导读:本文包含了辅助受体利用论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:嗅觉受体蛋白,GPCRs,Olfr73,分子机制
辅助受体利用论文文献综述
[1]（2019）在《袁曙光研究员团队利用计算机辅助阐明嗅觉受体蛋白Olfr73低活性分子机制》一文中研究指出中国科学院深圳先进技术研究院计算机辅助药物设计中心袁曙光研究员团队参与的研究在嗅觉受体蛋白Olfr73分子活性机制取得进展。相应成果为"Yuan SG, Dahoun T, Brugarolas M, et al. Computational modeling of the olfactory receptor Olfr73 suggests a molecular basis for low potency of olfactory receptor-activating compounds [J].Communication Biology, 2019, 2:141(通过嗅觉受体蛋白Olfr73的计算机模拟阐明低活性嗅觉受体(本文来源于《集成技术》期刊2019年06期）
刘威男[2]（2019）在《我国HIV-1 CRF01_AE和CRF07_BC重组病毒辅助受体利用基因预测及近全长序列分析》一文中研究指出研究背景大多数抗HIV药物是作用于细胞内抑制HIV复制,而CCR5拮抗剂是通过阻断gp120与CCR5结合,阻止HIV进入宿主细胞,成为抗HIV药物研发的新领域。CCR5拮抗剂对X4嗜性病毒感染的患者不起作用,该药用于临床之前需了解患者的辅助受体利用情况。确定辅助受体利用情况的方法分为基因型方法和表型方法。表型方法是利用重组病毒、假病毒或活病毒感染可表达CCR5或CXCR4的细胞系,来检测辅助受体利用情况,是公认的金标准,但存在操作要求高、成本昂贵、耗时长的缺点。基因型方法是主要利用V3区氨基酸或核苷酸序列进行预测辅助受体利用情况,目前常用的在线预测工具为WebPSSM和Geno2pheno。基因型方法具有成本低、耗时短、技术简单易标准化的优点,但大多数基因型方法是基于B亚型和C亚型的V3区序列构建的,对于CRF0I AE和CRF07 BC重组亚型预测是否可行有待于进一步研究。CRF01 AE、CRF07 BC、CRF08 BC和B亚型己成为我国HIV-1主要的流行亚型。近年来,在MSM人群中发现了众多CRF01 AE/CRF07 BC、CRF01 AE/B、CRF01 AE/CRF07 BC/B独特重组亚型,其中流行传播发展为流行重组亚型的有 CRF55 01B、CRF59 01B、CRF67 01B、CRF79 0107 和CRF80 0107等。及时发现新的重组病毒并分析其亲本毒株的来源,有助于深入了解HIV-1的传播规律,为我国HIV-1的防治提供科学依据。研究目的1.了解我国主要流行的CRF01 AE和CRF07 BC重组病毒辅助受体利用情况,探讨基因型预测工具对CRF01 AE和CRF07 BC重组病毒辅助受体利用的可行性。2.通过分析HIV-1近全长基因序列,探索新的独特重组亚型和流行重组亚型。研究方法从样本库中选取从北京、广西、四川的HIV-1感染者中分离的22株CRF01 AE和19株CRF07 BC重组病毒,提取病毒RNA,逆转录成cDNA,采用近末端稀释法扩增获得近全长基因序列,对近全长序列进行亚型和重组模式分析。利用活病毒分别感染表达不同辅助受体的GHOST细胞,以HIV-1SF33(X4/R5)双嗜性作为阳性对照,正常细胞作为阴性对照,培养48小时后收集细胞,用流式细胞仪分析GFP的表达来判断HIV-1辅助受体利用情况。利用基因型方法(11/25规则、WebPSSM和Geno2pheno)对病毒辅助受体利用情况进行预测,将预测结果与经GHOST细胞系检测的表型实验结果进行比较。研究结果第一部分1.经GHOST细胞系检测,22株CRF01 AE重组病毒中,4株利用CCR5/CXCR4辅助受体,18株利用CCR5辅助受体;19株CRF07 BC重组病毒均只利用CCR5辅助受体。2.一致性分析结果显示:对于CRF01 AE重组病毒,11/25规则预测与表型实验的一致率为86.4%;geno2pheno 中,G2p-clinical、NGS-sanger和G2p-colon模型预测与表型实验的一致率分别为95.5%,86.4%,68.2%;WebPSSM中,PSSM-sinsi B、PSSM-x4r5和PSSM-sinsi C模型预测与表型实验的一致率分别为86.4%,72.7%和45.5%。对于CRF07 BC重组病毒,11/25规则预测与表型实验的一致率为94.7%;geno2pheno中,G2p-clinical、NGS-sanger和G2p-colon模型预测与表型实验的一致率分别为94.7%,94.7%,100.0%;WebPSSM中,PSSM-sinsi B、PSSM-x4r5和PSSM-sinsi C模型预测与表型实验的一致率分别为 100.0%,94.7%和 100.0%。3.V3区氨基酸净电荷分析结果:对于CRF01 AE重组病毒,R5/X4嗜性病毒中V3区净电荷分布在5-7之间,R5嗜性病毒的净电荷分布在2-7之间,经秩和检验,P<0.01,差异有统计学意义,R5/X4嗜性病毒V3区净电荷高于R5嗜性病毒。对于CRF07 BC重组病毒,R5嗜性病毒的V3区净电荷分布在2-5之间。4.V3区顶端四肽结果:CRF01 AE重组病毒中,共有GPGQ(68.1%)、GPGR(22.7%)、GPGH(4.5%)、GLGR(4.5%)四种顶端四肽。CRF07 BC重组病毒中,仅有GPGQ(100%)一种顶端四肽。第二部分1.鉴定一株CCR5嗜性的新的CRF01 AE/CRF07 BC独特重组病毒GX2016EU10,该病毒来自广西一名24岁的男同性恋患者,长度为8938bp(相对于HXB2位置为631-9603),由叁个CRF01 AE片段和叁个CRF07 BC片段重组而成,5个重组断点位置相对HXB2分别为1245、3864、5849、7895、8995。2.GX2016EU10的CRF01 AE片段V与主要流行于我国北方的男男同性性行为人群中的CRF01_AE g4a簇聚集在一起,Bootstrap值为92%;CRF07 BC片段II、IV、VI与来自于贵州男男同性性行为人群的GZ070087聚集成簇,Bootstrap值分别为96%、97%、71%。结论1.CRF01 AE重组病毒的HIV-1感染者,使用辅助受体拮抗剂前建议选择Geno2pheno预测工具进行辅助受体利用情况预测。在仅有V3区核苷酸或氨基酸序列的情况下,可选择Geno2pheno中的NGS-sanger 模型;在结合临床指标(CD4计数,病毒载量等)的情况下,建议选择Geno2pheno中的G2p-clinical模型进行预测。2.CRF07 BC重组病毒的HIV-1感染者,使用辅助受体拮抗剂前建议选择WebPSSM对辅助受体利用情况进行预测。3.GX2016EU10的出现增加了广西HIV-1流行的复杂性,需要对HIV-1高危人群的病毒多样性进行动态监测,加强分子流行病学调查,及时发现URF和CRF在不同人群中的分布,有助于深入了解HIV-1的传播规律,为我国HIV-1的防治提供科学依据。(本文来源于《中国疾病预防控制中心》期刊2019-06-30）
饶嫚,蔡卫平,魏绍静,肖桂娥,钟剑波[3]（2015）在《广东省不同亚型AIDS病人HIV-1 gp120 V3环基因变异及其利用辅助受体的情况》一文中研究指出目的了解广东省艾滋病病毒(HIV)主要流行亚型及V3环氨基酸的变异特点,并分析病毒株利用辅助受体的情况。方法收集2013-2014年期间,在广州市第八人民医院住院的艾滋病(AIDS)病人的血浆256份,巢式聚合酶链反应(Nested-PCR)方法扩增env基因C2-C3(HBX2:6972~7365)区并直接测序,用Geen tool软件将基因序列翻译为氨基酸序列进行比对和分析。结果共有214例(83.6%)扩增成功,其中143例(66.8%)为CRF01_AE;45例(21.0%)为B/C重组型;26例(12.1%)为CRF01_AE/B亚型。V3环顶端四肽基序,73.4%(157/214)为GPGQ,11.7%(25/214)为GPGR,8.9%(19/214)为GPGK,2.3%(5/214)为GQGQ,其他为(GPGG、GLGH、GPGS、GPGH)3.7%(8/214)。使用国际上普遍应用的4种软件(PSSMx4r5、SAAC+BLAS、PSSMsisi、Geno2pheno)分别对V3环顶端四肽基序利用辅助受体的情况进行评估。综合评估结果显示,132例(61.7%)利用CCR5,67例(31.3%)利用CXCR4。在15例(7.0%)无辅助受体评估结果的病例中,14例为CRF01_AE,1例为CRF01_AE/B。研究还发现,71.1%(32/45)B/C重组型的V3四肽基序单一使用PSSMsisi软件的评估结果,与4种软件综合评估结果的一致率为100%。结论目前广东省HIV-1的主要流行株仍是CRF01_AE,其V3环氨基酸高度变异,顶端四肽基序主要是GPGQ。对毒株利用辅助受体的情况,宜采取国际普遍使用的4种软件进行综合分析。(本文来源于《中国艾滋病性病》期刊2015年05期）
饶嫚,蔡晓丽,肖桂娥,兰芸,陈伟列[4]（2014）在《分析广州地区AIDS患者HIV-gp120 V3环基因变异及其利用辅助受体的情况》一文中研究指出目的本研究旨在了解广州地区HIV-1主要流行亚型的gpl20 v3环氨基酸变异特点,并联合多种在线生物信息学工具分析病毒株利用CCR5和CXCR4辅助受体的情况。方法收集2013年~2014年期间在广州市第八人民医院住院的AIDS患者血浆159例,其HIV病毒载量104以上。提取研究对象的(本文来源于《中华医学会第十叁次全国感染病学术会议论文汇编》期刊2014-06-13）
项玥[5]（2014）在《HIV-1病毒高效利用GPR15辅助受体的分子机制研究》一文中研究指出HIV-1感染靶细胞需要Env蛋白与第受体CD4和其它多种辅助受体的介导作用，通过蛋白复合物的系列分子构象的改变，帮助完成病毒与细胞的膜融合过程，从而开始病毒在宿主细胞内的复制增殖，除广泛应用的CCR5和CXCR4辅助受体，已经确认和证实十余种其它辅助受体。CCR5和CXCR4作为HIV-1主要利用的辅助受体，其结合的功能区已很清楚，但其它辅助受体的功能区并不明了。目前知道gp120V3区与细胞嗜性转换有关，静电荷数、糖基化、关键位置的氨基酸突变等因素均可影响着HIV-1对CCR5和CXCR4的利用情况。GPR15作为辅助受体的员，可与HIV-1、HIV-2和SIV病毒结合并介导感染，但其在感染中所起到的作用并没有引起足够的重视，因为以往发现的病毒不仅可以应用GPR15辅助受体，更主要的是应用辅助受体CCR5和/或CXCR4，这样GPR15辅助受体在HIV感染中的作用被主要的辅助受体所掩盖，对于V3区与GPR15辅助受体的相互作用机理更是鲜有报道。目前，已经初步探明GPR15辅助受体的天然功能以及在HIV机体感染中的作用。GPR15蛋白广泛表达于肠道细胞中，能够特异地控制T细胞归巢，尤其是调节性T细胞归巢到大肠的固有层。动物实验表明，敲除GPR15基因可使实验鼠的大肠患有重度炎症。粘膜免疫耐受的破坏所引发的的肠炎，也与HIV感染的临床症状相吻合。在HIV-1gp120的参与下，GPR15受体开启信号传导通路，破坏肠道屏障，导致肠道防御能力降低80%，并且对葡萄糖的吸收也下降70%，这在肠病临床症状呈阳性的艾滋病患者体内也已经证实。所以探明HIV-1与GPR15相互作用的分子机制，有着重要的临床意义，并且能够弥补HIV-1感染的机理研究的相关空白。本研究主要围绕株HIV-1病毒——ZP6248病毒株。ZP6248株是从例急性感染期病人分离得到的CD4依赖的HIV-1B亚型病毒，它高效利用GPR15辅助受体，而非CCR5和CXCR4。ZP6248病毒为我们提供了个很好的模型，围绕它的嗜性研究，分别讨论了ZP6248V3区与GPR15嗜性的的分子基础；确定GPR15辅助受体介导病毒感染的重要功能区；初步探究GPR15/CCR5嵌合型辅助受体与ZP6248Env共同介导细胞融合以及细胞凋亡的关联性。在研究ZP6248毒株GPR15嗜性的的分子基础方面，我们根据前期的工作基础，将ZP6248病毒的嗜性研究重点落在V3区。构建YU2（CCR5嗜性）与ZP6248V3区重组的感染性克隆（YU2.6248V3），证实了V3区是决定GPR15嗜性的关键区域。随后，进步以YU2.6248V3为分子基础，将ZP6248V3区异于B亚型V3区的所有8个氨基酸位点，进行逐丙氨酸（Ala）替换。感染实验结果表明，G306A和S322A突变可以明显下调YU2.6248V3的对GPR15+细胞的感染性；其它6个氨基酸位点——307、314、315、316、317和318位的Ala点突变，均使得YU2.6248V3丧失了GPR15辅助受体嗜性；而其中E314A突变克隆恢复了YU2.6248V3对CCR5的利用。观察感染时期的靶细胞发现，YU2.6248V3及其G306A和S322A突变克隆相比较野生型ZP6248病毒，体现出了更强的细胞毒性，可以介导靶细胞的快速死亡。V3区的第11位以及24和/或25位（即306位、321和/或322位）氨基酸是目前公认的决定辅助受体嗜性的关键性因素。鉴于实验证实314位同样具有重要影响力，我们将YU2的上述位点突变为ZP6248的对应氨基酸，考察其感染性。结果显示，单纯的将上述位点突变，YU2仅仅是丧失了CCR5的利用能力，并不能将病毒的辅助受体嗜性变为GPR15。上述结果暗示了，ZP6248V3可能以种特有的构象决定着病毒的GPR15嗜性，并且V3区314位氨基酸在与CCR5和GPR15相互作用的过程中扮演重要角色。在GPR15辅助受体研究方面，我们首次构建了GPR15/CCR5嵌合型辅助受体稳定表达细胞系，考察GPR15的不同胞外区与ZP6248病毒感染的关联性。结果表明，GPR15的第、二、叁胞外区是介导ZP6248毒株感染的关键区域，N端胞外区对细胞感染并无直接影响，但是对病毒的长期感染无法有效维持。在细胞融合实验中，仅ZP6248Env蛋白与CD4即可诱发细胞膜融合，内容物交流，而与辅助受体无明显关联。同时，能够介导ZP6248病毒感染的GPR15受体以及嵌合辅助受体GPR15/CCR5-N，均可以与在ZP6248Env的诱导下诱发靶细胞的死亡。上述结果提示我们，GPR15辅助受体介导ZP6248病毒感染的分子机制不同于CCR5（N端和第二胞外区），并且ZP6248病毒参与的细胞膜融合以及细胞死亡之间存在着不同的诱发机制，前者是后者的必要而非充分条件。这为阐明HIV-1引发肠胃病的分子机制，有着极大的现实意义。研究ZP6248病毒高效利用GPR15辅助受体的分子机制具有多方面的意义：首先，ZP6248病毒株分离自例临床病人体内，而非实验室条件下的加工修饰性病毒，课题的来源有着现实意义；其次，ZP6248病毒的特殊表型给我们提供了个非常好的天然模板，可以弥补以往对GPR15嗜性病毒研究无法排除CCR5和/或CXCR4嗜性的干扰；第叁，现已证实GPR15是引发肠胃免疫缺陷病症的关键所在，明确GPR15介导病毒感染的关键区域，有望为新药物的研发和临床治疗提供理论依据；最后，GPR15是SIV广泛利用的天然受体，而HIV在起源上与SIV有着进化关联，这对研究人畜共患疾病的分子进化机制，也有着定的指导意义。(本文来源于《吉林大学》期刊2014-06-01）
姜太一,焦艳梅,吴昊,张彤[6]（2013）在《急性期HIV病毒主要利用CXCR4辅助受体与疾病快速进展密切相关》一文中研究指出目的探讨急性HIV-1感染中病毒嗜性对疾病进展的影响以及在HIV感染最初一年中病毒嗜性的变化。方法 12例急性HIV-1感染者来源于首都医科大学附属北京佑安医院男男性接触者(MSM)高危人群队列,其中7例病情进展较快(感染HIV 2年后CD4+T细胞计数<200个/μl),5例病情进展较慢(感染HIV 2年后CD4+T细胞计数仍>500个/μl)。留取患者第一次HIV阳性随访点和48周随访点血浆标本,提取病毒基因组RNA,克隆HIV-1 env区的C2～V5区并测序。用Geno2pheno和PSSM软件预测共受体嗜性。结果成功克隆和测序的病毒株中,7例快速进展患者HIV感染后第一次随访时X4嗜性病毒株比例为87.0%(80/92),R5嗜性病毒株比例为13.0%(12/92);感染HIV 1年时X4嗜性病毒株占91.2%(93/102),R5嗜性病毒株占8.8%(9/102)。5例病情进展缓慢者,HIV感染后第一次随访时X4嗜性病毒株所占的比例为4.8%(3/62),R5嗜性病毒株所占的比例为95.2%(59/62);HIV感染1年时X4嗜性病毒株占5.2%(3/58),R5嗜性病毒株占94.8%(55/58)。结论 CXCR4嗜性毒株可能与HIV-1感染早期疾病进展有关,在感染第一年病毒嗜性无明显变化。(本文来源于《中国病毒病杂志》期刊2013年04期）
王蕊,孙伟,焦艳梅,计云霞,魏飞力[7]（2010）在《HIV-1 B'/C亚型毒株辅助受体的利用》一文中研究指出目的分析疾病进展不同阶段分离的B'/C亚型毒株辅助受体的利用情况。方法从长期不进展者和AIDS期患者体内分离病毒株,将获得的B'/C毒株进行体外培养,用病毒株感染U87.CD4、GHOST细胞系并进行培养,通过检测、比较培养基上清液中核衣壳蛋白p24量的差异来确定某一毒株利用的辅助受体。再利用辅助受体抑制剂TAK-799、AMD-3100验证从细胞系实验中得到的结论。结果从AIDS期患者体内分离的毒株大部分利用C-C家族趋化因子受体(C-C chemokine receptor,CCR)5辅助受体,部分利用C-X-C家族趋化因子受体(C-X-C chemokine receptor,CXCR)4和CCR5辅助受体。从长期不进展者体内分离的毒株利用CCR5辅助受体。结论从长期不进展者体内分离的病毒主要利用CCR5辅助受体。从AIDS期患者体内分离的病毒主要利用CCR5辅助受体,也有同时利用CCR5和CXCR4辅助受体的现象。(本文来源于《传染病信息》期刊2010年06期）
屈水令[8]（2009）在《抗病毒治疗人群HIV-1辅助受体利用及V3区基因预测研究》一文中研究指出研究背景世界上抗病毒药物——第一个辅助受体拮抗剂于2007年在美国批准上市,该类药物是通过阻断HIV-1gp120与CCR5的结合,从而阻止HIV-1进入宿主细胞,此药将对于职业暴露紧急预防、治疗失败者替换治疗发挥重要作用,同时还会有更多辅助受体拮抗剂进入临床研究,然而,该药物应用临床之前必须对HIV辅助受体的利用有全面了解,才能更有效地发挥药物的作用。但是我国抗病毒治疗后HIV辅助受体利用如何,非辅助受体拮抗剂药物对辅助受体的利用是否有直接或间接的影响,还不是很清楚,抗病毒治疗后HIV-1V3区是否发生了变化,V3区能否用于预测辅助受体的利用还有待于研究。本文将通过未治疗人群和抗病毒治疗人群HIV-1辅助受体利用、V3区序列分析,旨在探讨抗病毒治疗对HIV辅助受体利用的影响及其影响因素,以及V3区对HIV毒株辅助受体预测的可行性。该研究将今后更合理的指导临床用药提供理论基础。研究方法从安徽、河南HIV-1感染者中选择治疗人群和未治疗人群,通过外周血单个核细胞(Peripheral blood mononuclear cell,PBMCs)共培养方法分离HIV-1毒株、利用P24抗原试剂盒监测病毒分离情况,利用Ghost细胞系(表达CD4并选择性表达CCR5或CXCR4辅助受体)检测HIV-1辅助受体利用,结合感染者基本特征分析抗病毒治疗对HIV-1辅助受体影响,通过V3基因扩增、测序分析V3的序列特征与辅助受体利用的关系,进一步利用网络预测工具WebPSSM和geno2pheno进行HIV-1辅助受体的预测,并与病毒表型相比较,分析网络预测的可行性。研究结果从抗病毒治疗人群中分离出45株HIV-1病毒,其中23(51%)株来自河南省,采用的治疗方案为AZT+DDI+NVP,22(49%)株来自安徽省,采用治疗方案为D4T+DDI+NVP。治疗时间平均为26(6-48)月,经过pol基因型分析所有毒株均为HIV-1 B'亚型,并且89%(40株)的病毒株为耐药株。从安徽省既往献血未经过抗捕局瘟迫巳褐蟹掷?09株HIV-1病毒,经过序列分析亦为B'亚型HIV-1毒株。经过Ghost细胞系检验,从治疗人群中分离得到的45株病毒中,有22(48.89%)株利用CCR5辅助受体(R5毒株),21(46.67%)株利用X4/R5辅助受体(X4/R5毒株),2株(4.44%)利用CXCR4辅助受体(X4毒株)。从未治疗人群从分离得到的109株病毒中,96(88.07%)株利用CCR5辅助受体(R5毒株),13(11.93%)株利用CCR5/CXCR4辅助受体(X4/R5毒株),没有发现CXCR4毒株。以CD4~+T细胞计数分组(CD4＜100为一组,100=＜CD4＜200为一组,CD4＞200为一组)进一步分析疾病进展与病毒辅助受体利用的关系,无论是治疗人群中还是未治疗人群中随着CD4~+T细胞数的降低,利用X4/R5的HIV-1毒株均逐步增加,说明即使抗病毒治疗后,病毒利用X4辅助受体仍然与病程进展有一定关系,并且在同一CD4~+T细胞水平下,治疗人群中X4/R5利用率均高于未治疗人群。利用Logistic回归进行分析HIV抗病毒治疗中各因素对HIV辅助受体利用的影响发现:治疗相对于未治疗的OR为7.72((3.39-17.58)(p＜0.0001),而治疗时间、治疗方案、年龄、性别对辅助受体利用的影响都没有统计学意义。治疗组R5毒株相对于标准株SF33感染率为6.63倍,未治疗人群R5株相对于标准株SF33感染率为4.68倍。对于双嗜性毒株,治疗组对Ghost-CXCR4细胞的感染率是SF33感染率的2.09倍,对Ghost-CCR5细胞的感染率是SF33的4.50倍,未治疗组Ghost-CXCR4细胞的感染率是SF33感染率的0.69倍,对Ghost-CCR5细胞的感染率是SF33的1.90倍,提示抗病毒治疗后HIV的感染性增强。通过V3区净电荷研究发现,治疗人群中V3区净电荷为2-7之间(4.20±1.63);未治疗人群中V3净电荷在3-6之间(4.26±0.78)。利用11/25规则发现共有24(33.3%)株X4病毒,其中治疗人群中16株,未治疗人群中8株。通过配对四格表检验基因预测和病毒表型检测的一致性,发现在未治疗人群中两种结果不存关联性(X2=0.69,p=0.41),在治疗人群中两种结果存在关联性(X2=5.33,p=0.02),提示对治疗人群来说,11/25位点能够用于预测辅助受体的利用。利用WebPSSM预测出53(72.6%)株R5嗜性株,geno2pheno共预测出34(46.6%)株R5嗜性株,两种预测方法的一致率为50%。通过辅助受体表型检测与网络预测的一致性分析,发现WebPSSM预测CCR5嗜性毒株与Ghost细胞系检测结果一致性为89.5%,预测CXCR4嗜性株与Ghost细胞检测结果一致性为44.1%,geno2pheno预测出的CCR5嗜性毒株与Ghost细胞系检测结果一致性为50%,预测CXCR4嗜性株与Ghost细胞检测结果一致性为55.9%,WebPSSM对CCR5嗜性毒株的预测一致性要明显好于geno2pheno。结论1.本研究发现治疗人群中利用CXCR4辅助受体的HIV-1毒株明显高于未治疗人群,并且在同一CD4~+T计数水平下CXCR4的利用率也高于未治疗人群。提示目前在我国中部地区艾滋病抗病毒治疗失败后,对于辅助受体拮抗剂的选择必须慎重,同时提示这种高感染力的X4毒株有可能在人群中广泛传播。2.经过抗病毒治疗的HIV-1V3区净电荷要高于未治疗的HIV-1,而经过抗病毒治疗后,V3区净电荷的仍然与X4毒株的使用有一定的相关性,11/25位阳电荷仍能够有效地预测HIV辅助受体利用。3.对于未治疗人群,考虑使用辅助受体拮抗剂时建议WebPSSM方法,对于治疗人群失败人群,考虑用辅助受体拮抗剂替换治疗时也推荐使用WebPSSM方法。(本文来源于《中国疾病预防控制中心》期刊2009-06-30）
辅助受体利用论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
研究背景大多数抗HIV药物是作用于细胞内抑制HIV复制,而CCR5拮抗剂是通过阻断gp120与CCR5结合,阻止HIV进入宿主细胞,成为抗HIV药物研发的新领域。CCR5拮抗剂对X4嗜性病毒感染的患者不起作用,该药用于临床之前需了解患者的辅助受体利用情况。确定辅助受体利用情况的方法分为基因型方法和表型方法。表型方法是利用重组病毒、假病毒或活病毒感染可表达CCR5或CXCR4的细胞系,来检测辅助受体利用情况,是公认的金标准,但存在操作要求高、成本昂贵、耗时长的缺点。基因型方法是主要利用V3区氨基酸或核苷酸序列进行预测辅助受体利用情况,目前常用的在线预测工具为WebPSSM和Geno2pheno。基因型方法具有成本低、耗时短、技术简单易标准化的优点,但大多数基因型方法是基于B亚型和C亚型的V3区序列构建的,对于CRF0I AE和CRF07 BC重组亚型预测是否可行有待于进一步研究。CRF01 AE、CRF07 BC、CRF08 BC和B亚型己成为我国HIV-1主要的流行亚型。近年来,在MSM人群中发现了众多CRF01 AE/CRF07 BC、CRF01 AE/B、CRF01 AE/CRF07 BC/B独特重组亚型,其中流行传播发展为流行重组亚型的有 CRF55 01B、CRF59 01B、CRF67 01B、CRF79 0107 和CRF80 0107等。及时发现新的重组病毒并分析其亲本毒株的来源,有助于深入了解HIV-1的传播规律,为我国HIV-1的防治提供科学依据。研究目的1.了解我国主要流行的CRF01 AE和CRF07 BC重组病毒辅助受体利用情况,探讨基因型预测工具对CRF01 AE和CRF07 BC重组病毒辅助受体利用的可行性。2.通过分析HIV-1近全长基因序列,探索新的独特重组亚型和流行重组亚型。研究方法从样本库中选取从北京、广西、四川的HIV-1感染者中分离的22株CRF01 AE和19株CRF07 BC重组病毒,提取病毒RNA,逆转录成cDNA,采用近末端稀释法扩增获得近全长基因序列,对近全长序列进行亚型和重组模式分析。利用活病毒分别感染表达不同辅助受体的GHOST细胞,以HIV-1SF33(X4/R5)双嗜性作为阳性对照,正常细胞作为阴性对照,培养48小时后收集细胞,用流式细胞仪分析GFP的表达来判断HIV-1辅助受体利用情况。利用基因型方法(11/25规则、WebPSSM和Geno2pheno)对病毒辅助受体利用情况进行预测,将预测结果与经GHOST细胞系检测的表型实验结果进行比较。研究结果第一部分1.经GHOST细胞系检测,22株CRF01 AE重组病毒中,4株利用CCR5/CXCR4辅助受体,18株利用CCR5辅助受体;19株CRF07 BC重组病毒均只利用CCR5辅助受体。2.一致性分析结果显示:对于CRF01 AE重组病毒,11/25规则预测与表型实验的一致率为86.4%;geno2pheno 中,G2p-clinical、NGS-sanger和G2p-colon模型预测与表型实验的一致率分别为95.5%,86.4%,68.2%;WebPSSM中,PSSM-sinsi B、PSSM-x4r5和PSSM-sinsi C模型预测与表型实验的一致率分别为86.4%,72.7%和45.5%。对于CRF07 BC重组病毒,11/25规则预测与表型实验的一致率为94.7%;geno2pheno中,G2p-clinical、NGS-sanger和G2p-colon模型预测与表型实验的一致率分别为94.7%,94.7%,100.0%;WebPSSM中,PSSM-sinsi B、PSSM-x4r5和PSSM-sinsi C模型预测与表型实验的一致率分别为 100.0%,94.7%和 100.0%。3.V3区氨基酸净电荷分析结果:对于CRF01 AE重组病毒,R5/X4嗜性病毒中V3区净电荷分布在5-7之间,R5嗜性病毒的净电荷分布在2-7之间,经秩和检验,P<0.01,差异有统计学意义,R5/X4嗜性病毒V3区净电荷高于R5嗜性病毒。对于CRF07 BC重组病毒,R5嗜性病毒的V3区净电荷分布在2-5之间。4.V3区顶端四肽结果:CRF01 AE重组病毒中,共有GPGQ(68.1%)、GPGR(22.7%)、GPGH(4.5%)、GLGR(4.5%)四种顶端四肽。CRF07 BC重组病毒中,仅有GPGQ(100%)一种顶端四肽。第二部分1.鉴定一株CCR5嗜性的新的CRF01 AE/CRF07 BC独特重组病毒GX2016EU10,该病毒来自广西一名24岁的男同性恋患者,长度为8938bp(相对于HXB2位置为631-9603),由叁个CRF01 AE片段和叁个CRF07 BC片段重组而成,5个重组断点位置相对HXB2分别为1245、3864、5849、7895、8995。2.GX2016EU10的CRF01 AE片段V与主要流行于我国北方的男男同性性行为人群中的CRF01_AE g4a簇聚集在一起,Bootstrap值为92%;CRF07 BC片段II、IV、VI与来自于贵州男男同性性行为人群的GZ070087聚集成簇,Bootstrap值分别为96%、97%、71%。结论1.CRF01 AE重组病毒的HIV-1感染者,使用辅助受体拮抗剂前建议选择Geno2pheno预测工具进行辅助受体利用情况预测。在仅有V3区核苷酸或氨基酸序列的情况下,可选择Geno2pheno中的NGS-sanger 模型;在结合临床指标(CD4计数,病毒载量等)的情况下,建议选择Geno2pheno中的G2p-clinical模型进行预测。2.CRF07 BC重组病毒的HIV-1感染者,使用辅助受体拮抗剂前建议选择WebPSSM对辅助受体利用情况进行预测。3.GX2016EU10的出现增加了广西HIV-1流行的复杂性,需要对HIV-1高危人群的病毒多样性进行动态监测,加强分子流行病学调查,及时发现URF和CRF在不同人群中的分布,有助于深入了解HIV-1的传播规律,为我国HIV-1的防治提供科学依据。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
辅助受体利用论文参考文献
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