导读:本文包含了基因关联分析论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:绵羊,产羔数,GDF9基因,SNP
基因关联分析论文文献综述
王嘉鹏[1]（2019）在《苏尼特羊GDF9基因关联性分析及其突变对启动子活性的影响》一文中研究指出蒙古羊及其亚种广泛分布在我国长江以北,蒙古高原及中亚地区,具有耐寒、耐粗饲和肉质鲜美等优良特征。因其繁殖力较低,影响了蒙古羊体系的生产效率。本研究采集苏尼特羊260只(其中经产单羔羊183只,经产双羔羊77只)作为试验样本,同时采集乌珠穆沁羊36只、呼伦贝尔羊(大尾型)、呼伦贝尔羊(小尾型)、小尾寒羊与湖羊各30只,研究样本总数为416只。利用PCR-RFLP及直接测序技术,挖掘和分析苏尼特羊GDF9基因存在的突变位点及其对苏尼特羊产羔数的影响,并对其进行遗传多样性分析、生物信息学分析和功能性验证。结果表明:(1)在苏尼特羊群体GDF9(生长分化因子9,Growth differentiation factor 9)基因中发现11个SNP(单核苷酸多态性,Single nucleotide polymorphism),在这11个突变位点中有两组突变位点属于连锁不平衡(Linkage disequilibrium,LD),分别为LD1(g.41770932C>T SNP+g.41771134A>G SNP+g.41771380C>T SNP)和LD2(g.41771007G>T SNP+g.41771305A>G SNP+g.41771380C>T SNP),且g.41770718T>G SNP与LD1在产双羔母羊群体中呈一定的相互连锁;关联性分析结果表明,g.41770718T>G(P<0.01)、LD1(P<0.001)、p.Ser347Phe(P<0.05)和c.1525A>G SNP(P<0.01)与苏尼特羊平均产羔数显着相关;(2)双荧光素酶对启动子活性分析表明,g.41770932C>T SNP在LD1中起主要作用,并且在启动子上游-177bp处为GDF9的核心启动子;G等位基因在-118处(g.41770718T>G SNP)可使GDF9启动子活性下降,而T等位基因在-332处(LD1的g.41770932C>T SNP)可使其启动子活性上升,当G和T等位基因同时存在于-118和-332,同样使启动子活性上升。上述结果表明,g.41770932C>T SNP(LD1)位点可以显着影响GDF9基因的表达量,且与苏尼特羊产羔数显着相关。(本文来源于《内蒙古大学》期刊2019-06-01）
陈菁菁,杨帆,张艳,范星[2]（2019）在《银屑病与HLA-DQ基因关联性的Meta分析》一文中研究指出目的基于Meta分析方法,了解银屑病的发病与HLA-DQ基因关联性。方法检索PubMed、ISI 1972年1月1日～2018年7月1日期间收录有关银屑病与HLA-DQ基因关联研究的相关SCI文献。结果共纳入文献16篇,样本总量6 075例(其中病例组2 944例),报道了51个HLA-DQ基因与银屑病存在关联。经过分析,共得到23个HLA-DQ基因与银屑病存在关联,11个HLA-DQ基因为银屑病的风险基因,12个HLA-DQ基因为银屑病的保护性基因,28个HLA-DQ基因与银屑病不存在关联。结论分析表明23个HLA-DQ基因与银屑病存在关联,且与种族、临床类型、发病年龄和家族史存在关联。(本文来源于《安徽医科大学学报》期刊2019年05期）
单云鹏[3]（2019）在《小豆种质资源抗旱性筛选鉴定及相关基因关联分析》一文中研究指出小豆是一个重要的豆科作物,在全世界30多个国家种植。小豆是重要的淀粉、可消化蛋白质、矿物元素和维生素来源之一,被至少十亿人食用。在中国小豆产区主要在半干旱地区,鉴定抗旱种质资源,对小豆抗旱遗传育种研究具有重要意义。本研究以栽培和野生小豆种质资源为材料,探讨小豆苗期抗旱性特点,评价抗旱性状。筛选出抗旱性差异材料,进行生理生化分析。并对干旱胁迫处理的苗期表型性状进行全基因组关联分析。以苗期盆栽控水方式,对不同来源的325份小豆种质资源进行干旱胁迫试验。测定根系形态、株高、生物量和冠层萎蔫等9个性状,利用隶属函数值法、主成分分析和聚类分析进行抗旱性综合评价。结果表明干旱胁迫对小豆苗期这些性状影响显着,根冠比值比对照组高,总根表面积、总根体积、地上部干重、地下部干重、整株干重和株高值均低于对照组。各性状隶属函数值相关性分析显示隶属函数值平均值与总根表面积相关性最大。主成分分析表明第1主成分的载荷主要是总根表面积和总根体积。聚类分析将325份小豆种质资源聚类成抗旱型、中间型和敏感型3类,分别占供试材料的30%、28%、42%。由隶属函数值法和主成分分析法结合不同抗旱类型根系形态,可将总根表面积作为小豆苗期抗旱性评价的主要指标。初步筛选出20份抗旱小豆资源材料,为进一步抗旱育种利用和抗旱基因挖掘提供了基础材料。选择10份抗旱性差异明显的野生和栽培小豆材料,进行苗期聚乙二醇(Polyethylene glycol,PEG)模拟干旱胁迫,测定叶片相对含水量、丙二醛含量、脯氨酸含量、光合指标等生理生化性状。结果表明抗旱性强的材料具有较强的叶片保水能力,水分亏缺小,脯氨酸增加较多,细胞质膜完整性较好,净光合速率下降幅度较小,蒸腾速率和气孔导度下降较大,对水分利用效率较高。综合抗旱隶属函数值表明,供试材料抗旱性为野生抗旱材料>栽培抗旱材料>野生敏感材料>栽培敏感材料。结合苗期抗旱表型数据和325份栽培和野生小豆种质资源重测序数据,利用1110535个SNP标记对小豆苗期抗旱性进行全基因组关联分析。使用优化压缩混合线性模型,在P<3.07×10~(-7)水平下,共关联到40个与抗旱显着关联的SNP位点。通过筛选显着关联位点上、下游各500 kb区域内的基因,共找到771个基因。进一步分析与抗旱相关的基因,将第5号染色体上的DREB基因和EPF基因作为候选基因。(本文来源于《北京农学院》期刊2019-05-01）
张华洲,刘娴,薛峤,潘文筱,张爱茜[4]（2018）在《基于结构和基因关联分析的环境化学品健康影响研究》一文中研究指出随着科学技术的迅猛发展,人类可接触的化学品数量急剧增加,环境化学品污染引发的健康问题日益引起关注。虽然基于化学结构-活性相关的定量构效关系方法的毒性预测研究已有广泛报道和使用,然而其在复杂毒理化学品健康危害的分类预测方面仍存在一定局限性。构效关系模型的建立一般是基于建模样本的毒理机制一致性假设;然而,事实上,生殖、发育和内分泌等机制复杂的健康影(本文来源于《第二次全国计算毒理学学术会议暨中国毒理学会第一届计算毒理专业委员会第二次会议会议摘要》期刊2018-08-09）
冀芳芳[5]（2018）在《萱草属植物主要观赏性状的候选基因关联分析》一文中研究指出花色是影响园艺植物观赏品质的重要性状之一,也是观赏植物研究的热点之一。萱草属(Hemerocallisspp.)种质资源丰富、形态多样,具有优良的观赏价值。本研究在系统收集萱草属种质资源的基础上,利用表型性状和EST-SSR分子标记对萱草属种资源遗传多样性进行研究,并开展了花色及其它观赏性状的候选基因关联分析,为揭示萱草属植物种质资源遗传背景,提高萱草属种质资源的利用率、发掘优异基因资源,加快分子育种在萱草属植物中的应用,为培育出更优质的观赏品种提供理论依据和核心材料。本研究主要结果如下:1.构建了一个包含141份种质(9份原种、5份野生种、127份栽培种)和34个表型性状的数据库。花色作为重要观赏性状之一,共有7个色系,4份种质的内外花被片颜色为异色。其中黄色系种质最多,有74份(48.37%),且萼片和花瓣同色;紫色系和紫红色系种质较少,花瓣紫色系6份(3.92%),紫红色系2份(1.31%)。单朵花开花时间节律现象明显,分为早上开花类群(5:00～10:00)和夜间开花类群(18:00～23:00)两个类群,分别有84份和57份材料。2.主成分分析结果显示,前8个主成分的累积贡献率达88.30%(>85%),其中Prin1的贡献率为31.48%,Prin2的贡献率为22.24%,主要包括内花被片颜色、外花被片颜色、内花被片长、内花被片宽、外花被片长、外花被片宽、单朵花开花时间等性状。在34个表型性状中,萱草属种质间表型变异多样性主要集中于花朵性状,其中外花被片宽、内花被片宽、花径、单蕾鲜重和叶宽两两之间呈极显着正相关。花直径、外花被片长、外花被片宽、内花被片长、内花被片宽、叶片长、叶片宽、花葶直径和花葶高度9个性状的变异系数具有极显着差异。3.根据转录组测序结果,开发了 304对EST-SSR引物,其中68对具有多态性,共扩增出499条多态片段,平均扩增7.34(2～25)条,引物多态性信息含量(PIC)平均值为0.6064(0.2595～0.9065),Nei 基因多样性指数为 0.5914(0.2097～0.9077),Shannon's(I)信息指数为 1.2935(0.4770～2.6533)。4.通过NTSYSpc2.10软件计算141份萱草属种质间的遗传相似系数平均为0.8621(0.7778～1.0000)。运用STRUCTURE2.3.4软件进行群体结构分析,结果显示K=2。利用TASSEL4.3.6软件进行连锁不平衡分析,计算LD值,在68对EST-SSR引物形成的2081个组合位点中,有1439个组合存在不同程度的连锁不平衡,占总位点的69.15%,其中r2<0.05的连锁不平衡组合有895个,占总位点的43.01%,有439个组合r2<0.01,占比 21.10%。5.在TASSEL4.3.6软件中比较了 一般线性模型(GLM,Q模型)和混合线性模型(MLM,Q+K模型)的关联分析结果,结果显示:Q模型能检测到更多关联位点,但关联到的标记P值极显着的偏离期望P值,表明在(Q模型下只考虑群体结构的影响,存在的假阳性位点多。在同时考虑群体结构(Q)和亲缘关系(K)的Q+K模型下,关联到的标记明显减少,大大降低了由假阳性导致的伪关联标记,结果更加可靠准确,同时检测到的P值更接近期望值。6.使用混合线性模型(MLM,Q+K模型)对141份种质资源、21个表型性状和68个标记进行了关联分析,共检测到65个标记与21个性状存在不同程度的关联,平均关联度为0.1865,其中SAU00047与内被片长度关联度最高,其P直最小为0.00000088,能解释47.00%的表型变异率。极显着相关(P<0.01)的标记有22个,关联到17个性状,其中6个标记与花色相关联。显着相关(P<0.05)的标记有50个,SAU01115同时与花朵直径,内、外花被片长度,花蕾长度4个性状关联,且在2016和2017年两年间均关联。SAU01083和SAU01082与内外花被片明度(L*IN和L*OUT)显着相关联,其表型贡献率分别为10.23%和15.79%,SAU01083和SAU01082对应的目的基因为TT4(查尔酮合成酶,CHS)的同源基因。SAU01105与内花被片总色差(△E*IN)显着相关。SAU01151,SAU01144,SAU01149和SAU01155这4个标记都与花色具有显着相关性,它们都与类胡萝卜素中色素物质有关,会令花瓣表现为黄色。(本文来源于《山西农业大学》期刊2018-06-01）
陈佳[6]（2018）在《腰椎间盘退变和先天性脊柱侧凸相关基因关联分析和致病性研究》一文中研究指出研究背景:腰椎间盘退变是一种常见的腰椎疾病,可随年龄的增长而逐步加重,既往研究认为腰椎间盘退变是一种由多因素共同作用导致的临床疾病。目前有研究提示,腰椎间盘退变相关基因的遗传多态性位点广泛参与椎间盘退变的发病过程。随着人类基因组计划(human genome project,HGP)、人类基因组单体型计划(HapMap)的完成和高通量基因测序技术的高速发展。全基因组关联研究方法被广泛运用到复杂疾病的遗传学研究中。通过高通量基因分型测序,全世界多个国家的科研团队通过合作,完成了 HGP和HapMap数据库计划。利用现有的SNP数据库以及全基因组关联分析(GWAS)的应用,与腰椎间盘退变的许多相关基因和易感致病位点被筛选出来。其基因种类大致可分为四类:1、与腰椎间盘结构相关的基因;2、与腰椎间盘代谢功能相关的基因;3、与腰椎间盘炎症、凋亡相关的基因;4、与腰椎间盘疼痛发生的相关基因。这些基因和致病位点的筛查,有利于提高未来对该疾病分子诊断的准确率,同时也为未来能够在分子水平的治疗奠定了基础。目前有研究认为,腰椎间盘的退变与代谢相关,包括腰椎间盘髓核细胞的能量代谢、瘦素调控等环节。FTO基因是肥胖、Ⅱ型糖尿、癌症等领域的热门研究基因,它广泛参与机体各组织的能量代谢活动,并且FTO基因还与瘦素代谢密切相关。FTO基因可能通过瘦素的调节干扰腰椎间盘的正常代谢,从而促进腰椎间盘组织的退变。既往有两项研究曾报道FTO基因与腰椎间盘退变的关联性,然而由于其研究样本量的局限,导致最终验证效能偏低。在本次研究中,为提高基因关联分析研究的可靠性,我们共纳入了 999中国汉族人群,这是迄今为止研究FTO基因与腰椎间盘退变发病风险的最大人群队列,以此能在更大样本的基础上去探索FTO基因多态性改变与腰椎间盘退变的关联性。研究目的:本课题利用大样本队列,研究FTO基因19个多态性位点改变与中国汉族人群腰椎间盘退变发病风险的关联分析,拟为临床分子诊断提供可参考的基因候选位点。研究方法:本章节课题采用人群队列病例-对照的研究方法,1、研究对象:病例组来自于2012年10月～2017年9月期间就诊于北京协和医院骨科的腰腿痛患者。对照组来自于同期间北京协和医院健康体检中心进行体检、自愿参与本项目的正常人群。按照严格的入组流程,对符合研究要求的病例和对照人群进行分组。2、根据国际人类基因组单体型图计划(http://www.hapmap.org)和NCBISNP数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP)提供的基因候选位点数据,应用Haploview软件优先选取FTO基因内最小等位基因频率在5%以上的SNPs位点,共选取19个位点。3、提取全血DNA,应用Sequenom MassARRAY SNP平台进行多态性位点的检测;4、基于病例组和对照组的Hardy-Weinberg(HW)平衡检验和连锁不平衡(LD)分析。5、关联研究数据分析,包括:等位基因和基因型相关性分析、单体型相关性分析、SNP-SNP相互作用分析。研究结果:1、经严格的入组流程,最终病例组纳入502人,对照组纳入497人,经术前MRI资料统计,病例组502人均患有不同程度的腰椎间盘退变症状,所有患者合计腰椎间盘退变节段有2309个;2、病例组和对照组的Hardy-Weinberg(HW)平衡检验结果显示17个SNPs符合HW平衡检验;3、在符合Hardy-Weinberg平衡的17个SNP中,rs1121980多态性位点C.→T改变,在95%可信区间内(1.024-1.666),其P值小于0.05(0.0309),其比值比(OR)为1.306,大于等位基因比值比1,因此,T等位基因是rsl121980位点的风险等位基因;4、基因型关联分析提示,rs2689247的AG基因型和rs16952955的AC基因型是腰椎间盘退变发病的相对低风险因素;5、单体型分析提示17个FTO多态性位点中存在两个连锁单体型区块;6、SNP与SNP相互作用关系分析中,存在5个多态性连锁位点与腰椎间盘退变相关。结论:1、在中国汉族人群中,FTO基因遗传多态性变异与腰椎间盘退变患病风险相关。rs1121980的T等位基因是腰椎间盘退变的风险等位基因,可成为腰椎间盘退变疾病筛查和预后的生物标志物;2、携带有rs2689247的AG基因型和rs16952955的AC基因型的患者,较对照组具有相对较低的发病风险,提示这两种基因型组合可作为疾病的观察指标;3、本课题还在队列关联分析中发现两个单体型和五个SNP-SNP组合与腰椎间盘退变相关,可作为遗传筛查和功能实验的候选多态性位点,它们潜在的生物学功能,有待进一步深入研究。研究背景:先天性脊柱侧凸(Congenital Scoliosis)是一种在胚胎发育期椎体发育异常导致脊柱侧方弯曲≥10°的先天性骨骼畸形疾病。先天性脊柱侧凸具有进展快、畸形重、并发症多等特点,严重时可致患者瘫痪,是造成青少年残疾的主要疾病之一,给家庭和社会带来极大的负担。先天性脊柱侧凸临床分为叁型:Ⅰ型是一个或多个椎体的部分或完全形成障碍,Ⅱ型是两个或多个椎体部分或完全分节不良,Ⅲ型是同时存在这两种畸形。先天性脊柱侧凸的脊柱畸形可以单独存在,也可与其他系统发育畸形,如心脏、肾脏、生殖系统等畸形共同存在。先天性脊柱侧凸是由胚胎发育时期,体节发育受干扰引起的先天性疾病。胚胎体节发育的过程是受多个信号通路和基因的共同参与和调节。其中重要的包括NOTCH、WNT/H-catenin、成纤维细胞生长因子通路(FGF)、TGF-β信号通路等。在胚胎体节发育期,TGF-β及其下游多个分支信号网络(如BMP,Nodal,GDF家族等)发挥着重要作用。GDF3是TGF-β超分子家族的配体,也属于TGF-β下游Nodal信号通路的重要组成部分,GDF3也是BMP信号通路的抑制因子,能够抑制软骨增殖分化、进而影响成骨过程,造成骨发育不良的表型。目前已报道的GDF3基因突变与脊柱侧凸、Klippel-Feil综合征、小眼畸形相关。携带有GDF3基因突变的患者具有脊柱畸形的表型:如Klippel-Feil综合征、胸腰椎的脊柱侧凸、肋骨的缺失等。因此,GDF3基因可作为先天性脊柱侧凸发病的重要候选基因。目前对先天性遗传疾病的筛查,临床检测手段有基因组DNA测序、转录组测序以及蛋白质组、代谢组等方面的研究,通过对患者的血样本DNA、RNA及蛋白成分和其他样本的综合分析,能从根源上研究某一类遗传疾病的发病机理。从研究基因组突变位点角度,目前主要采取全外显子测序,或者更高数据量的全基因组测序。从临床筛查致病位点的角度,全外显子测序具有成本低、数据量相对小,易于从基因表达的角度挖掘某些致病位点。致病位点是基因能否产生致病性的重要因素,基因不同致病位点,可能会导致不同的疾病表型及基因的功能改变,因此,对于致病位点的研究和评估,在研究某个基因行使遗传功能时,尤为重要。目前来说,基因致病位点可大致分为:错义突变、无义突变、缺失突变、插入突变、移码突变、染色体拷贝数变异等。对于这些突变位点的综合评估,包括遗传学、分子生物学水平的验证,可为进一步研究基因功能提供有力的理论依据。研究目的:本课题基于先天性脊柱侧凸患者的全外显子组测序,筛选GDF3基因相应的突变位点。通过对GDF3基因致病位点的生物信息学解读和下游分子生物学实验,可为今后GDF3基因遗传致病性的临床遗传筛查和咨询,提供分子生物层面的致病证据。研究方法:1、本章节课题根据纳入和排除标准,共纳入13名散发的中国汉族人群先天性脊柱侧凸患者;2、提取全血DNA,对患者队列进行全外显子组测序;3、对全外显子组测序结果进行Sanger测序再验证;4、从患者队列中筛选GDF3基因错义突变位点,使用DNAMAN6.0软件与NCBI GeneBank数据库中下载的核苷酸参考序列和氨基酸序列进行多序列比对;与HGMD、Clinvar数据库中已存突变、NCBI dpSNP数据库中的多态性位点以及NCBI Pubmed上收录文献所报道的变异位点进行核对分析;5、GDF3基因变异位点致病性和保守性评估:使用SIFT、PolyPhen-2和MutationTaster对候选位点进行评估;采用ClustalW多重序列比对软件,对人类GDF3和其他八种脊椎动物进行突变氨基酸同源序列比较;6、GDF3基因变异位点结构分析:使用Swiss-model server进行GDF3蛋白质的叁维建模;DUET软件分析局部构象改变和能量变化;使用UCSF Chimera在蛋白质氢键形成构象上去解析突变位点改变对叁维结构的影响,以及Ligplot软件对与蛋白相互作用的分子氢键、疏水键等进行进一步预测;7、构建GDF3野生型和突变体的质粒,构建SOX9报告基因质粒,,做双荧光素酶报告基因实验,论证突变位点对GDF3转录活性的影响;8、转染GDF3野生型和突变体质粒,论证突变位点对GDF3蛋白功能的影响。研究结果:1、经全外显子组测序,发现13名先天性脊柱侧凸患者分别携带有五种GDF3基因变异;2、Sanger测序验证13个CS患者的GDF3基因所携带的突变位点与全外显子测序结果一致;3、经数据库比对,初步判定c.250C>T和c.251G>T为新突变预测为致病性,c.644 A>G为新突变致病性未知,而c.635 C>T和c.751 G>A为报道与临床表型相关但致病性未知的变异位点;4、采用ClustalW软件对5个GDF3基因突变位点进行多重同源序列比对。经计算,R84位点是为高度保守的氨基酸位点;其余位点在至少5个物种中较为保守;5、双荧光素酶报告实验结果显示,c.251G>T、c.635 C>T、c.751G>A位点突变,能够干扰GDF3基因本身的转录激活能力,而c.250 C>T和c.644 A>G位点突变对GDF3基因的转录活性无显着影响;6、Western Blot实验结果显示,R84L、S212L、215S、A251TT能导致细胞内成熟的GDF3蛋白较正常组表达量明显降低;在上清中,S212L、N215S、A251T突变对GDF3蛋白成熟影响较大。而R84C无论在上清还是在细胞内均不影响GDF3蛋白的成熟;7、DUET软件预测R84L位点能增加肽链局部的热力学改变;UCSF Chimera软件发现N215S突变后,局部肽链的构象发生了改变;Ligplot软件发现第212位丝氨酸突变成亮氨酸后,亮氨酸除了与第210、第214位氨基酸残基形成氢键以外,还与第136位苏氨酸形成第叁个疏水键。结论:1、本章节课题通过对先天性脊柱侧凸患者全外显子组测序,筛选出携带GDF3罕见变异共13名患者,共有5个罕见突变位点;2、c.635C>T,c.251 G>T,c.751G>A叁个位点,经功能实验验证,其能影响下游SOX9的转录激活活性及GDF3蛋白本身的剪切成熟,在分子水平上可认为具有致病性;3、c.644A>G仅影响GDF3蛋白的成熟,对转录调控无明显影响。而c.250 C>T位点对GDF3的生物学功能无明显影响。(本文来源于《北京协和医学院》期刊2018-05-02）
朱家砚[7]（2018）在《基因关联分析中若干稳健统计检验方法研究》一文中研究指出随着现代生物学技术的发展,已经有千余位点单核苷酸多态性与复杂疾病关联被成功识别.本文首先按照从考虑单个位点到考虑多个位点的顺序回顾了全基因关联分析中的统计方法,介绍完成论文所需要的统计遗传、概率论与数理统计、统计计算等领域的一些预备知识.接下来,本文提出了适合叁个具体问题的基因关联分析的统计检验方法,研究了统计方法的理论分布与性质,并通过R软件实施统计模拟和进行实际数据分析,数值结果均验证了我们所提出的检验方法具有某种稳健性.具体如下:在第叁章中,本文推广了包含一个冗余参数的MERT检验到包含多个冗余参数的情形,并研究了包含多个冗余参数的MERT检验存在的一些正则条件及包含多个冗余参数MERT检验的一些统计理论性质.当多个基因位点连锁平衡且在基因遗传模型未知的情形下,本文推导了 MERT检验的具体形式,并研究其大样本性质.通过大量模拟研究,论证了这种检验对基因遗传模型未知具有稳健性.在第四章中,本文利用现代统计方法与数据分析技术提出了一种针对数据高维(大量基因位点)、哈代-温伯格平衡律成立与否未知、真实基因位点遗传模型未知都具有稳健性的统计检验方法,并将该方法应用在多个连锁不平衡位点的基因关联分析中,模拟研究与实际数据分析都证实了本文所提检验方法的稳健性.然后,在第五章中,本文初步探讨了基因关联分析中一种检测基因多效性的统计检验方法,提出了一种统计检验方法来检验二元有序离散取值的响应变量与连续取值的响应变量同时与一个协变量(向量)之间的关联性.当有序离散取值响应变量与连续取值响应变量的相关性不是很弱时,本文所提出的统计检验方法总是比传统的组合P-值检验方法功效更高.通过大量模拟研究与一个实际的医学数据分析证实了本文所提统计检验方法的优越性.最后,本文全面分析总结所开展研究工作的创新之处及主要优缺点,以及今后还要继续开展的一些研究工作.(本文来源于《华中师范大学》期刊2018-05-01）
周文[8]（2018）在《二维二分表现型变量基因关联分析中若干统计方法研究》一文中研究指出在基因与疾病的关联分析中,一个较普遍的做法是讨论单个疾病与基因的关系,实际上由于代表疾病的各种性状之间具有一些相关性以及基因本身的基因多效性,使得同时检验一些性状的基因关联性变得有意义,并且与考察单个性状相比具有更好的检验功效.在这个领域的研究中,不少学者研究的都是具有相关关系的定量性状或者定量性状与定性性状与基因的同时关联分析.本文单单讨论二元的二分表现型的基因关联分析,在叁种模型下研究多个疾病与基因的关系.第一种模型是传统的logistic回归模型,在考虑单个定性性状和基因的关系基础上,通过联立得分函数构造检验统计量完成多个性状与单个基因的关联检测;第二种模型假定存在与定性性状相关的潜在的连续型变量,使得定性变量的取值由连续型变量决定,通过讨论该连续型变量与基因的关系来研究定性变量与基因的关系,由于这些连续型变量的相关性使得同时关联检测比单个关联检测有意义的多.第叁种模型基于条件分布的概念,假设多个定性性状的某一个性状与其余性状和基因一起具有logistic线性关系,这样多个性状的概率分布可以方便给出,从而大大简化模型,提高检验功效.文章的第一部分介绍基因关联检测的研究背景和研究意义,并给出已有的参考文献中关于基因关联检测的检验方法,分别从基因位点和性状两个方面出发介绍;文章的第二部分考察两个二分变量和单个基因的同时关联分析,提出了叁种模型,并在每种模型下都给出检验方法,理论上证明了这些方法的合理性并给出检验统计量;文章的第叁部分通过计算机模拟分别验证叁种检验方法是否能控制第一类错误,并比较在不同的数值模拟参数下叁种检验方法的检验功效,给出叁种检验方法的优劣;文章的第四部分对模拟结果进行分析,给出结论:叁种检验模型中潜在正态模型的检验功效最高但可操作性不大,条件线性模型功效次之,但当人群中只患某种疾病的概率远小于同时患两种疾病的概率时条件线性模型是最佳的选择.在解决一般的二维二分表现型变量是否与特定基因相关时我们可以用logistic回归模型,当两种疾病有较明显的相关性时可以用条件logistic回归模型进行假设检验.(本文来源于《华中师范大学》期刊2018-05-01）
李阳阳[9]（2018）在《奥氮平、利培酮对体重和糖脂代谢的影响及与MC4R、SH2B1、SBK1基因关联性分析》一文中研究指出目的:抗精神病药诱导的体重增加及糖脂代谢紊乱是目前精神疾病治疗面临的一个严峻问题。本研究通过对精神分裂症患者进行8周的临床跟踪研究,观察奥氮平、利培酮干预后患者体重及糖脂代谢指标的变化,比较不同抗精神病药各指标变化的差异,并探讨非典型抗精神病药引起的体重增加、糖脂代谢改变与MC4R基因、SH2B1基因、SBK1基因的相关性。方法:选取300例符合ICD-10诊断标准的汉族精神分裂症患者,根据患者病情及临床治疗的需要分别给与奥氮平(153例)、利培酮(147例)单药治疗观察8周,于治疗前后测定患者体重、糖脂代谢指标(空腹血糖、甘油叁脂、总胆固醇、高密度脂蛋白、低密度脂蛋白),并计算增重率(%)。采用聚合酶链式反应法对全部患者MC4R基因位点rs8087522、rs571312、SH2B1基因位点rs3888190、rs7498665、SBK1基因位点rs2650492进行多态性分析。使用SPSS17.0软件对实验数据进行统计处理,不满足正态分布的计量资料采用非参数Mann-Whitney U检验,组内治疗前后的数据比较采用配对t检验,组间比较采用独立样本t检验,样本基因型采用Hardy-Weinberg遗传平衡检验,不同基因型之间数据比较采用卡方检验或Fisher确切概率法。检验水准采用α=0.05。结果:1.接受非典型抗精神病药物治疗8周后各组别患者体重均显着增加,差异有统计学意义(P=0.000),相比利培酮组,奥氮平组患者治疗8周后获得更多的体重增加(P=0.001)。2.在治疗8周后,各组别患者增重率分布不相同,在体重增加的患者中,奥氮平组患者增重率主要集中在7%-14%区间,利培酮组患者主要集中在0%-7%区间;首发组和非首发组患者主要集中在7%-14%区间;男性组和女性组患者主要集中在7%-14%区间。3.在全部患者中,接受非典型抗精神病药物治疗8周后患者TG、TC、HDL、LDL均显着改变,差异有统计学意义(P=0.000)。在各亚组分析中,奥氮平组、非首发组、男性组及女性组患者8周后各脂质代谢指标均显着改变,差异有统计学意义(P=0.000)。相比利培酮组,奥氮平组患者8周后TG水平升高更明显(P=0.047)。4.在全部患者中,接受非典型抗精神病药物治疗8周后患者FPG显着下降,差异有统计学意义(P=0.000)。在亚组分析时,利培酮组和女性组患者FPG较治疗前均显着降低,差异有统计学意义(P=0.047、0.018)。5.治疗8周后,MC4R基因rs8087522中携带A等位基因(GA+AA)患者较非携带A等位基因(GG)患者治疗后WGR增加更显着,且WGR≥7%组中A等位基因频率要高于WGR<7%组(P=0.018,OR=1.80);MC4R基因rs8087522中携带A等位基因(GA+AA)的患者较非携带A等位基因(GG)的患者治疗后TG增加更显着(P=0.009);MC4R基因rs571312中携T等位基因(GT+TT)患者较非携T等位基因(GG)患者治疗后HDL下降更明显(P=0.035)。5.治疗8周后,SBK1基因rs2650492中GG基因型携带者WGR显着高于GA/AA基因型携带者(P=0.030),且G等位基因在WGR≥7%组中的频率要高于WGR<7%组(P=0.016,OR=0.36)。6.治疗8周后,SH2B1基因rs3888190中GG基因型携带者WGR显着高于GT/TT基因型携带者(P=0.024),且G等位基因在WGR≥7%组中的频率要高于WGR<7%组(P=0.038,OR=0.52)。结论:1、非典型抗精神病药能引起患者显着的体重增加和糖脂代谢紊乱,相比利培酮组,在接受奥氮平治疗的患者中体重、血脂变化更显着。2、经过8周非典型抗精神病药物治疗后,各组别患者增重率分布不同,奥氮平组主要集中在7%-14%区间,利培酮组主要集中在0%-7%区间;首发组和非首发组患者主要集中在7%-14%区间;男性组和女性组患者主要集中在7%-14%区间。3、抗精神病药导致的体重增加和单纯性肥胖遗传机制不同,一些与体重、BMI关联的基因、位点(如SH2B1基因rs7498665、MC4R基因rs571312等)并未发现与AIWG显着相关;本研究发现MC4R基因rs8087522、SBK1基因rs2650492、SH2B1基因rs3888190可能与汉族精神分裂症患者服用抗精神病药导致体重增加相关。4、MC4R基因rs8087522、rs571312可能与汉族精神分裂症患者服用抗精神病药后血脂改变有关。(本文来源于《济宁医学院》期刊2018-04-02）
李立婷[10]（2018）在《惩罚函数在基因关联分析中的应用研究》一文中研究指出随着互联网和计算机的迅猛发展,各领域都产生了海量的数据,如生物学、计算机科学、金融学等诸多领域都存在种类繁多的复杂数据,因此,需要从大量的数据中提取有价值的信息进行分析。近年来,变量选择成为了统计学的研究热点,尤其是惩罚项正则化方法,其特征是通过惩罚函数进行变量选择,能够处理高维且存在共线性的数据。本文主要研究惩罚函数的变量选择的改进方法和在基因关联分析中的应用,在原有的惩罚函数模型的基础上考虑变量之间的网络结构关系,并将惩罚项正则化用于多因变量回归模型。本文的内容可分为两个部分,具体内容如下:1、在原有的惩罚函数模型上加入网络惩罚项本文中在单个变量选择的模型上,考虑了变量之间的网络结构关系。通过对四种不同类型的数据进行模拟研究,并以前列腺癌基因表达谱数据进行实例验证,分别比较基于网络结构的惩罚函数的变量选择模型和基于惩罚函数的变量选择模型的优劣性,结果表明:基于网络结构的惩罚函数模型较原有的惩罚函数模型更具有优越性和稳定性,尤其是基于MCP惩罚函数的网络结构模型有较高的预测能力,对于发现患有前列腺癌的病人有很大的帮助。2、将惩罚函数的变量选择方法应用于多因变量回归模型(1)本文详细介绍了基于协方差估计的多因变量回归模型,其原理是在似然函数上加入了惩罚项。通过计算机模拟研究基于协方差估计的多因变量回归模型在六种情况下的预测效果和变量选择效果,并在水稻DH群体的多性状QTL定位中,将基于协方差估计的多因变量回归模型与稀疏偏最小二乘法进行比较,研究表明基于协方差估计的多因变量回归模型在变量选择上有更佳的效果。(2)由于基于协方差估计的多因变量回归模型只能在解释变量小于样本量的情况下进行,本文提出一个基于高维数据的多因变量回归模型(即解释变量远大于样本量的情况)。通过计算机模拟分析该模型的预测和变量选择效果,并将基于高维数据的多因变量回归模型与稀疏偏最小二乘法都应用于高维的籼型杂交水稻的多性状QTL定位中,证实了基于高维数据的多因变量回归模型在变量选择和预测上都具有较好的结果。(本文来源于《福建农林大学》期刊2018-04-01）
基因关联分析论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的基于Meta分析方法,了解银屑病的发病与HLA-DQ基因关联性。方法检索PubMed、ISI 1972年1月1日～2018年7月1日期间收录有关银屑病与HLA-DQ基因关联研究的相关SCI文献。结果共纳入文献16篇,样本总量6 075例(其中病例组2 944例),报道了51个HLA-DQ基因与银屑病存在关联。经过分析,共得到23个HLA-DQ基因与银屑病存在关联,11个HLA-DQ基因为银屑病的风险基因,12个HLA-DQ基因为银屑病的保护性基因,28个HLA-DQ基因与银屑病不存在关联。结论分析表明23个HLA-DQ基因与银屑病存在关联,且与种族、临床类型、发病年龄和家族史存在关联。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
基因关联分析论文参考文献
[1].王嘉鹏.苏尼特羊GDF9基因关联性分析及其突变对启动子活性的影响[D].内蒙古大学.2019
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[10].李立婷.惩罚函数在基因关联分析中的应用研究[D].福建农林大学.2018