导读:本文包含了脱靶效应论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:单碱基,编辑工具,神经科学研究所,检测工具,杨辉,点突变,靶位点,衍生技术,遗传学系,脑研究
脱靶效应论文文献综述
颜维琦[1]（2019）在《世界首次证实单碱基基因编辑存在脱靶效应》一文中研究指出本报上海3月1日凌晨电（颜维琦）基因编辑技术越来越火，然而针对基因编辑工具最大的风险——脱靶效应，一直以来缺乏良好的检测工具。从中科院神经科学研究所获悉，其团队与多家机构合作完成的研究，建立了一种在精度、广度和准确性上远超越之前的基因编辑脱靶检测(本文来源于《光明日报》期刊2019-03-01）
郭全娟,韩秋菊,张建[2]（2018）在《CRISPR/Cas9技术的脱靶效应及优化策略》一文中研究指出近年,CRISPR/Cas9系统已经迅速成为医学领域最具潜力的基因编辑工具,它是继锌指核酸内切酶(zinc-finger nucleases,ZFNs)和转录激活子样效应因子核酸酶(transcription activator-like effectors nucleases,TALENs)之后的第叁代人工改造的核酸内切酶,被喻为"基因魔剪".该基因编辑系统最大优势在于只需要设计一个靶向目标序列的sgRNA(single-guide RNA)就能引导Cas9核酸酶结合到特定的基因序列,并指导Cas9核酸酶切割相应的结合位点,进而完成对靶基因的编辑.由于其设计简单、实施快捷、成本低廉,突变效率高等优点,这一系统在基因组功能鉴定、抗病毒、抗肿瘤、免疫治疗等众多领域已广泛研究.虽然CRISPR/Cas9系统具有如此多的优点,但是其可能存在的脱靶风险影响了该基因编辑技术的深入研究,增加了用于疾病治疗的风险,阻碍了临床的进一步应用.如何保证CRISPR/Cas9基因编辑技术高编辑效率,同时也能降低脱靶效应,这将是未来科学研究者深入研究CRISPR/Cas9技术并开拓其临床应用亟待解决的问题.为此我们在文章中对CRISPR/Cas9系统组成、作用机制及应用进展进行简要综述,着重介绍目前这一领域广受关注的脱靶效应,并归纳优化策略,以期为更多的研究者提供参考.(本文来源于《生物化学与生物物理进展》期刊2018年08期）
吴家栋,肖瑞[3]（2018）在《CRISPR/Cas9系统的脱靶效应及其介导的非编码RNA编辑在人类癌症中的应用》一文中研究指出成簇规律间隔的短回文重复序列(CRISPR)/CRISPR蛋白9(Cas9)系统作为细菌对抗外源入侵DNA的防御机制已经被成功开发应用于真核生物基因组编辑,该系统具有高效准确且可以编辑任意DNA位点的特点,同时也存在较为严重的脱靶效应。癌症目前对于人类依然是严峻挑战,癌症治疗过程中的不良反应使患者十分痛苦,CRISPR/Cas9系统可能实现在基因水平治疗癌症。本文旨在探讨CRISPR/Cas9系统的脱靶效应,为肿瘤治疗的深入研究提供新思路。(本文来源于《重庆医学》期刊2018年18期）
陈丽香,彭秀华,谭丹,韩铖潇,赵锐[4]（2017）在《基于CRISPR/Cas9系统定点编辑小鼠MAD2L1基因及其脱靶效应分析》一文中研究指出目的建立利用CRISPR/Cas9系统对小鼠MAD2L1基因第二外显子基因编辑的方法体系,并分析CRISPR/Cas9对MAD2L1基因编辑的脱靶效应。方法通过CHOPCHOP网站设计位于小鼠MAD2L1基因第二外显子的靶点序列,并构建Cas9-MAD2L1载体,将该载体转染到NIH/3T3细胞中,通过嘌呤霉素筛选并结合荧光显微镜观察GFP后,提取细胞转染后的基因组DNA,利用PCR方法,结合T7E1分析和桑格尔测序,鉴定对小鼠MAD2L1基因编辑情况,并对转染后的NIH/3T3细胞进行CRISPR/Cas9脱靶效应分析。结果将Cas9-MAD2L1载体转染到NIH/3T3细胞并进行嘌呤霉素筛选后,荧光显微镜下观察到大量表达GFP的细胞,PCR结合T7E1结果显示,以转染后的细胞DNA为模板扩增出的228 bp MAD2L1 PCR产物,可被酶切成166 bp和62 bp片段,测序结果显示,成功对MAD2L1基因第二外显子靶点处进行基因编辑,脱靶效应分析未检测到CRISPR/Cas9有对脱靶位点进行基因编辑。结论成功建立对小鼠MAD2L1基因第二外显子进行基因编辑的方法体系,设计的对MAD2L1基因编辑靶点未检测到脱靶效应的发生。(本文来源于《中国实验动物学报》期刊2017年06期）
聂翠蓉[5]（2017）在《CRISPR技术脱靶效应有了解决之道》一文中研究指出科技日报北京7月13日电 （聂翠蓉）CRISPR基因编辑技术广受争议的最大副作用——脱靶效应有了解决办法。据物理学家组织网12日报道，CRISPR-Cas9技术发明人之一詹妮弗·杜德纳参与的研究团队证实，抗CRISPR蛋白能将CRISPR导致的脱靶效(本文来源于《科技日报》期刊2017-07-14）
王倩[6]（2017）在《蓝白筛选在CRISPR/Cas9脱靶效应检测中的应用》一文中研究指出目的:脱靶效应的评估对核酸酶应用于人类基因治疗中至关重要。本课题运用蓝白筛选技术,建立CRISPR/Cas9剪切效率的原核评估系统,并利用该系统评估PAM位点处碱基突变时对其效率的影响,以及探讨不同个数及位置的碱基突变对CRISPR/Cas9靶效应及脱靶效应的影响。同时,通过白变蓝实验,评价EGFR突变相关gRNA的活性。方法:在探讨PAM位点处对CRISPR/Cas9效率的影响中,分别将PAM位点处碱基突变的靶点克隆至PMD19-T载体的LacZ区,保持原有阅读框编码状态,在X-Gal和IPTG诱导下,上述载体转入E.coli可产生蓝色菌落。通过共转靶点和含对应gRNA的CRISPR载体,观察菌落的颜色变化及结合溶菌实验定量分析CRISPR/Cas9效率。为了在序列水平反映CRISPR/Cas9的效率,构建含HBV双重复片段的载体,将靶点序列插入重复片段之间,使待测靶序列和双重复片段均位于LacZ区内,并使阅读框发生移码突变,但当双重复片段重组后,其阅读框可恢复编码。通过菌落白变蓝的颜色变化以及结合测序技术,验证CRISPR/Cas9的剪切效果。在探讨不同个数及位置的碱基突变对CRISPR/Cas9脱靶效应影响中,分别将含有1-3个且不同位置碱基突变的靶序列克隆至PMD19-T载体的LacZ区,保持其阅读框处于编码状态。利用上述所建立的原核评估体系,通过观察共转后所产生的颜色变化以及溶菌之后蓝白菌落的比例,分别比较了七个突变载体的靶效应及脱靶效应。利用已构建原核系统中的白变蓝方法评估非小细胞肺癌EGFR基因15del突变的相关靶点效率。分别将以NGG,NGA及NAG为PAM位点的靶点序列插入HBV双重复片段载体中。将与这叁个靶点配对的gRNA分别插入pCas9载体中。通过共转两种载体,观察所产生的的蓝色菌落数量,对叁个靶点的效率进行定量分析,并通过后续的测序结果进一步验证剪切的发生。结果:在探讨PAM位点处碱基突变对CRISPR/Cas9脱靶效应的影响中,当靶序列与gRNA完全配对时,共转后菌落均呈白色;当完全不配对时,共转后菌落则呈蓝色。实验结果表明NAG可作为一种潜在的PAM位点,并仍有一定的酶活性。当对PAM位点进行单碱基突变时,NNG和NGN两类突变靶点剪切效率明显降低;当对PAM位点NGG中的两个碱基G分别进行突变时,CRISPR/Cas9虽仍具有部分剪切活性,但其效率仅剩NGG时的五分之一。由于靶点PAM位点处均含有突变,故此时的剪切活性即为脱靶效应。当含有PAM位点突变靶点的HBV重复片段载体与对应的gRNA共转时,均有蓝色菌落产生,且蓝色菌落的数量与溶菌结果大体一致,测序结果同样也验证了CRISPR/Cas9剪切效应。在探讨不同个数及位置的碱基突变对CRISPR/Cas9脱靶效应的影响中,将含有不同靶点的载体与其对应的gRNA载体共转后,菌落颜色呈现了由白至蓝的梯度变化。突变碱基的个数越多,其菌落的颜色越蓝。后续的溶菌实验也同样表明,突变的碱基个数越多,剪切后的菌落蓝色越深,其剪切效率越低,脱靶效应也越低,即剪切效率与突变碱基个数成负相关。在评估非小细胞肺癌EGFR基因15del突变的相关靶点效率中,NGG型PAM位点与对应的CRISPR/Cas9载体共转后,其产生的蓝色菌落最多,靶效率最高;而在NAG型和NGA型中,靶效率明显下降。比较这两种类型的靶点可发现,NAG型的靶点其剪切效率明显高于NGA型,此实验结果也验证了第一部分的实验结果。结论:本课题以蓝白筛选为基础,构建了CRISPR/Cas9靶效应及脱靶效应的原核评估体系,为快速高效地检测核酸酶活性提供了一种新方法。并成功利用该体系比较了不同碱基突变对CRISPR/Cas9酶活性的影响,以及将该评价体系用于针对EGFR一个热点突变相关gRNA的筛选,为将来在人类疾病的基因治疗中更充分的了解靶点的选择提供了理论依据。(本文来源于《苏州大学》期刊2017-03-01）
杜彦修,季新,陈会杰,彭廷,张静[7]（2016）在《基于CRISPR/Cas9系统的OsbHLH116基因编辑及其脱靶效应分析》一文中研究指出以水稻OsbHLH116基因为编辑对象,根据基因编码区序列(CDS)在第一外显子区域设计长度为19bp的sgRNA,化学合成sgRNA的寡核苷酸序列,然后与CRISPR/Cas9系统表达载体pBUN411连接,再用农杆菌介导法获得水稻转基因株系,最后利用酶切和测序相结合的方法对OsbHLH116突变体进行了筛选鉴定和脱靶效应分析。结果表明,所构建的pBUN411-gRNA载体成功实现了对基因OsbHLH116的定向编辑。酶切分析表明在选取的10株T0代转基因苗中得到了6个OsbHLH116突变单株。对6个突变单株进行了TA克隆测序分析,发现了纯合突变、双等位突变和杂合突变3种类型。酶切分析表明2个潜在脱靶位点均未发生脱靶效应。(本文来源于《中国水稻科学》期刊2016年06期）
周林[8]（2016）在《两种用于CRISPR/Cas9靶效应和脱靶效应检测新方法的建立》一文中研究指出目的:建立基于蓝白筛选技术进行评估CRISPR/Cas9酶活性的方法;使用此方法评估CRISPR/Cas9基因编辑的靶效应和脱靶效应。方法:人工构建基于蓝白斑筛选的含有CRISPR/Cas9靶序列的报告质粒,通过菌落产生的蓝变白与白变蓝两种不同变化,建立在原核水平检测CRISPR/Cas9靶效应和脱靶效应的有效方法体系。在蓝变白实验中,将包括与gRNA完全互补的靶序列,PAM位点突变的靶序列,PAM位点旁1到19位点碱基连续突变的靶序列等一系列基因片段亚克隆至PMD-19T质粒的lacZ基因起始密码子后,并保持基因阅读框不发生移码,其转入大肠杆菌后对应的菌落颜色为蓝色。再将相应的gRNA克隆至原核CRISPR/Cas9质粒上,共同转化构建成功的CRISPR/Cas9和含有对应靶点的PMD-19T质粒将会导致菌落颜色发生变化。我们初步通过这种颜色的变化来直观地判断是否发生CRISPR/Cas9剪切作用,后续通过溶菌实验以及荧光定量PCR实验来计算剪切量的多少,从而有效地评估CRISPR/Cas9剪切的靶效应和脱靶效应。在白变蓝的实验中,我们首次建立了叁种用于核酸酶活性检测的含有双重复片段载体。将双重复片段载体与蓝白斑筛选相结合,待测靶序列和重复片段均位于α-多肽基因编码序列之内,并且预先设计使编码框架发生移码效果,这样的载体自身转化得到的大肠杆菌表现为白色。同时,载体构建时设计的重复片段之间发生重组反应后能使基因阅读框架恢复为不移码的状态。这样,当共转化CRISPR/Cas9使靶序列发生剪切后,导致在大肠杆菌内发生重复片段的重新组合,可形成一部分蓝色的菌落斑。蓝色菌落斑的形成,验证了蓝变白实验中CRISPR/Cas9剪切的发生。蓝色菌落斑的多少,与核酸酶的剪切活力的大小相关,由此确定CRISPR/Cas9是否对靶序列发生了剪切以及剪切量的多少。同样地,我们也对重复片段中间的靶序列的不同位点进行单碱基突变,通过观察共转后生成的蓝菌和白菌的不同的比例,来研究CRISPR/Cas9剪切的靶效应和脱靶效应。靶序列与gRNA完全互补时,检测靶效应;靶序列与gRNA不完全互补时,则该技术用于检测脱靶效应。结果:蓝变白实验中,原核系统中均可实现gRNA与靶点序列碱基完全互补时,CRISPR/Cas9剪切靶点序列后菌落呈白色;当gRNA与靶点序列碱基完全不互补时,剪切后菌落呈蓝色;当检测连续错配单碱基的靶序列,所产生菌落则为不同程度的蓝色菌落,总体趋势为:突变位点越靠近PAM位点,在CRISPR/Cas9剪切后,则菌落的蓝色越深;越远离PAM位点,菌落蓝色越淡甚至趋于白色。后续通过溶菌实验和荧光定量PCR对CRISPR/Cas9剪切后的菌落进行定量分析同样解释了此现象,再次确定CRISPR/Cas9的剪切效率非百分之百,采用本方法成功对不同条件下CRISPR/Cas9剪切的靶效应和脱靶效应进行定量。剪切后的菌落蓝色越深,表明被CRISPR/Cas9剪切的靶序列越少,脱靶效应越低;剪切后的菌落蓝色越浅,则被剪切的靶序列越多,脱靶效应越高。在白变蓝实验中,构建的双重复片段载体的报告质粒使其LacZ阅读框移码,得到的大肠杆菌表现为白色。当待测靶序列受到CRISPR/Cas9的编辑时,通过实验的预先设计使菌落再次变为蓝色。当突变重复片段之间靶点的单碱基时,突变不同的位点对生成的蓝白菌的比例也有影响,总体趋势为gRNA与靶点序列碱基完全互补时,重复片段修复的效率最高;当对靶序列单碱基突变后,修复效率大大降低,但也有个别位点不受突变的影响。并且不同的双重复片段载体修复的效率不同,HBV病毒重复片段和含有噬菌体LoxP重复片段的载体效率较人类的EGFR重复片段高。结论:本课题构建的基于蓝白筛选来评估CRISPR/Cas9基因编辑靶效应和脱靶效应的方法具有较高的敏感性。该方法直接明了,快速的检测出CRISPR/Cas9的酶活性大小且省时省力,不仅可用于筛选核酸酶的合适与非合适靶序列,还可以用于筛选确定靶序列的高效的基因工程酶。这两种方法可用于脱靶效应的评估,为基因编辑技术应用于人类疾病的基因治疗提供了技术保障。(本文来源于《苏州大学》期刊2016-04-01）
尹珅,贺桂芳,赖方秾,谢凤云,马俊宇[9]（2016）在《CRISPR/Cas9系统的脱靶效应》一文中研究指出在细菌中发现的免疫系统CRISPR/Cas9,已经成为最有效的基因工程编辑工具,甚至大有希望可以治疗人类遗传性疾病。但是CRISPR/Cas9系统在使用时会产生严重的脱靶问题,导致假表型和错误的解释。提高与靶点结合的高效率,同时减少脱靶效应,将是今后CRISPR/Cas9技术的挑战。综述关注与CRISPR/Cas9脱靶效应相关的内容,总结了影响其靶点专一性的因素,减少CRISPR/Cas9脱靶效应的可行性方法和设计工具等,供大家学习讨论。(本文来源于《生物技术通报》期刊2016年03期）
N.Rozenblum,E.Zeira,V.Scaiewicz,B.Bulvik,S.Gourevitch[10]（2015）在《肿瘤的发生:射频消融治疗的“脱靶”效应》一文中研究指出摘要目的采用慢性炎症背景下自发形成HCC的小鼠模型(即MDR2敲除模型)比较肝细胞癌(HCC)在射频消融治疗、外科局部肝切除和假手术后的发展情况并抑制HCC射频消融术后复发。材料与方法动物实验经实验动物管理委员会批准并按协议实施。采用Kaplan-Meier生存曲线分析比较了实施射频消融治疗、35%部分肝切除(即肝左叶切除)(本文来源于《国际医学放射学杂志》期刊2015年05期）
脱靶效应论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
近年,CRISPR/Cas9系统已经迅速成为医学领域最具潜力的基因编辑工具,它是继锌指核酸内切酶(zinc-finger nucleases,ZFNs)和转录激活子样效应因子核酸酶(transcription activator-like effectors nucleases,TALENs)之后的第叁代人工改造的核酸内切酶,被喻为"基因魔剪".该基因编辑系统最大优势在于只需要设计一个靶向目标序列的sgRNA(single-guide RNA)就能引导Cas9核酸酶结合到特定的基因序列,并指导Cas9核酸酶切割相应的结合位点,进而完成对靶基因的编辑.由于其设计简单、实施快捷、成本低廉,突变效率高等优点,这一系统在基因组功能鉴定、抗病毒、抗肿瘤、免疫治疗等众多领域已广泛研究.虽然CRISPR/Cas9系统具有如此多的优点,但是其可能存在的脱靶风险影响了该基因编辑技术的深入研究,增加了用于疾病治疗的风险,阻碍了临床的进一步应用.如何保证CRISPR/Cas9基因编辑技术高编辑效率,同时也能降低脱靶效应,这将是未来科学研究者深入研究CRISPR/Cas9技术并开拓其临床应用亟待解决的问题.为此我们在文章中对CRISPR/Cas9系统组成、作用机制及应用进展进行简要综述,着重介绍目前这一领域广受关注的脱靶效应,并归纳优化策略,以期为更多的研究者提供参考.
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
脱靶效应论文参考文献
[1].颜维琦.世界首次证实单碱基基因编辑存在脱靶效应[N].光明日报.2019
[2].郭全娟,韩秋菊,张建.CRISPR/Cas9技术的脱靶效应及优化策略[J].生物化学与生物物理进展.2018
[3].吴家栋,肖瑞.CRISPR/Cas9系统的脱靶效应及其介导的非编码RNA编辑在人类癌症中的应用[J].重庆医学.2018
[4].陈丽香,彭秀华,谭丹,韩铖潇,赵锐.基于CRISPR/Cas9系统定点编辑小鼠MAD2L1基因及其脱靶效应分析[J].中国实验动物学报.2017
[5].聂翠蓉.CRISPR技术脱靶效应有了解决之道[N].科技日报.2017
[6].王倩.蓝白筛选在CRISPR/Cas9脱靶效应检测中的应用[D].苏州大学.2017
[7].杜彦修,季新,陈会杰,彭廷,张静.基于CRISPR/Cas9系统的OsbHLH116基因编辑及其脱靶效应分析[J].中国水稻科学.2016
[8].周林.两种用于CRISPR/Cas9靶效应和脱靶效应检测新方法的建立[D].苏州大学.2016
[9].尹珅,贺桂芳,赖方秾,谢凤云,马俊宇.CRISPR/Cas9系统的脱靶效应[J].生物技术通报.2016
[10].N.Rozenblum,E.Zeira,V.Scaiewicz,B.Bulvik,S.Gourevitch.肿瘤的发生:射频消融治疗的“脱靶”效应[J].国际医学放射学杂志.2015