截止到目前,有关sRNA的研究主要集中在对sRNA的序列分析和靶基因功能识别方面,而对于跨界sRNA序列的研究还处于初期研究阶段,且均是针对特定物种进行研究。本文从生物计算入手,在研究常见RNA数据分析方法基础上,基于真菌和植物、植物和人体sRNA高通量数据提出了一种跨界sRNA数据分析方法。首先应用统计学方法分析跨界sRNA序列及结构信息,其次在对差异表达的跨界sRNA分析的基础上,识别出可能影响sRNA进入宿主细胞参与跨界调控的分子特征,构建基于机器学习的跨界sRNA识别模型,用来识别可能被宿主吸收的外源性sRNA,进而挖掘跨界sRNA可能存在的生物学意义及生物功能。本文首先收集真菌和植物、植物和人体sRNA数据并对其进行质量、剪切识别等一系列预处理;然后,应用机器学习方法对sRNA序列及结构特征进行选择构建特征子集,进而构建跨界sRNA识别模型,用来对能够进入宿主细胞的sRNA进行识别;最后,对模型进行评估,并对识别的跨界sRNA进行靶基因筛选、功能富集分析及基因相互作用关系挖掘,从而分析出其在生物系统中的功能。本文选用真菌和植物数据以及人类和植物sRNA数据作为实例分别用本文提出的数据分析方法进行研究,其中,对真菌和植物模型的正确率在84.5%,植物和人体正确率在78.2%。本文提出针对跨界sRNA高通量测序数据的分析方法为研究跨界sRNA进入宿主细胞的能力与其结构和特征间的关系提供了新的研究思路,为今后研究sRNA的跨界调控机制提供了新的研究方向,同时在农作物,药物和疾病等方面都有部分指导意义。(本文来源于《吉林大学》期刊2019-05-01）
邱然,陆健[7]（2019）在《T-RFLP和454焦磷酸测序方法分析制麦过程细菌群落的动态变化》一文中研究指出确定微生物菌群特性是制麦管理与优化的关键一步。本研究以两个不同收获年份及两个同批次不同制麦方式的大麦为样品,采用两种非培养计数方法,即16S核糖体RNA(16S rRNA)末端限制片段长度多态性(T-RFLP)和454焦磷酸测序,检测制麦过程细菌及乳酸菌菌群结构,以期全面、准确分析细菌群落结构及动态变化。研究结果显示:不同收获年份的大麦细菌菌群结构存在差异,整个细菌群落结构随着制麦过程而发生变化,而不同发芽方式之间并没有明显的区别。454焦磷酸测序结果显示乳酸菌有139个运算分类单元(OTU),所有样品有88%的序列覆盖了5个OTU(如Weissella、Lactobacillus和Leuconostoc菌属),说明制麦过程乳酸菌的多样性较低,优势乳酸菌相对数量随着制麦条件变化而波动,并且大麦的收获年份和制麦环境也影响乳酸菌的菌群结构。(本文来源于《食品与生物技术学报》期刊2019年04期）
张文燕,潘红苗,董逸,杜海舰,陈一然[8]（2019）在《基于高通量测序方法分析荣成月湖潮间带趋磁细菌多样性》一文中研究指出荣成月湖是一个典型天然舄湖,潮间带沉积物中存在多种形态趋磁细菌。通过Roche454高通量测序平台,对沉积物样品(B_S)和磁收样品(B_M)进行16SrRNA基因高通量测序,认识荣成潮间带沉积物的细菌群落结构,并了解趋磁细菌多样性及系统进化地位。研究结果表明沉积物样品中主要的细菌类群为δ-变形菌纲,占总细菌数的26.4%,其次是γ-变形菌纲和α-变形菌纲;而磁收样品中细菌多样性和种类明显降低,以α-变形菌纲占绝对优势,相对比例达72.6%。在磁收样品和沉积物样品分别发现了1 612条和186条reads与趋磁细菌相关,分别占细菌总数的5.76%和0.85%,磁收样品中趋磁细菌数是沉积物样品的6.8倍。对两个样品中获得的趋磁细菌序列进行系统进化分析,发现这些序列多数属于变形菌门的α-变形菌纲,以趋磁球菌占绝对优势,少数属于δ-变形菌纲,与多细胞趋磁原核生物亲缘关系最近。海洋趋磁螺菌属仅在B_M样品中检出,趋磁弧菌属在B_M样品优势度高于B_S样品,而多细胞趋磁原核生物和趋磁螺菌属在B_S样品中优势度更高。通过分析样品间的差异OTUs,认为荣成潮间带沉积物中可能存在大量未知的趋磁细菌新类群。研究结果为下一步培养和开发趋磁细菌这一功能菌群,发现趋磁细菌新类群及趋磁细菌生态功能提供了基础资料。(本文来源于《海洋科学》期刊2019年03期）
周钢,钟焱[9]（2018）在《焦磷酸测序检测分析BRAF基因突变方法的建立》一文中研究指出目的建立鼠类肉瘤病毒癌基因同源物B1(BRAF)基因V600E(T>A)突变位点的焦磷酸测序(PYRO)方法。方法提取100例结直肠癌患者的gDNA,采用Qigene pyro24测序仪进行BRAF基因的PYRO,并通过重复性试验和Sanger测序法验证方法的正确性。结果建立了BRAF基因V600E突变位点的PYRO方法,经重复性试验和Sanger测序验证,结果准确可靠,100例结直肠癌患者的标本中共检测出6例有基因突变。结论建立的BRAF基因突变的PYRO方法具有快速、简便、灵敏度和准确性高的优点,适用于科研和临床批量检测。(本文来源于《检验医学》期刊2018年12期）
郁杰,谢晶[10]（2019）在《高通量测序结合传统方法分析4℃下鲜切菠菜的菌群变化》一文中研究指出采用Illumina Miseq~(TM)高通量测序技术结合传统检测方法,对4℃下贮藏的鲜切菠菜在贮藏过程中存在的腐败菌进行研究。结果表明:在科的分类标准下,在贮存初期,假单胞菌科和肠杆菌科为优势菌科,丰度分别占比48. 99%、48. 62%,从菌群变化的角度来看,随着贮藏时间的推移,假单胞菌科的丰度从初始丰度的48. 99%到贮藏末期的70. 27%;而肠杆菌科则从初始丰度的48. 62%不断递减至21. 75%。此时,假单胞菌科为贮藏末期的优势菌科;在属的分类标准下,假单胞菌属、泛菌属为贮存初期的优势菌属,丰度分别占比47. 84%、30. 7%,欧文氏菌属、布丘氏菌为次优势菌,丰度为8. 09%和4. 64%;贮存中期,假单胞菌属为优势菌属,其丰度上升至58. 25%,而泛菌属丰度下降至13. 94%,欧文氏菌属丰度基本保持不变达8. 69%、布丘氏菌属丰度小幅上升至9. 73%;在贮存末期,假单胞菌属占绝对优势,丰度占比68. 97%,而泛菌属丰度仅占5. 4%,欧文氏菌属占比10. 7%,布丘氏菌属占比4%,假单胞菌属成为优势腐败菌属。高通量检测技术和传统检测方法相比,在鉴定样品DNA组成成分时可精确定量,提高了精度,节约了时间。(本文来源于《食品与发酵工业》期刊2019年09期）
测序的分析方法论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的采用癌症基因组图谱(TCGA)的直肠癌全基因组RNA测序数据和基因集富集分析方法 (GSEA),并通过比较直肠癌与癌旁正常组织的全基因组数据集,以初步探讨直肠癌相关发病机制。方法从TCGA门户网站下载直肠癌组织和癌旁正常组织的全基因组RNA测序数据集,以癌组织与癌旁正常组织作为表型分组依据,从GSEA网站的Molecular Signatures Database(MSigDB)中选取c2和c5作为对照基因集。结果共下载到167个直肠癌组织和10个癌旁正常组织的全基因组RNA测序数据集。在c2、c5富集分析结果中,在癌组织表型分组中分别获得170条、151条差异具有统计学意义的基因集,在癌旁正常组织表型中则分别获得341条、710条基因集。直肠癌发病机制可能与调控细胞周期、DNA修复、DNA复制等生物学过程和NF-κB等信号通路有关。结论直肠癌发病机制可能涉及细胞基本状态的调控。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
测序的分析方法论文参考文献
[1].赵丽萍,顾晓东,纪海婷.运用二代测序的方法对非综合征性迟发性聋患者进行易感基因检测分析[J].临床和实验医学杂志.2019
[2].廖存,廖锡文,韦瑞丽,黄伟,龚艺贞.基于全基因组RNA测序数据和基因集富集分析方法对直肠癌发病机制的初步探讨[J].结直肠肛门外科.2019
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[5].张博洋.一种单细胞测序数据流程化分析方法[D].哈尔滨工业大学.2019
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