导读:本文包含了基因组上下文论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:基因组复制起始区,同源性,基因组上下文,Familiar-Mark
基因组上下文论文文献综述
李明浩[1]（2009）在《Familiar-Mark：基于同源性及基因组上下文方法预测细菌基因组复制起始区》一文中研究指出基于生物信息学的基因功能预测方法主要分为叁大类:(1)利用序列同源性信息;(2)利用序列非同源性信息;(3)利用同源蛋白叁维结构信息。其中,第2类又包括结构域融合、种系发生谱、保守基因位置和基因表达相关性四种方法。基因组上下文泛指结构域融合、种系发生谱、保守基因位置叁种方法。细菌基因组的复制起始于特定的复制起始区。在已被完全测序的细菌基因组中,只有少数基因组的复制起始区通过实验方法被注释。采用计算方法对细菌基因组复制起始区进行大规模预测是生物信息学的任务之一。目前预测复制起始区的方法主要有DNA walk、GC skew和Z-curve。其中前两种方法预测的准确性不高,Z-curve方法除利用基因组序列信息外还需要借助其它生物学特征信息。本文提出一种称为Familiar-Mark的细菌基因组复制起始区预测方法。此方法基于同源性和基因组上下信息,将原型基因组上的保守片段标记到待检基因组上,利用保守片段在基因组上的分布位置对特定的位点进行定位和预测,而不借助其它生物学特征信息。本文利用基因组复制起始区信息已知的4种Escherichia coli基因组分别作为原型和待检基因组进行复制起始区的预测,验证了Familiar-Mark方法的可行性。并以上述4种Escherichia coli基因组为原型,分别预测了其他Escherichia coli基因组的复制起始区,取得了与前人采用其他方法得到的一致的结果。Familiar-Mark具有很强的可拓展性,可广泛用于比较基因组学研究。(本文来源于《首都师范大学》期刊2009-04-10）
余中皓[2]（2009）在《基因组上下文网络的构建及其在进化分析中的应用》一文中研究指出随着人类基因组测序工作的完成,以及越来越多的原核及真核生物的全基因组序列数据的累积,对基因组的研究已经步入了后基因组(post-genomics)时代,在后基因组时代,基因组研究的重心将转向基因功能(functional genomics),基因组上下文方法就是众多后基因组时代的生物信息学方法之一。其通过同时考察多个基因组来获得基因及其编码的蛋白质之间的功能关联,这种功能关联有着许多应用,除了在传统的在蛋白质相互作用中应用,基因组上下文方法还可以应用在比较基因组学等方面,另外,我们通过比较由基因组上下文方法绘制的网络构建了物种的进化树,证明了这种基因间的关系足以描述物种分类上的差异。另外,基于这些方法的广泛使用,有必要为这些方法提供自动化的程序来提高分析效率。本文主要包括以下叁个方面:1.基因组上下文分析方法的介绍。介绍叁种基因组上下文分析的方法,包括系统发生谱方法(phylogenetic profile method),基因邻居方法(gene neighbor method)以及基因融合(gene fusion method)的基本原理,以及各自的统计学的检验方法。2.基因组上下文网络构建的工具。通过对叁种基因组上下文分析方法的实现,制作了一个可以用来计算,绘制以及展示由基因组上下文分析方法得到的基因间关系的网络的工具。这是对现有的基于网络的数据库的一个很好的补充,使得用户可以按照自己的需要得到网络以供进一步的分析工作。3.基于基因组上下文方法的进化分析。基于基因组的数据,我们第一次利用反映基因间关系的网络构建了含有195个物种的生命之树。这部分工作假定了生物体是个系统,系统各部分之间的关系才是生物体的本质。这种视角让我们验证了分类学里面的一些传统观念,同时也看到了一些和过去不一样的结论,比如高GC含量的革兰氏阳性菌起源,同时还对一些物种的传统分类提出了异议。我们的工作证明了从基因间关系重构生物历史的可能,对传统的分类学提出了挑战。我们的结果说明基因间的关系足以确定一个物种的分类。(本文来源于《上海交通大学》期刊2009-02-01）
基因组上下文论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
随着人类基因组测序工作的完成,以及越来越多的原核及真核生物的全基因组序列数据的累积,对基因组的研究已经步入了后基因组(post-genomics)时代,在后基因组时代,基因组研究的重心将转向基因功能(functional genomics),基因组上下文方法就是众多后基因组时代的生物信息学方法之一。其通过同时考察多个基因组来获得基因及其编码的蛋白质之间的功能关联,这种功能关联有着许多应用,除了在传统的在蛋白质相互作用中应用,基因组上下文方法还可以应用在比较基因组学等方面,另外,我们通过比较由基因组上下文方法绘制的网络构建了物种的进化树,证明了这种基因间的关系足以描述物种分类上的差异。另外,基于这些方法的广泛使用,有必要为这些方法提供自动化的程序来提高分析效率。本文主要包括以下叁个方面:1.基因组上下文分析方法的介绍。介绍叁种基因组上下文分析的方法,包括系统发生谱方法(phylogenetic profile method),基因邻居方法(gene neighbor method)以及基因融合(gene fusion method)的基本原理,以及各自的统计学的检验方法。2.基因组上下文网络构建的工具。通过对叁种基因组上下文分析方法的实现,制作了一个可以用来计算,绘制以及展示由基因组上下文分析方法得到的基因间关系的网络的工具。这是对现有的基于网络的数据库的一个很好的补充,使得用户可以按照自己的需要得到网络以供进一步的分析工作。3.基于基因组上下文方法的进化分析。基于基因组的数据,我们第一次利用反映基因间关系的网络构建了含有195个物种的生命之树。这部分工作假定了生物体是个系统,系统各部分之间的关系才是生物体的本质。这种视角让我们验证了分类学里面的一些传统观念,同时也看到了一些和过去不一样的结论,比如高GC含量的革兰氏阳性菌起源,同时还对一些物种的传统分类提出了异议。我们的工作证明了从基因间关系重构生物历史的可能,对传统的分类学提出了挑战。我们的结果说明基因间的关系足以确定一个物种的分类。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
基因组上下文论文参考文献
[1].李明浩.Familiar-Mark：基于同源性及基因组上下文方法预测细菌基因组复制起始区[D].首都师范大学.2009
[2].余中皓.基因组上下文网络的构建及其在进化分析中的应用[D].上海交通大学.2009
标签：基因组复制起始区; 同源性; 基因组上下文; Familiar-Mark;