导读:本文包含了异常甲基化模式论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:白血病,抑癌基因,DNA甲基化,DAPK基因甲基化模式
异常甲基化模式论文文献综述
阮红刚,赵铮,许腊梅,付潮鸿[1]（2018）在《DAPK启动子区异常甲基化模式在白血病诊断分型中的价值分析》一文中研究指出目的:探讨抑癌基因DAPK启动子区异常甲基化模式作为潜在肿瘤标志物在白血病诊断分型中的价值。方法:采取亚硫酸氢盐测序法(BSP)对白血病细胞株和正常人外周血白细胞中抑癌基因DAPK启动子的异常甲基化模式进行分析;利用甲基化特异性PCR法(MSP)检验DAPK基因异常甲基化模式对于白血病诊断的效能。结果:Jurkat、U937、HL-60 3种细胞株的甲基化水平和正常细胞株比较差异有统计学意义(χ~2=90.736,P<0.05;χ~2=67.493,P<0.05;χ~2=753.284,P<0.05),提示肿瘤细胞的甲基化水平远高于正常细胞,且HL-60细胞株中的DAPK基因甲基化水平显着高于Jurkat和U937细胞株。ANLL用MSP甲基化检测时特异度、准确度和灵敏度分别为100%(61/61)、82.9%(87/105)和58.7%(27/46),未发现白血病病理分型和MSP诊断之间的关系。结论:抑癌基因DAPK启动子区异常甲基化模式作为一种潜在肿瘤标志物,极大丰富了临床诊断白血病的方法,对于白血病的诊断分型有重要的临床意义。(本文来源于《临床血液学杂志(输血与检验)》期刊2018年04期）
周维[2]（2017）在《DNA甲基化模式异常在PM2.5致肺癌过程中的作用》一文中研究指出背景和目的:近年来,全国范围内空气细颗粒物(Fine Particulate Mater,PM2.5)污染已严重影响到人们的生产生活,由PM2.5污染所导致的各种公众健康问题已受到政府和人民越来越多的关注。流行病学研究已表明,PM2.5长期暴露可导致人群中肺癌发病风险和因肺癌死亡率不断攀升。仅2015年,在我国因PM2.5污染导致的肺癌死亡人数就占全国肺癌总死亡人数的23.9%。2013年,国际癌症研究机构(IARC)正式将PM2.5列为人类I类致癌物。目前,PM2.5引起肺癌的机制尚未完全清楚。阐明PM2.5的致癌机制将为制定有效的干预措施和进行PM2.5的风险评价与管理提供重要依据。随着表观遗传学研究的不断深入,大量研究发现在肿瘤发生发展过程中常涉及全基因组和/或特定基因的DNA甲基化状态异常。人群流行病学资料亦证实PM2.5持续暴露可导致机体DNA甲基化模式改变。提示PM2.5诱导DNA甲基化模式异常可能是PM2.5致肺癌发生发展过程中的一个重要环节,但其急需机制研究加以证实与补充,同时PM2.5是如何诱导DNA甲基化模式异常仍需进一步研究。由于伦理学限制,现有研究多采用体外动物实验或细胞实验探索PM2.5引发肺癌的相关机制。然而,大多数体外研究在暴露剂量、暴露时间等实验条件的选择上很少基于现实暴露情境,简单地认为PM2.5毒性效应是“量”的累积,常在高浓度急性暴露情境下探讨PM2.5致癌的可能毒性机制,不利于问题的解释和研究结论的外推。因此,基于真实暴露情境进行的机制研究,可真实和全面地反映PM2.5暴露过程中DNA甲基化变化及其在PM2.5致肺癌过程中的作用,有助于揭示PM2.5真实的致病机制。基于上述考虑,本研究利用BEAS-2B细胞,首次通过体外构建两种暴露模型,分别模拟现实生活中高浓度急性暴露和低浓度长期暴露两种常见的暴露情境,系统性对比分析不同暴露情境下PM2.5毒性效应的差异及相关毒性机制。然后选用合适的暴露模型,分析PM2.5持续暴露过程中细胞全基因组甲基化状态和P53基因DNA甲基化水平,探索PM2.5暴露引起DNA甲基化模式异常的相关分子机制,揭示DNA甲基化模式异常在PM2.5致肺癌过程中的作用,旨在为阐明PM2.5致肺癌的表观遗传学机制奠定基础,同时亦为今后开展PM2.5致癌风险评估、修订我国空气质量标准和制定有效的干预措施提供重要实验依据。方法:首先,利用粒度仪、稳定分析仪和透射电子显微镜(TEM)对采集到的PM2.5进行粒径、稳定性和形貌进行分析。然后,通过多路径颗粒沉积模型(MPPD模型)基于现实暴露情境设计高剂量急性暴露(6μg/cm2,12μg/cm2,24μg/cm2,48μg/cm2,96μg/cm2,单次染毒BEAS-2B细胞24h)和低剂量重复暴露(1.5μg/cm2,3μg/cm2,6μg/cm2;重复暴露10d)两种暴露模型。在两种暴露模型中,分别采用CCK-8和LDH漏出率分析PM2.5染毒后的细胞毒性,通过TEM观察PM2.5对细胞超微结构的影响,利用CM-H2DCFDA荧光探针分析细胞内ROS水平,采用彗星实验检测PM2.5对DNA的损伤情况,利用流式细胞术分析细胞周期分布以及细胞凋亡和坏死发生率,采用Western Blot检测PM2.5对细胞DNA损伤修复、自噬、线粒体功能、炎性因子和表观遗传调控等相关蛋白表达的影响,采用化学发光法检测细胞内ATP水平,利用q RT-PCR分析PM2.5暴露后细胞内质网应激和UPR状态、P53 m RNA表达情况,采用比色法检测细胞内全基因组DNA甲基化水平变化,利用BSP分析P53启动子区域DNA甲基化状态,以及采用EMSA分析P53启动子区域DNA与核蛋白结合情况。此外,还通过si RNA干扰、ROS清除、抑制剂等方法进行高剂量急性暴露模型中细胞坏死原因的探讨和分析低剂量暴露模型中细胞内ROS-Akt-DNMT3B信号通路的作用。结果:1.本研究所采用的PM2.5的平均粒径为0.74±0.08μm,在培养基中具有良好的分散性,较少发生聚集沉淀。TEM显示PM2.5组成复杂、形态各异。2.在高剂量急性暴露模型中,高浓度PM2.5(≥24μg/cm2)能明显抑制细胞活力,增加细胞内LDH漏出,诱导细胞内ROS生成急剧增多,造成线粒体肿胀甚至空泡化、内质网扩张等改变,导致细胞DNA严重损伤。同时,随着暴露浓度的增加,PM2.5能磷酸化激活细胞内P53和H2A.X,上调P21、PARP-1表达,但并未引起细胞周期阻滞、细胞凋亡和胞内cleaved Caspase-3明显变化,反而促进细胞坏死的发生率和细胞内的IL-6水平升高。高浓度PM2.5暴露还能剂量依赖性激活m TOR-Beclin1-LC3B信号通路,诱导细胞自噬发生,上调细胞内P62/SQSTM1蛋白水平。进一步分析细胞内线粒体功能和ER-Stress相关分子变化,发现PM2.5虽能激活PGC-1α通路促进线粒体新生和功能,但细胞内ATP水平却随着PM2.5浓度的增加而显着降低,高浓度组(≥24μg/cm2)甚至不到对照组的30%。PM2.5能上调GRP78表达,但不能激活下游的UPR反应。在表观遗传调控方面,高浓度PM2.5短时间暴露可诱导细胞内DNMT1、SIRT1表达增加,抑制细胞内DNMT3B蛋白含量,而对DNMT3A表达无影响3.高浓度PM2.5急性暴露还能剂量依赖性增加细胞内HO-1水平,并促使其富集于线粒体,抑制细胞色素C释放。自噬抑制剂3-MA预处理和HO-1表达沉默后,能相互独立地降低高浓度PM2.5导致的细胞坏死,促进细胞凋亡发生。4.在低剂量重复暴露模型中,≤6μg/cm2的PM2.5重复暴露10d后,不产生明显的细胞毒性,但可诱导细胞内ROS低水平上升,导致部分线粒体轻微肿胀,仅在高剂量组(6μg/cm2)出现明显的DNA损伤。同时,随着PM2.5浓度增加,细胞内除H2A.X磷酸化激活外,cleaved PARP-1增加显着,P53和P21反而剂量依赖性降低。低剂量PM2.5重复暴露可导致细胞发生S期阻滞,促进细胞内cleaved Caspase-3表达增加,诱导细胞凋亡发生和细胞内IL-6低水平增加。PM2.5重复暴露虽未引起m TOR-Beclin1-LC3B信号通路激活和P62/SQSTM1蛋白表达,但细胞内却出现降解性自噬小体和层状小体。低剂量PM2.5重复暴露还能激活ER-Stress和下游的UPR反应,抑制NRF-1蛋白表达,诱导细胞内ATP降低。另外,PM2.5重复暴露可抑制细胞内DNMT1表达,增加DNMT3B细胞内含量,对SIRT1和DNMT3A无影响。5.低剂量PM2.5重复暴露可诱导细胞内ROS持续低水平增加。重复暴露5d后,PM2.5虽未引起明显DNA损伤、细胞周期阻滞和细胞凋亡发生,却能显着减少细胞内DNMT1蛋白表达,造成细胞全基因组甲基化水平降低,同时剂量依赖性上调细胞内DNMT3B蛋白含量和磷酸化Akt水平。重复暴露10d后,随着暴露浓度的增加,PM2.5可导致P53基因启动子区域甲基化胞嘧啶位点逐渐增多,并显着降低细胞内P53 m RNA水平和P53蛋白含量。EMSA结果显示PM2.5诱导的甲基化胞嘧啶碱基可显着抑制核蛋白与DNA结合。通过ROS清除剂(NAC)和Akt抑制剂(LY294002)预处理后发现,NAC和LY294002能显着降低细胞内的Akt磷酸化激活和DNMT3B蛋白表达水平,抑制由PM2.5暴露导致的P53基因启动子甲基化水平增加,最终恢复细胞内P53蛋白表达。结论:1.在两种不同的暴露情境下,PM2.5暴露在的细胞活力、胞内氧化水平、遗传物质损伤、细胞应激修复反应、能量供应、炎性水平、表观遗传调控以及细胞结局等方面产生的毒性效应差异明显。研究结果表明高浓度PM2.5急性暴露,常诱发细胞严重损伤,超出细胞自身应激修复能力,导致细胞稳态破坏,致使细胞出现不可控的“崩塌效应”,最终引起机体出现急性炎性症状发作等结局;而低剂量PM2.5长时间暴露,虽无明显细胞毒性,但反复低氧化、低炎性刺激可促使机体内细胞处于病理性适应状态,触发许多跟低水平氧化应激相关的疾病发生等。因此,本研究结果提示“暴露情境”可能是决定PM2.5毒性效应及相应的致病机制的重要影响因素之一。2.高浓度PM2.5急性暴露,可通过诱发BEAS-2B细胞内HO-1过度表达及线粒体富集,阻止线粒体内细胞色素C的释放,从而抑制细胞凋亡。同时,高浓度的PM2.5在短时间内上调细胞内自噬活动,造成自噬流紊乱,触发细胞自噬相关性坏死。因此,该暴露过程中PM2.5诱导产生的HO-1实则“助攻”细胞坏死的发生,发挥其负面效应。3.低剂量PM2.5重复暴露导致细胞内ROS持续低水平增加,可能通过抑制细胞内DNMT1蛋白表达造成细胞全基因组低甲基化。同时,PM2.5暴露还能通过激活细胞内ROS-Akt-DNMT3B信号通路,诱导P53基因启动子甲基化水平升高,进而导致P53基因转录表达水平降低,引起细胞内P53蛋白水平降低。PM2.5诱导的全基因组低甲基化和P53启动子高甲基化可能诱发并促进肺癌的发生。(本文来源于《中国人民解放军军事医学科学院》期刊2017-05-19）
叶松山,刘先娟,侯俊然,毛秉豫,邱耕[3]（2016）在《基于p73和DAPK基因异常甲基化模式的白血病肿瘤标志物研究》一文中研究指出目的肿瘤抑制基因异常甲基化状态与白血病发生关系密切,发展白血病甲基化标志物成为研究热点。但白血病类型复杂,利用单个基因甲基化模式作为肿瘤标志物具有一定局限性。本研究通过探讨基于肿瘤抑制基因p73和死亡相关蛋白激酶(death-associated protein kinase gene,DAPK)异常甲基化模式对白血病诊断分型的价值和意义,寻找一种联合多基因异常甲基化模式作为白血病肿瘤标志物的方法。方法应用亚硫酸氢盐测序法(bisulfite sequencing PCR,BSP),分析正常人白细胞、单核细胞系白血病细胞株U937、粒细胞系HL-60及淋巴细胞系Jurkat基因组中,p73和DAPK基因启动子区CpG岛甲基化状态,将测序结果汇集到Office Excel 2010文件中,并计算各CpG位点甲基化率,绘制2个基因在4种细胞来源基因组中的CpG岛甲基化模式图,从而筛选特异甲基化位点组合。通过甲基化特异性PCR法(methylation specific PCR,MSP),在白血病细胞株、30例正常对照和104例白血病患者外周血标本中,验证基因异常甲基化模式的诊断效能。结果成功测序约107个含BSP产物转化质粒的菌株,并绘制出p73和DAPK基因CpG岛甲基化模式图。正常细胞基因组两者去甲基化程度远高于白血病细胞株。p73基因在正常细胞与白血病细胞株中,甲基化状态完全相反。DAPK基因在HL-60中与其他白血病细胞株甲基化状态存在明显差异。p73基因MSP甲基化检测可以鉴别正常细胞和白血病细胞,在临床白血病标本诊断中的灵敏度、特异度和准确度分别是21.5%、100.0%和43.1%,DAPK基因甲基化检测可以鉴别HL-60与其他白血病细胞株,其诊断急性非淋巴细胞白血病的灵敏度、特异度和准确性分别是59.1%、100.0%和77.2%。结论 p73和DAPK基因启动子区CpG岛在不同类型白血病细胞基因组中存在特异的甲基化位点,将其作为白血病初步诊断分型的潜在肿瘤标志物具有一定临床意义,也为今后发现白血病等肿瘤的甲基化标志物提供方法并奠定实验研究基础。(本文来源于《中华肿瘤防治杂志》期刊2016年11期）
邓明田,万永杰,张国敏,任才芳,张浩[4]（2015）在《克隆山羊成纤维细胞异常印迹基因甲基化模式分析》一文中研究指出引言体细胞核移植(SCNT)是一种有效的生产转基因动物的技术。但是,SCNT动物常表现出异常的DNA甲基化和基因组印记,这些异常可能是由供体细胞的异常重编程造成的。DNA甲基化是研究较为广泛的一种表观遗传修饰,试验表明供体细胞的甲基化水平越低,克隆效率越高。因此本研究通过比较转人乳铁蛋白的山羊成纤维细胞(对照组)和转基因克隆山羊成纤维细胞的生物学特性,DNA甲基化相关基因的表达水平及印迹基因H19,IGF2R差异甲基化区域(DMR)的甲基化水平,探究转基因克隆山羊发育异常的原因,以期为克隆效率的提高提供一定参考。材料方法(本文来源于《2015年全国养羊生产与学术研讨会论文集》期刊2015-08-19）
沈晓沛[5]（2013）在《癌组织中启动子甲基化异常基因的功能模式及致癌机制》一文中研究指出随着全基因组DNA甲基化谱芯片的快速发展和应用，已经积累了大量的各种不同癌型的DNA甲基化数据。基因启动子的异常甲基化在癌症的发生过程中起着重要的作用，但是其功能特征尚不明确。同时，由于在癌基因组中存在着广泛的基因启动子差异甲基化，如何从大量的甲基化异常的基因中提取出导致癌症发生的“驱动”基因也是一个重要的问题。因此，本论文首先系统的分析了启动子差异高、低甲基化基因在癌症发生过程中的功能模式，然后提出了一种结合基因甲基化谱和表达谱筛选“驱动”基因的算法，最后针对配对样本的特殊数据对该算法做了适当的调整。本文主要包括以下叁部分内容：1．癌组织中启动子高、低甲基化基因的功能模式分析。首先，通过对五套不同癌型的全基因组启动子甲基化数据的功能分析，分别评价了高甲基化基因和低甲基化基因在不同癌型中的功能一致性，发现高、低甲基化基因在不同癌型中均是功能一致的。然后，确定了一组高甲基化基因特异的功能（主要和发育过程，生物学过程调控，细胞内信号转导等功能相关），这组功能显着富集高甲基化基因，而显着缺乏低甲基化基因（少于随机期望值）。同时，本工作也确定了一组低甲基化基因特异的功能（包括细胞死亡和刺激应答，免疫和炎症应答）。这些结果说明启动子高、低甲基化基因在不同的癌型中分别存在着相同的功能模式，而在癌组织中发生的高、低甲基化基因倾向于影响不同的功能。2.预测癌症的“驱动”基因。假设一个“驱动”基因的甲基化改变会导致该基因以及一组下游基因的表达改变，进而扰动一个或多个癌相关的通路，最终诱导癌症表型的出现。据此提出了一种整合基因甲基化谱和表达谱数据筛选“驱动”基因的方法。利用多套乳腺癌数据，多组“驱动”基因被筛选出来。然后，通过已有的癌基因数据库结合蛋白质互作网络，证明了筛选出的癌“驱动”基因的可靠性。最后，我们发现有些“驱动”基因的甲基化改变对basal-like, luminal-A和HER2+叁种乳腺癌亚型是亚型特异的甲基化改变。3．在癌症-正常配对的甲基化谱数据中筛选癌症的“驱动”基因。从每个患癌个体的癌组织与癌旁正常组织采集的癌症-正常配对数据提供了每组配对样本特有的自身相对改变的信息。针对此特点，对前面提出的预测癌症“驱动”基因的方法做了调整，提出了一种整合癌症-正常配对样本基因甲基化谱和表达谱数据筛选“驱动”基因的方法。把这种方法应用到了一个由五套乳腺癌配对样本整合的数据中，筛选出了一组癌症“驱动”基因，并且通过已有的癌基因数据库证实这组“驱动”基因和癌症的发生密切关联。综上，本工作证明了高、低甲基化基因在多种癌型中分别存在着相同的功能模式，这表明低甲基化在癌症的发生过程中具有和高甲基化同样重要的作用；同时提出的整合基因甲基化谱和表达谱来预测癌症“驱动”基因的方法可以有效地识别癌症“驱动”基因，有助于人们对启动子甲基化改变在癌症中的分子致癌机制的了解，并对未来癌症的表观遗传学靶向治疗有重要的提示意义。(本文来源于《电子科技大学》期刊2013-04-01）
宋鉴清,李花,王齐晖,欧阳金铭[6]（2012）在《肺癌患者外周血MAGE基因启动子异常甲基化模式检测的临床意义》一文中研究指出目的探讨外周血MAGE启动子区CpG岛去甲基化状态在非小细胞肺癌诊断和预后评估中的价值。方法用甲基化特异性PCR(methylation Specific PCR,MSP)检测49例非小细胞肺癌患者外周血MAGE-Al、-A3基因启动子区CpG岛去甲基化的状态,分析与临床参数的关系,每例患者进行24个月的随访。结果 49例非小细胞肺癌患者分别有26例(53.1%)外周血MAGE-Al启动子区CpG岛启动子呈去甲基化状态,24(本文来源于《中华医学会第七次全国中青年检验医学学术会议论文汇编》期刊2012-05-03）
谷晓鸿[7]（2008）在《上皮性卵巢癌DNA异常甲基化模式及其在分子分型和临床诊断中应用的研究》一文中研究指出卵巢恶性肿瘤是死亡率最高的女性生殖系统肿瘤,其中90%以上为上皮性卵巢癌(epithelial ovarian cancer,EOC)。由于缺乏有效的早期诊断方法,70%的患者得以诊断时已达Ⅲ期或Ⅳ期,五年生存率仅为15%-20%,因此发现新的既灵敏又特异的肿瘤标志物,对卵巢癌的早期诊断,提高患者的生存率具有重要意义。不仅不同期别和病理类型的上皮性卵巢癌患者的预后差异极大;相同期别和病理类型的患者也常常对相同的治疗反应不一,预后相差也很大。产生这种异质性的根本原因很可能是由于肿瘤细胞分子生物学的特性不同。因此,建立肿瘤的分子分型,更好地指导个体化治疗,这对提高患者的生存率,准确估计预后都具有重要意义。DNA甲基化是表观遗传的主要方式之一,协助调控基因表达。近年的研究发现,DNA异常甲基化与肿瘤,包括卵巢肿瘤的发生发展有着密切的联系。DNA异常甲基化是肿瘤发生的早期事件,可早于基因及其表达产物的改变。而且肿瘤患者血清DNA含量明显升高,并具有与肿瘤DNA类似的遗传学和表观遗传学改变。因此DNA异常甲基化包括血清DNA的异常甲基化在肿瘤发病机制的研究、早期诊断和指导治疗方面有着广泛的应用前景。本研究首先使用基于芯片技术的差异甲基化杂交(differential methylationhybridization,DMH),在全基因组范围建立上皮性卵巢癌的异常甲基化模式,探讨基于该模式的分子分型在辅助预后中的应用价值。之后用Taqman实时荧光定量PCR(MethyLight)对DMH结果进行大样本的组织学验证,寻找新的卵巢癌特异性的肿瘤标志物,为探索可用于上皮性卵巢癌早期诊断的新方法奠定基础。最后探讨血清DNA定量及甲基化标志物检测在卵巢癌诊断中的应用价值。第一部分:目的:检测人上皮性卵巢癌的DNA异常甲基化模式,探讨其在分子分型及发现新的癌相关基因中的应用价值。方法:用激光显微切割(laser microdissection,LMD)技术从20例冻存的原发性上皮性卵巢癌组织中获取肿瘤细胞作实验组,用原代培养的5例正常卵巢上皮细胞(human normal ovarian surface epithelium,HOSE)作对照组,用基于芯片技术的DMH检测人上皮性卵巢癌的DNA异常甲基化模式。用层次聚类法建立基于该甲基化模式的分子分型,用COX回归模型分析该分子分型及患者的各项临床指标与生存预后的相关性。序列比对分析各异常DNA甲基化位点与临近基因启动子的位置关系。结果:182个过甲基化位点和64个低甲基化位点(阳性率25%以上的点分别有18个和31个)组成了人上皮性卵巢癌的DNA异常甲基化模式。层次聚类法建立基于全部过/低甲基化位点、低甲基化位点、过甲基化位点的叁种分子分型,COX回归模型分析发现除病理类型、病理分级、手术病理分期之外,基于过甲基化的分子分型也是患者预后的影响因子,其影响患者预后的风险系数为13.459(P=0.022)。DNA序列比对分析发现有15个异常甲基化位点位于某些基因启动子区CpG岛(CpG island,CGI),提示这些基因可能是通过启动子区的异常甲基化而参与卵巢癌的发生发展。结论:基于芯片技术的差异甲基化杂交是一种高通量的DNA异常甲基化模式的筛查方法,人上皮性卵巢癌的DNA异常甲基化模式在分子分型及发现新的癌相关基因中都具有很好的应用价值。第二部分:目的:检测上皮性卵巢癌患者肿瘤组织DNA多个基因启动子区CGI的甲基化状态,验证前期DMH芯片结果,寻找新的卵巢癌特异性的肿瘤标志物,为探索可用于上皮性卵巢癌早期诊断的新方法奠定基础。方法:选择7个DMH结果显示在上皮性卵巢癌中低甲基化的基因启动子CGI,用MethyLight检测其在87例上皮性卵巢癌(含20例前期DMH检测的原发病例)和42例卵巢良性病变患者肿瘤组织中的甲基化状态。结果:前期DMH检测的20例原发性上皮性卵巢癌患者肿瘤组织DNA中,7个CGI均呈不同程度的低甲基化。上皮性卵巢癌和卵巢良性病变患者组织DNA中,基因LSM2、EGFLAM和CDKN2A的甲基化率依次为11%(10/87)和33%(14/42)、8%(7/87)和21%(9/42)、9%(8/87)和31%(13/42),与卵巢良性病变患者相比,上皮性卵巢癌患者叁个基因甲基化程度均有显着下降(P＜0.05,χ~2检验)。叁个CGI组合的甲基化率(叁个CGI中至少有一个出现甲基化),全部上皮性卵巢癌患者(19/87,22%)和Ⅰ期上皮性卵巢癌患者(10/33,30%)均比良性卵巢病变患者(23/42,55%)显着降低(P＜0.05,χ~2检验)。结论:大样本肿瘤组织MethyLight检测很好的验证了DMH芯片结果,基因EGFLAM、CDKN2A和LSM2启动子区CGI有可能成为新的上皮性卵巢癌特异性的低甲基化肿瘤标志物,联合检测叁个CGI的甲基化程度可能有助于卵巢癌的早期诊断。第叁部分:目的:检测上皮性卵巢癌患者血清DNA水平,及基因EGFLAM、CDKN2A和LSM2启动子区CGI的甲基化程度,探索可用于上皮性卵巢癌诊断的新方法。方法:用微量基因组DNA抽提试剂盒提取30例原发性上皮性卵巢癌、15例卵巢良性病变患者血清DNA,用SYBR Green I荧光染色法测定其含量,用MethyLight检测基因EGFLAM、CDKN2A和LSM2启动子区CGI甲基化程度。结果:30例原发性上皮性卵巢癌患者血清DNA含量(59.69±88.43ng/ml)显着高于15例卵巢良性病变患者(21.35±10.02ng/ml,P＜0.05)。血清DNA中基因EGFLAM、CDKN2A和LSM2启动子区CGI的甲基化率,上皮性卵巢癌患者(依次为17%(5/30)、10%(3/30)、33%(10/30))比卵巢良性病变患者(依次为33%(5/15)、20%(3/15)、60%(9/15))降低,但差异无显着性(P＞0.05,χ~2检验)。血清DNA前述叁个CGI组合的甲基化率(叁个CGI中至少有一个出现甲基化),上皮性卵巢癌患者(53%,16/30)比卵巢良性病变患者(80%,12/15)降低,但差异无显着性(P=0.074,χ~2检验);而晚期上皮性卵巢癌患者(40%,8/20)比卵巢良性病变患者(80%,12/15)显着降低(P=0.015,χ~2检验)。将血清DNA含量(33ng/ml以上)及其甲基化状态(叁个CGI均未出现甲基化者诊断为上皮性卵巢癌)两项指标结合用于上皮性卵巢癌的诊断,总的敏感性和特异性分别是70%和73.3%。结论:上皮性卵巢癌患者血清DNA定量及其甲基化标志物EGFLAM、CDKN2A和LSM2基因启动子区CGI的甲基化状态检测有可能成为辅助上皮性卵巢癌诊断的新方法。(本文来源于《复旦大学》期刊2008-03-03）
刘蕾,侯健,雷霆华,白佳桦,关宏[8]（2008）在《绵羊体细胞克隆胚胎的异常DNA甲基化模式》一文中研究指出以体外受精胚胎作为对照,利用抗5-甲基胞嘧啶抗体免疫荧光法对绵羊体细胞克隆胚胎的基因组甲基化模式进行了分析.实验结果表明:(ⅰ)在着床前发育过程中,体细胞克隆胚胎呈现出与体外受精胚胎类似的去甲基化趋势,即在8-细胞期甲基化水平降到最低点,紧接着在桑椹胚时又升高,但是克隆胚胎的甲基化水平明显高于同一时期的体外受精胚胎,特别在8-细胞期及其以后时期;(ⅱ)克隆囊胚的甲基化模式与体外受精囊胚不同,克隆囊胚的内细胞团(inner cell mass,ICM)和滋养层(trophectoderm cells,TE)甲基化水平相当,而体外受精囊胚的内细胞甲基化水平低于滋养层.研究结果表明,与体外受精胚胎相比,克隆胚胎的DNA甲基化重编程存在异常,它可能是导致克隆胚胎发育失败的原因之一.(本文来源于《科学通报》期刊2008年03期）
佟红艳[9]（2003）在《骨髓增生异常综合征（MDS）细胞甲基化模式异常与叁氧化二砷对其作用及机理研究》一文中研究指出骨髓增生异常综合征(myelodysplastic syndromes,MDS)是一组获得性造血干细胞克隆性疾病，根据临床预后分为低危MDS(难治性贫血／难治性贫血伴环铁粒幼红细胞增多，RA／RAS)和高危MDS(难治性贫血伴原始细胞增多／转变中的RAEB，RAEB／RAEB-t)。近年来，国内外研究报道，抑癌基因p151NK4B启动子甲基化导致其功能失活与MDS的疾病进展有关。p15INK4B蛋白质是细胞周期依赖性激酶(cyclin-dependent kinase,CDK)_4和CDK_6的抑制剂，通过抑制它们的丝氨酸／苏氨酸激酶效应，阻断分裂细胞由G_1期向S期过渡，从而抑制细胞增殖。p151NK4B基因启动子及转录起始区域内的CpG岛高度甲基化是导致该基因失活的重要方式。基因甲基化由DNA C5胞嘧啶甲基转移酶(DNA methyltransferases,DNMTs)催化，DNMTs以S-腺苷甲硫氨酸(S-adenosylmethionine,SAM)为甲基供体，将甲基转移到胞嘧啶的第5位碳原子上。DNMTs在调节基因甲基化中起重要作用，迄今发现的人类DNA C5胞嘧啶甲基转移酶有叁种，DMNT_1、DNMT_(3A)和DNMT_(3B)。国外有少数报道，急性髓细胞性白血病(AML)患者p151NK4B基因高度甲基化与DNMTs表达异常增高有关，DNMTs活性异常增高导致抑癌基因启动子CpG岛高度甲基化可能是AML发病机制之一，但在MDS细胞中DNMTs表达状况，迄今未见报道。 叁氧化二砷(AS_2O_3)系我国民间验方癌灵1号的主要成分。我国学者临床观察发现， 浙江大学博士学位论文 静脉滴注防；0可有效地治疗急性早幼粒细胞性白血病（SCllte promyelOCytiC leUk6mi。， APL），尤其是治疗复发和耐药的 APL患者。体外研究表明，AS203对某些肿瘤细胞具有诱导 调亡和分化、下调端粒酶活性、抗血管新生等作用。由于AS。03代谢过程中需要通过甲基化 被解毒，且甲基的来源是S一腺苦甲硫氨酸，使其有可能竞争甲基来干扰基因组DNA甲基化 模式。国外已有报道，AS。03可改变P53基因甲基化模式，国内仅见一篇报道，AS。0。可使人 急性淋巴细胞白血病系M。it4细胞P15INK4B基因去甲基化。但该方面的研究甚少。 有关AS。0。对hos的作用及其机理，国内外尚未见文献报道。本课题试图研究p15INK4B 基因甲基化模式改变与MDS发病的关系，及其可能的机制；阐明AS；0。治疗皿DS可能的作用 机理，为该药的临床应用提供实验和理论依据，为设计新的抗肿瘤策略拓宽思路。 本课题采用甲基化特异nR（methylation－speCific PCR，MSP）、RT－PCR和Western杂 交等方法研究了20例MDS患者，其中低危组10例，高危组10例。20例AL患者为阳性对 照组，其中急性髓细胞性白血病（AML）10例，急性淋巴细胞性白血病（ALL）10例。10 名正常骨髓志愿捐献者为阴性对照组。结果显示，正常对照组骨髓单个核细胞（MNCS）几 乎表达P15INK4B基因（90％，9／10）和P15INK4B蛋白质（90％，9／10），且均未检测到P15INK4B 基因甲基化。MDS患者骨髓MNCs s15INK4B基因 mRNA水平和蛋白质水平表达降低与 P15INK4B基因高度甲基化相关，表明MDS患者P15INK4B基因主要通过甲基化方式失活。 MDS低危组较正常组仅DNMT；表达增高，提示低危组骨髓单个核细胞P15INK4B基因甲基化 可能与DWT；高表达有关。高危组骨髓单个核细胞P15INK4B基因甲基化阳性率明显高于低 危组（60％ VS 10％），并伴有DNMT。＾、DNMT。mRNA表达异常增高。DNMT；在MDS低危组、高 危组患者均明显地增高，两组差异无统计学意义，表明，重新甲基转移酶DNMT。＾和DNMT。。mRNA 表达增高可能与血S高危有关。对照M组骨髓MNCS也有P15INK4B基因甲基化（45％，9／20） 和叁种甲基转移酶 mRNA表达异常增高。与之比较，MI）S高危组患者骨髓 MNCs DNMT；、DNMT。B mRNA表达差异无显着性，而DNMT。＾mRNA表达低于AL组。上述结果表明hos患者骨髓MNCs 甲基转移酶异常高度表达可能与MDS向AL演进有关。国内外未见类似文献报道。 本课题以人MDS－RAEB细胞株MUTZI细胞为主要研究对象，应用MTT比色法观察了 AS。0。对 MUTZ－l细胞及对照组 HL－60细胞、Raj i细胞的生长抑制作用。结果显示，AS众对 2 浙江大学博士学位论文一以上细胞都有不同程度的生长抑制作用，其对MUTZl细胞的抑制作用明显地高于HL乃0细胞，而明显的低于 R幻i细胞。AS0。对 MUTZ＊细胞、HL乃0细胞与 R幻i细胞作用 24h的半数抑制浓度（IC。）值分别为 14．94umol／L、21．06umol／L和4．48umol／L。AS。0。对MUTZ－l细胞的生长抑制作用具有时间、剂量依赖关系。AS。0。处理MUTZ－1细胞24h、48h、72h的IC。值分别为 14．94 u mol(本文来源于《浙江大学》期刊2003-01-01）
陈华,武淑兰,朱强,石永进[10]（2001）在《急性白血病及骨髓增生异常综合征患者p15基因甲基化模式改变及其意义》一文中研究指出ｐ15基因是位于染色体 9ｐ2 1的一个抑癌基因 ,其编码产物ｐ15蛋白可抑制细胞周期素依赖性激酶ＣＤＫ4 6 ,使Ｒｂ蛋白磷酸化受阻 ,从而阻止细胞由Ｇ1 期进入Ｓ期。ｐ15基因的失活可导致细胞增殖失控 ,与某些肿瘤的发生有关[1 ] 。但近年研究发现(本文来源于《中华血液学杂志》期刊2001年12期）
异常甲基化模式论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
背景和目的:近年来,全国范围内空气细颗粒物(Fine Particulate Mater,PM2.5)污染已严重影响到人们的生产生活,由PM2.5污染所导致的各种公众健康问题已受到政府和人民越来越多的关注。流行病学研究已表明,PM2.5长期暴露可导致人群中肺癌发病风险和因肺癌死亡率不断攀升。仅2015年,在我国因PM2.5污染导致的肺癌死亡人数就占全国肺癌总死亡人数的23.9%。2013年,国际癌症研究机构(IARC)正式将PM2.5列为人类I类致癌物。目前,PM2.5引起肺癌的机制尚未完全清楚。阐明PM2.5的致癌机制将为制定有效的干预措施和进行PM2.5的风险评价与管理提供重要依据。随着表观遗传学研究的不断深入,大量研究发现在肿瘤发生发展过程中常涉及全基因组和/或特定基因的DNA甲基化状态异常。人群流行病学资料亦证实PM2.5持续暴露可导致机体DNA甲基化模式改变。提示PM2.5诱导DNA甲基化模式异常可能是PM2.5致肺癌发生发展过程中的一个重要环节,但其急需机制研究加以证实与补充,同时PM2.5是如何诱导DNA甲基化模式异常仍需进一步研究。由于伦理学限制,现有研究多采用体外动物实验或细胞实验探索PM2.5引发肺癌的相关机制。然而,大多数体外研究在暴露剂量、暴露时间等实验条件的选择上很少基于现实暴露情境,简单地认为PM2.5毒性效应是“量”的累积,常在高浓度急性暴露情境下探讨PM2.5致癌的可能毒性机制,不利于问题的解释和研究结论的外推。因此,基于真实暴露情境进行的机制研究,可真实和全面地反映PM2.5暴露过程中DNA甲基化变化及其在PM2.5致肺癌过程中的作用,有助于揭示PM2.5真实的致病机制。基于上述考虑,本研究利用BEAS-2B细胞,首次通过体外构建两种暴露模型,分别模拟现实生活中高浓度急性暴露和低浓度长期暴露两种常见的暴露情境,系统性对比分析不同暴露情境下PM2.5毒性效应的差异及相关毒性机制。然后选用合适的暴露模型,分析PM2.5持续暴露过程中细胞全基因组甲基化状态和P53基因DNA甲基化水平,探索PM2.5暴露引起DNA甲基化模式异常的相关分子机制,揭示DNA甲基化模式异常在PM2.5致肺癌过程中的作用,旨在为阐明PM2.5致肺癌的表观遗传学机制奠定基础,同时亦为今后开展PM2.5致癌风险评估、修订我国空气质量标准和制定有效的干预措施提供重要实验依据。方法:首先,利用粒度仪、稳定分析仪和透射电子显微镜(TEM)对采集到的PM2.5进行粒径、稳定性和形貌进行分析。然后,通过多路径颗粒沉积模型(MPPD模型)基于现实暴露情境设计高剂量急性暴露(6μg/cm2,12μg/cm2,24μg/cm2,48μg/cm2,96μg/cm2,单次染毒BEAS-2B细胞24h)和低剂量重复暴露(1.5μg/cm2,3μg/cm2,6μg/cm2;重复暴露10d)两种暴露模型。在两种暴露模型中,分别采用CCK-8和LDH漏出率分析PM2.5染毒后的细胞毒性,通过TEM观察PM2.5对细胞超微结构的影响,利用CM-H2DCFDA荧光探针分析细胞内ROS水平,采用彗星实验检测PM2.5对DNA的损伤情况,利用流式细胞术分析细胞周期分布以及细胞凋亡和坏死发生率,采用Western Blot检测PM2.5对细胞DNA损伤修复、自噬、线粒体功能、炎性因子和表观遗传调控等相关蛋白表达的影响,采用化学发光法检测细胞内ATP水平,利用q RT-PCR分析PM2.5暴露后细胞内质网应激和UPR状态、P53 m RNA表达情况,采用比色法检测细胞内全基因组DNA甲基化水平变化,利用BSP分析P53启动子区域DNA甲基化状态,以及采用EMSA分析P53启动子区域DNA与核蛋白结合情况。此外,还通过si RNA干扰、ROS清除、抑制剂等方法进行高剂量急性暴露模型中细胞坏死原因的探讨和分析低剂量暴露模型中细胞内ROS-Akt-DNMT3B信号通路的作用。结果:1.本研究所采用的PM2.5的平均粒径为0.74±0.08μm,在培养基中具有良好的分散性,较少发生聚集沉淀。TEM显示PM2.5组成复杂、形态各异。2.在高剂量急性暴露模型中,高浓度PM2.5(≥24μg/cm2)能明显抑制细胞活力,增加细胞内LDH漏出,诱导细胞内ROS生成急剧增多,造成线粒体肿胀甚至空泡化、内质网扩张等改变,导致细胞DNA严重损伤。同时,随着暴露浓度的增加,PM2.5能磷酸化激活细胞内P53和H2A.X,上调P21、PARP-1表达,但并未引起细胞周期阻滞、细胞凋亡和胞内cleaved Caspase-3明显变化,反而促进细胞坏死的发生率和细胞内的IL-6水平升高。高浓度PM2.5暴露还能剂量依赖性激活m TOR-Beclin1-LC3B信号通路,诱导细胞自噬发生,上调细胞内P62/SQSTM1蛋白水平。进一步分析细胞内线粒体功能和ER-Stress相关分子变化,发现PM2.5虽能激活PGC-1α通路促进线粒体新生和功能,但细胞内ATP水平却随着PM2.5浓度的增加而显着降低,高浓度组(≥24μg/cm2)甚至不到对照组的30%。PM2.5能上调GRP78表达,但不能激活下游的UPR反应。在表观遗传调控方面,高浓度PM2.5短时间暴露可诱导细胞内DNMT1、SIRT1表达增加,抑制细胞内DNMT3B蛋白含量,而对DNMT3A表达无影响3.高浓度PM2.5急性暴露还能剂量依赖性增加细胞内HO-1水平,并促使其富集于线粒体,抑制细胞色素C释放。自噬抑制剂3-MA预处理和HO-1表达沉默后,能相互独立地降低高浓度PM2.5导致的细胞坏死,促进细胞凋亡发生。4.在低剂量重复暴露模型中,≤6μg/cm2的PM2.5重复暴露10d后,不产生明显的细胞毒性,但可诱导细胞内ROS低水平上升,导致部分线粒体轻微肿胀,仅在高剂量组(6μg/cm2)出现明显的DNA损伤。同时,随着PM2.5浓度增加,细胞内除H2A.X磷酸化激活外,cleaved PARP-1增加显着,P53和P21反而剂量依赖性降低。低剂量PM2.5重复暴露可导致细胞发生S期阻滞,促进细胞内cleaved Caspase-3表达增加,诱导细胞凋亡发生和细胞内IL-6低水平增加。PM2.5重复暴露虽未引起m TOR-Beclin1-LC3B信号通路激活和P62/SQSTM1蛋白表达,但细胞内却出现降解性自噬小体和层状小体。低剂量PM2.5重复暴露还能激活ER-Stress和下游的UPR反应,抑制NRF-1蛋白表达,诱导细胞内ATP降低。另外,PM2.5重复暴露可抑制细胞内DNMT1表达,增加DNMT3B细胞内含量,对SIRT1和DNMT3A无影响。5.低剂量PM2.5重复暴露可诱导细胞内ROS持续低水平增加。重复暴露5d后,PM2.5虽未引起明显DNA损伤、细胞周期阻滞和细胞凋亡发生,却能显着减少细胞内DNMT1蛋白表达,造成细胞全基因组甲基化水平降低,同时剂量依赖性上调细胞内DNMT3B蛋白含量和磷酸化Akt水平。重复暴露10d后,随着暴露浓度的增加,PM2.5可导致P53基因启动子区域甲基化胞嘧啶位点逐渐增多,并显着降低细胞内P53 m RNA水平和P53蛋白含量。EMSA结果显示PM2.5诱导的甲基化胞嘧啶碱基可显着抑制核蛋白与DNA结合。通过ROS清除剂(NAC)和Akt抑制剂(LY294002)预处理后发现,NAC和LY294002能显着降低细胞内的Akt磷酸化激活和DNMT3B蛋白表达水平,抑制由PM2.5暴露导致的P53基因启动子甲基化水平增加,最终恢复细胞内P53蛋白表达。结论:1.在两种不同的暴露情境下,PM2.5暴露在的细胞活力、胞内氧化水平、遗传物质损伤、细胞应激修复反应、能量供应、炎性水平、表观遗传调控以及细胞结局等方面产生的毒性效应差异明显。研究结果表明高浓度PM2.5急性暴露,常诱发细胞严重损伤,超出细胞自身应激修复能力,导致细胞稳态破坏,致使细胞出现不可控的“崩塌效应”,最终引起机体出现急性炎性症状发作等结局;而低剂量PM2.5长时间暴露,虽无明显细胞毒性,但反复低氧化、低炎性刺激可促使机体内细胞处于病理性适应状态,触发许多跟低水平氧化应激相关的疾病发生等。因此,本研究结果提示“暴露情境”可能是决定PM2.5毒性效应及相应的致病机制的重要影响因素之一。2.高浓度PM2.5急性暴露,可通过诱发BEAS-2B细胞内HO-1过度表达及线粒体富集,阻止线粒体内细胞色素C的释放,从而抑制细胞凋亡。同时,高浓度的PM2.5在短时间内上调细胞内自噬活动,造成自噬流紊乱,触发细胞自噬相关性坏死。因此,该暴露过程中PM2.5诱导产生的HO-1实则“助攻”细胞坏死的发生,发挥其负面效应。3.低剂量PM2.5重复暴露导致细胞内ROS持续低水平增加,可能通过抑制细胞内DNMT1蛋白表达造成细胞全基因组低甲基化。同时,PM2.5暴露还能通过激活细胞内ROS-Akt-DNMT3B信号通路,诱导P53基因启动子甲基化水平升高,进而导致P53基因转录表达水平降低,引起细胞内P53蛋白水平降低。PM2.5诱导的全基因组低甲基化和P53启动子高甲基化可能诱发并促进肺癌的发生。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
异常甲基化模式论文参考文献
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标签：白血病; 抑癌基因; DNA甲基化; DAPK基因甲基化模式;